HealthOmics의 워크플로 린터 - AWS HealthOmics

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HealthOmics의 워크플로 린터

워크플로를 생성한 후에는 첫 번째 실행을 시작하기 전에 워크플로에서 린터를 실행하는 것이 좋습니다. 린터는 실행이 실패할 수 있는 오류를 감지합니다.

WDL의 경우 워크플로를 생성할 때 HealthOmics가 자동으로 린터를 실행합니다. 린터 출력은 get-workflow 응답의 statusMessage 필드에서 사용할 수 있습니다. 다음 CLI 명령을 사용하여 상태 출력을 검색합니다(생성한 WDL 워크플로의 워크플로 ID 사용).

aws omics get-workflow 
   —id 123456 
   —query 'statusMessage'

HealthOmics는 워크플로를 생성하기 전에 워크플로 정의에서 실행할 수 있는 린터를 제공합니다. HealthOmics로 마이그레이션하려는 기존 파이프라인에서 이러한 린터를 실행합니다.

  • WDL - WDL 린터를 실행하는 퍼블릭 Amazon ECR 이미지입니다.