HealthOmics 실행 출력

WDL 또는 CWL 실행이 완료되면 출력에는 실행에서 생성된 모든 출력을 나열하는 출력 요약 파일(JSON 형식)이 포함됩니다. 다음과 같은 목적으로 출력 요약 파일을 사용할 수 있습니다.

• 실행이 생성한 출력 파일을 프로그래밍 방식으로 결정합니다.

• 실행이 모든 예상 출력을 생성했는지 확인합니다.

WDL에 대한 출력 요약 실행

WDL 실행이 완료되면 HealthOmics는 라는 출력 요약 파일을 생성합니다output.json.

워크플로의 각 출력에 대해 파일에 해당 키/값 페어가 있습니다. 키에는 형식의 워크플로 이름과 출력 이름이 포함됩니다WorkflowName.output_name. 파일 출력의 경우 값은 파일이 저장되는 S3의 출력 위치를 가리키는 S3 URI입니다. 배열[파일] 출력의 경우 값은 S3 URIs.

다음 예제에서는 라는 워크플로의 output.json 파일을 보여줍니다BWAMappingWorkflow.

{
  "BWAMappingWorkflow.bam_indexes": [
    "s3://omics-outputs/8886192/out/bam_indexes/0/pbmc8k_S1_L007_R1_001.sorted.bam.bai",
    "s3://omics-outputs/8886192/out/bam_indexes/1/pbmc8k_S1_L008_R1_001.sorted.bam.bai"
  ],
  "BWAMappingWorkflow.mapping_stats": "s3://omics-outputs/8886192/out/mapping_stats/genome_mapping_final_stats.txt",
  "BWAMappingWorkflow.merged_bam": "s3://omics-outputs/8886192/out/merged_bam/genome_mapping.merged.bam",
  "BWAMappingWorkflow.merged_bam_index": "s3://omics-outputs/8886192/out/merged_bam_index/genome_mapping.merged.bam.bai",
  "BWAMappingWorkflow.reference_index_tar": "s3://omics-outputs/8886192/out/reference_index_tar/reference_index.tar",
  "BWAMappingWorkflow.sorted_bams": [
    "s3://omics-outputs/8886192/out/sorted_bams/0/pbmc8k_S1_L007_R1_001.sorted.bam",
    "s3://omics-outputs/8886192/out/sorted_bams/1/pbmc8k_S1_L008_R1_001.sorted.bam"
  ],
  "BWAMappingWorkflow.unmapped_bams": [
    "s3://omics-outputs/8886192/out/unmapped_bams/0/pbmc8k_S1_L007_R1_001.unmapped.bam",
    "s3://omics-outputs/8886192/out/unmapped_bams/1/pbmc8k_S1_L008_R1_001.unmapped.bam"
  ]
}   

워크플로가 파일 유형이 아닌 출력(예: 문자열, 정수, 부동 소수점 또는 부울)을 생성하는 경우 필드 값은 JSON 기본값입니다. 예:

{
  "MyWorkflow.my_int_ouput": 1,
  "MyWorkflow.my_bool_output": false,
    ...
}   

CWL에 대한 출력 요약 실행

CWL 실행이 완료되면 HealthOmics는 다음 위치에 라는 출력 요약 파일을 생성합니다outputs.json.

{my-S3outputpath}/{runId}/{run-uuid}/logs/outputs.json

출력 요약 파일에는 출력 목록이 포함됩니다. 각 출력은 키/값 페어이며, 여기서 키는 출력의 이름입니다. 값은 다음 속성을 포함하는 객체입니다.

• 위치 - 출력 파일의 정규화된 경로입니다.

• basename - 경로의 파일 이름 부분입니다.

• class - 출력 유형으로, 일반적으로 파일입니다.

• size - 바이트 단위의 파일 크기

다음 예제에서 output.json 파일에는 두 개의 출력 파일 목록이 있습니다.

{
  "example_output": {
    "location": "{my-S3outputpath}/{runId}/{run-uuid}/out/output.txt",
    "basename": "output.txt",
    "class": "File",
    "size": 13
  },
  "another_output": {
    "location": "{my-S3outputpath}/{runId}/{run-uuid}/out/metrics.json",
    "basename": "metrics.json",
    "class": "File",
    "size": 256
  }
}