Résolution des problèmes

Les rubriques suivantes peuvent vous aider à résoudre les problèmes que vous rencontrez lors de l'utilisation des HealthOmics flux de travail et des banques de données.

Dépannage des workflows

Rubriques

• Comment résoudre les problèmes liés à un échec d'exécution ?

• Comment résoudre les problèmes liés à l'échec d'une tâche ?

• Où puis-je trouver les journaux du moteur indiquant les essais effectués avec succès ?

• Comment puis-je réduire la taille des paramètres d'entrée pour un flux de travail ?

• Pourquoi ma course ne se termine-t-elle pas ?

Comment résoudre les problèmes liés à un échec d'exécution ?

Utilisez l'opération GetRunAPI pour récupérer la raison de l'échec. Pour de plus amples informations, veuillez consulter Raisons d'échec de l'exécution.

Comment résoudre les problèmes liés à l'échec d'une tâche ?

Consultez le code d'erreur indiqué dans le message d'échec de la tâche pour comprendre l'échec. Passez en revue les connexions de la tâche CloudWatch pour voir les messages de journalisation détaillés relatifs à la tâche. Si vous ne recevez pas de messages de journal détaillés, vous pouvez modifier votre flux de travail pour générer des instructions de journal supplémentaires. Pour de plus amples informations, veuillez consulter Surveillance à HealthOmics l'aide de CloudWatch journaux.

Où puis-je trouver les journaux du moteur indiquant les essais effectués avec succès ?

HealthOmics publie les journaux uniquement CloudWatch pour les échecs d'exécution. Si une exécution est réussie, HealthOmics envoie les journaux du moteur à votre compartiment Amazon S3. Pour de plus amples informations, veuillez consulter Se connecte à Amazon S3.

Comment puis-je réduire la taille des paramètres d'entrée pour un flux de travail ?

Vous pouvez spécifier jusqu'à 50 Ko de paramètres d'entrée pour un flux de travail. Vous pouvez utiliser des importations de répertoires ou des exemples de feuilles pour respecter cette contrainte de taille. Pour de plus amples informations, veuillez consulter Gestion de la taille des paramètres d'exécution.

Pourquoi ma course ne se termine-t-elle pas ?

Si votre code présente des problèmes et que les processus ne se terminent pas correctement, il se peut que votre exécution ne réponde pas ou soit « bloquée ». Pour plus d'informations sur la façon de prévenir et de détecter les courses qui ne répondent pas, consultezConseils pour les essais qui ne répondent pas.

Résolution des problèmes de mise en cache des appels

Les rubriques suivantes peuvent vous aider à résoudre les problèmes que vous rencontrez lors de la mise en cache des appels.

Rubriques

• Pourquoi ma course n'est-elle pas enregistrée dans le cache ?

• Pourquoi une tâche n'utilise-t-elle pas l'entrée du cache ?

Pourquoi ma course n'est-elle pas enregistrée dans le cache ?

1. Vérifiez que l'exécution est configurée pour utiliser un cache en vérifiant le champ cacheID dans la réponse à l'opération GetRun d'API. À l'aide de la CLI, exécutez cette commande : aws omics get-run —id <run_id>

2. Si l'exécution a réussi, vérifiez que le comportement du cache renvoyé dans la GetRun réponse est CACHE_ALWAYS. Si le comportement du cache est défini sur CACHE_ON_FAILURE, les exécutions ne seront enregistrées dans le cache qu'en cas d'échec.

Pourquoi une tâche n'utilise-t-elle pas l'entrée du cache ?

<cache_id><cache_uuid>Dans le groupe de /aws/omics/WorkflowLog CloudWatch journaux, ouvrez le flux de journal pour le cache d'exécution : RunCache//.

1. Vérifiez qu'une exécution précédente a créé une entrée de cache pour la tâche que vous vous attendiez à voir mise en cache. Les exécutions enregistrées dans le cache seront enregistrées avec un message de journal CACHE_ENTRY_CREATED.

2. Localisez le journal CACHE_MISS de la tâche et exécutez-le complètement. S'il n'y a aucune entrée dans le journal, vérifiez que l'exécution a été configurée pour utiliser le cache.

3. Si une entrée de cache a été créée, vérifiez que le CPUs résumé de la mémoire GPUs et du conteneur sont identiques pour les deux tâches. L'ARN de la tâche qui a créé l'entrée de cache figure dans le message du journal.

4. Si les exigences de calcul pour les deux tâches correspondent, vérifiez que les entrées n'ont pas changé entre les tâches. Pour ce faire, ouvrez les journaux du moteur. Si l'exécution a le statut FAILED, les journaux se trouveront dans le groupe de journaux Cloudwatch/aws/omics/WorkflowLog. Sinon, les journaux du moteur se trouvent dans le répertoire de sortie de l'exécution.

Dépannage des magasins de données

Rubriques

• Pourquoi S3 GetObject échoue-t-il sur mon set de lecture ?

• Pourquoi ne puis-je pas voir mon magasin d'annotations ou mon magasin de variantes dans Athena ?

• Pourquoi ne puis-je pas accéder à mon magasin de données dans Athena ?

Pourquoi S3 GetObject échoue-t-il sur mon set de lecture ?

Le plus souvent, l'échec est dû à une autorisation manquante. L'autorisation de lecture S3 du magasin de séquences est une configuration bidirectionnelle nécessitant à la fois la politique d'accès du magasin de séquences S3 pour autoriser l'accès et le principal IAM pour disposer d'une politique d'accès attachée. Pour plus de détails sur les exigences de la politique, voirAutorisations d'accès aux données à l'aide d'Amazon S3 URIs. Vérifiez que les configurations suivantes sont en place :

• La politique d'accès S3 du magasin de séquences a explicitement autorisé l'accès au principal IAM ou à la racine du compte du principal.

• Vérifiez que le principal IAM dispose d'une politique autorisant explicitement la ressource à laquelle vous accédez. Notez que la politique principale IAM doit utiliser l'ARN du point d'accès et non le chemin basé sur l'alias du point d'accès lors de la définition des autorisations et que l'ARN est conforme à la condition et n'est pas utilisé pour spécifier une ressource.

• Si votre boutique utilise une clé gérée par le client (CMK-KMS), assurez-vous que le principal IAM dispose des autorisations de kms: déchiffrement sur la clé. Consultez le guide d'accès entre comptes KMS pour configurer l'utilisation entre comptes.

Si votre politique utilise des contrôles d'accès basés sur des balises, assurez-vous de ce qui suit :

• Assurez-vous que le magasin de séquences a terminé de synchroniser les balises. Pour cela, le statut du magasin doit être active ou nonupdating.

• Assurez-vous qu'il n'y a aucune faute de frappe dans le tag, la clé ou la valeur de la clé sur le set de lecture et la politique.

Pourquoi ne puis-je pas voir mon magasin d'annotations ou mon magasin de variantes dans Athena ?

Dans Lake Formation, veillez à créer un lien de ressource basé sur le magasin qui a été partagé avec vous. Une fois que vous avez créé un lien vers une ressource à laquelle vous êtes autorisé à accéder, le magasin devrait être visible dans Athena. Pour de plus amples informations, veuillez consulter Configuration de Lake Formation à utiliser HealthOmics.

Pourquoi ne puis-je pas accéder à mon magasin de données dans Athena ?

Si votre magasin d'annotations ou de variantes est visible mais que vous recevez un message d'erreur indiquant que l'accès est refusé, vérifiez la version du moteur de requête que vous utilisez. Seules les requêtes exécutées à l'aide de la version 3 du moteur sont prises en charge. Pour en savoir plus sur les versions du moteur de requête Athena, consultez la documentation Amazon Athena.