Crie uma versão do fluxo de trabalho

Ao criar uma nova versão de um fluxo de trabalho, você precisa especificar os valores de configuração para a nova versão. Ele não herda nenhum valor de configuração do fluxo de trabalho.

Ao criar a versão, forneça um nome de versão exclusivo para esse fluxo de trabalho. Você não pode alterar o nome depois de HealthOmics criar a versão.

O nome da versão deve começar com uma letra ou número e pode incluir letras maiúsculas e minúsculas, números, hífens, pontos e sublinhados. O tamanho máximo é de 64 caracteres. Por exemplo, você pode usar um esquema de nomenclatura simples, como versão1, versão2, versão3. Você também pode combinar suas versões de fluxo de trabalho com suas próprias convenções internas de controle de versão, como 2.7.0, 2.7.1, 2.7.2.

Opcionalmente, use o campo de descrição da versão para adicionar notas sobre essa versão. Por exemplo: Fix for syntax error in workflow definition.

nota

Não inclua nenhuma informação de identificação pessoal (PII) no nome da versão. Os nomes das versões aparecem no ARN da versão do fluxo de trabalho.

HealthOmics atribui um ARN exclusivo à versão do fluxo de trabalho. O ARN é exclusivo com base na combinação de ID do fluxo de trabalho e nome da versão.

Atenção

Depois de excluir uma versão do fluxo de trabalho, HealthOmics você pode reutilizar o nome da versão para uma versão diferente do fluxo de trabalho. A melhor prática é não reutilizar nomes de versões. Se você reutilizar um nome, o fluxo de trabalho e cada versão terão um UUID exclusivo que você pode usar como proveniência.

Crie uma versão do fluxo de trabalho usando o console

Etapas para criar um fluxo de trabalho

1. Abra o console de HealthOmics .

2. Selecione o painel de navegação (≡) no canto superior esquerdo e selecione Fluxos de trabalho privados.

3. Na página Fluxos de trabalho privados, escolha o fluxo de trabalho para a nova versão.

4. Na página de detalhes do fluxo de trabalho, escolha Criar nova versão.

5. Na página Criar versão, forneça as seguintes informações:

   1. Nome da versão: insira um nome para a versão do fluxo de trabalho que seja exclusivo em todo o fluxo de trabalho.

   2. Descrição da versão (opcional): você pode usar o campo de descrição para adicionar notas sobre essa versão.

6. No painel Definição do fluxo de trabalho, forneça as seguintes informações:

   1. Idioma do fluxo de trabalho (opcional): selecione o idioma de especificação para a versão do fluxo de trabalho. Caso contrário, HealthOmics determina o idioma a partir da definição do fluxo de trabalho.

   2. Para a fonte de definição do fluxo de trabalho, escolha importar a pasta de definição de um repositório baseado em Git, de um local do Amazon S3 ou de uma unidade local.

      1. Para importar de um serviço de repositório:

         nota

         HealthOmics suporta repositórios públicos e privados paraGitHub,,GitLab, BitbucketGitHub self-managed,GitLab self-managed.

         1. Escolha uma Conexão para conectar seus AWS recursos ao repositório externo. Para criar uma conexão, consulteConecte-se com repositórios de código externos.

            nota

            Os clientes da TLV região precisam criar uma conexão na região IAD (us-east-1) para criar um fluxo de trabalho.

         2. Em ID completa do repositório, insira sua ID do repositório como nome de usuário/nome do repositório. Verifique se você tem acesso aos arquivos neste repositório.

         3. Em Referência da fonte (opcional), insira uma referência da fonte do repositório (ramificação, tag ou ID do commit). HealthOmics usa a ramificação padrão se nenhuma referência de origem for especificada.

         4. Em Excluir padrões de arquivo, insira os padrões de arquivo para excluir pastas, arquivos ou extensões específicas. Isso ajuda a gerenciar o tamanho dos dados ao importar arquivos do repositório. Há no máximo 50 padrões, e os padrões devem seguir a sintaxe do padrão global. Por exemplo:

            1. tests/

            2. *.jpeg

            3. large_data.zip

      2. Para Selecionar pasta de definição do S3:

         1. Insira a localização do Amazon S3 que contém a pasta de definição de fluxo de trabalho compactada. O bucket do Amazon S3 deve estar na mesma região do fluxo de trabalho.

         2. Se sua conta não for proprietária do bucket do Amazon S3, insira o ID da AWS conta do proprietário do bucket no ID da conta do proprietário do bucket do S3. Essas informações são necessárias para que HealthOmics possamos verificar a propriedade do bucket.

      3. Para Selecionar pasta de definição de uma fonte local:

         1. Insira a localização da unidade local da pasta de definição de fluxo de trabalho compactada.

   3. Caminho do arquivo de definição do fluxo de trabalho principal (opcional): insira o caminho do arquivo da pasta de definição do fluxo de trabalho compactado ou do repositório para o main arquivo. Esse parâmetro não é necessário se houver somente um arquivo na pasta de definição do fluxo de trabalho ou se o arquivo principal tiver o nome “principal”.

7. No painel Configuração de armazenamento de execução padrão, forneça o tipo de armazenamento de execução padrão e a capacidade para execuções que usam esse fluxo de trabalho:

   1. Tipo de execução de armazenamento: escolha se deseja usar armazenamento estático ou dinâmico como padrão para o armazenamento de execução temporária. O padrão é armazenamento estático.

   2. Capacidade de armazenamento de execução (opcional): para o tipo de armazenamento de execução estática, você pode inserir a quantidade padrão de armazenamento de execução necessária para esse fluxo de trabalho. O valor padrão para esse parâmetro é 1200 GiB. Você pode substituir esses valores padrão ao iniciar uma execução.

8. Tags (opcional): você pode associar até 50 tags a essa versão do fluxo de trabalho.

9. Escolha Próximo.

10. Na página Adicionar parâmetros de fluxo de trabalho (opcional), selecione a fonte do parâmetro:

    1. Para Analisar do arquivo de definição do fluxo de trabalho, HealthOmics analisará automaticamente os parâmetros do fluxo de trabalho do arquivo de definição do fluxo de trabalho.

    2. Para Fornecer modelo de parâmetro do repositório Git, use o caminho para o arquivo de modelo de parâmetro do seu repositório.

    3. Em Selecionar arquivo JSON da fonte local, faça upload de um JSON arquivo de uma fonte local que especifique os parâmetros.

    4. Em Inserir manualmente os parâmetros do fluxo de trabalho, insira manualmente os nomes e as descrições dos parâmetros.

11. No painel de visualização de parâmetros, você pode revisar ou alterar os parâmetros dessa versão do fluxo de trabalho. Se você restaurar o JSON arquivo, perderá todas as alterações locais feitas.

12. Escolha Próximo.

13. Revise a configuração da versão e escolha Criar versão.

Quando a versão é criada, o console retorna à página de detalhes do fluxo de trabalho e exibe a nova versão na tabela Fluxos de trabalho e versões.

Crie uma versão do fluxo de trabalho usando a CLI

Você pode criar uma versão do fluxo de trabalho usando a operação CreateWorkflowVersion da API. Para parâmetros opcionais, HealthOmics usa os seguintes padrões:

Parameter	Padrão
Mecanismo	Determinado a partir da definição do fluxo de trabalho
Tipo de armazenamento	STATIC
Capacidade de armazenamento (para armazenamento estático)	1.200 GiB
Principal	Determinado com base no conteúdo da pasta de definição do fluxo de trabalho. Para obter detalhes, consulte HealthOmics requisitos de definição de fluxo de trabalho.
Aceleradores	nenhuma
Tags	nenhuma

O exemplo de CLI a seguir cria uma versão de fluxo de trabalho com armazenamento estático como armazenamento de execução padrão:

aws omics create-workflow-version \
--workflow-id 1234567  \
--version-name "my_version" \
--engine WDL \
--definition-zip fileb://workflow-crambam.zip \
--description "my version description" \
--main file://workflow-params.json \
--parameter-template file://workflow-params.json \
--storage-type='STATIC'   \
--storage-capacity 1200   \
--tags example123=string  \
--accelerators GPU

Se seu arquivo de definição de fluxo de trabalho estiver localizado em uma pasta do Amazon S3, insira o local usando o definition-uri parâmetro em vez de. definition-zip Para obter mais informações, consulte CreateWorkflowVersiona AWS HealthOmics API Reference.

Você recebe a seguinte resposta à create-workflow-version solicitação.

{
  "workflowId": "1234567",
  "versionName": "my_version",
  "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567/version/3",
  "status": "ACTIVE",
  "tags": {
    "environment": "production",
    "owner": "team-alpha"
  },
  "uuid": "0ac9a563-355c-fc7a-1b47-a115167af8a2"
}   

Crie uma versão do fluxo de trabalho usando um SDK

Você pode criar um fluxo de trabalho usando um dos SDKs.

O exemplo a seguir mostra como criar uma versão do fluxo de trabalho usando o SDK do Python.

import boto3

omics = boto3.client('omics')

with open('definition.zip', 'rb') as f:
   definition = f.read()

response = omics.create_workflow_version(
   workflowId='1234567',
   versionName='my_version',
   requestId='my_request_1'
   definitionZip=definition,
   parameterTemplate={ ... }
)     

Verificar o status de uma versão do fluxo de trabalho

Depois de criar sua versão do fluxo de trabalho, você pode verificar o status e visualizar outros detalhes do fluxo de trabalho usando get-workflow-version, conforme mostrado.

aws omics get-workflow-version 
--workflow-id 9876543
--version-name "my_version"

A resposta fornece detalhes do seu fluxo de trabalho, incluindo o status, conforme mostrado.

{
  "workflowId": "1234567",
  "versionName": "3.0.0",
  "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567/version/3.0.0",
  "status": "ACTIVE",
  "description": ...
  "uuid": "0ac9a563-355c-fc7a-1b47-a115167af8a2"
}   

Antes de iniciar uma execução com essa versão do fluxo de trabalho, o status deve ser transferido paraACTIVE.