콘솔을 사용하여 워크플로 버전 생성 CLI를 사용하여 워크플로 버전 생성 SDK를 사용하여 워크플로 버전 생성 워크플로 버전의 상태 확인

워크플로 버전 생성

워크플로의 새 버전을 생성할 때 새 버전의 구성 값을 지정해야 합니다. 워크플로에서 구성 값을 상속하지 않습니다.

버전을 생성할 때이 워크플로에 고유한 버전 이름을 제공합니다. HealthOmics가 버전을 생성한 후에는 이름을 변경할 수 없습니다.

버전 이름은 문자 또는 숫자로 시작해야 하며 대문자 및 소문자, 숫자, 하이픈, 마침표 및 밑줄을 포함할 수 있습니다. 최대 길이는 64자입니다. 예를 들어 버전 1, 버전 2, 버전 3과 같은 간단한 이름 지정 체계를 사용할 수 있습니다. 워크플로 버전을 2.7.0, 2.7.1, 2.7.2와 같은 자체 내부 버전 관리 규칙과 일치시킬 수도 있습니다.

선택적으로 버전 설명 필드를 사용하여이 버전에 대한 메모를 추가합니다. 예를 들어 Fix for syntax error in workflow definition입니다.

참고

버전 이름에 개인 식별 정보(PII)를 포함하지 마십시오. 버전 이름은 워크플로 버전 ARN에 표시됩니다.

HealthOmics는 워크플로 버전에 고유한 ARN을 할당합니다. ARN은 워크플로 ID와 버전 이름의 조합에 따라 고유합니다.

주의

워크플로 버전을 삭제한 후 HealthOmics를 사용하면 다른 워크플로 버전의 버전 이름을 재사용할 수 있습니다. 버전 이름을 재사용하지 않는 것이 가장 좋습니다. 이름을 재사용하는 경우 워크플로와 각 버전에는 출처에 사용할 수 있는 고유한 UUID가 있습니다.

콘솔을 사용하여 워크플로 버전 생성

워크플로를 생성하는 단계

HealthOmics 콘솔을 엽니다.
왼쪽 상단의 탐색 창(™)을 선택하고 프라이빗 워크플로를 선택합니다.
프라이빗 워크플로 페이지에서 새 버전의 워크플로를 선택합니다.
워크플로 세부 정보 페이지에서 새 버전 생성을 선택합니다.
버전 생성 페이지에서 다음 정보를 제공합니다.
1. 버전 이름: 워크플로 전체에서 고유한 워크플로 버전의 이름을 입력합니다.
2. 버전 설명(선택 사항): 설명 필드를 사용하여이 버전에 대한 메모를 추가할 수 있습니다.
워크플로 정의 패널에서 다음 정보를 제공합니다.
1. 워크플로 언어(선택 사항): 워크플로 버전의 사양 언어를 선택합니다. 그렇지 않으면 HealthOmics가 워크플로 정의에서 언어를 결정합니다.
2. 워크플로 정의 소스에서 Git 기반 리포지토리, Amazon S3 위치 또는 로컬 드라이브에서 정의 폴더를 가져오도록 선택합니다.
  1. 리포지토리 서비스에서 가져오기의 경우:
    
    참고
    HealthOmics는 GitHub, , , GitLab, Bitbucket에 대한 퍼블릭 및 프라이빗 리포지토리GitHub self-managed를 지원합니다GitLab self-managed.
    
    연결을 선택하여 AWS 리소스를 외부 리포지토리에 연결합니다. 연결을 생성하려면 섹션을 참조하세요외부 코드 리포지토리와 연결.
    
    참고
    TLV 리전의 고객은 IAD (us-east-1) 리전에서 연결을 생성하여 워크플로를 생성해야 합니다.
    
    전체 리포지토리 ID에 리포지토리 ID를 user-name/repo-name으로 입력합니다. 이 리포지토리의 파일에 액세스할 수 있는지 확인합니다.
    
    소스 참조(선택 사항)에 리포지토리 소스 참조(브랜치, 태그 또는 커밋 ID)를 입력합니다. HealthOmics는 소스 참조가 지정되지 않은 경우 기본 브랜치를 사용합니다.
    
    파일 패턴 제외에 파일 패턴을 입력하여 특정 폴더, 파일 또는 확장자를 제외합니다. 이렇게 하면 리포지토리 파일을 가져올 때 데이터 크기를 관리하는 데 도움이 됩니다. 패턴은 최대 50개이며 패턴은 glob 패턴 구문을 따라야 합니다. 예:
    
    tests/
    
    *.jpeg
    
    large_data.zip
  2. S3에서 정의 폴더 선택의 경우:
    
    압축된 워크플로 정의 폴더가 포함된 Amazon S3 위치를 입력합니다. Amazon S3 버킷은 워크플로와 동일한 리전에 있어야 합니다.
    
    계정이 Amazon S3 버킷을 소유하지 않은 경우 S3 버킷 소유자의 AWS 계정 ID에 버킷 소유자의 계정 ID를 입력합니다. S3 이 정보는 HealthOmics가 버킷 소유권을 확인할 수 있도록 하기 위해 필요합니다.
  3. 로컬 소스에서 정의 폴더 선택의 경우:
    
    압축된 워크플로 정의 폴더의 로컬 드라이브 위치를 입력합니다.
3. 기본 워크플로 정의 파일 경로(선택 사항): 압축된 워크플로 정의 폴더 또는 리포지토리에서 파일로의 main 파일 경로를 입력합니다. 워크플로 정의 폴더에 파일이 하나만 있거나 기본 파일의 이름이 "main"인 경우에는이 파라미터가 필요하지 않습니다.
기본 실행 스토리지 구성 패널에서이 워크플로를 사용하는 실행에 대한 기본 실행 스토리지 유형 및 용량을 제공합니다.
1. 실행 스토리지 유형: 정적 또는 동적 스토리지를 임시 실행 스토리지의 기본값으로 사용할지 여부를 선택합니다. 기본값은 정적 스토리지입니다.
2. 스토리지 용량 실행(선택 사항): 정적 실행 스토리지 유형의 경우이 워크플로에 필요한 기본 실행 스토리지 양을 입력할 수 있습니다. 이 파라미터의 기본값은 1200GiB입니다. 실행을 시작할 때 이러한 기본값을 재정의할 수 있습니다.
태그(선택 사항): 최대 50개의 태그를이 워크플로 버전과 연결할 수 있습니다.
다음을 선택합니다.
워크플로 파라미터 추가(선택 사항) 페이지에서 파라미터 소스를 선택합니다.
1. 워크플로 정의 파일에서 구문 분석의 경우 HealthOmics는 워크플로 정의 파일에서 워크플로 파라미터를 자동으로 구문 분석합니다.
2. Git 리포지토리의 파라미터 템플릿 제공에서 리포지토리의 파라미터 템플릿 파일 경로를 사용합니다.
3. 로컬 소스에서 JSON 파일 선택에서 파라미터를 지정하는 로컬 소스에서 JSON 파일을 업로드합니다.
4. 워크플로 파라미터를 수동으로 입력하려면 파라미터 이름과 설명을 수동으로 입력합니다.
파라미터 미리 보기 패널에서이 워크플로 버전의 파라미터를 검토하거나 변경할 수 있습니다. JSON 파일을 복원하면 로컬 변경 사항이 손실됩니다.
다음을 선택합니다.
버전 구성을 검토한 다음 버전 생성을 선택합니다.

버전이 생성되면 콘솔이 워크플로 세부 정보 페이지로 돌아가 워크플로 및 버전 테이블에 새 버전을 표시합니다.

CLI를 사용하여 워크플로 버전 생성

CreateWorkflowVersion API 작업을 사용하여 워크플로 버전을 생성할 수 있습니다. 선택적 파라미터의 경우 HealthOmics는 다음 기본값을 사용합니다.

파라미터	Default
Engine	워크플로 정의에서 결정됨
스토리지 유형	STATIC
스토리지 용량(정적 스토리지용)	1200 GiB
기본	워크플로 정의 폴더의 내용을 기반으로 결정됩니다. 자세한 내용은 HealthOmics 워크플로 정의 요구 사항을 참조하세요.
액셀러레이터	없음
Tags	없음

다음 CLI 예제에서는 정적 스토리지를 기본 실행 스토리지로 사용하여 워크플로 버전을 생성합니다.


aws omics create-workflow-version \
--workflow-id 1234567  \
--version-name "my_version" \
--engine WDL \
--definition-zip fileb://workflow-crambam.zip \
--description "my version description" \
--main file://workflow-params.json \
--parameter-template file://workflow-params.json \
--storage-type='STATIC'   \
--storage-capacity 1200   \
--tags example123=string  \
--accelerators GPU

워크플로 정의 파일이 Amazon S3 폴더에 있는 경우 대신 definition-uri 파라미터를 사용하여 위치를 입력합니다definition-zip. 자세한 내용은 AWS HealthOmics API 참조의 CreateWorkflowVersion을 참조하세요.

create-workflow-version 요청에 대해 다음과 같은 응답을 받습니다.


{
  "workflowId": "1234567",
  "versionName": "my_version",
  "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567/version/3",
  "status": "ACTIVE",
  "tags": {
    "environment": "production",
    "owner": "team-alpha"
  },
  "uuid": "0ac9a563-355c-fc7a-1b47-a115167af8a2"
}

SDK를 사용하여 워크플로 버전 생성

SDKs.

다음 예제에서는 Python SDK를 사용하여 워크플로 버전을 생성하는 방법을 보여줍니다.


import boto3

omics = boto3.client('omics')

with open('definition.zip', 'rb') as f:
   definition = f.read()

response = omics.create_workflow_version(
   workflowId='1234567',
   versionName='my_version',
   requestId='my_request_1'
   definitionZip=definition,
   parameterTemplate={ ... }
)

워크플로 버전의 상태 확인

워크플로 버전을 생성한 후 다음과 같이 get-workflow-version을 사용하여 워크플로의 상태를 확인하고 다른 세부 정보를 볼 수 있습니다.


aws omics get-workflow-version 
--workflow-id 9876543
--version-name "my_version"

응답은 다음과 같이 상태를 포함한 워크플로 세부 정보를 제공합니다.


{
  "workflowId": "1234567",
  "versionName": "3.0.0",
  "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567/version/3.0.0",
  "status": "ACTIVE",
  "description": ...
  "uuid": "0ac9a563-355c-fc7a-1b47-a115167af8a2"
}

이 워크플로 버전으로 실행을 시작하려면 상태가 로 전환되어야 합니다ACTIVE.

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AWS 설명서를 사용하려면 Javascript가 활성화되어야 합니다. 지침을 보려면 브라우저의 도움말 페이지를 참조하십시오.

문서 규칙

기본 버전

버전 업데이트