中的工作流程提示 HealthOmics

创建工作流程后，我们建议您在开始第一次运行之前对该工作流程运行 linter。linter 会检测可能导致运行失败的错误。

对于 WDL，在创建工作流程时 HealthOmics 会自动运行 linter。linter 输出可在get-workflow响应的statusMessage字段中找到。使用以下 CLI 命令检索状态输出（使用您创建的 WDL 工作流程的工作流 ID）：

aws omics get-workflow 
   —id 123456 
   —query 'statusMessage' 

HealthOmics 提供了可以在创建工作流程之前在工作流程定义上运行的 linter。在要迁移到的现有管道上运行这些 linter。 HealthOmics

• WDL— 用于运行 WDL l inter 的公共 Amazon ECR 镜像。

• Nextflow— 用于运行 Nextflow 的 Linter 规则的公开 Amazon ECR 镜像。您可以从GitHub中访问此 linter 的源代码。

• CWL— 不可用