HealthOmics 中的工作流程文字

建立工作流程之後，建議您先在工作流程上執行 linter，再開始第一次執行。linter 偵測到可能導致執行失敗的錯誤。

對於 WDL，HealthOmics 會在您建立工作流程時自動執行 linter。回應的 statusMessage 欄位提供 linter 輸出get-workflow。使用下列 CLI 命令擷取狀態輸出 （使用您建立之 WDL 工作流程的工作流程 ID)：

aws omics get-workflow 
   —id 123456 
   —query 'statusMessage' 

HealthOmics 提供 linter，您可以在建立工作流程之前在工作流程棄用上執行。在您要遷移至 HealthOmics 的現有管道上執行這些文字。

• WDL – 執行 WDL linter 的公有 Amazon ECR 映像。

• Nextflow – 用於執行 Nextflow Linter 規則的公有 Amazon ECR 映像。您可以從 GitHub 存取此 linter 的原始碼。

• CWL – 無法使用