HealthOmics saídas de execução

Quando uma execução de WDL ou CWL é concluída, as saídas incluem um arquivo de resumo de saída (no formato JSON) que lista todas as saídas produzidas pela execução. Você pode usar o arquivo de resumo de saída para estas finalidades:

• Determine programaticamente os arquivos de saída gerados pela execução.

• Valide se a execução produziu todas as saídas esperadas.

Execute o resumo da saída para a WDL

Quando uma execução da WDL é concluída, HealthOmics cria um arquivo de resumo de saída chamado. output.json

Para cada saída do fluxo de trabalho, há um key/value par correspondente no arquivo. A chave contém o nome do fluxo de trabalho e o nome da saída no seguinte formato:WorkflowName.output_name. Para uma saída de arquivo, o valor é um URI do S3 apontando para o local de saída no S3 em que o arquivo está armazenado. Para uma saída Array [File], o valor é uma matriz de S3 URIs.

O exemplo a seguir mostra o output.json arquivo de um fluxo de trabalho chamadoBWAMappingWorkflow.

{
  "BWAMappingWorkflow.bam_indexes": [
    "s3://omics-outputs/8886192/out/bam_indexes/0/pbmc8k_S1_L007_R1_001.sorted.bam.bai",
    "s3://omics-outputs/8886192/out/bam_indexes/1/pbmc8k_S1_L008_R1_001.sorted.bam.bai"
  ],
  "BWAMappingWorkflow.mapping_stats": "s3://omics-outputs/8886192/out/mapping_stats/genome_mapping_final_stats.txt",
  "BWAMappingWorkflow.merged_bam": "s3://omics-outputs/8886192/out/merged_bam/genome_mapping.merged.bam",
  "BWAMappingWorkflow.merged_bam_index": "s3://omics-outputs/8886192/out/merged_bam_index/genome_mapping.merged.bam.bai",
  "BWAMappingWorkflow.reference_index_tar": "s3://omics-outputs/8886192/out/reference_index_tar/reference_index.tar",
  "BWAMappingWorkflow.sorted_bams": [
    "s3://omics-outputs/8886192/out/sorted_bams/0/pbmc8k_S1_L007_R1_001.sorted.bam",
    "s3://omics-outputs/8886192/out/sorted_bams/1/pbmc8k_S1_L008_R1_001.sorted.bam"
  ],
  "BWAMappingWorkflow.unmapped_bams": [
    "s3://omics-outputs/8886192/out/unmapped_bams/0/pbmc8k_S1_L007_R1_001.unmapped.bam",
    "s3://omics-outputs/8886192/out/unmapped_bams/1/pbmc8k_S1_L008_R1_001.unmapped.bam"
  ]
}   

Se o fluxo de trabalho produzir saídas com tipos que não sejam de arquivo (como String, Int, Float ou Bool), o valor do campo será um primitivo JSON. Por exemplo:

{
  "MyWorkflow.my_int_ouput": 1,
  "MyWorkflow.my_bool_output": false,
    ...
}   

Execute o resumo da saída para CWL

Quando uma execução do CWL é concluída, HealthOmics cria um arquivo de resumo de saída nomeado outputs.json no seguinte local:

{my-S3outputpath}/{runId}/{run-uuid}/logs/outputs.json

O arquivo de resumo da saída inclui uma lista de saídas. Cada saída é um key/value par, em que a chave é o nome da saída. O valor é um objeto que inclui as seguintes propriedades:

• localização — O caminho totalmente qualificado para o arquivo de saída

• basename — A parte do nome do arquivo do caminho

• class — O tipo da saída, que normalmente é Arquivo

• size — O tamanho do arquivo em bytes

No exemplo a seguir, o arquivo output.json tem uma lista de dois arquivos de saída.

{
  "example_output": {
    "location": "{my-S3outputpath}/{runId}/{run-uuid}/out/output.txt",
    "basename": "output.txt",
    "class": "File",
    "size": 13
  },
  "another_output": {
    "location": "{my-S3outputpath}/{runId}/{run-uuid}/out/metrics.json",
    "basename": "metrics.json",
    "class": "File",
    "size": 256
  }
}