HealthOmics のワークフローlinters - AWS HealthOmics

翻訳は機械翻訳により提供されています。提供された翻訳内容と英語版の間で齟齬、不一致または矛盾がある場合、英語版が優先します。

HealthOmics のワークフローlinters

ワークフローを作成したら、最初の実行を開始する前に、ワークフローで linter を実行することをお勧めします。linter は、実行が失敗する原因となるエラーを検出します。

WDL の場合、ワークフローを作成すると HealthOmics は自動的に linter を実行します。linter 出力は、get-workflowレスポンスの statusMessageフィールドで使用できます。次の CLI コマンドを使用してステータス出力を取得します (作成した WDL ワークフローのワークフロー ID を使用します）。

aws omics get-workflow 
   —id 123456 
   —query 'statusMessage'

HealthOmics には、ワークフローを作成する前にワークフロー定義で実行できる linter が用意されています。HealthOmics に移行する既存のパイプラインでこれらの linters を実行します。

  • Nextflow – Nextflow の Linter ルールを実行するためのパブリック Amazon ECR イメージ。この linter のソースコードには、GitHub からアクセスできます。

  • CWL – 利用できません