將 HealthOmics 讀取集匯出至 Amazon S3 儲存貯體

您可以將讀取集匯出為批次匯出任務到 Amazon S3 儲存貯體。若要這麼做，請先建立具有 儲存貯體寫入存取權的 IAM 政策，類似於下列 IAM 政策範例。

JSON

{
  "Version": "2012-10-17",
  "Statement": [
    {
      "Effect": "Allow",
      "Action": [
        "s3:PutObject",
        "s3:GetBucketLocation"
      ],
      "Resource": [
        "arn:aws:s3:::amzn-s3-demo-bucket1",
        "arn:aws:s3:::amzn-s3-demo-bucket1/*"
      ]
    }
  ]
}                    

JSON

{
"Version": "2012-10-17",
"Statement": [
  {
      "Effect": "Allow",
      "Principal": {
          "Service": [
              "omics.amazonaws.com"
          ]
      },
      "Action": "sts:AssumeRole"
  }
]
}                  

IAM 政策就緒後，開始您的讀取集匯出任務。下列範例示範如何使用 start-read-set-export-job API 操作來執行此操作。在下列範例中，以您的輸入取代所有參數，例如 sources、、 sequence store ID destination role ARN和 。

aws omics start-read-set-export-job 
--sequence-store-id sequence store id \
--destination valid s3 uri \
--role-arn role ARN \
--sources readSetId=read set id_1 readSetId=read set id_2                    

您會收到下列回應，其中包含原始伺服器序列存放區和目的地 Amazon S3 儲存貯體的資訊。

{
"id": <job-id>,
"sequenceStoreId": <sequence-store-id>,
"destination": <destination-s3-uri>,
"status": "SUBMITTED",
"creationTime": "2022-10-22T01:33:38.079000+00:00"
}                    

任務開始後，您可以使用 get-read-set-export-job API 操作來判斷其狀態，如下所示。將 sequence store ID和 分別取代job ID為您的序列存放區 ID 和任務 ID。

aws omics get-read-set-export-job --id job-id --sequence-store-id sequence store ID

您可以使用 list-read-set-export-jobs API 操作來檢視序列存放區初始化的所有匯出任務，如下所示。將 取代sequence store ID為您的序列存放區 ID。

aws omics list-read-set-export-jobs --sequence-store-id sequence store ID.

{
"exportJobs": [
  {
      "id": <job-id>,
      "sequenceStoreId": <sequence-store-id>,
      "destination": <destination-s3-uri>,
      "status": "COMPLETED",
      "creationTime": "2022-10-22T01:33:38.079000+00:00",
      "completionTime": "2022-10-22T01:34:28.941000+00:00"
  }
]
}        

除了匯出您的讀取集之外，您也可以使用 Amazon S3 存取 URIs 來共用它們。如需進一步了解，請參閱使用 Amazon S3 URIs 存取 HealthOmics 讀取集。