從工作流程定義參考基因體檔案

HealthOmics 參考存放區物件可以使用如下的 URI 來參考。在指示reference ID的地方使用您自己的 reference store ID、 account ID和 。

omics://account ID.storage.us-west-2.amazonaws.com/reference store id/reference/id            

有些工作流程需要參考基因體的 SOURCE和 INDEX 檔案。先前的 URI 是預設的短格式，並將預設為 SOURCE 檔案。若要指定任一檔案，您可以使用長 URI 表單，如下所示。

omics://account ID.storage.us-west-2.amazonaws.com/reference store id/reference/id/source
omics://account ID.storage.us-west-2.amazonaws.com/reference store id/reference/id/index

使用序列讀取集會有類似的模式，如下所示。

aws omics create-workflow \
     --name workflow name \
     --main sample workflow.wdl \
     --definition-uri omics://account ID.storage.us-west-2.amazonaws.com/sequence_store_id/readSet/id \
     --parameter-template file://parameters_sample_description.json 

有些讀取集，例如以 FASTQ 為基礎的讀取集，可以包含配對的讀取。在下列範例中，它們稱為 SOURCE1 和 SOURCE2。BAM 和 CRAM 等格式只會有 SOURCE1 檔案。有些讀取集將包含 INDEX 檔案，例如 bai或 crai 檔案。上述 URI 是預設的簡短格式，預設為 SOURCE1 檔案。若要指定確切的檔案或索引，您可以使用長 URI 表單，如下所示。

omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>/source1
omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>/source2
omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>/index

以下是使用兩個 Omics 儲存 URIs 的輸入 JSON 檔案範例。

{
   "input_fasta": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<reference_store_id>/reference/<id>",
   "input_cram": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>"
}   

將 --inputs file://<input_file.json>新增至您的開始執行請求 AWS CLI ，以參考 中的輸入 JSON 檔案。