运行缓存的内容 - AWS HealthOmics

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运行缓存的内容

HealthOmics 在 S3 存储桶中使用以下结构组织运行缓存：

s3://{cache.S3location}/{cache.uuid}/runID/taskID/{cacheentry.uuid}/

cache.uuid 是缓存的全局唯一 ID。cacheentry.uuid 是缓存任务的全局唯一 uuid。 HealthOmics 将 uuid 分配给缓存和任务。

对于所有工作流引擎，缓存都包含以下文件：

  • {cacheentryuuid}.json文件 — HealthOmics 创建此清单文件，其中包含有关缓存的信息，包括缓存中所有项目的列表和缓存版本。

  • 任务输出文件-每个任务输出由任务定义的一个或多个文件组成。

对于使用 Nextflow 的工作流程，Nextflow 引擎会在缓存中创建以下其他文件：

  • command.out文件 — 此文件包含任务执行标准输出内容。

  • .exitcode文件 — 此文件包含任务退出代码（整数）。

注意

如果要访问运行缓存中的中间任务文件以进行高级故障排除，请在工作流程定义中将这些文件声明为任务输出。