Recursos de tarefas em uma definição de HealthOmics fluxo de trabalho

Na definição do fluxo de trabalho, defina o seguinte para cada tarefa:

• A imagem do contêiner para a tarefa. Para obter mais informações, consulte Imagens de contêiner no Amazon ECR para fluxos de trabalho privados.

• O número CPUs e a memória necessários para a tarefa. Para obter mais informações, consulte Requisitos de computação e memória para tarefas HealthOmics .

HealthOmics ignora todas as especificações de armazenamento por tarefa. HealthOmics fornece armazenamento de execução que todas as tarefas em execução podem acessar. Para obter mais informações, consulte Execute tipos de armazenamento em HealthOmics fluxos de trabalho.

WDL

task my_task {
   runtime {
      container: "<aws-account-id>.dkr.ecr.<aws-region>.amazonaws.com/<image-name>"
      cpu: 2
      memory: "4 GB"
   }
   ...
}          

Para um fluxo de trabalho WDL, tente até duas HealthOmics tentativas para uma tarefa que falha devido a erros de serviço (a solicitação de API retorna um código de status HTTP 5XX). Para obter mais informações sobre novas tentativas de tarefas, consulteTentativas de tarefas.

Você pode desativar o comportamento de nova tentativa especificando a seguinte configuração para a tarefa no arquivo de definição da WDL:

runtime {
   preemptible: 0
}           

NextFlow

process my_task {
   container "<aws-account-id>.dkr.ecr.<aws-region>.amazonaws.com/<image-name>"
   cpus 2
   memory "4 GiB"
   ...
}          

CWL

cwlVersion: v1.2
class: CommandLineTool
requirements:
    DockerRequirement:
        dockerPull: "<aws-account-id>.dkr.ecr.<aws-region>.amazonaws.com/<image-name>"
    ResourceRequirement:
        coresMax: 2
        ramMax: 4000 # specified in mebibytes