引擎特定的快取功能

HealthOmics 會嘗試跨工作流程引擎提供一致的呼叫快取實作。根據每個工作流程引擎如何處理特定案例，有一些差異：

• 下一個流程

  • 無法保證能夠跨不同的 Nextflow 版本進行快取。例如，如果您在 v23.10.0 中執行任務，並在 v24.10.8 中執行相同的任務，HealthOmics 可能會將第二個執行視為快取遺漏。

  • 您可以使用快取false指令關閉個別任務的快取。如需此指令的相關資訊，請參閱 Nextflow 規格中的處理程序。

  • HealthOmics 使用 Nextflow 寬鬆模式，但不支援深度快取模式。

  • 如果您在任務的輸入 S3 路徑中使用 glob 模式，快取會評估每個個別 S3 物件。如果您新增物件，HealthOmics 只會重新計算使用新物件的任務。

  • HealthOmics 不會快取任務重試。此行為與 Nextflow 的預設行為一致。

• WDL

  • 當您使用 WDL 工作流程的開發版本時，HealthOmics 支援新的輸入「目錄」類型。對於呼叫快取，如果目錄中的任何物件變更，HealthOmics 會重新計算輸入目錄的所有任務。

  • HealthOmics 支援任務層級快取，但不支援工作流程層級快取。

• CWL

  • 來自任務的常數輸出不會從資訊清單中明確顯示。HealthOmics 會將常數輸出快取為中繼檔案。