将 HealthOmics 读取集导出到 Amazon S3 存储桶

您可以将读取集作为批量导出任务导出到 Amazon S3 存储桶。为此，请先创建一个具有存储桶写入权限的 IAM 策略，类似于以下 IAM 策略示例。

JSON

{
  "Version": "2012-10-17",
  "Statement": [
    {
      "Effect": "Allow",
      "Action": [
        "s3:PutObject",
        "s3:GetBucketLocation"
      ],
      "Resource": [
        "arn:aws:s3:::amzn-s3-demo-bucket1",
        "arn:aws:s3:::amzn-s3-demo-bucket1/*"
      ]
    }
  ]
}                    

JSON

{
"Version": "2012-10-17",
"Statement": [
  {
      "Effect": "Allow",
      "Principal": {
          "Service": [
              "omics.amazonaws.com"
          ]
      },
      "Action": "sts:AssumeRole"
  }
]
}                  

IAM 策略到位后，开始您的读取集导出任务。以下示例向您展示了如何使用 start-read-set-export-job API 操作来执行此操作。在以下示例中，将所有参数（例如、sequence store IDdestinationrole ARNsources、和）替换为您的输入。

aws omics start-read-set-export-job 
--sequence-store-id sequence store id \
--destination valid s3 uri \
--role-arn role ARN \
--sources readSetId=read set id_1 readSetId=read set id_2                    

您会收到以下响应，其中包含有关源序列存储和目标 Amazon S3 存储桶的信息。

{
"id": <job-id>,
"sequenceStoreId": <sequence-store-id>,
"destination": <destination-s3-uri>,
"status": "SUBMITTED",
"creationTime": "2022-10-22T01:33:38.079000+00:00"
}                    

作业启动后，您可以使用 get-read-set-export-job API 操作确定其状态，如下所示。将sequence store ID和job ID分别替换为您的序列存储 ID 和作业 ID。

aws omics get-read-set-export-job --id job-id --sequence-store-id sequence store ID

您可以使用 list-read-set-export-jobs API 操作查看为序列存储初始化的所有导出作业，如下所示。sequence store ID用您的序列存储 ID 替换。

aws omics list-read-set-export-jobs --sequence-store-id sequence store ID.

{
"exportJobs": [
  {
      "id": <job-id>,
      "sequenceStoreId": <sequence-store-id>,
      "destination": <destination-s3-uri>,
      "status": "COMPLETED",
      "creationTime": "2022-10-22T01:33:38.079000+00:00",
      "completionTime": "2022-10-22T01:34:28.941000+00:00"
  }
]
}        

除了导出读取集外，您还可以使用 Amazon S3 访问权限共享读取集 URIs。要了解更多信息，请参阅使用 Amazon S3 访问 HealthOmics 读取集 URIs。