Risoluzione dei problemi

I seguenti argomenti possono aiutarti a risolvere i problemi che si verificano durante l'utilizzo di flussi di lavoro e archivi di dati. HealthOmics

Risoluzione dei flussi di lavoro

Argomenti

• Come posso risolvere un'esecuzione non riuscita?

• Come posso risolvere un'operazione non riuscita?

• Dove posso trovare i registri del motore relativi alle esecuzioni completate con successo?

• Come posso ridurre la dimensione dei parametri di input per un flusso di lavoro?

• Perché la mia corsa non si completa?

Come posso risolvere un'esecuzione non riuscita?

Utilizza l'operazione GetRunAPI per recuperare il motivo dell'errore. Per ulteriori informazioni, consulta Motivi dell'errore di esecuzione.

Come posso risolvere un'operazione non riuscita?

Esamina il codice di errore contenuto nel messaggio di errore dell'attività per comprendere l'errore. Controlla i registri dell'attività CloudWatch per visualizzare i messaggi di registrazione dettagliati relativi all'attività. Se non ricevi messaggi di registro dettagliati, puoi modificare il flusso di lavoro per generare istruzioni di registro aggiuntive. Per ulteriori informazioni, consulta Monitoraggio HealthOmics con CloudWatch registri.

Dove posso trovare i registri del motore relativi alle esecuzioni completate con successo?

HealthOmics pubblica i log solo CloudWatch per le esecuzioni non riuscite. Se un'esecuzione viene completata correttamente, HealthOmics invia i log del motore al tuo bucket Amazon S3. Per ulteriori informazioni, consulta Accedere ad Amazon S3.

Come posso ridurre la dimensione dei parametri di input per un flusso di lavoro?

È possibile specificare fino a 50 KB di parametri di input per un flusso di lavoro. È possibile utilizzare le importazioni di directory o i fogli di esempio per rispettare questo limite di dimensione. Per ulteriori informazioni, consulta Gestione delle dimensioni dei parametri di esecuzione.

Perché la mia corsa non si completa?

Se ci sono problemi con il codice e i processi non sono terminati correttamente, l'esecuzione potrebbe non rispondere o «bloccarsi». Per ulteriori informazioni su come prevenire e catturare le corse che non rispondono, vedere. Guida per le esecuzioni che non rispondono

Risoluzione dei problemi relativi alla memorizzazione nella cache delle chiamate

I seguenti argomenti possono aiutarti a risolvere i problemi che si verificano con la memorizzazione nella cache delle chiamate.

Argomenti

• Perché la mia corsa non viene salvata nella cache?

• Perché un'attività non utilizza la voce della cache?

Perché la mia corsa non viene salvata nella cache?

1. Verifica che l'esecuzione sia configurata per utilizzare una cache controllando il campo CacheID nella risposta dell'operazione GetRun API. Utilizzando la CLI, esegui questo comando:. aws omics get-run —id <run_id>

2. Se l'esecuzione è andata a buon fine, verifica che il comportamento della cache restituito nella GetRun risposta sia CACHE_ALWAYS. Se il comportamento della cache è impostato su CACHE_ON_FAILURE, le esecuzioni verranno salvate nella cache solo quando falliscono.

Perché un'attività non utilizza la voce della cache?

<cache_id><cache_uuid>Nel gruppo di /aws/omics/WorkflowLog CloudWatch log, apri il flusso di log per la cache di esecuzione: runCache//.

1. Verificate che un'esecuzione precedente abbia creato una voce nella cache per l'operazione che vi aspettavate fosse memorizzata nella cache. Le esecuzioni salvate nella cache verranno registrate con un messaggio di registro CACHE_ENTRY_CREATED.

2. Individuate il registro CACHE_MISS relativo all'attività ed eseguitela completata. Se non è presente alcuna voce di registro, verifica che l'esecuzione sia stata configurata per utilizzare la cache.

3. Se è stata creata una voce nella cache, verificate che la CPUs memoria GPUs e il container digest siano identici per entrambe le attività. L'ARN dell'attività che ha creato la voce della cache si trova nel messaggio di registro.

4. Se i requisiti di calcolo per entrambe le attività corrispondono, verifica che gli input non siano cambiati tra le attività. Per fare ciò, apri i registri del motore. Se l'esecuzione ha lo stato FAILED, i log si troveranno in Cloudwatch Log Group/. aws/omics/WorkflowLog Altrimenti, i log del motore possono essere trovati nella directory di output dell'esecuzione.

Risoluzione dei problemi degli archivi dati

Argomenti

• Perché S3 GetObject non funziona sul mio set di lettura?

• Perché non riesco a vedere il mio negozio di annotazioni o il mio negozio di varianti in Athena?

• Perché non riesco ad accedere al mio archivio dati in Athena?

Perché S3 GetObject non funziona sul mio set di lettura?

Nella maggior parte dei casi, l'errore è dovuto alla mancanza di un'autorizzazione. L'autorizzazione di lettura di Sequence Store S3 è una configurazione bidirezionale che richiede sia la policy di accesso di Sequence Store S3 per consentire l'accesso sia la policy di accesso associata al principale IAM una policy che consenta l'accesso. Per maggiori dettagli sui requisiti della policy, consulta. Autorizzazioni per l'accesso ai dati tramite Amazon S3 URIs Verifica che siano presenti le seguenti configurazioni:

• La policy di accesso di Sequence Store S3 ha consentito esplicitamente l'accesso al principale IAM o alla radice dell'account del principale.

• Verifica che il principale IAM disponga di una politica che fornisca esplicitamente l'autorizzazione alla risorsa a cui si accede. Tieni presente che la policy principale di IAM deve utilizzare l'ARN del punto di accesso e non il percorso basato sull'alias del punto di accesso quando definisce le autorizzazioni e che l'ARN è nella condizione e non viene utilizzato per specificare una risorsa.

• Se il tuo negozio utilizza una chiave gestita dal cliente (CMK-KMS), assicurati che il responsabile IAM disponga delle autorizzazioni di decrittografia sulla chiave. kms: Consulta la guida all'accesso KMS su più account per configurare l'utilizzo tra account.

Se hai una politica che utilizza controlli di accesso basati su tag, assicurati quanto segue:

• Assicurati che l'archivio delle sequenze abbia terminato la sincronizzazione dei tag. Per questo, lo stato del negozio deve essere active e non updating esserlo.

• Assicurati che non vi siano errori di battitura nella chiave del tag o nel valore della chiave sul set di lettura e sulla policy.

Perché non riesco a vedere il mio negozio di annotazioni o il mio negozio di varianti in Athena?

In Lake Formation, assicurati di creare un link alla risorsa basato sul negozio che è stato condiviso con te. Dopo aver creato un link a una risorsa a cui sei autorizzato ad accedere, il negozio dovrebbe essere visibile in Athena. Per ulteriori informazioni, consulta Configurazione di Lake Formation per l'uso HealthOmics.

Perché non riesco ad accedere al mio archivio dati in Athena?

Se il tuo archivio di annotazioni o varianti è visibile ma ricevi un messaggio di errore che indica che l'accesso è negato, controlla quale versione del motore di query stai utilizzando. Sono supportate solo le query eseguite utilizzando la versione 3 del motore. Per ulteriori informazioni sulle versioni del motore di query Athena, consulta la documentazione di Amazon Athena.