HealthOmics 工作流程定義語言的版本支援 - AWS HealthOmics
WDL 版本支援CWL 版本支援Nextflow 版本支援

本文為英文版的機器翻譯版本，如內容有任何歧義或不一致之處，概以英文版為準。

HealthOmics 工作流程定義語言的版本支援

HealthOmics 支援以 Nextflow、WDL 或 CWL 撰寫的工作流程定義檔案。下列各節提供有關 HealthOmics 版本支援這些語言的資訊。

WDL 版本支援

HealthOmics 支援版本 1.0、1.1 和 WDL 規格的開發版本。

每個 WDL 文件都必須包含版本陳述式，以指定其遵循的規格版本 （主要和次要）。如需版本的詳細資訊，請參閱 WDL 版本控制

WDL 規格的 1.0 和 1.1 版不支援 Directory類型。若要將 Directory類型用於輸入或輸出，請在檔案development的第一行將版本設定為 ：

version development  # first line of .wdl file
     ... remainder of the file ...

CWL 版本支援

HealthOmics 支援 CWL 語言的 1.0、1.1 和 1.2 版。

您可以在 CWL 工作流程定義檔案中指定語言版本。如需 CWL 的詳細資訊，請參閱 CWL 使用者指南

Nextflow 版本支援

HealthOmics 支援三個 Nextflow 穩定版本。Nextflow 通常會每六個月發行一個穩定的版本。HealthOmics 不支援每月的「邊緣」版本。

HealthOmics 支援每個版本中發行的功能，但不支援預覽功能。

支援的版本

HealthOmics 支援下列 Nextflow 版本：

  • Nextflow v22.04.01 DSL 1 和 DSL 2

  • Nextflow v23.10.0 DSL 2 （預設）

  • Nextflow v24.10.8 DSL 2

若要將工作流程遷移至最新支援的版本 (v24.10.8)，請遵循 Nextflow 升級指南。

從 Nextflow v23 遷移到 v24 時有一些重大變更，如 Nextflow 遷移指南的以下章節所述：

偵測和處理 Nextflow 版本

HealthOmics 會偵測您指定的 DSL 版本和 Nextflow 版本。它會根據這些輸入自動決定要執行的最佳 Nextflow 版本。

DSL 版本

HealthOmics 會在工作流程定義檔案中偵測請求的 DSL 版本。例如，您可以指定：nextflow.enable.dsl=2。

HealthOmics 預設支援 DSL 2。如果您的工作流程定義檔案中指定 ，它會提供與 DSL 1 的回溯相容性。

  • 如果您指定 DSL 2，HealthOmics 會執行 Nextflow v23.10.0，除非您指定 Nextflow v22.04.0 或 v24.10.8。

  • 如果您指定 DSL 1，HealthOmics 會執行 Nextflow v22.04 DSL1 （唯一支援執行 DSL 1 的版本）。

  • 如果您未指定 DSL 版本，或 HealthOmics 因任何原因無法剖析 DSL 資訊 （例如工作流程定義檔案中的語法錯誤），HealthOmics 會預設為 DSL 2 並執行 Nextflow v23.10.0。

  • 若要將工作流程從 DSL 1 升級到 DSL 2，以利用最新的 Nextflow 版本和軟體功能，請參閱從 DSL 1 遷移。

Nextflow 版本

如果您提供此檔案，HealthOmics 會在 Nextflow 組態檔案 (nextflow.config) 中偵測請求的 Nextflow 版本。我們建議您在檔案結尾新增 nextflowVersion子句，以避免來自包含組態的任何意外覆寫。如需詳細資訊，請參閱 Nextflow 組態。

您可以使用下列語法指定 Nextflow 版本或一系列版本：

   // exact match
   manifest.nextflowVersion = '1.2.3'   
            
   // 1.2 or later (excluding 2 and later)
   manifest.nextflowVersion = '1.2+'         
            
   // 1.2 or later
   manifest.nextflowVersion = '>=1.2'
            
   // any version in the range 1.2 to 1.5
   manifest.nextflowVersion = '>=1.2, <=1.5' 
            
   // use the "!" prefix to stop execution if the current version 
   // doesn't match the required version.
   manifest.nextflowVersion = '!>=1.2'

HealthOmics 會處理 Nextflow 版本資訊，如下所示：

  • 如果您使用 = 來指定 HealthOmics 支援的確切版本，HealthOmics 會使用該版本。

  • 如果您使用 !指定確切的版本或不支援的版本範圍，HealthOmics 會引發例外狀況並使執行失敗。如果您想要嚴格處理版本請求，請考慮使用此選項，如果請求包含不支援的版本，則快速失敗。

  • 如果您指定某個版本範圍，HealthOmics 會使用該範圍中最新的支援版本，除非該範圍包含 v24.10.8。在此情況下，HealthOmics 會提供較舊版本的偏好設定。例如，如果範圍同時涵蓋 v23.10.0 和 v24.10.8，HealthOmics 會選擇 v23.10.0。

  • 如果沒有請求的版本，或者請求的版本無效或因任何原因無法剖析：

    • 如果您指定 DSL 1，HealthOmics 會執行 Nextflow v22.04。

    • 否則，HealthOmics 會執行 Nextflow v23.10.0。

您可以擷取 HealthOmics 用於每次執行的 Nextflow 版本相關資訊：

  • 執行日誌包含 HealthOmics 用於執行之實際 Nextflow 版本的相關資訊。

  • HealthOmics 會在執行日誌中新增警告，如果沒有與您請求的版本直接相符，或者需要使用與您指定的版本不同的版本。

  • 對 GetRun API 操作的回應包含欄位 (engineVersion)，其中包含 HealthOmics 用於執行的實際 Nextflow 版本。例如：

    "engineVersion":"22.04.0"