HealthOmics Workflow-Integration mit Git-basierten Repositorys

Wenn Sie einen Workflow (oder eine Workflow-Version) erstellen, geben Sie eine Workflow-Definition an, um Informationen über den Workflow, die Ausführungen und Aufgaben anzugeben. HealthOmics kann die Workflow-Definition als ZIP-Archiv (lokal oder in einem Amazon S3 S3-Bucket gespeichert) oder aus einem unterstützten Git-basierten Repository abrufen.

Die HealthOmics Integration mit Git-basierten Repositorys ermöglicht die folgenden Funktionen:

• Direkte Workflow-Erstellung aus öffentlichen, privaten und selbstverwalteten Instanzen.

• Integration von Workflow-README-Dateien und Parametervorlagen aus Repositorys.

• Support für GitHub GitLab, und Bitbucket-Repositorys.

Durch die Verwendung eines Git-basierten Repositorys vermeiden Sie die manuellen Schritte des Herunterladens von Workflow-Definitionsdateien und Eingabeparameter-Vorlagendateien, der Erstellung eines ZIP-Archivs und der anschließenden Bereitstellung des Archivs in S3. Dies vereinfacht die Workflow-Erstellung für Szenarien wie die folgenden Beispiele:

1. Sie möchten schnell mit einem gängigen Open-Source-Workflow wie nf-core loslegen. HealthOmicsruft automatisch alle Workflow-Definitions- und Eingabeparameter-Vorlagendateien aus dem NF-Core-Repository ab GitHub und verwendet diese Dateien, um Ihren neuen Workflow zu erstellen.

2. Sie verwenden einen öffentlichen Workflow von GitHub, und einige neue Updates sind verfügbar. Sie können ganz einfach eine neue HealthOmics Workflow-Version erstellen, indem Sie die aktualisierte Workflow-Definition GitHub als Quelle verwenden. Benutzer Ihres Workflows können zwischen dem ursprünglichen Workflow und der neuen Workflow-Version wählen, die Sie erstellt haben.

3. Ihr Team baut eine eigene Pipeline auf, die nicht öffentlich ist. Sie speichern Ihren Code in einem privaten Git-Repository und verwenden diese Workflow-Definition für Ihre HealthOmics Workflows. Das Team aktualisiert die Workflow-Definition häufig als Teil eines iterativen Workflow-Entwicklungszyklus. Sie können ganz einfach neue Workflow-Versionen nach Bedarf aus Ihrem privaten Repository erstellen.

Unterstützte Git-basierte Repositorys

HealthOmics unterstützt öffentliche und private Repositorys für die folgenden Git-basierten Anbieter:

• GitHub

• GitLab

• Bitbucket

HealthOmics unterstützt selbstverwaltete Repositorys für die folgenden Git-basierten Anbieter:

• GitHubEnterpriseServer

• GitLabSelfManaged

HealthOmics unterstützt die Verwendung von kontoübergreifenden Verbindungen für GitHub, GitLab und Bitbucket. Richten Sie gemeinsame Berechtigungen über den AWS Resource Access Manager ein. Ein Beispiel finden Sie im CodePipeline Benutzerhandbuch unter Gemeinsame Verbindungen.

Konfigurieren Sie Verbindungen zu externen Code-Repositorys

Connect Ihre Workflows mithilfe von AWS mit Git-basierten Repositorys. CodeConnection HealthOmics verwendet diese Verbindung, um auf Ihre Quellcode-Repositorys zuzugreifen.

Anmerkung

Der CodeConnections AWS-Service ist in der TLV-Region nicht verfügbar. Konfigurieren Sie für diese Region Service-IAD-Verbindungen, um Workflows oder Workflow-Versionen aus einem Repository zu erstellen.

Eine Verbindung erstellen

Bevor Sie Verbindungen erstellen können, folgen Sie den Anweisungen unter Verbindungen einrichten im Developer Console Tools-Benutzerhandbuch.

Um eine Verbindung herzustellen, folgen Sie den Anweisungen unter Verbindung erstellen im Developer Console Tools-Benutzerhandbuch.

Konfigurieren Sie die Autorisierung für die Verbindung

Sie müssen die Verbindung mithilfe des OAuth Flow des Anbieters autorisieren. Stellen Sie sicher, dass der Verbindungsstatus lautet, AVAILABLE bevor Sie ihn verwenden.

Beispiele finden Sie im Blogbeitrag How To Create an AWS HealthOmics Workflows from Content in Git.

Zugreifen auf selbstverwaltete Repositorys

Um Verbindungen zu einem GitLab selbstverwalteten Repository einzurichten, verwenden Sie beim Erstellen eines Hosts ein persönliches Administrator-Zugriffstoken. Bei der darauffolgenden Verbindungsherstellung wird mit dem Konto des Kunden auf Oauth zugegriffen.

Das folgende Beispiel richtet eine Verbindung zu einem selbstverwalteten Repository ein GitLab :

1. Richten Sie den Zugriff auf das Personal Access Token eines Admin-Benutzers ein.

   Informationen zum Einrichten eines PAT in einem GitLab selbstverwalteten Repository finden Sie unter Persönliche Zugriffstoken in GitLab Docs.

2. Erstellen eines Hosts

   1. Navigieren Sie zu CodePipeline>Einstellungen>Verbindungen.

   2. Wählen Sie die Registerkarte Hosts und dann Create Host.

   3. Konfigurieren Sie die folgenden Felder:

      • Geben Sie einen Namen des Hosts ein

      • Wählen Sie als Anbietertyp GitLab Self Managed

      • Geben Sie die Host-URL ein

      • Geben Sie die VPC-Informationen ein, wenn der Host in einer VPC definiert ist

   4. Wählen Sie Create Host, wodurch der Host im Status PENDING erstellt wird.

   5. Um die Einrichtung abzuschließen, wählen Sie Host einrichten.

   6. Geben Sie das Personal Access Token (PAT) eines Admin-Benutzers ein und wählen Sie dann Weiter.

3. Stellen Sie die Verbindung her

   1. Wählen Sie auf der Registerkarte Verbindungen die Option Verbindungen erstellen aus.

   2. Wählen Sie als Anbietertyp die Option GitLab Selbstverwaltet aus.

   3. Geben Sie unter Verbindungseinstellungen > Verbindungsnamen eingeben die Host-URL ein, die Sie zuvor erstellt haben.

   4. Wenn auf Ihre GitLab selbstverwaltete Instanz nur über eine VPC zugegriffen werden kann, konfigurieren Sie die VPC-Details.

   5. Wählen Sie „Ausstehende Verbindung aktualisieren“. Das modale Fenster leitet Sie zur GitLab Anmeldeseite weiter.

   6. Geben Sie den Benutzernamen und das Passwort für das Kundenkonto ein und schließen Sie den Autorisierungsprozess ab.

   7. Wählen Sie für die erstmalige Einrichtung Authorize AWS Connector for Gitlab Self Managed.

Kontingente im Zusammenhang mit externen Code-Repositorys

Für die HealthOmics Integration mit externen Code-Repositorys gibt es eine maximale Größe für ein Repository, jede Repository-Datei und jede README-Datei. Details hierzu finden Sie unter HealthOmics Workflow-Kontingente mit fester Größe.

Erforderliche IAM-Berechtigungen

Fügen Sie Ihrer identitätsbasierten IAM-Richtlinie die folgenden Aktionen hinzu:

   "codeconnections:CreateConnection",
   "codeconnections:GetConnection",
   "codeconnections:GetHost",
   "codeconnections:ListConnections",
   "codeconnections:UseConnection"