Recursos de tareas en un HealthOmics definición de flujo de trabajo

En la definición del flujo de trabajo, defina lo siguiente para cada tarea:

• La imagen del contenedor de la tarea. Para obtener más información, consulte Imágenes de contenedor para flujos de trabajo privados.

• La cantidad de CPU y memoria necesarias para la tarea. Para obtener más información, consulte Requisitos de computación y memoria para HealthOmics las tareas.

• El almacenamiento efímero opcional por tarea que la tarea puede usar en /tmp cuando está habilitado para la ejecución. Para obtener más información, consulte Almacenamiento efímero para HealthOmics tareas de flujo de trabajo.

HealthOmics proporciona almacenamiento de ejecución al que pueden acceder todas las tareas de la ejecución. Para obtener más información, consulte Ejecute tipos de almacenamiento en HealthOmics flujos de trabajo.

WDL

task my_task {
   runtime {
      container: "<aws-account-id>.dkr.ecr.<aws-region>.amazonaws.com/<image-name>"
      cpu: 2
      memory: "4 GB"
      disks: "100 GiB"                 # optional
   }
   ...
}          

Para un flujo de trabajo de WDL, HealthOmics intenta realizar hasta dos reintentos para una tarea que falla debido a errores de servicio (la solicitud de API devuelve un código de estado HTTP de 5XX). Para obtener más información sobre los reintentos de tareas, consulte La tarea se reintenta.

Puede excluirse del comportamiento de reintento especificando la siguiente configuración para la tarea en el archivo de definición de WDL:

runtime {
   preemptible: 0
}           

NextFlow

process my_task {
   container "<aws-account-id>.dkr.ecr.<aws-region>.amazonaws.com/<image-name>"
   cpus 2
   memory "4 GiB"
   disk '100 GB'                       // optional
   ...
}          

CWL

cwlVersion: v1.2
class: CommandLineTool
requirements:
    DockerRequirement:
        dockerPull: "<aws-account-id>.dkr.ecr.<aws-region>.amazonaws.com/<image-name>"
    ResourceRequirement:
        coresMax: 2
        ramMax: 4000 # specified in mebibytes
        tmpdirMin: 102400 # 100 gibibytes expressed in mebibytes