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Création de flux de travail privés dans HealthOmics
Les flux de travail privés dépendent de diverses ressources que vous créez et configurez avant de créer le flux de travail :
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Workflow definition file: un fichier de définition de flux de travail écrit en WDLNextflow, ouCWL. La définition du flux de travail spécifie les entrées et les sorties pour les exécutions qui utilisent le flux de travail. Il inclut également des spécifications pour les exécutions et les tâches d'exécution pour votre flux de travail, y compris les exigences en matière de calcul et de mémoire. Le fichier de définition du flux de travail doit être au
.zipformat. Pour plus d'informations, consultez la section Fichiers de définition du flux de travail dans HealthOmics. -
Parameter template file(facultatif) : un fichier de modèle de paramètres écrit dansJSON. Créez le fichier pour définir les paramètres d'exécution ou HealthOmics générez le modèle de paramètres pour vous. Pour plus d'informations, consultez la section Fichiers modèles de paramètres pour les HealthOmics flux de travail.
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Amazon ECR container images: créez des images de conteneur pour le flux de travail et stockez-les dans un référentiel Amazon ECR privé.
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Sentieon licenses(facultatif) : demandez une Sentieon licence pour utiliser le Sentieon logiciel dans des flux de travail privés.
Vous pouvez éventuellement exécuter un linter sur la définition du flux de travail avant ou après la création du flux de travail. La linter rubrique décrit les linters disponibles dans. HealthOmics
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