Execute o modo de retenção para HealthOmics corridas

Após a conclusão de uma execução, HealthOmics arquiva os metadados da execução em. CloudWatch Por padrão, CloudWatch mantém os dados de execução indefinidamente, a menos que você altere a política CloudWatch de retenção. As saídas de execução também são armazenadas no Amazon S3 até que você as exclua.

Um dos ajustáveis HealthOmics cotas de serviço é o maximum number of runs (active and inactive) em uma região. HealthOmics retém os metadados de execução de até esse número de execuções para uso pelo console e pelas operações da API (ListRuns e). GetRun Ao iniciar uma execução, você pode definir o parâmetro do modo de retenção de execução para indicar o comportamento de retenção da execução. O parâmetro suporta os valores REMOVE e RETAIN.

Para uma nova execução com o modo de retenção definido como REMOVE, se HealthOmics tentar adicionar a execução depois de já ter salvo o número máximo de execuções, ele removerá automaticamente os metadados da execução mais antiga que definiu o modo REMOVE. Essa remoção não afeta os dados armazenados no Amazon S3 CloudWatch ou no Amazon S3.

RETAIN é o valor padrão para o modo de retenção de execução. Para execuções nesse modo, o sistema não exclui os metadados de execução. Se HealthOmics atingir o número máximo de execuções, tudo definido como RETAIN, você não poderá criar execuções adicionais até excluir algumas execuções.

Se você planeja executar um lote com mais do que o número máximo de execuções ao mesmo tempo, certifique-se de definir o modo de retenção de execução como REMOVE. Caso contrário, o lote falhará ao HealthOmics tentar iniciar a próxima execução após o máximo.

Considerações adicionais sobre o uso do modo de retenção REMOVE:

• Ao começar a usar REMOVE como modo de retenção, considere excluir uma ou mais execuções que usam o modo RETAIN para liberar slots. À medida que você inicia outras execuções de REMOVE, a remoção automática assume o controle, então há vagas suficientes para novas execuções.

• Se você quiser executar novamente uma execução arquivada (ou um conjunto de execuções), use a ferramenta CLI de HealthOmics reexecução. Para obter mais informações e exemplos de como usar essa ferramenta, consulte Executar novamente o Omics no repositório de ferramentas. HealthOmics GitHub

• Recomendamos que você configure um nome exclusivo para cada execução. Depois de HealthOmics remover uma execução, você não poderá usar o console ou a API para encontrar o nome da execução ou o ID da execução. No entanto, você pode usar CloudWatch para pesquisar o nome da execução, então use nomes exclusivos para obter os melhores resultados de pesquisa.

• Você pode usar o CloudWatch start-query comando para obter informações sobre uma execução arquivada. Se o nome da execução não for exclusivo, a consulta poderá retornar vários manifestos. Os parâmetros de hora de início e hora de término definem o intervalo de tempo para a pesquisa.

  aws logs start-query  \
      --log-group-name "/aws/omics/WorkflowLog" \
      --query-string 'filter @logStream like "manifest" and @message like "myRunName"' \
      --end-time <END-EPOCH-TIME> --start-time <START-EPOCH-TIME>

  O start-query comando retorna um ID de consulta. Passar o ID da consulta para o get-query-results comando retorna os resultados da consulta.

  aws logs get-query-results --query-id QueryId