Crear o actualizar un flujo de trabajo

Para crear un flujo de trabajo privado, necesitas:

• Workflow definition file: un archivo de definición de flujo de trabajo escrito en WDLNextflow, oCWL. La definición del flujo de trabajo especifica las entradas y salidas de las ejecuciones que utilizan el flujo de trabajo. También incluye especificaciones para las ejecuciones y tareas de ejecución del flujo de trabajo, incluidos los requisitos de procesamiento y memoria. El archivo de definición del flujo de trabajo debe estar en .zip formato. Para obtener más información, consulte Archivos de definición de flujo de trabajo en HealthOmics.

• Parameter template file(opcional): un archivo de plantilla de parámetros escrito en élJSON. Cree el archivo para definir los parámetros de ejecución o HealthOmics genere automáticamente la plantilla de parámetros. Para obtener más información, consulte Archivos de plantillas de parámetros para HealthOmics flujos de trabajo.

• Amazon ECR container images: cree imágenes de contenedor para el flujo de trabajo y guárdelas en un repositorio privado de Amazon ECR.

• Sentieon licenses(opcional): solicite una Sentieon licencia para usar el Sentieon software en flujos de trabajo privados.

Para archivos de definición de flujo de trabajo de más de 4 MiB (comprimidos), elija una de estas opciones durante la creación del flujo de trabajo:

• Cárguelo en una carpeta de Amazon Simple Storage Service y especifique la ubicación.

• Cargue en un repositorio externo (tamaño máximo de 1 GiB) y especifique los detalles del repositorio.

Tras crear un flujo de trabajo, puede actualizar la siguiente información del flujo de trabajo con la UpdateWorkflow operación:

• Nombre

• Descripción

• Tipo de almacenamiento predeterminado

• Capacidad de almacenamiento predeterminada (con ID de flujo de trabajo)

• Archivo README.md

Para cambiar otra información del flujo de trabajo, cree un nuevo flujo de trabajo o versión del flujo de trabajo.

Utilice el control de versiones del flujo de trabajo para organizar y estructurar sus flujos de trabajo. Las versiones también le ayudan a gestionar la introducción de actualizaciones iterativas del flujo de trabajo. Para obtener más información acerca de las versiones, consulte Crear una versión de flujo de trabajo.

Temas

• Crear un flujo de trabajo privado

• Actualizar un flujo de trabajo privado

• Eliminar un flujo de trabajo privado

• Compruebe el estado del flujo de trabajo

• Hacer referencia a los archivos del genoma a partir de una definición de flujo de trabajo