HealthOmics 工作流程定義中的任務資源

在工作流程定義中，為每個任務定義下列項目：

• 任務的容器映像。如需詳細資訊，請參閱私有工作流程的容器映像。

• 任務所需的 CPUs 和記憶體數量。如需詳細資訊，請參閱HealthOmics 任務的運算和記憶體需求。

• 啟用執行/tmp時，任務可在 使用的選用每個任務暫時性儲存。如需詳細資訊，請參閱HealthOmics 工作流程任務的暫時性儲存。

HealthOmics 提供執行中所有任務都可以存取的執行儲存體。如需詳細資訊，請參閱在 HealthOmics 工作流程中執行儲存類型。

WDL

task my_task {
   runtime {
      container: "<aws-account-id>.dkr.ecr.<aws-region>.amazonaws.com/<image-name>"
      cpu: 2
      memory: "4 GB"
      disks: "100 GiB"                 # optional
   }
   ...
}          

對於 WDL 工作流程，HealthOmics 會針對因服務錯誤而失敗的任務嘗試最多兩次重試 (API 請求會傳回 5XX HTTP 狀態碼）。如需任務重試的詳細資訊，請參閱 任務重試。

您可以在 WDL 定義檔案中為任務指定下列組態，以選擇退出重試行為：

runtime {
   preemptible: 0
}           

NextFlow

process my_task {
   container "<aws-account-id>.dkr.ecr.<aws-region>.amazonaws.com/<image-name>"
   cpus 2
   memory "4 GiB"
   disk '100 GB'                       // optional
   ...
}          

CWL

cwlVersion: v1.2
class: CommandLineTool
requirements:
    DockerRequirement:
        dockerPull: "<aws-account-id>.dkr.ecr.<aws-region>.amazonaws.com/<image-name>"
    ResourceRequirement:
        coresMax: 2
        ramMax: 4000 # specified in mebibytes
        tmpdirMin: 102400 # 100 gibibytes expressed in mebibytes