建立或更新工作流程 - AWS HealthOmics

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建立或更新工作流程

若要建立私有工作流程，您需要：

  • Workflow definition file：以 WDL、 Nextflow或 撰寫的工作流程定義檔案CWL。工作流程定義會指定使用工作流程之執行的輸入和輸出。它還包含工作流程執行和執行任務的規格，包括運算和記憶體需求。工作流程定義檔案必須為 .zip 格式。如需詳細資訊，請參閱 HealthOmics 中的工作流程定義檔案。

  • Parameter template file （選用）：以 寫入的參數範本檔案JSON。建立 檔案以定義執行參數，或 HealthOmics 會為您產生參數範本。如需詳細資訊，請參閱 HealthOmics 工作流程的參數範本檔案。

  • Amazon ECR container images：建立工作流程的容器映像，並將其存放在私有 Amazon ECR 儲存庫中。

  • Sentieon licenses （選用）：請求在私有工作流程中使用Sentieon軟體Sentieon的授權。

對於大於 4 MiB （壓縮） 的工作流程定義檔案，請在工作流程建立期間選擇下列其中一個選項：

  • 上傳至 Amazon Simple Storage Service 資料夾並指定位置。

  • 上傳至外部儲存庫 （大小上限為 1 GiB)，並指定儲存庫詳細資訊。

建立工作流程之後，您可以使用 UpdateWorkflow操作更新下列工作流程資訊：

  • 名稱

  • 描述

  • 預設儲存類型

  • 預設儲存容量 （使用工作流程 ID)

  • README.md 檔案

若要變更工作流程中的其他資訊，請建立新的工作流程或工作流程版本。

使用工作流程版本控制來組織和建構您的工作流程。版本也可協助您管理反覆工作流程更新的簡介。如需有關版本的詳細資訊，請參閱建立工作流程版本。

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