エンジン固有のキャッシュ機能

HealthOmics は、ワークフローエンジン間でコールキャッシュの一貫した実装を提供しようとします。各ワークフローエンジンが特定のケースをどのように処理するかによって、いくつかの違いがあります。

• ネクストフロー

  • 異なる Nextflow バージョン間でのキャッシュは保証されません。たとえば、v23.10.0 でタスクを実行し、その後 v24.10.8 で同じタスクを実行すると、HealthOmics は 2 回目の実行をキャッシュミスと見なす場合があります。

  • キャッシュfalseディレクティブを使用して、個々のタスクのキャッシュをオフにできます。このディレクティブの詳細については、Nextflow 仕様の「プロセス」を参照してください。

  • HealthOmics は Nextflow lenient モードを使用しますが、ディープキャッシュモードはサポートしていません。

  • タスクの入力への S3 パスで glob パターンを使用する場合、キャッシュは個々の S3 オブジェクトを評価します。新しいオブジェクトを追加すると、HealthOmics は新しいオブジェクトを使用するタスクのみを再計算します。

  • HealthOmics はタスクの再試行をキャッシュしません。この動作は、Nextflow のデフォルトの動作と一致します。

• WDL

  • HealthOmics は、WDL ワークフローの開発バージョンを使用する場合、入力用の新しい「ディレクトリ」タイプをサポートしています。コールキャッシュの場合、ディレクトリ内のオブジェクトが変更されると、HealthOmics はディレクトリを入力するすべてのタスクを再計算します。

  • HealthOmics はタスクレベルのキャッシュをサポートしていますが、ワークフローレベルのキャッシュはサポートしていません。

• CWL

  • タスクからの定数出力は、マニフェストから明示的には表示されません。HealthOmics は、定数出力を中間ファイルとしてキャッシュします。