Lebenszyklus in einem HealthOmics Workflow ausführen

Sie können den Fortschritt eines Laufs verfolgen, indem Sie den Ausführungsstatus überwachen. HealthOmics aktualisiert den Ausführungsstatus, während ein Lauf seinen Lebenszyklus durchläuft.

Sie können den Ausführungsstatus mit einer der folgenden Methoden abrufen:

• Die HealthOmics Konsole zeigt den Status jedes Laufs auf der Runs Seite an.

• Der GetRun API-Vorgang gibt den aktuellen Ausführungsstatus zurück.

• Sie können den Ausführungsstatus mithilfe von EventBridge Ereignissen überwachen. Weitere Informationen finden Sie unter Verwenden EventBridge mit AWS HealthOmics.

Werte für den Ausführungsstatus

Wenn Sie einen Lauf starten, HealthOmics wird der Ausführungsstatus auf gesetztPending. Wenn der Lauf seinen Lebenszyklus durchläuft, HealthOmics aktualisiert er den Statuswert, sodass er seinen aktuellen Fortschritt wiedergibt.

Anmerkung

Für einen anderen Laufstatus als „Wird ausgeführt“ fallen für Sie keine Gebühren an. Details finden Sie im nächsten Abschnitt.

HealthOmics unterstützt die folgenden Werte für den Ausführungsstatus:

Ausstehend

Der Lauf befindet sich in der Warteschlange und wartet darauf, gestartet zu werden. Läufe verbleiben in der Regel für einen kurzen Zeitraum im Status Ausstehend, bevor sie beginnen.

• Läufe können länger im Status „Ausstehend“ verbleiben, wenn Sie viele Aufträge gleichzeitig einreichen.

• Läufe bleiben auch dann im Status Ausstehend, wenn Ihr Konto die maximale Anzahl gleichzeitiger Ausführungen erreicht hat.

• Ein Lauf verbleibt im Status Ausstehend, wenn der Lauf Teil einer Ausführungsgruppe ist, die einen ihrer Ressourcenmaximalwerte erreicht hat.

• Sie können die Ausführungsprioritäten so anpassen, dass bestimmte Läufe in der Warteschlange vor anderen gestartet werden. Weitere Informationen zur Ausführungspriorität finden Sie unterPriorität beim Ausführen.

Wird gestartet

HealthOmics erstellt den Lauf und stellt die für den Lauf erforderlichen Ressourcen bereit (z. B. den temporären Run-Speicher und den Engine-Knoten).

• HealthOmics stellt zu Beginn des Laufs temporären Run-Speicher bereit und deprovisioniert den Run-Speicher, wenn der Lauf gestoppt wird.

In Ausführung

Ein Lauf verbleibt während des Importvorgangs, der Verarbeitung der einzelnen Aufgaben und des Exportvorgangs im Status Wird ausgeführt.

• HealthOmics importiert die Eingabedateien in das temporäre Run-Speicherdateisystem. Die Eingabedateien sind schreibgeschützt, um zu verhindern, dass Aufgaben die Eingaben für andere Aufgaben in einem Workflow ändern.

• Exportiert beim HealthOmics Dateiexport die Ausgabedateien aus dem Run-Speicherdateisystem an den S3-Speicherort.

• HealthOmics übermittelt die Ausführungs- und Aufgabenprotokolle CloudWatch in Echtzeit, solange der Ausführungsstatus „Wird ausgeführt“ lautet. Weitere Informationen finden Sie unter Meldet sich an CloudWatch .

Wird angehalten

Nach Abschluss des Exportvorgangs wechselt die Ausführung in den Status Stopp.

• HealthOmics beendet die Bereitstellung aller Ressourcen (einschließlich des Run-Speicherdateisystems und des Engine-Knotens).

Completed

Nach HealthOmics Abschluss der Deprovisionierung der Ressource wechselt der Rechenlauf in den Status Abgeschlossen.

• HealthOmics hat alle ausgeführten Aufgaben abgeschlossen und die Ausgabedaten fehlerfrei exportiert.

• Die Run-Ausgaben sind im angegebenen Amazon S3 S3-URI-Ausgabespeicherort verfügbar. HealthOmicsGeneriert für WDL und CWL eine Datei mit einer Zusammenfassung der Run-Ausgabe, die Informationen über die enthält. HealthOmics Ausgaben ausführen

• Die endgültigen Ausführungsmanifestprotokolle und Engine-Protokolle (falls zutreffend) sind unter verfügbar. CloudWatch

• Bei Läufen, die Aufgabenwiederholungen unterstützen, kann ein Lauf mit dem Status Abgeschlossen eine oder mehrere fehlgeschlagene Aufgaben enthalten. Solange eine Aufgabenwiederholung für jede fehlgeschlagene Aufgabe erfolgreich war, wird die Ausführung in den HealthOmics Status Abgeschlossen überführt. HealthOmics weist jedem Wiederholungsversuch eine neue Aufgaben-ID zu, sodass die Ausführung die Aufgaben IDs für die fehlgeschlagenen Versuche und den abgeschlossenen Versuch umfasst.

Fehlgeschlagen

HealthOmics ist auf einen oder mehrere Fehler gestoßen und es konnten nicht alle ausgeführten Aufgaben abgeschlossen werden.

• Ein fehlgeschlagener Lauf wechselt in den Status Stopp, während die Ressourcen HealthOmics nicht bereitgestellt werden.

Abgebrochen

Ein Benutzer hat eine Anfrage zum Abbruch des Laufs initiiert.

• HealthOmics stoppt alle laufenden Aufgaben und hebt die Bereitstellung aller Ressourcen auf.

• HealthOmics exportiert keine Laufausgabedaten, wenn ein Benutzer einen Lauf abbricht. Sie haben keinen Zugriff auf Zwischendateien für einen abgebrochenen Lauf.

• Für Ihr Konto fallen Gebühren für die Aufgaben und Ressourcen an, die der Lauf während des Status Running vor dem Abbruch verbraucht hat.

• Es fallen keine Gebühren an, wenn Sie einen Lauf mit dem Status „Ausstehend“ oder „Wird gestartet“ stornieren.

Die Aufgabe wird erneut versucht

Wenn eine Aufgabe während einer Ausführung fehlschlägt, wird die Aufgabe in den folgenden Situationen HealthOmics erneut versucht:

• HealthOmics Unterstützt bei einem WDL-Workflow die Wiederholung von Aufgaben, wenn die Aufgabe aufgrund von Dienstfehlern fehlgeschlagen ist (5XX-HTTP-Statuscodes).

  Standardmäßig werden bis zu zwei Wiederholungen einer HealthOmics fehlgeschlagenen Aufgabe versucht. Sie können die Wiederholung von Aufgaben deaktivieren, indem Sie die WDL-Definitionsdatei konfigurieren. Eine Beispielkonfiguration finden Sie unter Aufgabenressourcen in einer HealthOmics Workflow-Definition.

• Für einen Nextflow-Workflow können Sie Wiederholungsbedingungen für Aufgaben in der Workflow-Definition konfigurieren.

• Wenn alle Aufgaben in der Ausführung irgendwann abgeschlossen werden, auch wenn sie Wiederholungen erforderten, wird der Lauf auf Abgeschlossen HealthOmics umgestellt.

• HealthOmics weist jedem Wiederholungsversuch eine neue Aufgaben-ID zu, sodass die Ausführung die Aufgaben IDs für die fehlgeschlagenen Versuche und den abgeschlossenen Versuch umfasst.

Auswirkungen des Ausführungsstatus auf die Preisgestaltung

Für Ihr Konto können Gebühren anfallen, solange der Run-Status „Wird ausgeführt“ lautet. Während eines anderen Laufstatus fallen für Sie keine Gebühren an. Beispielsweise fallen keine Gebühren für Ressourcen an, wenn der Lauf gestartet oder gestoppt wird.

Ein Lauf mit dem Status Wird ausgeführt hat folgende Auswirkungen auf die Abrechnung:

• Für Ihr Konto fallen Gebühren für die Nutzung des Laufspeicher-Dateisystems an, solange der Ausführungsstatus „Wird ausgeführt“ lautet. Informationen zu den Laufspeichertypen finden Sie unter. Speichertypen in HealthOmics Workflows ausführen

• Für Ihr Konto fallen Gebühren für die Ausführung von Aufgaben an, die auf den Rechen- und Speicherressourcen basieren, die Sie für jede Aufgabe in der Workflow-Definition angegeben haben, und auf der Dauer der Aufgabe. Weitere Informationen finden Sie unter Rechen- und Speicheranforderungen für HealthOmics Aufgaben.

• Für jede Aufgabe gilt ein Mindestabrechnungsschwellenwert von einer Minute. Wenn Sie eine Aufgabe für weniger als eine Minute ausführen, fällt eine Gebühr für die Nutzung von mindestens einer Minute an. Wenn möglich, gruppieren Sie kleine Aufgaben, um die Kosten zu optimieren. Durch das Gruppieren von Aufgaben wird auch die Laufzeit reduziert, da vermieden wird, dass mehrere aufeinanderfolgende Aufgaben gleichzeitig ausgeführt werden.

Weitere Informationen zur Preisgestaltung finden Sie unter HealthOmics Preisgestaltung. HealthOmics