Solución de problemas

Los siguientes temas pueden ayudarle a solucionar los problemas que surjan al utilizar HealthOmics flujos de trabajo y almacenes de datos.

Solución de problemas de flujos de trabajo

Temas

• ¿Cómo puedo solucionar una ejecución fallida?

• ¿Cómo soluciono los problemas de una tarea fallida?

• ¿Dónde puedo encontrar los registros del motor de las ejecuciones completadas correctamente?

• ¿Cómo puedo reducir el tamaño de los parámetros de entrada de un flujo de trabajo?

• ¿Por qué no se completa mi ejecución?

¿Cómo puedo solucionar una ejecución fallida?

Utilice la operación GetRunde la API para recuperar el motivo del error. Para obtener más información, consulte Motivos de error de ejecución.

¿Cómo soluciono los problemas de una tarea fallida?

Revise el código de error del mensaje de error de la tarea para comprender el error. Revise los registros de la tarea CloudWatch para ver los mensajes de registro detallados de la tarea. Si no recibes mensajes de registro detallados, puedes revisar tu flujo de trabajo para generar más declaraciones de registro. Para obtener más información, consulte Supervisión HealthOmics con CloudWatch registros.

¿Dónde puedo encontrar los registros del motor de las ejecuciones completadas correctamente?

HealthOmics publica los registros únicamente CloudWatch para las ejecuciones fallidas. Si una ejecución se completa correctamente, HealthOmics envía los registros del motor a su bucket de Amazon S3. Para obtener más información, consulte Inicia sesión en Amazon S3.

¿Cómo puedo reducir el tamaño de los parámetros de entrada de un flujo de trabajo?

Puede especificar hasta 50 KB de parámetros de entrada para un flujo de trabajo. Puede utilizar las importaciones de directorios o las hojas de muestra para mantenerse dentro de esta restricción de tamaño. Para obtener más información, consulte Administrar el tamaño de los parámetros de ejecución.

¿Por qué no se completa mi ejecución?

Si hay problemas con el código y los procesos no se han ejecutado correctamente, es posible que la ejecución deje de responder o se quede «atascada». Para obtener más información sobre cómo prevenir y atrapar las carreras que no responden, consulteGuía para ejecuciones que no responden.

Solución de problemas de almacenamiento en caché de llamadas

Los siguientes temas pueden ayudarte a solucionar los problemas que surjan con el almacenamiento en caché de llamadas.

Temas

• ¿Por qué mi ejecución no se guarda en la caché?

• ¿Por qué una tarea no utiliza la entrada de caché?

¿Por qué mi ejecución no se guarda en la caché?

1. Comprueba que la ejecución esté configurada para usar una caché. Para ello, marca el campo cacheID en la respuesta a la operación de la GetRun API. Mediante la CLI, ejecute este comando:aws omics get-run —id <run_id>.

2. Si la ejecución se realizó correctamente, compruebe que el comportamiento de la caché devuelto en la GetRun respuesta sea CACHE_ALWAYS. Si el comportamiento de la caché se establece en CACHE_ON_FAILURE, las ejecuciones solo se guardarán en la memoria caché cuando fallen.

¿Por qué una tarea no utiliza la entrada de caché?

<cache_id><cache_uuid>En el grupo de /aws/omics/WorkflowLog CloudWatch registros, abra el flujo de registros de la caché de ejecución: RunCache//.

1. Compruebe que una ejecución anterior haya creado una entrada de caché para la tarea que esperaba almacenar en caché. Las ejecuciones que se hayan guardado en la memoria caché se registrarán con un mensaje de registro de CACHE_ENTRY_CREATED.

2. Localice el registro CACHE_MISS de la tarea y ejecútelo completada. Si no hay ninguna entrada de registro, compruebe que la ejecución se configuró para usar la memoria caché.

3. Si se creó una entrada en la caché, compruebe que el CPUs resumen de memoria GPUs y del contenedor sean idénticos para ambas tareas. El ARN de la tarea que creó la entrada de caché se encuentra en el mensaje de registro.

4. Si los requisitos de procesamiento de ambas tareas coinciden, compruebe que las entradas no hayan cambiado entre las tareas. Para ello, abra los registros del motor. Si la ejecución tiene el estado FALLIDA, los registros estarán en Cloudwatch Log Group/aws/omics/WorkflowLog. De lo contrario, los registros del motor se encuentran en el directorio de salida de la ejecución.

Solución de problemas: almacenes de datos

Temas

• ¿Por qué GetObject falla S3 en mi equipo de lectura?

• ¿Por qué no puedo ver mi tienda de anotaciones o mi tienda de variantes en Athena?

• ¿Por qué no puedo acceder a mi almacén de datos en Athena?

¿Por qué GetObject falla S3 en mi equipo de lectura?

Por lo general, el error se debe a la falta de un permiso. El permiso de lectura del almacén de secuencias S3 es una configuración bidireccional que requiere tanto la política de acceso al almacén de secuencias S3 para permitir el acceso como que el principal de IAM tenga una política adjunta que permita el acceso. Para obtener más información sobre los requisitos de la política, consulte. Permisos de acceso a los datos mediante Amazon S3 URIs Compruebe que estén implementadas las siguientes configuraciones:

• La política de acceso de S3 al almacén de secuencias ha permitido explícitamente el acceso a la cuenta principal de IAM o a la raíz de la cuenta de la entidad principal.

• Compruebe que el principal de IAM tenga una política que otorgue permisos explícitos al recurso al que se accede. Tenga en cuenta que la política principal de IAM debe usar el ARN del punto de acceso y no la ruta basada en el alias del punto de acceso al definir los permisos y que el ARN está en esa condición y no se usa para especificar un recurso.

• Si tu tienda usa una clave gestionada por el cliente (CMK-KMS), asegúrate de que el director de IAM tenga kms: permisos para descifrar la clave. Consulta la guía de acceso multicuenta de KMS para configurar el uso en todas las cuentas.

Si tiene una política que utiliza controles de acceso basados en etiquetas, asegúrese de lo siguiente:

• Asegúrese de que el almacén de secuencias haya terminado de sincronizar las etiquetas. Para ello, el estado de la tienda debe ser active y noupdating.

• Asegúrese de que no haya errores tipográficos en la clave de la etiqueta o en el valor de la clave en el conjunto de lecturas y en la política.

¿Por qué no puedo ver mi tienda de anotaciones o mi tienda de variantes en Athena?

En Lake Formation, asegúrate de crear un enlace de recursos basado en la tienda que compartiste contigo. Una vez que hayas creado un enlace a un recurso al que tengas permiso de acceso, la tienda debería estar visible en Athena. Para obtener más información, consulte Configuración de Lake Formation para usar HealthOmics.

¿Por qué no puedo acceder a mi almacén de datos en Athena?

Si su almacén de anotaciones o variantes está visible, pero recibe un mensaje de error que indica que se ha denegado el acceso, compruebe qué versión del motor de consultas está utilizando. Solo se admiten las consultas que se ejecutan con la versión 3 del motor. Para obtener más información sobre las versiones del motor de consultas de Athena, consulte la documentación de Amazon Athena.