HealthOmics 워크플로 정의의 태스크 리소스

워크플로 정의에서 각 작업에 대해 다음을 정의합니다.

• 작업의 컨테이너 이미지입니다. 자세한 내용은 프라이빗 워크플로용 컨테이너 이미지 섹션을 참조하세요.

• 작업에 필요한 CPUs 및 메모리 수입니다. 자세한 내용은 HealthOmics 작업에 대한 컴퓨팅 및 메모리 요구 사항 섹션을 참조하세요.

• 실행에 대해 활성화된 /tmp 경우 작업이에서 사용할 수 있는 선택적 작업당 임시 스토리지입니다. 자세한 내용은 HealthOmics 워크플로 작업을 위한 임시 스토리지 섹션을 참조하세요.

HealthOmics는 실행 중인 모든 작업이 액세스할 수 있는 실행 스토리지를 제공합니다. 자세한 내용은 HealthOmics 워크플로에서 스토리지 유형 실행 섹션을 참조하세요.

WDL

task my_task {
   runtime {
      container: "<aws-account-id>.dkr.ecr.<aws-region>.amazonaws.com/<image-name>"
      cpu: 2
      memory: "4 GB"
      disks: "100 GiB"                 # optional
   }
   ...
}          

WDL 워크플로의 경우 HealthOmics는 서비스 오류로 인해 실패한 작업에 대해 최대 2회의 재시도를 시도합니다(API 요청은 5XX HTTP 상태 코드를 반환함). 작업 재시도에 대한 자세한 내용은 섹션을 참조하세요작업 재시도.

WDL 정의 파일에서 작업에 대해 다음 구성을 지정하여 재시도 동작을 옵트아웃할 수 있습니다.

runtime {
   preemptible: 0
}           

NextFlow

process my_task {
   container "<aws-account-id>.dkr.ecr.<aws-region>.amazonaws.com/<image-name>"
   cpus 2
   memory "4 GiB"
   disk '100 GB'                       // optional
   ...
}          

CWL

cwlVersion: v1.2
class: CommandLineTool
requirements:
    DockerRequirement:
        dockerPull: "<aws-account-id>.dkr.ecr.<aws-region>.amazonaws.com/<image-name>"
    ResourceRequirement:
        coresMax: 2
        ramMax: 4000 # specified in mebibytes
        tmpdirMin: 102400 # 100 gibibytes expressed in mebibytes