Exportação de conjuntos de HealthOmics leitura para um bucket do Amazon S3

Você pode exportar conjuntos de leitura como um trabalho de exportação em lote para um bucket do Amazon S3. Para fazer isso, primeiro crie uma política do IAM que tenha acesso de gravação ao bucket, semelhante ao exemplo de política do IAM a seguir.

JSON

{
  "Version": "2012-10-17",
  "Statement": [
    {
      "Effect": "Allow",
      "Action": [
        "s3:PutObject",
        "s3:GetBucketLocation"
      ],
      "Resource": [
        "arn:aws:s3:::amzn-s3-demo-bucket1",
        "arn:aws:s3:::amzn-s3-demo-bucket1/*"
      ]
    }
  ]
}                    

JSON

{
"Version": "2012-10-17",
"Statement": [
  {
      "Effect": "Allow",
      "Principal": {
          "Service": [
              "omics.amazonaws.com"
          ]
      },
      "Action": "sts:AssumeRole"
  }
]
}                  

Depois que a política do IAM estiver em vigor, comece seu trabalho de exportação do conjunto de leitura. O exemplo a seguir mostra como fazer isso usando a operação da API start-read-set-export-job. No exemplo a seguir, substitua todos os parâmetrossequence store ID, comodestination,role ARN, esources, pela sua entrada.

aws omics start-read-set-export-job 
--sequence-store-id sequence store id \
--destination valid s3 uri \
--role-arn role ARN \
--sources readSetId=read set id_1 readSetId=read set id_2                    

Você recebe a seguinte resposta com informações sobre o armazenamento da sequência de origem e o bucket Amazon S3 de destino.

{
"id": <job-id>,
"sequenceStoreId": <sequence-store-id>,
"destination": <destination-s3-uri>,
"status": "SUBMITTED",
"creationTime": "2022-10-22T01:33:38.079000+00:00"
}                    

Após o início do trabalho, você pode determinar seu status usando a operação da API get-read-set-export-job, conforme mostrado a seguir. Substitua o sequence store ID e job ID por seu ID de armazenamento de sequências e ID do trabalho, respectivamente.

aws omics get-read-set-export-job --id job-id --sequence-store-id sequence store ID

Você pode visualizar todos os trabalhos de exportação inicializados para um armazenamento de sequências usando a operação da API list-read-set-export-jobs, conforme mostrado a seguir. sequence store IDSubstitua o pelo seu ID de armazenamento de sequências.

aws omics list-read-set-export-jobs --sequence-store-id sequence store ID.

{
"exportJobs": [
  {
      "id": <job-id>,
      "sequenceStoreId": <sequence-store-id>,
      "destination": <destination-s3-uri>,
      "status": "COMPLETED",
      "creationTime": "2022-10-22T01:33:38.079000+00:00",
      "completionTime": "2022-10-22T01:34:28.941000+00:00"
  }
]
}        

Além de exportar seus conjuntos de leitura, você também pode compartilhá-los usando o acesso ao Amazon URIs S3. Para saber mais, consulte Acessando conjuntos de HealthOmics leitura com o Amazon S3 URIs.