Impressoras de fluxo de trabalho em HealthOmics

Depois de criar um fluxo de trabalho, recomendamos que você execute um linter no fluxo de trabalho antes de iniciar a primeira execução. O linter detecta erros que podem fazer com que a execução falhe.

Para a WDL, executa HealthOmics automaticamente um linter quando você cria o fluxo de trabalho. A saída do linter está disponível no statusMessage campo da get-workflow resposta. Use o seguinte comando da CLI para recuperar a saída de status (use a ID do fluxo de trabalho do fluxo de trabalho da WDL que você criou):

aws omics get-workflow 
   —id 123456 
   —query 'statusMessage' 

HealthOmics fornece ponteiros que você pode executar na definição do fluxo de trabalho antes de criar o fluxo de trabalho. Execute esses linters nos pipelines existentes para os quais você está migrando. HealthOmics

• WDL— Uma imagem pública do Amazon ECR para executar um linter WDL.

• Nextflow— Uma imagem pública do Amazon ECR para executar as regras do Linter para o Nextflow. Você pode acessar o código-fonte desse linter em. GitHub

• CWL— não disponível