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HealthOmics で使用可能な Ready2Run ワークフロー
次の表に、HealthOmics で使用できる Ready2Run ワークフローを示します。
HealthOmics コンソール
注記
各 Ready2Run ワークフローには最大入力ファイルサイズがあります。これらの最大ファイルサイズは調整できません。
| [Workflow name] (ワークフロー名) | パブリッシャー | サブスクリプションが必要ですか？ | 最大入力ファイルサイズ (GiB) | 推定実行時間 (HH:MM) |
|---|---|---|---|---|
| AlphaFold for 601-1200 | Google DeepMind | なし | 1 | 11:15 |
| 最大 600 個のリテンション用の AlphaFold | Google DeepMind | なし | 1 | 7:30 |
| Bases2Fastq for 2x150 | 要素バイオサイエンス | なし | 1,000 | 1:45 |
| 2x300 用の Bases2Fastq | 要素バイオサイエンス | なし | 1,000 | 1:30 |
| Bases2Fastq for 2x75 | 要素バイオサイエンス | なし | 500 | 0:45 |
| 最大 800 個のリテンションに対応する ESMFold | メタリサーチ | なし | 1 | 0:15 |
| GATK-BP fq2bam | ブロードインスティテュート | なし | 64 | 10:10 |
| 30x ゲノムの GATK-BP Germline bam2vcf | ブロードインスティテュート | なし | 39 | 2:45 |
| 30x ゲノム用の GATK-BP Germline fq2vcf | ブロードインスティテュート | なし | 64 | 12:30 |
| GATK-BP Somatic WES bam2vcf | ブロードインスティテュート | なし | 86 | 1:30 |
| NVIDIA Parabricks BAM2FQ2BAM WGS 最大 30X | NVIDIA 株式会社 | なし | 80 | 1:39 |
| NVIDIA Parabricks BAM2FQ2BAM WGS 最大 50X | NVIDIA 株式会社 | なし | 120 | 2:45 |
| NVIDIA Parabricks BAM2FQ2BAM WGS 最大 5X | NVIDIA 株式会社 | なし | 20 | 0:18 |
| NVIDIA Parabricks FQ2BAM WGS、最大 30X | NVIDIA 株式会社 | なし | 71 | 1:00 |
| NVIDIA Parabricks FQ2BAM WGS、最大 50X | NVIDIA 株式会社 | なし | 137 | 1:45 |
| NVIDIA Parabricks FQ2BAM WGS 最大 5X | NVIDIA 株式会社 | なし | 13 | 0:15 |
| NVIDIA Parabricks Germline DeepVariant WGS 最大 30X | NVIDIA 株式会社 | なし | 71 | 2:00 |
| NVIDIA Parabricks Germline DeepVariant WGS、最大 50X | NVIDIA 株式会社 | なし | 137 | 3:30 |
| NVIDIA Parabricks Germline DeepVariant WGS、最大 5X | NVIDIA 株式会社 | なし | 12 | 0:30 |
| NVIDIA Parabricks Germline HaplotypeCaller WGS、最大 30X | NVIDIA 株式会社 | なし | 71 | 1:15 |
| NVIDIA Parabricks Germline HaplotypeCaller WGS、最大 50X | NVIDIA 株式会社 | なし | 137 | 2:00 |
| NVIDIA Parabricks Germline HaplotypeCaller WGS、最大 5X | NVIDIA 株式会社 | なし | 13 | 0:15 |
| NVIDIA Parabricks Somatic Mutect2 WGS、最大 50X | NVIDIA 株式会社 | なし | 196 | 0:45 |
| KallistoBUStools を使用した scRNAseq | NF-Core | なし | 119 | 1:30 |
| Salmon Alevin-fry を使用した scRNAseq | NF-Core | なし | 119 | 2:30 |
| scRNAseq と STARsolo | NF-Core | なし | 119 | 2:30 |
| 最大 300 倍の Sentieon Germline BAM WES | Sentieon, Inc. | あり | 9 | 1:00 |
| 最大 32 倍の Sentieon Germline BAM WGS | Sentieon, Inc. | あり | 18 | 1:30 |
| 最大 100 倍の Sentieon Germline FASTQ WES | Sentieon, Inc. | あり | 5 | 0:45 |
| 最大 300 倍の Sentieon Germline FASTQ WES | Sentieon, Inc. | あり | 26 | 2:00 |
| 最大 32 倍の Sentieon Germline FASTQ WGS | Sentieon, Inc. | あり | 51 | 3:30 |
| ONT 用 Sentieon LongRead | Sentieon, Inc. | あり | 25 | 1:30 |
| PacBio HiFi 用 Sentieon LongRead | Sentieon, Inc. | あり | 58 | 4:00 |
| Sentieon Somatic WES | Sentieon, Inc. | あり | 50 | 2:30 |
| Sentieon Somatic WGS | Sentieon, Inc. | あり | 113 | 4:30 |
| 最大 40 倍の Ultima Genomics DeepVariant | Ultima ゲノミクス | なし | 91 | 1:55 |
Ready2Run ワークフローを使用する場合、ワークフローは事前設定されており、編集できません。プライベートワークフローとは対照的に、Ready2Run ワークフローは以下をサポートしていません。
-
最大入力ファイルサイズを増やす
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コンピューティングリソースまたは実行ストレージの変更
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ワークフロー定義またはコンテナの変更
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実行グループへの実行の追加
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ワークフローの共有
パブリッシャーが GitHub で Ready2Run ワークフローを共有している場合は、Ready2Run ワークフローに基づいて独自のプライベートワークフローを作成できます。次の表は、各パブリッシャーの GitHub ワークフローへのリンクを示しています。
| パブリッシャー | GitHub のワークフロー |
|---|---|
| Google DeepMind、Meta Research | タンパク質折りたたみワークフロー |
| 要素バイオサイエンス | 詳細については、Element Biosciences にお問い合わせください。 |
| ブロードインスティテュート | GATK ワークフロー |
| NVIDIA 株式会社 | Parabricks ワークフロー |
| nf-core | NF-Core ワークフロー |
| センティオン | Sentieon ワークフロー |
| Ultima ゲノミクス | Ultima Genomics ワークフロー |
