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Fichiers de définition de flux de travail dans HealthOmics
Vous utilisez une définition de flux de travail pour spécifier des informations sur le flux de travail, les exécutions et les tâches qu'elles comportent. Vous créez des définitions de flux de travail dans un ou plusieurs fichiers à l'aide d'un langage de définition de flux de travail. HealthOmics prend en charge les définitions de flux de travail écrites en WDL, Nextflow ou CWL.
HealthOmics prend en charge les choix suivants pour les définitions de flux de travail WDL :
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WDL — Fournit un moteur WDL conforme aux spécifications.
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WDL indulgent : conçu pour gérer les flux de travail migrés depuis Cromwell. Il prend en charge les directives Cromwell des clients et certaines logiques non conformes. Pour en savoir plus, consultez Conversion de type implicite dans WDL lenient.
Pour plus d'informations sur chacune des langues du flux de travail, consultez les sections détaillées spécifiques à chaque langue ci-dessous.
Vous spécifiez les types d'informations suivants dans la définition du flux de travail :
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Language version— Langue et version de la définition du flux de travail.
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Compute and memory— Les besoins de calcul et de mémoire pour les tâches du flux de travail.
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Inputs— Emplacement des entrées des tâches du flux de travail. Pour de plus amples informations, veuillez consulter HealthOmics exécuter les entrées.
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Outputs— Emplacement pour enregistrer les résultats générés par les tâches.
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Task resources— Exigences en matière de calcul et de mémoire pour chaque tâche.
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Accelerators— d'autres ressources nécessaires aux tâches, telles que des accélérateurs.
Rubriques
