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HealthOmics 中可用的 Ready2Run 工作流程
下表列出 HealthOmics 中可用的 Ready2Run 工作流程。
您可以登入 HealthOmics 主控台
注意
每個 Ready2Run 工作流程都有最大輸入檔案大小。這些檔案大小上限無法調整。
| 工作流程名稱 | 發布者 | 需要訂閱？ | 輸入檔案大小上限 (GiB) | 預估執行時間 (HH：MM) |
|---|---|---|---|---|
| AlphaFold 用於 601-1200 殘差 | Google DeepMind | 否 | 1 | 11：15 |
| AlphaFold 最多可用於 600 個殘差 | Google DeepMind | 否 | 1 | 7：30 |
| Bases2Fastq for 2x150 | Element Biosciences | 否 | 1000 | 1：45 |
| Bases2Fastq for 2x300 | Element Biosciences | 否 | 1000 | 1：30 |
| Bases2Fastq for 2x75 | Element Biosciences | 否 | 500 | 0：45 |
| ESMFold 最多可用於 800 個殘差 | Meta Research | 否 | 1 | 0：15 |
| GATK-BP fq2bam | 廣泛研究所 | 否 | 64 | 10：10 |
| 適用於 30 倍基因體的 GATK-BP Germline bam2vcf | 廣泛研究所 | 否 | 39 | 2：45 |
| 適用於 30 倍基因體的 GATK-BP Germline fq2vcf | 廣泛研究所 | 否 | 64 | 12：30 |
| GATK-BP 體力 WES bam2vcf | 廣泛研究所 | 否 | 86 | 1：30 |
| NVIDIA Parabricks BAM2FQ2BAM WGS，最多可達 30X | NVIDIA Corporation | 否 | 80 | 1：39 |
| NVIDIA Parabricks BAM2FQ2BAM WGS，最多可達 50X | NVIDIA Corporation | 否 | 120 | 2：45 |
| NVIDIA Parabricks BAM2FQ2BAM WGS，最多可達 5X | NVIDIA Corporation | 否 | 20 | 0：18 |
| NVIDIA Parabricks FQ2BAM WGS 最多可達 30X | NVIDIA Corporation | 否 | 71 | 1:00 |
| 高達 50X的 NVIDIA Parabricks FQ2BAM WGS | NVIDIA Corporation | 否 | 137 | 1：45 |
| NVIDIA Parabricks FQ2BAM WGS 最多可達 5X | NVIDIA Corporation | 否 | 13 | 0：15 |
| 高達 30X的 NVIDIA Parabricks Germline DeepVariant WGS | NVIDIA Corporation | 否 | 71 | 2:00 |
| NVIDIA Parabricks Germline DeepVariant WGS，最多可達 50X | NVIDIA Corporation | 否 | 137 | 3：30 |
| NVIDIA Parabricks Germline DeepVariant WGS 最多可達 5X | NVIDIA Corporation | 否 | 12 | 0：30 |
| NVIDIA Parabricks Germline HaplotypeCaller WGS 最多可達 30X | NVIDIA Corporation | 否 | 71 | 1：15 |
| NVIDIA Parabricks Germline HaplotypeCaller WGS 最多可達 50X | NVIDIA Corporation | 否 | 137 | 2:00 |
| NVIDIA Parabricks Germline HaplotypeCaller WGS 最多可達 5X | NVIDIA Corporation | 否 | 13 | 0：15 |
| NVIDIA Parabricks 體力 Mutect2 WGS，最多可達 50X | NVIDIA Corporation | 否 | 196 | 0：45 |
| scRNAseq 與 KallistoBUStools | NF-Core | 否 | 119 | 1：30 |
| scRNAseq 搭配 Salmon Alevin-fry | NF-Core | 否 | 119 | 2：30 |
| scRNAseq 搭配 STARsolo | NF-Core | 否 | 119 | 2：30 |
| Sentieon Germline BAM WES 高達 300 倍 | Sentieon， Inc. | 是 | 9 | 1:00 |
| Sentieon Germline BAM WGS 高達 32 倍 | Sentieon， Inc. | 是 | 18 | 1：30 |
| Sentieon Germline FASTQ WES 高達 100 倍 | Sentieon， Inc. | 是 | 5 | 0：45 |
| Sentieon Germline FASTQ WES 高達 300 倍 | Sentieon， Inc. | 是 | 26 | 2:00 |
| Sentieon Germline FASTQ WGS 最多可達 32 倍 | Sentieon， Inc. | 是 | 51 | 3：30 |
| 適用於 ONT 的 Sentieon LongRead | Sentieon， Inc. | 是 | 25 | 1：30 |
| 適用於 PacBio HiFi 的 Sentieon LongRead | Sentieon， Inc. | 是 | 58 | 4:00 |
| Sentieon 體操 WES | Sentieon， Inc. | 是 | 50 | 2：30 |
| Sentieon 體操 WGS | Sentieon， Inc. | 是 | 113 | 4：30 |
| Ultima Genomics DeepVariant 最多可達 40 倍 | Ultima Genomics | 否 | 91 | 1：55 |
當您使用 Ready2Run 工作流程時，您的工作流程已預先設定且無法編輯。與私有工作流程相反，Ready2Run 工作流程不支援下列項目：
-
增加最大輸入檔案大小
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變更運算資源或執行儲存
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變更工作流程定義或容器
-
將執行新增至執行群組
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共用工作流程
如果發佈者已在 GitHub 上共用 Ready2Run 工作流程，您可以根據 Ready2Run 工作流程建立自己的私有工作流程。下表提供每個發佈者的 GitHub 工作流程連結。
| 發布者 | GitHub 上的工作流程 |
|---|---|
| Google DeepMind，中繼研究 | 蛋白質摺疊工作流程 |
| Element Biosciences | 如需詳細資訊，請聯絡 Element Biosciences |
| 廣泛研究所 | GATK 工作流程 |
| NVIDIA Corporation | Parabricks 工作流程 |
| nf 核心 | NF-Core 工作流程 |
| Sentieon | Sentieon 工作流程 |
| Ultima Genomics | Ultima Genomics 工作流程 |
