Ejecute el ciclo de vida en un HealthOmics flujo de trabajo

Puedes hacer un seguimiento del progreso de una carrera supervisando el estado de la ejecución. HealthOmics actualiza el estado de la ejecución a medida que la ejecución avanza en su ciclo de vida.

Puede recuperar el estado de la ejecución mediante cualquiera de los siguientes métodos:

• La HealthOmics consola muestra el estado de cada ejecución en la Runs página.

• La operación GetRun de la API devuelve el estado de ejecución actual.

• Puede supervisar el estado de la ejecución mediante EventBridge eventos. Para obtener más información, consulte Uso EventBridge con AWS HealthOmics.

Valores de estado de ejecución

Al iniciar una ejecución, HealthOmics establece el estado de la ejecución enPending. A medida que la ejecución avanza en su ciclo de vida, HealthOmics actualiza el valor de estado para reflejar su progreso actual.

nota

No se incurre en cargos durante ningún estado de ejecución que no sea En ejecución. Para obtener más información, consulte la siguiente sección.

HealthOmics admite los siguientes valores de estado de ejecución:

Pendiente

La ejecución está en la cola esperando para empezar. Por lo general, las carreras permanecen pendientes durante un breve periodo de tiempo antes de que comiencen.

• Las ejecuciones pueden permanecer pendientes durante más tiempo si envías muchos trabajos al mismo tiempo.

• Las ejecuciones permanecen en pendiente cuando tu cuenta alcanza el número máximo de ejecuciones simultáneas.

• Una ejecución permanece en Pendiente si forma parte de un grupo de ejecuciones que ha alcanzado alguno de sus valores máximos de recursos.

• Puede ajustar las prioridades de ejecución para que determinadas ejecuciones en cola comiencen antes que otras. Para obtener más información sobre la prioridad de ejecución, consultePrioridad de ejecución.

Inicio

HealthOmics crea la ejecución y aprovisiona los recursos necesarios para la ejecución (como el almacenamiento temporal de la ejecución y el nodo motor).

• HealthOmics aprovisiona el almacenamiento temporal de la ejecución al inicio de la ejecución y lo desaprovisiona cuando la ejecución se detiene.

Running

Una ejecución permanece en estado En ejecución durante el proceso de importación, el procesamiento de cada tarea y el proceso de exportación.

• HealthOmics importa los archivos de entrada al sistema de archivos de almacenamiento temporal en ejecución. Los archivos de entrada son de solo lectura, para evitar que las tareas modifiquen las entradas para convertirlas en otras tareas de un flujo de trabajo.

• Durante la exportación de archivos, HealthOmics exporta los archivos de salida del sistema de archivos de almacenamiento en ejecución a la ubicación S3.

• HealthOmics entrega los registros de ejecución y de tareas CloudWatch en tiempo real mientras el estado de ejecución es En ejecución. Para obtener más información, consulte Inicia sesión CloudWatch .

Detención

Una vez finalizado el proceso de exportación, la ejecución pasa al estado de parada.

• HealthOmics desaprovisiona todos los recursos (incluidos el sistema de archivos de almacenamiento en ejecución y el nodo motor).

Completado

La ejecución pasa a Completada cuando se HealthOmics completa el desaprovisionamiento de recursos.

• HealthOmics ha completado todas las tareas ejecutadas y ha exportado los datos de salida sin errores.

• Los resultados de ejecución están disponibles en la ubicación de salida URI de Amazon S3 especificada. Para WDL y CWL, HealthOmics genera un archivo de resumen de los resultados de la ejecución, que proporciona información sobre la. HealthOmics ejecutar salidas

• Los registros del manifiesto de ejecución final y los registros del motor (si corresponde) están disponibles en. CloudWatch

• En el caso de las ejecuciones que admiten reintentos de tareas, una ejecución con el estado Completada puede incluir una o más tareas que hayan fallado. Siempre que se haya reintentado correctamente una tarea para cada tarea fallida, la ejecución HealthOmics pasará a Completada. HealthOmics asigna un nuevo identificador de tarea a cada reintento, de modo que la ejecución incluya la tarea IDs correspondiente a los intentos fallidos y a los intentos completados.

Con error

HealthOmics ha detectado uno o más errores y no ha podido completar todas las tareas ejecutadas.

• Una ejecución fallida pasa al estado de parada y, al mismo tiempo, HealthOmics desaprovisiona los recursos.

Cancelado

Un usuario inició una solicitud para cancelar la ejecución.

• HealthOmics detiene cualquier tarea en ejecución y desaprovisiona todos los recursos.

• HealthOmics no exporta ningún dato de salida de una ejecución cuando un usuario cancela una ejecución. No tienes acceso a ningún archivo intermedio en el caso de una ejecución cancelada.

• Tu cuenta incurre en cargos por las tareas y los recursos que la ejecución consumió durante el estado En ejecución antes de la cancelación.

• No se cobrará ningún cargo si cancelas una ejecución en estado Pendiente o Inicial.

La tarea se reintenta

Si se produce un error en una tarea durante una ejecución, HealthOmics vuelva a intentarlo en las siguientes situaciones:

• Para un flujo de trabajo de WDL, HealthOmics admite el reintento de tareas cuando la tarea ha fallado debido a errores de servicio (5XX códigos de estado HTTP).

  De forma predeterminada, HealthOmics intenta reintentar hasta dos veces una tarea fallida. Puede excluirse de los reintentos de tareas configurando el archivo de definición de la WDL. Para ver una configuración de ejemplo, consulte Recursos de tareas en una definición de HealthOmics flujo de trabajo.

• En el caso de un flujo de trabajo de Nextflow, puede configurar las condiciones de reintento para las tareas de la definición del flujo de trabajo.

• Si todas las tareas de la ejecución finalmente se completan, incluso si requieren reintentos, la ejecución HealthOmics pasa a Completada.

• HealthOmics asigna un nuevo identificador de tarea a cada reintento, de modo que la ejecución incluya la tarea IDs correspondiente a los intentos fallidos y a los intentos completados.

Implicaciones del estado de la ejecución en los precios

Tu cuenta puede incurrir en cargos mientras el estado de ejecución sea En ejecución. No se te cobrará nada durante ningún otro estado de ejecución. Por ejemplo, los recursos no se cobran cuando la ejecución se inicia o se detiene.

Una ejecución con el estado En ejecución tiene las siguientes implicaciones de facturación:

• Su cuenta incurre en cargos por el uso del sistema de archivos de almacenamiento en ejecución mientras el estado de ejecución sea En ejecución. Para obtener información sobre los tipos de almacenamiento de ejecución, consulte. Ejecute tipos de almacenamiento en HealthOmics flujos de trabajo

• Su cuenta incurre en cargos por la ejecución de tareas, en función de los recursos informáticos y de memoria que especificó para cada tarea en la definición del flujo de trabajo y en función de la duración de la tarea. Para obtener más información, consulte Requisitos de cómputo y memoria para HealthOmics las tareas.

• Cada tarea tiene un límite de facturación mínimo de un minuto. Si ejecutas una tarea durante menos de un minuto, se te cobrará un cargo por el uso mínimo de un minuto. Si es posible, agrupa las tareas pequeñas para optimizar los costes. La agrupación de tareas también reduce el tiempo de ejecución al evitar la creación de varias tareas secuenciales.

Para obtener información adicional sobre los HealthOmics precios, consulta los precios. HealthOmics