Recursos de cache específicos do mecanismo

HealthOmics tenta fornecer uma implementação consistente do cache de chamadas em todos os mecanismos de fluxo de trabalho. Há algumas diferenças com base na forma como cada mecanismo de fluxo de trabalho lida com casos específicos:

• Próximo fluxo

  • O armazenamento em cache em diferentes versões do Nextflow não é garantido. Por exemplo, se você executar uma tarefa na v23.10.0 e, posteriormente, executar a mesma tarefa na v24.10.8, HealthOmics considere a segunda execução como uma perda de cache.

  • Você pode desativar o armazenamento em cache para tarefas individuais usando a false diretiva cache. Para obter informações sobre essa diretiva, consulte os Processos na especificação Nextflow.

  • HealthOmics usa o modo tolerante Nextflow, mas não oferece suporte ao modo de cache profundo.

  • O armazenamento em cache avalia cada objeto individual do S3 se você usar um padrão global no caminho do S3 até as entradas de uma tarefa. Se você adicionar um novo objeto, HealthOmics recalcula somente as tarefas que usam o novo objeto.

  • HealthOmics não armazena em cache as novas tentativas de tarefas. Esse comportamento é consistente com o comportamento padrão do Nextflow.

• WDL

  • HealthOmics suporta o novo tipo de “diretório” para entradas quando você usa a versão de desenvolvimento do fluxo de trabalho da WDL. Para o armazenamento em cache de chamadas, se algum objeto no diretório mudar, HealthOmics recalcula todas as tarefas que entram no diretório.

  • HealthOmics oferece suporte ao cache no nível da tarefa, mas não ao cache no nível do fluxo de trabalho.

• CAPUZ

  • As saídas constantes das tarefas não são explicitamente visíveis nos manifestos. HealthOmics armazena em cache saídas constantes como arquivos intermediários.