Aufgabenressourcen in einer HealthOmics Workflow-Definition

Definieren Sie in der Workflow-Definition für jede Aufgabe Folgendes:

• Das Container-Image für die Aufgabe. Weitere Informationen finden Sie unter Container-Images in Amazon ECR für private Workflows.

• Die Anzahl CPUs und der für die Aufgabe benötigte Speicher. Weitere Informationen finden Sie unter Rechen- und Speicheranforderungen für HealthOmics Aufgaben.

HealthOmics ignoriert alle Speicherspezifikationen pro Aufgabe. HealthOmics stellt Ausführungsspeicher bereit, auf den alle Aufgaben in der Ausführung zugreifen können. Weitere Informationen finden Sie unter Speichertypen in HealthOmics Workflows ausführen.

WDL

task my_task {
   runtime {
      container: "<aws-account-id>.dkr.ecr.<aws-region>.amazonaws.com/<image-name>"
      cpu: 2
      memory: "4 GB"
   }
   ...
}          

Bei einem WDL-Workflow werden bis zu zwei HealthOmics Wiederholungsversuche für eine Aufgabe versucht, die aufgrund von Dienstfehlern fehlschlägt (die API-Anfrage gibt einen 5XX-HTTP-Statuscode zurück). Weitere Informationen zu Wiederholungsversuchen von Aufgaben finden Sie unter. Die Aufgabe wird erneut versucht

Sie können das Wiederholungsverhalten deaktivieren, indem Sie die folgende Konfiguration für die Aufgabe in der WDL-Definitionsdatei angeben:

runtime {
   preemptible: 0
}           

NextFlow

process my_task {
   container "<aws-account-id>.dkr.ecr.<aws-region>.amazonaws.com/<image-name>"
   cpus 2
   memory "4 GiB"
   ...
}          

CWL

cwlVersion: v1.2
class: CommandLineTool
requirements:
    DockerRequirement:
        dockerPull: "<aws-account-id>.dkr.ecr.<aws-region>.amazonaws.com/<image-name>"
    ResourceRequirement:
        coresMax: 2
        ramMax: 4000 # specified in mebibytes