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ワークフローの作成または更新
プライベートワークフローを作成するには、以下が必要です。
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Workflow definition file: WDL、Nextflow、または で記述されたワークフロー定義ファイルCWL。ワークフロー定義は、ワークフローを使用する実行の入力と出力を指定します。また、コンピューティングやメモリの要件など、ワークフローの実行タスクと実行タスクの仕様も含まれています。ワークフロー定義ファイルは
.zip形式である必要があります。詳細については、HealthOmics のワークフロー定義ファイル」を参照してください。 -
Parameter template file (オプション): で記述されたパラメータテンプレートファイルJSON。ファイルを作成して実行パラメータを定義するか、HealthOmics がパラメータテンプレートを生成します。詳細については、HealthOmics ワークフローのパラメータテンプレートファイル」を参照してください。
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Amazon ECR container images: ワークフローのコンテナイメージを作成し、プライベート Amazon ECR リポジトリに保存します。
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Sentieon licenses (オプション): プライベートワークフローでSentieonソフトウェアを使用するSentieonライセンスをリクエストします。
4 MiB (圧縮) を超えるワークフロー定義ファイルの場合、ワークフローの作成時に次のいずれかのオプションを選択します。
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Amazon Simple Storage Service フォルダにアップロードし、場所を指定します。
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外部リポジトリ (最大サイズ 1 GiB) にアップロードし、リポジトリの詳細を指定します。
ワークフローを作成したら、 UpdateWorkflowオペレーションを使用して次のワークフロー情報を更新できます。
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名前
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説明
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デフォルトのストレージタイプ
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デフォルトのストレージ容量 (ワークフロー ID を使用）
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README.md ファイル
ワークフロー内のその他の情報を変更するには、新しいワークフローまたはワークフローバージョンを作成します。
ワークフローのバージョニングを使用して、ワークフローを整理および構造化します。バージョンは、反復ワークフロー更新の導入を管理するのにも役立ちます。バージョンの詳細については、「ワークフローバージョンを作成する」を参照してください。
