HealthOmics ワークフローと Git ベースのリポジトリの統合

ワークフロー (またはワークフローバージョン) を作成するときは、ワークフロー定義を指定して、ワークフロー、実行、タスクに関する情報を指定します。HealthOmics は、ワークフロー定義を .zip アーカイブ (ローカルまたは Amazon S3 バケットに保存) として、またはサポートされている Git ベースのリポジトリから取得できます。

HealthOmics と Git ベースのリポジトリを統合すると、次の機能が有効になります。

• パブリック、プライベート、セルフマネージドインスタンスからの直接ワークフローの作成。

• リポジトリからのワークフロー README ファイルとパラメータテンプレートの統合。

• GitHub、GitLab、Bitbucket リポジトリのサポート。

Git ベースのリポジトリを使用することで、ワークフロー定義ファイルと入力パラメータテンプレートファイルをダウンロードし、.zip アーカイブを作成し、アーカイブを S3 にステージングする手動手順を回避できます。これにより、次のようなシナリオのワークフロー作成が簡素化されます。

1. nf-core などの一般的なオープンソースワークフローをすばやく使い始める必要があります。HealthOmics は、GitHub の nf-core リポジトリからすべてのワークフロー定義と入力パラメータテンプレートファイルを自動的に取得し、これらのファイルを使用して新しいワークフローを作成します。

2. GitHub のパブリックワークフローを使用しており、いくつかの新しい更新が利用可能になりました。GitHub で更新されたワークフロー定義をソースとして使用して、新しい HealthOmics ワークフローバージョンを簡単に作成できます。ワークフローのユーザーは、元のワークフローまたは作成した新しいワークフローバージョンを選択できます。

3. チームは、公開されていない独自のパイプラインを構築しています。プライベート git リポジトリにコードを保持し、このワークフロー定義を HealthOmics ワークフローに使用します。チームは、反復ワークフロー開発ライフサイクルの一環としてワークフロー定義を頻繁に更新します。必要に応じて、プライベートリポジトリから新しいワークフローバージョンを簡単に作成できます。

サポートされている Git ベースのリポジトリ

HealthOmics は、次の Git ベースのプロバイダーのパブリックリポジトリとプライベートリポジトリをサポートしています。

• GitHub

• GitLab

• Bitbucket

HealthOmics は、次の Git ベースのプロバイダーのセルフマネージドリポジトリをサポートしています。

• GitHubEnterpriseServer

• GitLabSelfManaged

HealthOmics は、GitHub、GitLab、Bitbucket のクロスアカウント接続の使用をサポートしています。AWS Resource Access Manager を使用して共有アクセス許可を設定します。例については、「 CodePipeline ユーザーガイド」の「共有接続」を参照してください。

外部コードリポジトリへの接続を設定する

AWS CodeConnection を使用してワークフローを Git ベースのリポジトリに接続します。HealthOmics は、この接続を使用してソースコードリポジトリにアクセスします。

注記

AWS CodeConnections サービスは、il-central-1 リージョンでは使用できません。このリージョンでは、リポジトリからワークフローまたはワークフローバージョンを作成するようにサービス us-east-1 を設定します。

接続を作成する

接続を作成する前に、「 デベロッパーコンソールツールユーザーガイド」の「接続の設定」の手順に従います。

接続を作成するには、「 デベロッパーコンソールツールユーザーガイド」の「接続の作成」の手順に従います。

接続の認可を設定する

プロバイダーの OAuth フローを使用して接続を承認する必要があります。使用AVAILABLEする前に、接続ステータスが であることを確認します。

例については、ブログ記事「How to Create an AWS HealthOmics Workflows from Content in Git」を参照してください。

セルフマネージドリポジトリへのアクセス

GitLab セルフマネージドリポジトリへの接続を設定するには、ホストの作成時に管理者の個人用アクセストークンを使用します。後続の接続作成は、顧客のアカウントで Oauth にアクセスします。

次の例では、GitLab セルフマネージドリポジトリへの接続を設定します。

1. 管理者ユーザーの個人用アクセストークンへのアクセスを設定します。

   GitLab セルフマネージドリポジトリで PAT を設定するには、GitLab Docs の「個人用アクセストークン」を参照してください。

2. ホストを作成する

   1. CodePipeline>Settings>Connections に移動します。

   2. ホスト タブを選択し、ホストの作成 を選択します。

   3. 以下のフィールドを設定します。

      • ホストの名前を入力する

      • プロバイダータイプで、GitLab セルフマネージド を選択します。

      • ホスト URL を入力する

      • ホストが VPC で定義されている場合は、VPC 情報を入力します。

   4. Create Host を選択します。これにより、ホストが PENDING 状態で作成されます。

   5. セットアップを完了するには、ホストのセットアップを選択します。

   6. 管理者ユーザーの個人用アクセストークン (PAT) を入力し、続行を選択します。

3. 接続を作成するには

   1. Connections タブで Create Connections を選択します。

   2. プロバイダータイプで、GitLab セルフマネージドを選択します。

   3. Connection Settings>Enter Connection Name に、以前に作成したホスト URL を入力します。

   4. GitLab セルフマネージドインスタンスに VPC 経由でのみアクセスできる場合は、VPC の詳細を設定します。

   5. 保留中の接続の更新を選択します。モーダルウィンドウは GitLab ログインページにリダイレクトします。

   6. お客様のアカウントのユーザー名とパスワードを入力し、認可プロセスを完了します。

   7. 初めてセットアップする場合は、AWS Connector for Gitlab セルフマネージドを承認する を選択します。

外部コードリポジトリに関連するクォータ

HealthOmics と外部コードリポジトリの統合の場合、リポジトリ、各リポジトリファイル、および各 README ファイルの最大サイズがあります。詳細については、「HealthOmics ワークフローの固定サイズクォータ」を参照してください。

必要な IAM 許可

アイデンティティベースの IAM ポリシーに次のアクションを追加します。

   "codeconnections:CreateConnection",
   "codeconnections:GetConnection",
   "codeconnections:GetHost",
   "codeconnections:ListConnections",
   "codeconnections:UseConnection"