Execute o ciclo de vida em um fluxo de trabalho HealthOmics

Você pode acompanhar o progresso de uma execução monitorando o status da execução. HealthOmics atualiza o status da execução à medida que a execução prossegue em seu ciclo de vida.

Você pode recuperar o status de execução usando qualquer um dos seguintes métodos:

• O HealthOmics console exibe o status de cada execução na Runs página.

• A operação GetRun da API retorna o status de execução atual.

• Você pode monitorar o status da execução usando EventBridge eventos. Para obter mais informações, consulte Usando EventBridge com AWS HealthOmics.

Valores de status de execução

Quando você inicia uma execução, HealthOmics define o status da execução comoPending. Conforme a execução avança em seu ciclo de vida, HealthOmics atualiza o valor do status para refletir seu progresso atual.

nota

Você não incorre em cobranças durante nenhum status de corrida que não seja em Execução. Consulte a próxima seção para obter detalhes.

HealthOmics suporta os seguintes valores de status de execução:

Pendente

A corrida está na fila, esperando para começar. Normalmente, as execuções permanecem pendentes por um breve período antes de começarem.

• As execuções podem permanecer pendentes por mais tempo se você enviar vários trabalhos ao mesmo tempo.

• As execuções permanecem pendentes após sua conta atingir o número máximo de execuções simultâneas.

• Uma execução permanece em Pendente se a execução fizer parte de um grupo de execução que atingiu qualquer um dos valores máximos de seus recursos.

• Você pode ajustar as prioridades de execução para que execuções específicas em fila comecem antes das outras. Para obter mais informações sobre a prioridade de execução, consultePrioridade de execução.

Starting

HealthOmics cria a execução e provisiona os recursos necessários para a execução (como o armazenamento temporário da execução e o nó do mecanismo).

• HealthOmics provisiona o armazenamento temporário de execução no início da execução e desprovisiona o armazenamento de execução quando a execução está sendo interrompida.

Em execução

Uma execução permanece no status Executando durante o processo de importação, o processamento de cada tarefa e o processo de exportação.

• HealthOmics importa os arquivos de entrada para o sistema de arquivos de armazenamento de execução temporária. Os arquivos de entrada são somente para leitura, para evitar que as tarefas modifiquem as entradas para outras tarefas em um fluxo de trabalho.

• Durante a exportação do arquivo, HealthOmics exporta os arquivos de saída do sistema de arquivos de armazenamento executado para o local do S3.

• HealthOmics entrega os registros de execução e os registros de tarefas CloudWatch em tempo real enquanto o status de execução é Executando. Para obter mais informações, consulte Login CloudWatch .

Parando

Após a conclusão do processo de exportação, a execução passa para o status Interrompendo.

• HealthOmics desprovisiona todos os recursos (incluindo o sistema de arquivos de armazenamento em execução e o nó do mecanismo).

Concluído

A execução muda para Concluída após HealthOmics concluir o desprovisionamento do recurso.

• HealthOmics concluiu todas as tarefas de execução e exportou os dados de saída sem erros.

• As saídas de execução estão disponíveis no local de saída especificado do URI do Amazon S3. Para WDL e CWL, HealthOmics gera um arquivo de resumo da saída de execução, que fornece informações sobre o. HealthOmics saídas de execução

• Os registros do manifesto de execução final e os registros do mecanismo (se aplicável) estão disponíveis em CloudWatch.

• Para execuções que oferecem suporte a novas tentativas de tarefas, uma execução com status Concluído pode incluir uma ou mais tarefas que falharam. Desde que uma nova tentativa de tarefa seja bem-sucedida para cada tarefa que falhou, a execução será HealthOmics transferida para Concluída. HealthOmics atribui um novo ID de tarefa a cada nova tentativa, de modo que a execução inclua a tarefa IDs para as tentativas malsucedidas e a tentativa concluída.

Falha

HealthOmics encontrou um ou mais erros e não conseguiu concluir todas as tarefas de execução.

• Uma execução com falha passa pelo status de parada enquanto HealthOmics desprovisiona os recursos.

Cancelado

Um usuário iniciou uma solicitação para cancelar a execução.

• HealthOmics interrompe qualquer tarefa em execução e desprovisiona todos os recursos.

• HealthOmics não exporta nenhum dado de saída de execução quando um usuário cancela uma execução. Você não tem acesso a nenhum arquivo intermediário para uma execução cancelada.

• Sua conta incorre em cobranças pelas tarefas e recursos que a execução consumiu durante o status Em execução antes do cancelamento.

• Não haverá cobranças se você cancelar uma corrida no status Pendente ou Inicial.

Tentativas de tarefas

Se uma tarefa falhar durante uma execução, HealthOmics tente novamente, nas seguintes situações:

• Para um fluxo de trabalho WDL, HealthOmics oferece suporte à repetição de tarefas quando a tarefa falhou devido a erros de serviço (códigos de status HTTP 5XX).

  Por padrão, HealthOmics tenta até duas tentativas de uma tarefa com falha. Você pode desativar as novas tentativas de tarefas configurando o arquivo de definição da WDL. Para obter uma configuração de exemplo, consulte Recursos de tarefas em uma definição de HealthOmics fluxo de trabalho.

• Para um fluxo de trabalho Nextflow, você pode configurar condições de nova tentativa para tarefas na definição do fluxo de trabalho.

• Se todas as tarefas na execução forem concluídas, mesmo que sejam necessárias novas tentativas, a execução será HealthOmics transferida para Concluída.

• HealthOmics atribui um novo ID de tarefa a cada nova tentativa, de modo que a execução inclua a tarefa IDs para as tentativas malsucedidas e a tentativa concluída.

Implicações de preços do status de execução

Sua conta pode incorrer em cobranças enquanto o status de execução estiver em execução. Você não incorre em cobranças durante nenhum outro status de execução. Por exemplo, não há cobrança por recursos quando a execução está iniciando ou parando.

Uma execução com o status Em execução tem as seguintes implicações de cobrança:

• Sua conta incorre em cobranças pelo uso do sistema de arquivos de armazenamento em execução enquanto o status de execução é Executando. Para obter informações sobre os tipos de armazenamento de execução, consulteExecute tipos de armazenamento em HealthOmics fluxos de trabalho.

• Sua conta incorre em cobranças pela execução de tarefas, com base nos recursos de computação e memória que você especificou para cada tarefa na definição do fluxo de trabalho e com base na duração da tarefa. Para obter mais informações, consulte Requisitos de computação e memória para tarefas HealthOmics .

• Cada tarefa tem um limite mínimo de cobrança de um minuto. Se você executar uma tarefa por menos de um minuto, incorrerá em uma cobrança pelo mínimo de um minuto de uso. Se possível, agrupe pequenas tarefas para otimizar os custos. O agrupamento de tarefas também reduz o tempo de execução, evitando a criação de várias tarefas sequenciais.

Para obter informações adicionais sobre HealthOmics preços, consulte os HealthOmics Preços.