Aufgabenressourcen in einer Workflow-Definition HealthOmics

Definieren Sie in der Workflow-Definition für jede Aufgabe Folgendes:

• Das Container-Image für die Aufgabe. Weitere Informationen finden Sie unter Container-Images für private Workflows.

• Die Anzahl der CPUs und der Arbeitsspeicher, die für die Aufgabe benötigt werden. Weitere Informationen finden Sie unter Rechen- und Speicheranforderungen für HealthOmics Aufgaben.

HealthOmics ignoriert alle Speicherspezifikationen pro Aufgabe. HealthOmics stellt Ausführungsspeicher bereit, auf den alle Aufgaben im Lauf zugreifen können. Weitere Informationen finden Sie unter Speichertypen in HealthOmics Workflows ausführen.

WDL

task my_task {
   runtime {
      container: "<aws-account-id>.dkr.ecr.<aws-region>.amazonaws.com/<image-name>"
      cpu: 2
      memory: "4 GB"
   }
   ...
}          

Bei einem WDL-Workflow werden bis zu zwei HealthOmics Wiederholungsversuche für eine Aufgabe ausgeführt, die aufgrund von Dienstfehlern fehlschlägt (die API-Anforderung gibt einen 5XX-HTTP-Statuscode zurück). Weitere Hinweise zu Aufgabenwiederholungen finden Sie unter. Die Aufgabe wird erneut versucht

Sie können das Wiederholungsverhalten deaktivieren, indem Sie die folgende Konfiguration für die Aufgabe in der WDL-Definitionsdatei angeben:

runtime {
   preemptible: 0
}           

NextFlow

process my_task {
   container "<aws-account-id>.dkr.ecr.<aws-region>.amazonaws.com/<image-name>"
   cpus 2
   memory "4 GiB"
   ...
}          

CWL

cwlVersion: v1.2
class: CommandLineTool
requirements:
    DockerRequirement:
        dockerPull: "<aws-account-id>.dkr.ecr.<aws-region>.amazonaws.com/<image-name>"
    ResourceRequirement:
        coresMax: 2
        ramMax: 4000 # specified in mebibytes