HealthOmics 워크플로 정의 언어에 대한 버전 지원 - AWS HealthOmics
WDL 버전 지원CWL 버전 지원Nextflow 버전 지원

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HealthOmics 워크플로 정의 언어에 대한 버전 지원

HealthOmics는 Nextflow, WDL 또는 CWL로 작성된 워크플로 정의 파일을 지원합니다. 다음 섹션에서는 이러한 언어에 대한 HealthOmics 버전 지원에 대한 정보를 제공합니다.

WDL 버전 지원

HealthOmics는 버전 1.0, 1.1 및 WDL 사양의 개발 버전을 지원합니다.

모든 WDL 문서에는 준수하는 사양의 버전(주요 및 부)을 지정하는 버전 문이 포함되어야 합니다. 버전에 대한 자세한 내용은 WDL 버전 관리를 참조하세요.

WDL 사양 버전 1.0 및 1.1은 Directory 유형을 지원하지 않습니다. 입력 또는 출력에 Directory 유형을 사용하려면 파일의 첫 번째 줄development에서 버전을 로 설정합니다.

version development  # first line of .wdl file
     ... remainder of the file ...

CWL 버전 지원

HealthOmics는 CWL 언어 버전 1.0, 1.1 및 1.2를 지원합니다.

CWL 워크플로 정의 파일에서 언어 버전을 지정할 수 있습니다. CWL에 대한 자세한 내용은 CWL 사용 설명서를 참조하세요.

Nextflow 버전 지원

HealthOmics는 세 가지 Nextflow 안정 버전을 지원합니다. Nextflow는 일반적으로 6개월마다 안정적인 버전을 릴리스합니다. HealthOmics는 월별 '엣지' 릴리스를 지원하지 않습니다.

HealthOmics는 각 버전에서 릴리스된 기능을 지원하지만 미리 보기 기능은 지원하지 않습니다.

지원되는 버전

HealthOmics는 다음 Nextflow 버전을 지원합니다.

  • Nextflow v22.04.01 DSL 1 및 DSL 2

  • Nextflow v23.10.0 DSL 2(기본값)

  • Nextflow v24.10.8 DSL 2

워크플로를 지원되는 최신 버전(v24.10.8)으로 마이그레이션하려면 Nextflow 업그레이드 가이드를 따르세요.

Nextflow 마이그레이션 가이드의 다음 섹션에 설명된 대로 Nextflow v23에서 v24로 마이그레이션할 때 몇 가지 주요 변경 사항이 있습니다.

Nextflow 버전 감지 및 처리

HealthOmics는 지정한 DSL 버전과 Nextflow 버전을 감지합니다. 이러한 입력을 기반으로 실행할 최적의 Nextflow 버전을 자동으로 결정합니다.

DSL 버전

HealthOmics는 워크플로 정의 파일에서 요청된 DSL 버전을 감지합니다. 예를 들어를 지정할 수 있습니다nextflow.enable.dsl=2.

HealthOmics는 기본적으로 DSL 2를 지원합니다. 워크플로 정의 파일에 지정된 경우 DSL 1과의 이전 버전과의 호환성을 제공합니다.

  • DSL 2를 지정하면 Nextflow v22.04.0 또는 v24.10.8를 지정하지 않는 한 HealthOmics는 Nextflow v23.10.0을 실행합니다.

  • DSL 1을 지정하면 HealthOmics는 Nextflow v22.04 DSL1(DSL 1을 실행하는 지원되는 유일한 버전)을 실행합니다.

  • DSL 버전을 지정하지 않거나 HealthOmics가 어떤 이유로든 DSL 정보를 구문 분석할 수 없는 경우(예: 워크플로 정의 파일의 구문 오류) HealthOmics는 기본적으로 DSL 2로 설정되고 Nextflow v23.10.0을 실행합니다.

  • 최신 Nextflow 버전 및 소프트웨어 기능을 활용하도록 워크플로를 DSL 1에서 DSL 2로 업그레이드하려면 DSL 1에서 마이그레이션을 참조하세요.

Nextflow 버전

HealthOmics는이 파일을 제공하는 경우 Nextflow 구성 파일(nextflow.config)에서 요청된 Nextflow 버전을 감지합니다. 포함된 구성에서 예기치 않은 재정의가 발생하지 않도록 파일 끝에 nextflowVersion 절을 추가하는 것이 좋습니다. 자세한 내용은 Nextflow 구성을 참조하세요.

다음 구문을 사용하여 Nextflow 버전 또는 버전 범위를 지정할 수 있습니다.

   // exact match
   manifest.nextflowVersion = '1.2.3'   
            
   // 1.2 or later (excluding 2 and later)
   manifest.nextflowVersion = '1.2+'         
            
   // 1.2 or later
   manifest.nextflowVersion = '>=1.2'
            
   // any version in the range 1.2 to 1.5
   manifest.nextflowVersion = '>=1.2, <=1.5' 
            
   // use the "!" prefix to stop execution if the current version 
   // doesn't match the required version.
   manifest.nextflowVersion = '!>=1.2'

HealthOmics는 Nextflow 버전 정보를 다음과 같이 처리합니다.

  • =를 사용하여 HealthOmics가 지원하는 정확한 버전을 지정하는 경우 HealthOmics는 해당 버전을 사용합니다.

  • !를 사용하여 지원되지 않는 정확한 버전 또는 버전 범위를 지정하는 경우 HealthOmics는 예외를 발생시키고 실행에 실패합니다. 버전 요청을 엄격하게 적용하고 요청에 지원되지 않는 버전이 포함된 경우 빠르게 실패하려면이 옵션을 사용하는 것이 좋습니다.

  • 버전 범위를 지정하면 범위에 v24.10.8가 포함되지 않는 한 HealthOmics는 해당 범위에서 지원되는 최신 버전을 사용합니다. 이 경우 HealthOmics는 이전 버전을 선호합니다. 예를 들어 범위가 v23.10.0과 v24.10.8를 모두 포함하는 경우 HealthOmics는 v23.10.0을 선택합니다.

  • 요청된 버전이 없거나 요청된 버전이 유효하지 않거나 어떤 이유로든 구문 분석할 수 없는 경우:

    • DSL 1을 지정한 경우 HealthOmics는 Nextflow v22.04를 실행합니다.

    • 그렇지 않으면 HealthOmics는 Nextflow v23.10.0을 실행합니다.

HealthOmics가 각 실행에 사용한 Nextflow 버전에 대한 다음 정보를 검색할 수 있습니다.

  • 실행 로그에는 HealthOmics가 실행에 사용한 실제 Nextflow 버전에 대한 정보가 포함되어 있습니다.

  • HealthOmics는 요청된 버전과 직접 일치하지 않거나 지정한 버전과 다른 버전을 사용해야 하는 경우 실행 로그에 경고를 추가합니다.

  • GetRun API 작업에 대한 응답에는 HealthOmics가 실행에 사용한 실제 Nextflow 버전이 포함된 필드(engineVersion)가 포함됩니다. 예:

    "engineVersion":"22.04.0"