创建或更新工作流程 - AWS HealthOmics

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创建或更新工作流程

要创建私有工作流程，您需要：

  • Workflow definition file：用WDL、Nextflow或写入的工作流程定义文件CWL。工作流定义为使用该工作流的运行指定输入和输出。它还包括工作流程的运行和运行任务规范，包括计算和内存要求。工作流程定义文件必须采用.zip格式。有关更多信息，请参阅中的工作流定义文件 HealthOmics。

  • Parameter template file（可选）：写入的参数模板文件JSON。创建文件来定义运行参数，或者为您 HealthOmics 生成参数模板。有关更多信息，请参阅 HealthOmics 工作流程的参数模板文件。

  • Amazon ECR container images：为工作流程创建容器映像并将其存储在私有 Amazon ECR 存储库中。

  • Sentieon licenses（可选）：申请Sentieon许可证，以便在私有工作流程中使用该Sentieon软件。

对于大于 4 MiB（已压缩）的工作流定义文件，请在创建工作流程时选择以下选项之一：

  • 上传到 Amazon 简单存储服务文件夹并指定位置。

  • 上传到外部存储库（最大大小 1 GiB）并指定存储库的详细信息。

创建工作流程后，您可以通过该UpdateWorkflow操作更新以下工作流信息：

  • 名称

  • 描述

  • 默认存储类型

  • 默认存储容量（带工作流程 ID）

  • README.md 文件

要更改工作流程中的其他信息，请创建新的工作流程或工作流程版本。

使用工作流版本控制来组织和构造您的工作流程。版本还可以帮助您管理迭代工作流程更新的引入。有关版本的更多信息，请参阅创建工作流程版本。

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