Buat versi alur kerja

Saat membuat alur kerja versi baru, Anda perlu menentukan nilai konfigurasi untuk versi baru. Itu tidak mewarisi nilai konfigurasi apa pun dari alur kerja.

Saat Anda membuat versi, berikan nama versi yang unik untuk alur kerja ini. Anda tidak dapat mengubah nama setelah HealthOmics membuat versi.

Nama versi harus dimulai dengan huruf atau angka dan dapat mencakup huruf besar dan huruf kecil, angka, tanda hubung, titik dan garis bawah. Panjang maksimum adalah 64 karakter. Misalnya, Anda dapat menggunakan skema penamaan sederhana, seperti version1, version2, version3. Anda juga dapat mencocokkan versi alur kerja Anda dengan konvensi versi internal Anda sendiri, seperti 2.7.0, 2.7.1, 2.7.2.

Secara opsional, gunakan kolom deskripsi versi untuk menambahkan catatan tentang versi ini. Sebagai contoh: Fix for syntax error in workflow definition.

catatan

Jangan sertakan informasi identitas pribadi (PII) apa pun dalam nama versi. Nama versi muncul di alur kerja versi ARN.

HealthOmics menetapkan ARN unik ke versi alur kerja. ARN unik berdasarkan kombinasi ID alur kerja dan nama versi.

Awas

Setelah menghapus versi alur kerja, Anda dapat HealthOmics menggunakan kembali nama versi untuk versi alur kerja yang berbeda. Praktik terbaik adalah tidak menggunakan kembali nama versi. Jika Anda menggunakan kembali nama, alur kerja dan setiap versi memiliki UUID unik yang dapat Anda gunakan sebagai sumber.

Buat versi alur kerja menggunakan konsol

Langkah-langkah untuk membuat alur kerja

1. Buka konsol HealthOmics .

2. Pilih panel navigasi (≡) di kiri atas, dan pilih Alur kerja pribadi.

3. Pada halaman alur kerja pribadi, pilih alur kerja untuk versi baru.

4. Pada halaman Rincian alur kerja, pilih Buat versi baru.

5. Pada halaman Buat versi, berikan informasi berikut:

   1. Nama versi: Masukkan nama untuk versi alur kerja yang unik di seluruh alur kerja.

   2. Deskripsi versi (opsional): Anda dapat menggunakan bidang deskripsi untuk menambahkan catatan tentang versi ini.

6. Di panel definisi Alur Kerja, berikan informasi berikut:

   1. Bahasa alur kerja (opsional): Pilih bahasa spesifikasi untuk versi alur kerja. Jika tidak, HealthOmics tentukan bahasa dari definisi alur kerja.

   2. Untuk sumber definisi Alur Kerja, pilih untuk mengimpor folder definisi dari repositori berbasis Git, lokasi Amazon S3, atau dari drive lokal.

      1. Untuk Impor dari layanan repositori:

         catatan

         HealthOmics mendukung repositori publik dan pribadi untukGitHub,,, GitLabBitbucket,GitHub self-managed. GitLab self-managed

         1. Pilih Koneksi untuk menghubungkan AWS sumber daya Anda ke repositori eksternal. Untuk membuat koneksi, lihatConnect dengan repositori kode eksternal.

            catatan

            Pelanggan di TLV wilayah tersebut perlu membuat koneksi di wilayah IAD (us-east-1) untuk membuat alur kerja.

         2. Dalam ID repositori lengkap, masukkan ID repositori Anda sebagai nama pengguna/repo-nama. Verifikasi bahwa Anda memiliki akses ke file di repositori ini.

         3. Dalam referensi Sumber (opsional), masukkan referensi sumber repositori (cabang, tag, atau ID komit). HealthOmics menggunakan cabang default jika tidak ada referensi sumber yang ditentukan.

         4. Di Kecualikan pola file, masukkan pola file untuk mengecualikan folder, file, atau ekstensi tertentu. Ini membantu mengelola ukuran data saat mengimpor file repositori. Ada maksimal 50 pola, dan pola harus mengikuti sintaks pola glob. Misalnya:

            1. tests/

            2. *.jpeg

            3. large_data.zip

      2. Untuk Pilih folder definisi dari S3:

         1. Masukkan lokasi Amazon S3 yang berisi folder definisi alur kerja zip. Bucket Amazon S3 harus berada di wilayah yang sama dengan alur kerja.

         2. Jika akun Anda tidak memiliki bucket Amazon S3, masukkan ID akun pemilik bucket di ID AWS akun pemilik bucket S3. Informasi ini diperlukan agar HealthOmics dapat memverifikasi kepemilikan bucket.

      3. Untuk Pilih folder definisi dari sumber lokal:

         1. Masukkan lokasi drive lokal dari folder definisi alur kerja zip.

   3. Jalur file definisi alur kerja utama (opsional): Masukkan jalur file dari folder definisi alur kerja zip atau repositori ke file. main Parameter ini tidak diperlukan jika hanya ada satu file di folder definisi alur kerja, atau jika file utama diberi nama “main”.

7. Di panel konfigurasi penyimpanan run default, berikan tipe penyimpanan run default dan kapasitas untuk menjalankan yang menggunakan alur kerja ini:

   1. Jalankan jenis penyimpanan: Pilih apakah akan menggunakan penyimpanan statis atau dinamis sebagai default untuk penyimpanan berjalan sementara. Defaultnya adalah penyimpanan statis.

   2. Jalankan kapasitas penyimpanan (opsional): Untuk jenis penyimpanan run statis, Anda dapat memasukkan jumlah default penyimpanan run yang diperlukan untuk alur kerja ini. Nilai default untuk parameter ini adalah 1200 GiB. Anda dapat mengganti nilai default ini saat memulai proses.

8. Tag (opsional): Anda dapat mengaitkan hingga 50 tag dengan versi alur kerja ini.

9. Pilih Berikutnya.

10. Pada halaman Tambahkan parameter alur kerja (opsional), pilih sumber Parameter:

    1. Untuk Parse dari file definisi alur kerja, secara otomatis HealthOmics akan mengurai parameter alur kerja dari file definisi alur kerja.

    2. Untuk menyediakan template parameter dari repositori Git, gunakan path ke file template parameter dari repositori Anda.

    3. Untuk Pilih file JSON dari sumber lokal, unggah JSON file dari sumber lokal yang menentukan parameter.

    4. Untuk Masukkan parameter alur kerja secara manual, masukkan nama dan deskripsi parameter secara manual.

11. Di panel pratinjau Parameter, Anda dapat meninjau atau mengubah parameter untuk versi alur kerja ini. Jika Anda mengembalikan JSON file, Anda kehilangan perubahan lokal yang Anda buat.

12. Pilih Berikutnya.

13. Tinjau konfigurasi versi, lalu pilih Buat versi.

Saat versi dibuat, konsol kembali ke halaman detail alur kerja dan menampilkan versi baru di tabel Alur Kerja dan versi.

Buat versi alur kerja menggunakan CLI

Anda dapat membuat versi alur kerja menggunakan operasi CreateWorkflowVersion API. Untuk parameter opsional, HealthOmics gunakan default berikut:

Parameter	Default
Engine	Ditentukan dari definisi alur kerja
Jenis penyimpanan	Statis
Kapasitas penyimpanan (untuk penyimpanan statis)	1200 GiB
Utama	Ditentukan berdasarkan isi folder definisi alur kerja. Lihat perinciannya di HealthOmics persyaratan definisi alur kerja.
Akselerator	none
Tanda	none

Contoh CLI berikut membuat versi alur kerja dengan penyimpanan statis sebagai penyimpanan run default:

aws omics create-workflow-version \
--workflow-id 1234567  \
--version-name "my_version" \
--engine WDL \
--definition-zip fileb://workflow-crambam.zip \
--description "my version description" \
--main file://workflow-params.json \
--parameter-template file://workflow-params.json \
--storage-type='STATIC'   \
--storage-capacity 1200   \
--tags example123=string  \
--accelerators GPU

Jika file definisi alur kerja Anda terletak di folder Amazon S3, masukkan lokasi menggunakan parameter, definition-uri bukan. definition-zip Untuk informasi selengkapnya, lihat CreateWorkflowVersiondi AWS HealthOmics API Referensi.

Anda menerima tanggapan berikut create-workflow-version atas permintaan tersebut.

{
  "workflowId": "1234567",
  "versionName": "my_version",
  "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567/version/3",
  "status": "ACTIVE",
  "tags": {
    "environment": "production",
    "owner": "team-alpha"
  },
  "uuid": "0ac9a563-355c-fc7a-1b47-a115167af8a2"
}   

Membuat versi alur kerja menggunakan SDK

Anda dapat membuat alur kerja menggunakan salah satu. SDKs

Contoh berikut menunjukkan cara membuat versi alur kerja menggunakan Python SDK

import boto3

omics = boto3.client('omics')

with open('definition.zip', 'rb') as f:
   definition = f.read()

response = omics.create_workflow_version(
   workflowId='1234567',
   versionName='my_version',
   requestId='my_request_1'
   definitionZip=definition,
   parameterTemplate={ ... }
)     

Verifikasi status versi alur kerja

Setelah membuat versi alur kerja, Anda dapat memverifikasi status dan melihat detail alur kerja lainnya menggunakan get-workflow-version, seperti yang ditunjukkan.

aws omics get-workflow-version 
--workflow-id 9876543
--version-name "my_version"

Respons memberi Anda detail alur kerja Anda, termasuk status, seperti yang ditunjukkan.

{
  "workflowId": "1234567",
  "versionName": "3.0.0",
  "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567/version/3.0.0",
  "status": "ACTIVE",
  "description": ...
  "uuid": "0ac9a563-355c-fc7a-1b47-a115167af8a2"
}   

Sebelum Anda dapat memulai proses dengan versi alur kerja ini, status harus bertransisi keACTIVE.