Aufgabenressourcen in einem HealthOmics Workflow-Definition

Definieren Sie in der Workflow-Definition für jede Aufgabe Folgendes:

• Das Container-Image für die Aufgabe. Weitere Informationen finden Sie unter Container-Images für private Workflows.

• Die Anzahl der CPUs und der Arbeitsspeicher, die für die Aufgabe benötigt werden. Weitere Informationen finden Sie unter Rechen- und Speicheranforderungen für HealthOmics Aufgaben.

• Der optionale temporäre Speicher pro Aufgabe, den die Aufgabe verwenden kann /tmp wenn für den Lauf aktiviert. Weitere Informationen finden Sie unter Kurzlebiger Speicher für Workflow-Aufgaben HealthOmics.

HealthOmics bietet Laufspeicher, auf den alle Aufgaben im Lauf zugreifen können. Weitere Informationen finden Sie unter Speichertypen in HealthOmics Workflows ausführen.

WDL

task my_task {
   runtime {
      container: "<aws-account-id>.dkr.ecr.<aws-region>.amazonaws.com/<image-name>"
      cpu: 2
      memory: "4 GB"
      disks: "100 GiB"                 # optional
   }
   ...
}          

Für einen WDL-Workflow HealthOmics versucht bis zu zwei Wiederholungen für eine Aufgabe, die aufgrund von Servicefehlern fehlschlägt (die API-Anforderung gibt einen 5XX-HTTP-Statuscode zurück). Weitere Hinweise zu Aufgabenwiederholungen finden Sie unter Die Aufgabe wird erneut versucht.

Sie können das Wiederholungsverhalten deaktivieren, indem Sie die folgende Konfiguration für die Aufgabe in der WDL-Definitionsdatei angeben:

runtime {
   preemptible: 0
}           

NextFlow

process my_task {
   container "<aws-account-id>.dkr.ecr.<aws-region>.amazonaws.com/<image-name>"
   cpus 2
   memory "4 GiB"
   disk '100 GB'                       // optional
   ...
}          

CWL

cwlVersion: v1.2
class: CommandLineTool
requirements:
    DockerRequirement:
        dockerPull: "<aws-account-id>.dkr.ecr.<aws-region>.amazonaws.com/<image-name>"
    ResourceRequirement:
        coresMax: 2
        ramMax: 4000 # specified in mebibytes
        tmpdirMin: 102400 # 100 gibibytes expressed in mebibytes