Recursos de tareas en una definición de HealthOmics flujo de trabajo

En la definición del flujo de trabajo, defina lo siguiente para cada tarea:

• La imagen del contenedor de la tarea. Para obtener más información, consulte Imágenes de contenedores en Amazon ECR para flujos de trabajo privados.

• El número CPUs y la memoria necesarios para la tarea. Para obtener más información, consulte Requisitos de cómputo y memoria para HealthOmics las tareas.

HealthOmics ignora las especificaciones de almacenamiento por tarea. HealthOmics proporciona almacenamiento de ejecución al que pueden acceder todas las tareas de la ejecución. Para obtener más información, consulte Ejecute tipos de almacenamiento en HealthOmics flujos de trabajo.

WDL

task my_task {
   runtime {
      container: "<aws-account-id>.dkr.ecr.<aws-region>.amazonaws.com/<image-name>"
      cpu: 2
      memory: "4 GB"
   }
   ...
}          

En el caso de un flujo de trabajo de WDL, intenta realizar hasta dos HealthOmics reintentos para una tarea que no funcione debido a errores de servicio (la solicitud de API devuelve un código de estado HTTP 5XX). Para obtener más información sobre los reintentos de tareas, consulte. La tarea se reintenta

Puede excluirse del comportamiento de reintento especificando la siguiente configuración para la tarea en el archivo de definición de la WDL:

runtime {
   preemptible: 0
}           

NextFlow

process my_task {
   container "<aws-account-id>.dkr.ecr.<aws-region>.amazonaws.com/<image-name>"
   cpus 2
   memory "4 GiB"
   ...
}          

CWL

cwlVersion: v1.2
class: CommandLineTool
requirements:
    DockerRequirement:
        dockerPull: "<aws-account-id>.dkr.ecr.<aws-region>.amazonaws.com/<image-name>"
    ResourceRequirement:
        coresMax: 2
        ramMax: 4000 # specified in mebibytes