엔진별 캐싱 기능

HealthOmics는 워크플로 엔진 간에 호출 캐싱을 일관되게 구현하려고 합니다. 각 워크플로 엔진이 특정 사례를 처리하는 방식에 따라 몇 가지 차이점이 있습니다.

• 다음 흐름

  • 다양한 Nextflow 버전 간의 캐싱은 보장되지 않습니다. 예를 들어 v23.10.0에서 작업을 실행한 다음 v24.10.8에서 동일한 작업을 실행하는 경우 HealthOmics는 두 번째 실행을 캐시 누락으로 간주할 수 있습니다.

  • 캐시 false 명령을 사용하여 개별 작업에 대한 캐싱을 끌 수 있습니다. 이 명령에 대한 자세한 내용은 Nextflow 사양의 프로세스를 참조하세요.

  • HealthOmics는 Nextflow lenient 모드를 사용하지만 딥 캐싱 모드는 지원하지 않습니다.

  • 작업의 입력에 대한 S3 경로에서 glob 패턴을 사용하는 경우 캐싱은 각 개별 S3 객체를 평가합니다. 새 객체를 추가하면 HealthOmics는 새 객체를 사용하는 작업만 다시 계산합니다.

  • HealthOmics는 작업 재시도를 캐싱하지 않습니다. 이 동작은 Nextflow의 기본 동작과 일치합니다.

• WDL

  • HealthOmics는 WDL 워크플로의 개발 버전을 사용할 때 입력에 대한 새로운 “디렉터리” 유형을 지원합니다. 호출 캐싱의 경우 디렉터리의 객체가 변경되면 HealthOmics는 디렉터리를 입력하는 모든 작업을 다시 계산합니다.

  • HealthOmics는 작업 수준 캐싱을 지원하지만 워크플로 수준 캐싱은 지원하지 않습니다.

• CWL

  • 작업의 상수 출력은 매니페스트에서 명시적으로 표시되지 않습니다. HealthOmics는 상수 출력을 중간 파일로 캐싱합니다.