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创建私有工作流程
使用 HealthOmics 控制台、 AWS CLI 命令或其中一个命令创建工作流程 AWS SDKs。
注意
请勿在工作流程名称中包含任何个人身份信息 (PII)。这些名称在 CloudWatch 日志中可见。
创建工作流程时，会为该工作流程 HealthOmics 分配一个通用唯一标识符 (UUID)。工作流程 UUID 是一个全局唯一标识符 (guid)，在工作流程和工作流程版本中都是唯一的。出于数据来源的目的，我们建议您使用工作流程 UUID 来唯一标识工作流程。
如果您的工作流程任务使用任何外部工具（可执行文件、库或脚本），则可以将这些工具构建到容器映像中。您可以通过以下选项来托管容器镜像：
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将容器镜像托管在 ECR 私有注册表中。此选项的先决条件：
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创建 ECR 私有存储库，或选择现有存储库。
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按中所述配置 ECR 资源策略。Amazon ECR 权限
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将您的容器镜像上传到私有存储库。
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将容器镜像与支持的第三方注册表的内容同步。此选项的先决条件：
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在 ECR 私有注册表中，为每个上游注册表配置一条直通缓存规则。有关更多信息，请参阅 镜像映射 。
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按中所述配置 ECR 资源策略。Amazon ECR 权限
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创建仓库创建模板。该模板定义了 Amazon ECR 何时为上游注册表创建私有存储库的设置。
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创建前缀映射以将工作流程定义中的容器映像引用重新映射到 ECR 缓存命名空间。
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使用控制台创建工作流程
创建工作流程的步骤
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如果需要，请打开左侧导航窗格 (►)。选择私有工作流程。
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在私有工作流程页面上，选择创建工作流程。
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在 “定义工作流程” 页面上，提供以下信息：
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工作流程名称：此工作流程的独特名称。我们建议您设置工作流程名称，以便在 AWS HealthOmics 控制台和 CloudWatch 日志中整理运行情况。
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描述（可选）：此工作流程的描述。
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在 “工作流定义” 面板中，提供以下信息：
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工作流语言（可选）：选择工作流程的规范语言。否则， HealthOmics 根据工作流程定义确定语言。
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对于工作流程定义源，请选择从基于 Git 的存储库、Amazon S3 位置或本地驱动器导入定义文件夹。
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对于从存储库服务导入：
注意
HealthOmics 支持、、GitHub、GitLabBitbucket、GitHub self-managed的公有和私有存储库GitLab self-managed。
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选择一个连接，将您的 AWS 资源连接到外部存储库。要创建连接，请参阅Connect 连接外部代码存储库。
注意
该TLV地区的客户需要在 IAD (us-east-1) 区域创建连接才能创建工作流程。
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在完整存储库 ID 中，输入您的存储库 ID 作为用户名/存储库名称。确认您有权访问此存储库中的文件。
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在源引用（可选）中，输入存储库源引用（分支、标签或提交 ID）。 HealthOmics 如果未指定源引用，则使用默认分支。
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在排除文件模式中，输入文件模式以排除特定的文件夹、文件或扩展名。这有助于在导入存储库文件时管理数据大小。最多有 50 个模式，并且模式必须遵循全局模式语法
。例如： -
tests/ -
*.jpeg -
large_data.zip
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对于从 S3 中选择定义文件夹：
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输入包含压缩工作流程定义文件夹的 Amazon S3 位置。Amazon S3 存储桶必须与工作流程位于同一区域。
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如果您的账户不拥有 Amazon S3 存储桶，请在 S3 存储桶拥有者的 AWS 账户 ID 中输入存储桶拥有者的账户 ID。为了验证存储桶所有权 HealthOmics ，必须提供此信息。
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对于从本地来源选择定义文件夹：
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输入压缩的工作流程定义文件夹的本地驱动器位置。
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工作流定义文件主路径（可选）：输入从压缩的工作流定义文件夹或存储库到该
main文件的文件路径。如果工作流定义文件夹中只有一个文件，或者主文件名为 “main”，则不需要此参数。
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在自述文件（可选）面板中，选择自述文件来源并提供以下信息：
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对于从存储库服务导入，在自述文件路径中，输入存储库中自述文件的路径。
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对于从 S3 中选择文件，在 S3 的自述文件中，输入自述文件的 Amazon S3 URI。
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对于 “从本地来源选择文件：在自述文件-可选” 中，选择 “选择文件” 以选择要上传的 markdown (.md) 文件。
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在默认运行存储配置面板中，为使用此工作流程的运行提供默认的运行存储类型和容量：
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运行存储类型：选择使用静态存储还是动态存储作为临时运行存储的默认存储空间。默认为静态存储。
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运行存储容量（可选）：对于静态运行存储类型，您可以输入此工作流程所需的默认运行存储量。此参数的默认值为 1200 GiB。开始运行时，您可以覆盖这些默认值。
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标签（可选）：您最多可以将 50 个标签与该工作流程相关联。
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选择下一步。
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在添加工作流程参数（可选）页面上，选择参数来源：
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对于从工作流定义文件解析， HealthOmics 将自动解析工作流定义文件中的工作流参数。
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对于从 Git 存储库提供参数模板，请使用仓库中参数模板文件的路径。
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对于从本地源选择 JSON JSON 文件，请从本地源上传指定参数的文件。
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对于手动输入工作流参数，请手动输入参数名称和描述。
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在参数预览面板中，您可以查看或更改此工作流程版本的参数。如果恢复该JSON文件，则您所做的任何本地更改都将丢失。
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选择下一步。
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在容器 URI 重新映射页面的映射规则面板中，您可以为工作流程定义 URI 映射规则。
在 “映射文件来源” 中，选择以下选项之一：
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无-无需映射规则。
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从 S3 中选择 JSON 文件-为映射文件指定 S3 位置。
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从本地源选择 JSON 文件-指定本地设备上的映射文件位置。
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手动输入映射 -在 “映射” 面板中输入注册表映射和映像映射。
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控制台将显示 “映射” 面板。如果您选择了映射源文件，则控制台会显示该文件中的值。
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在注册表映射中，您可以编辑映射或添加映射（最多 20 个注册表映射）。
每个注册表映射都包含以下字段：
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上游注册表 URL-上游注册表的 URI。
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ECR 存储库前缀 — Amazon ECR 私有存储库中使用的存储库前缀。
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（可选）上游存储库前缀-上游注册表中存储库的前缀。
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（可选）ECR 账户 ID-拥有上游容器映像的账户的账户 ID。
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在图像映射中，您可以编辑图像映射或添加映射（最多 100 个图像映射）。
每个图像映射都包含以下字段：
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源图像-指定上游注册表中源图像的 URI。
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目标图片 — 指定私有 Amazon ECR 注册表中相应图像的 URI。
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选择下一步。
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查看工作流程配置，然后选择创建工作流程。
使用 CLI 创建工作流程
定义工作流程和参数后，可以使用 CLI 创建工作流程，如下所示。
aws omics create-workflow \ --name "my_workflow" \ --definition-zip fileb://my-definition.zip \ --parameter-template file://my-parameter-template.json
如果您的工作流程定义文件位于 Amazon S3 文件夹中，请改用definition-uri参数输入该位置definition-zip。有关更多信息，请参阅 AWS HealthOmics API 参考CreateWorkflow中的。
该create-workflow请求的响应如下：
{ "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:....", "id": "1234567", "status": "CREATING", "tags": { "resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:...." }, "uuid": "64c9a39e-8302-cc45-0262-2ea7116d854f" }
创建工作流程时要使用的可选参数
创建工作流程时，您可以指定任何可选参数。有关语法的详细信息，请参阅 AWS HealthOmics API 参考CreateWorkflow中的。
配置直通缓存映射参数
如果您使用的是 Amazon ECR 直通缓存映射功能，则可以覆盖默认映射。有关容器设置参数的更多信息，请参阅私有工作流程的容器镜像。
在以下示例中，文件mappings.json包含以下内容：
{ "registryMappings": [ { "upstreamRegistryUrl": "registry-1.docker.io", "ecrRepositoryPrefix": "docker-hub" }, { "upstreamRegistryUrl": "quay.io", "ecrRepositoryPrefix": "quay", "accountId": "123412341234" }, { "upstreamRegistryUrl": "public.ecr.aws", "ecrRepositoryPrefix": "ecr-public" } ], "imageMappings": [{ "sourceImage": "docker.io/library/ubuntu:latest", "destinationImage": "healthomics-docker-2/custom/ubuntu:latest", "accountId": "123412341234" }, { "sourceImage": "nvcr.io/nvidia/k8s/dcgm-exporter", "destinationImage": "healthomics-nvidia/k8s/dcgm-exporter" } ] }
在创建工作流命令中指定映射参数：
aws omics create-workflow \ ... --container-registry-map-file file://mappings.json ...
您也可以指定映射参数文件的 S3 位置：
aws omics create-workflow \ ... --container-registry-map-uri s3://amzn-s3-demo-bucket1/test.zip ...
指定definition-uri参数
如果要包括多个工作流定义文件，请使用main参数指定哪个文件是工作流程的主定义文件。
如果您已将工作流程定义文件上传到 Amazon S3 文件夹，请使用definition-uri参数指定位置，如以下示例所示。如果您的账户不拥有 Amazon S3 存储桶，请提供所有者的 AWS 账户 ID。
aws omics create-workflow \ --name Test \ --definition-uri s3://omics-bucket/workflow-definition/ \ --owner-id 123456789012 ...
指定main定义文件
如果您要包括多个工作流定义文件，请使用main参数为您的工作流程指定主定义文件。
aws omics create-workflow \ --name Test \ --main multi_workflow/workflow2.wdl \ ...
使用运行存储参数
您可以指定默认的运行存储类型（动态或静态）和运行存储容量（静态存储所必需的）。有关运行存储类型的更多信息，请参阅在 HealthOmics 工作流程中运行存储类型。
aws omics create-workflow \ --name my_workflow \ --definition-zip fileb://my-definition.zip \ --parameter-template file://my-parameter-template.json \ --storage-type 'STATIC' \ --storage-capacity 1200 \
使用 accelerators 参数
使用 accelerators 参数创建在加速计算实例上运行的工作流程。以下示例说明如何使用该accelerators参数。您可以在工作流程定义中指定 GPU 配置。请参阅加速计算实例。
aws omics create-workflow --name\ --definition-uri s3://amzn-s3-demo-bucket1/GPUWorkflow.zip \ --accelerators GPUworkflow name
使用 SDK 创建工作流程
您可以使用其中一个来创建工作流程 SDKs。以下示例展示了如何使用 Python 开发工具包创建工作流程
import boto3 omics = boto3.client('omics') with open('definition.zip', 'rb') as f: definition = f.read() response = omics.create_workflow( name='my_workflow', definitionZip=definition, parameterTemplate={ ... } )
