運作方式使用案例任務層級執行時間欄位 WDL 範例每個設定檔欄位參考逾時行為環境變數驗證條件與重試的互動最佳實務限制

進階資源組態

使用 omicsResourceFallbackOrder指令，您可以為工作流程中的任務宣告資源（例如加速器和 CPU) 設定檔的排序清單。您可以在任務層級指定此指令。HealthOmics 會依您指定的順序搜尋每個設定檔，以保留可用性。如果在等待逾時內無法使用容量，HealthOmics 會移至清單中的下一個資源設定檔。

當您偏好的加速器容量（例如 G6e 搭配 nvidia-l40s) 無法使用，而且您寧願回到不同的加速器類型或 CPU，也不想讓執行失敗時，這很有用。

運作方式

您可以在 omicsResourceFallbackOrder指令中定義資源描述檔的排序清單。
在執行時間，HealthOmics 會嘗試為清單中的第一個設定檔保留容量。
如果在等待逾時期間內無法使用容量，HealthOmics 會移至下一個設定檔。
任務會先於任何設定檔成功執行。
如果清單中的所有設定檔都失敗，任務會失敗，原因為 ALL_PROFILES_INSTANCE_RESERVATION_FAILED。當所有設定檔都無法使用時，不會套用任何引擎重試。

注意

omicsResourceFallbackOrder 會取代任務的一般 acceleratorType、acceleratorCount、memory、 cpu和 omicsResourceWaitTimeoutInMin 欄位。當指令存在時，這些不得在頂層設定。

使用案例

案例	說明
GPU 對 GPU 備用	依優先順序列出加速器（或 GPU) 類型。例如，`nvidia-l40s`請先嘗試，然後返回 `nvidia-l4`。如果跨加速器類型的工作負載相同，則不需要變更命令。
GPU 到 CPU 備用	新增只acceleratorType省略 CPU 後端的最終設定檔。使用 AWS_HEALTHOMICS_RESOURCE_TYPE環境變數，依資源類型分支命令。

任務層級執行時間欄位

使用時omicsResourceFallbackOrder，任務層級執行期欄位分為兩組：

每個設定檔欄位 (acceleratorType、acceleratorCount、cpu、memory、omicsResourceWaitTimeoutInMin) — 可針對清單中的每個設定檔獨立設定。
共用欄位 （所有其他執行時間欄位，例如 docker、maxRetries) — 在頂層設定一次，並對每個設定檔套用相同的方式。

WDL 範例

下列 WDL 任務會nvidia-l40s先搜尋（等待容量最多 45 分鐘），然後 nvidia-l4（預設等待時段），如果沒有可用的加速器類型，則會回到僅限 CPU 設定檔 (32 vCPUs，128 GiB)。


task align {
  command <<<
    # Branch based on which resource type was allocated
    if [ "$AWS_HEALTHOMICS_RESOURCE_TYPE" = "cpu" ]; then
      sentieon bwa mem -t 32 ~{reference} ~{fastq}
    else
      pbrun fq2bam --ref ~{reference} --in-fq ~{fastq}
    fi
  >>>

  runtime {
    docker: "my-registry/align-multi-arch:latest"
    maxRetries: 2

    omicsResourceFallbackOrder: [
      {"acceleratorType": "nvidia-l40s", "acceleratorCount": 1,
       "cpu": 8, "memory": "32 GiB",
       "omicsResourceWaitTimeoutInMin": 45},

      {"acceleratorType": "nvidia-l4", "acceleratorCount": 1,
       "cpu": 8, "memory": "32 GiB"},

      {"cpu": 32, "memory": "128 GiB"}
    ]
  }
}

在此範例中，會AWS_HEALTHOMICS_RESOURCE_TYPE告知命令已選取哪個資源路徑（例如， "nvidia-l40s"或 "cpu")。

注意

如果您的備用順序包含 CPU 設定檔，Docker 映像必須同時支援加速器和 CPU 程式碼路徑。確保您的容器包含清單中所有資源設定檔的必要工具。

每個設定檔欄位參考

omicsResourceFallbackOrder 清單中的每個項目都是描述一個資源設定檔的映射。所有欄位都是選用的；設定檔可以是部分規格。每個設定檔都必須使用引號（字串）金鑰。

欄位	Type	省略時的預設值	備註
`acceleratorType`	String	未指定時，設定檔會被視為 CPU	必須是 7 種支援的加速器類型之一。請參閱 HealthOmics 工作流程定義中的任務加速器。省略此欄位以指定僅限 CPU 的設定檔。對於 CPU 設定檔，請勿將其設定為 `""`。
`acceleratorCount`	Integer	當也不存在 `acceleratorType` 時，欄位不存在	必須與一起指定`acceleratorType`。一個描述檔不能有一個沒有另一個描述檔的描述檔。
`cpu`	整數或浮點數	1 個 vCPU，如果 GPU 設定檔省略，則預設為 GPU 執行個體類型	四捨五入至最接近的整個 vCPU （最少 1)。與最上層runtime.cpu指令相同的分數支援。
`memory`	字串（例如，`"32 GiB"`)	1 GiB，如果 GPU 設定檔省略，則為 GPU 執行個體類型預設值	與最上層runtime.memory指令相同的格式。
`omicsResourceWaitTimeoutInMin`	Integer	單一 GPU 加速器套件 20 分鐘，多 GPU 加速器套件 30 分鐘。這些也是建議的最小值。	沒有上限。控制 HealthOmics 在移至下一個設定檔之前搜尋一個設定檔的時間長度。請參閱逾時行為。

注意

省略的欄位會採用預設值，而不是從清單中先前描述檔繼承的值。離開設定檔的欄位會採用其記錄的預設值（如上表所示），而不是從清單中先前設定檔複製的值。

逾時行為

omicsResourceWaitTimeoutInMin 控制 HealthOmics 在進入下一個設定檔之前，在指定設定檔上等待加速器容量的時間長度。

每個設定檔，而非全域。每個加速器設定檔都可以指定自己的逾時。設定較長的偏好高階加速器等待時間，以及較短的備用類型等待時間。
建議最短 20 分鐘。接受低於 20 分鐘的值（多 GPU 套件為 30)，但會產生驗證警告。
逾時會提前，不會失敗。當逾時過後，HealthOmics 會移至下一個設定檔 — 任務不會失敗。只有在所有設定檔都用盡之後，才會發生失敗。
不適用於僅限 CPU 的設定檔。CPU 設定檔沒有容量限制。省略最終 CPU 設定檔omicsResourceWaitTimeoutInMin上的。
重試會收到新的逾時時段。每個 OOM 或服務錯誤重試都會在相同的設定檔上開始自己的完整omicsResourceWaitTimeoutInMin時段，而不是繼承先前嘗試已花費的時間。

環境變數

HealthOmics 會在任務容器中設定下列環境變數，讓您的命令可以根據配置的資源設定檔進行分支：

變數	Value	範例值
`AWS_HEALTHOMICS_RESOURCE_TYPE`	作用中設定檔`acceleratorType`的，或僅限 CPU 設定檔`"cpu"`的。	`"nvidia-l40s"`, `"nvidia-l4"`, `"cpu"`

驗證條件

HealthOmics 在工作流程建立時間驗證下列項目，並在任務執行時間重新檢查。除非另有說明，否則所有規則都會拒絕工作流程或任務。

無法與個別資源指令混合。如果omicsResourceFallbackOrder指定，則omicsResourceWaitTimeoutInMin不得在相同的任務中指定頂層 acceleratorType、memory、、 acceleratorCount cpu和。
必須是清單。 omicsResourceFallbackOrder 必須寫入為設定檔陣列。
不能為空。清單必須至少包含一個設定檔。
需要引用的金鑰。每個欄位名稱必須是引號字串，例如 {"acceleratorType": "nvidia-l4", "acceleratorCount": 1}。Bareword 金鑰驗證失敗。
非空白設定檔。不允許空白設定檔 ({})。
acceleratorType 和 acceleratorCount 一起進行。設定設定檔的設定檔必須設定另一個設定檔。CPU 設定檔必須同時省略兩者。
僅限支援的加速器類型。 acceleratorType 必須是支援的加速器類型或省略 (CPU 設定檔）。"" 不接受空白字串。
最短等待逾時。omicsResourceWaitTimeoutInMin建議值為 ≥ 20 分鐘（多 GPU 套件則為 ≥ 30)。
重複的設定檔（僅警告）。允許重複的設定檔，但會產生警告。請考慮改為在舊版設定檔omicsResourceWaitTimeoutInMin上增加。
無法辨識的欄位遭拒。僅允許以上列出的五個每個設定檔欄位。
正確的類型。例如， cpu 必須是數字，而不是字串。
最多一個 CPU 設定檔。僅允許省略一個設定檔acceleratorType。
每個任務最多 10 個設定檔。

與重試的互動

對於Out-of-Memory(OOM) 和服務錯誤 (5xx，不包括 ALL_PROFILES_INSTANCE_RESERVATION_FAILED)，HealthOmics 會重試任務，如下所示：

重試會在先前已成功保留的目前作用中設定檔內發生。
重試永遠不會以遞迴順序前進到下一個設定檔。
耗盡任務的重試maxRetries會失敗。

如需 HealthOmics 中任務重試的詳細資訊，請參閱任務重試。

注意

如果第一次引擎嘗試時所有設定檔都用盡，而沒有執行個體保留，則引擎會失敗任務，然後執行狀態為 ALL_PROFILES_INSTANCE_RESERVATION_FAILED。即使您已設定重試，HealthOmics 也不會為此錯誤碼重試。建議您omicsResourceWaitTimeoutInMin適當地調整。

最佳實務

避免依遞迴順序排列的多 GPU 套件類型。不建議在內使用跨越多個執行個體系列的加速器類型（例如 nvidia-t4-a10g-l4)omicsResourceFallbackOrder。請改用單一系列類型。如需可用加速器類型的詳細資訊，請參閱 HealthOmics 工作流程定義中的任務加速器。
設定適當的等待逾時。對於高優先順序加速器設定檔，請增加 omicsResourceWaitTimeoutInMin ，讓 HealthOmics 有更多時間尋找容量。
最後放置 CPU 設定檔。如果您包含僅限 CPU 的備用，它必須是最後一個項目，以便在可用時偏好加速器。
使用多架構容器映像。使用 GPU 進行 CPU 備用時，請確定您的 Docker 映像同時支援 GPU 加速和僅限 CPU 的程式碼路徑。

限制

omicsResourceFallbackOrder scatter區塊中不支援。它只能在任務層級使用。
自 GA 啟動日期起，僅支援 WDL。已規劃 Nextflow 和 CWL 支援。
執行個體類型名稱（例如 omics.g6e.4xlarge) 不接受做為資源值。您必須使用此頁面所述的每個設定檔欄位語法。

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文件慣用形式

任務加速器

WDL 詳細資訊