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Conteúdo de um cache de execução
HealthOmics organiza seu cache de execução com a seguinte estrutura em seu bucket do S3:
s3://{cache.S3location}/{cache.uuid}/runID/taskID/{cacheentry.uuid}/
O cache.uuid é o ID global exclusivo do cache. O cacheentry.uuid é o uuid globalmente exclusivo para uma tarefa em cache. HealthOmics atribui os uuids a caches e tarefas.
Para todos os mecanismos de fluxo de trabalho, o cache contém os seguintes arquivos:
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O {cacheentryuuid}.json arquivo — HealthOmics cria esse arquivo de manifesto, que contém informações sobre o cache, incluindo uma lista de todos os itens no cache e a versão do cache.
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Arquivos de saída da tarefa — Cada saída da tarefa consiste em um ou mais arquivos, conforme definido pela tarefa.
Para um fluxo de trabalho que usa o Nextflow, o mecanismo do Nextflow cria esses arquivos adicionais no cache:
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O command.out arquivo — Esse arquivo contém o conteúdo padrão da execução da tarefa.
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O .exitcode arquivo — Esse arquivo contém o código de saída da tarefa (um número inteiro).
nota
Se você quiser acessar arquivos de tarefas intermediárias em seu cache de execução para solucionar problemas avançados, declare esses arquivos como saídas de tarefas na definição do fluxo de trabalho.
