이 설명서는 의 버전 1 AWS CLI 전용입니다. 의 버전 2와 관련된 설명서는 버전 2 사용 설명서 를 AWS CLI참조하세요.
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HealthOmics 사용 예제 AWS CLI
다음 코드 예제에서는 AWS Command Line Interface 와 함께 를 사용하여 작업을 수행하고 일반적인 시나리오를 구현하는 방법을 보여줍니다 HealthOmics.
작업은 대규모 프로그램에서 발췌한 코드이며 컨텍스트에 맞춰 실행해야 합니다. 작업은 개별 서비스 함수를 직접적으로 호출하는 방법을 보여주며 관련 시나리오의 컨텍스트에 맞는 작업을 볼 수 있습니다.
각 예제에는 컨텍스트에서 코드를 설정하고 실행하는 방법에 대한 지침을 찾을 수 있는 전체 소스 코드에 대한 링크가 포함되어 있습니다.
주제
작업
다음 코드 예시에서는 abort-multipart-read-set-upload
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
멀티파트 읽기 세트 업로드를 중지하려면
다음
abort-multipart-read-set-upload
예제에서는 HealthOmics 시퀀스 스토어에 멀티파트 읽기 세트 업로드를 중지합니다.aws omics abort-multipart-read-set-upload \ --sequence-store-id
0123456789
\ --upload-id1122334455
이 명령은 출력을 생성하지 않습니다.
자세한 내용은 AWS HealthOmics 사용 설명서의 시퀀스 스토어에 직접 업로드를 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조AbortMultipartReadSetUpload
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 accept-share
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
분석 스토어 데이터의 공유를 수락하려면
다음
accept-share
예제에서는 HealthOmics 분석 스토어 데이터의 공유를 허용합니다.aws omics accept-share \ ----share-id
"495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a"
출력:
{ "status": "ACTIVATING" }
자세한 내용은 AWS HealthOmics 사용 설명서의 교차 계정 공유를 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조AcceptShare
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 batch-delete-read-set
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
여러 읽기 세트를 삭제하려면
다음
batch-delete-read-set
예제에서는 두 개의 읽기 세트를 삭제합니다.aws omics batch-delete-read-set \ --sequence-store-id
1234567890
\ --ids1234567890
0123456789
지정된 읽기 세트를 삭제하는 동안 오류가 발생하면 서비스가 오류 목록을 반환합니다.
{ "errors": [ { "code": "", "id": "0123456789", "message": "The specified readset does not exist." } ] }
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 스토리지를 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조BatchDeleteReadSet
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 cancel-annotation-import-job
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
주석 가져오기 작업을 취소하려면
다음
cancel-annotation-import-job
예제에서는 ID 를 사용하여 주석 가져오기 작업을 취소합니다04f57618-xmpl-4fd0-9349-e5a85aefb997
.aws omics cancel-annotation-import-job \ --job-id
04f57618-xmpl-4fd0-9349-e5a85aefb997
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics Analytics를 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조CancelAnnotationImportJob
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 cancel-run
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
실행을 취소하려면
다음
cancel-run
예제에서는 ID 를 사용하여 실행을 취소합니다1234567
.aws omics cancel-run \ --id
1234567
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 워크플로를 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조CancelRun
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 cancel-variant-import-job
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
변형 가져오기 작업을 취소하려면
다음
cancel-variant-import-job
예제에서는 ID 를 사용하여 변형 가져오기 작업을 취소합니다69cb65d6-xmpl-4a4a-9025-4565794b684e
.aws omics cancel-variant-import-job \ --job-id
69cb65d6-xmpl-4a4a-9025-4565794b684e
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics Analytics를 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조CancelVariantImportJob
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 complete-multipart-read-set-upload
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
모든 구성 요소를 업로드한 후 멀티파트 업로드를 종료하려면
다음
complete-multipart-read-set-upload
예제에서는 모든 구성 요소가 업로드되면 시퀀스 스토어에 멀티파트 업로드를 완료합니다.aws omics complete-multipart-read-set-upload \ --sequence-store-id
0123456789
\ --upload-id1122334455
\ --parts '[{"checksum":"gaCBQMe+rpCFZxLpoP6gydBoXaKKDA/Vobh5zBDb4W4=","partNumber":1,"partSource":"SOURCE1"}]
'출력:
{ "readSetId": "0000000001" "readSetId": "0000000002" "readSetId": "0000000003" }
자세한 내용은 AWS HealthOmics 사용 설명서의 시퀀스 스토어에 직접 업로드를 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조CompleteMultipartReadSetUpload
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 create-annotation-store-version
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
주석 스토어의 새 버전을 생성하려면
다음
create-annotation-store-version
예제에서는 새 버전의 주석 저장소를 생성합니다.aws omics create-annotation-store-version \ --name
my_annotation_store
\ --version-namemy_version
출력:
{ "creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00", "id": "3b93cdef69d2", "name": "my_annotation_store", "reference": { "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/6505293348/reference/5987565360" }, "status": "CREATING", "versionName": "my_version" }
자세한 내용은 AWS HealthOmics 사용 설명서의 새 버전의 주석 스토어 생성을 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조CreateAnnotationStoreVersion
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 create-annotation-store
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
예제 1: VCF 주석 저장소 생성
다음
create-annotation-store
예제에서는 VCF 형식 주석 저장소를 생성합니다.aws omics create-annotation-store \ --name
my_ann_store
\ --store-formatVCF
\ --referencereferenceArn=arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890
출력:
{ "creationTime": "2022-11-23T22:48:39.226492Z", "id": "0a91xmplc71f", "name": "my_ann_store", "reference": { "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890" }, "status": "CREATING", "storeFormat": "VCF" }
예제 2: TSV 주석 저장소 생성
다음
create-annotation-store
예제에서는 TSV 형식 주석 저장소를 생성합니다.aws omics create-annotation-store \ --name
tsv_ann_store
\ --store-formatTSV
\ --referencereferenceArn=arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890
\ --store-optionsfile://tsv-store-options.json
tsv-store-options.json
는 주석에 대한 형식 옵션을 구성합니다.{ "tsvStoreOptions": { "annotationType": "CHR_START_END_ZERO_BASE", "formatToHeader": { "CHR": "chromosome", "START": "start", "END": "end" }, "schema": [ { "chromosome": "STRING" }, { "start": "LONG" }, { "end": "LONG" }, { "name": "STRING" } ] } }
출력:
{ "creationTime": "2022-11-30T01:28:08.525586Z", "id": "861cxmpl96b0", "name": "tsv_ann_store", "reference": { "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890" }, "status": "CREATING", "storeFormat": "TSV", "storeOptions": { "tsvStoreOptions": { "annotationType": "CHR_START_END_ZERO_BASE", "formatToHeader": { "CHR": "chromosome", "END": "end", "START": "start" }, "schema": [ { "chromosome": "STRING" }, { "start": "LONG" }, { "end": "LONG" }, { "name": "STRING" } ] } } }
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics Analytics를 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조CreateAnnotationStore
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 create-multipart-read-set-upload
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
멀티파트 읽기 세트 업로드를 시작합니다.
다음
create-multipart-read-set-upload
예제에서는 멀티파트 읽기 세트 업로드를 시작합니다.aws omics create-multipart-read-set-upload \ --sequence-store-id
0123456789
\ --nameHG00146
\ --source-file-typeFASTQ
\ --subject-idmySubject
\ --sample-idmySample
\ --description"FASTQ for HG00146"
\ --generated-from"1000 Genomes"
출력:
{ "creationTime": "2022-07-13T23:25:20Z", "description": "FASTQ for HG00146", "generatedFrom": "1000 Genomes", "name": "HG00146", "sampleId": "mySample", "sequenceStoreId": "0123456789", "sourceFileType": "FASTQ", "subjectId": "mySubject", "uploadId": "1122334455" }
자세한 내용은 AWS HealthOmics 사용 설명서의 시퀀스 스토어에 직접 업로드를 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조CreateMultipartReadSetUpload
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 create-reference-store
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
참조 스토어를 생성하려면
다음
create-reference-store
예제에서는 참조 스토어 를 생성합니다my-ref-store
.aws omics create-reference-store \ --name
my-ref-store
출력:
{ "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890", "creationTime": "2022-11-22T22:13:25.947Z", "id": "1234567890", "name": "my-ref-store" }
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 스토리지를 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조CreateReferenceStore
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 create-run-group
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
실행 그룹을 생성하려면
다음
create-run-group
예제에서는 라는 실행 그룹을 생성합니다cram-converter
.aws omics create-run-group \ --name
cram-converter
\ --max-cpus20
\ --max-duration600
출력:
{ "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567", "id": "1234567", "tags": {} }
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 워크플로를 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조CreateRunGroup
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 create-sequence-store
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
시퀀스 스토어를 생성하려면
다음
create-sequence-store
예제에서는 시퀀스 스토어를 생성합니다.aws omics create-sequence-store \ --name
my-seq-store
출력:
{ "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890", "creationTime": "2022-11-23T01:24:33.629Z", "id": "1234567890", "name": "my-seq-store" }
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 스토리지를 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조CreateSequenceStore
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 create-share
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
HealthOmics 분석 스토어의 공유를 생성하려면
다음
create-share
예제에서는 계정 외부의 구독자가 수락할 수 있는 HealthOmics 분석 스토어의 공유를 생성하는 방법을 보여줍니다.aws omics create-share \ --resource-arn
"arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/omics_dev_var_store"
\ --principal-subscriber"123456789012"
\ --name"my_Share-123"
출력:
{ "shareId": "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a", "name": "my_Share-123", "status": "PENDING" }
자세한 내용은 AWS HealthOmics 사용 설명서의 교차 계정 공유를 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조CreateShare
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 create-variant-store
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
변형 스토어를 생성하려면
다음
create-variant-store
예제에서는 라는 변형 스토어를 생성합니다my_var_store
.aws omics create-variant-store \ --name
my_var_store
\ --referencereferenceArn=arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890
출력:
{ "creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z", "id": "02dexmplcfdd", "name": "my_var_store", "reference": { "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890" }, "status": "CREATING" }
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 분석을 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조CreateVariantStore
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 create-workflow
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
워크플로를 생성하려면
다음
create-workflow
예제에서는 WDL 워크플로를 생성합니다.aws omics create-workflow \ --name
cram-converter
\ --engineWDL
\ --definition-zipfileb://workflow-crambam.zip
\ --parameter-templatefile://workflow-params.json
workflow-crambam.zip
는 워크플로 정의를 포함하는 ZIP 아카이브입니다. 는 워크플로의 런타임 파라미터를workflow-params.json
정의합니다.{ "ref_fasta" : { "description": "Reference genome fasta file", "optional": false }, "ref_fasta_index" : { "description": "Index of the reference genome fasta file", "optional": false }, "ref_dict" : { "description": "dictionary file for 'ref_fasta'", "optional": false }, "input_cram" : { "description": "The Cram file to convert to BAM", "optional": false }, "sample_name" : { "description": "The name of the input sample, used to name the output BAM", "optional": false } }
출력:
{ "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567", "id": "1234567", "status": "CREATING", "tags": {} }
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 워크플로를 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조CreateWorkflow
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 delete-annotation-store-versions
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
주석 저장소 버전을 삭제하려면
다음
delete-annotation-store-versions
예제에서는 주석 저장소 버전을 삭제합니다.aws omics delete-annotation-store-versions \ --name
my_annotation_store
\ --versionsmy_version
출력:
{ "errors": [] }
자세한 내용은 AWS HealthOmics 사용 설명서의 새 버전의 주석 스토어 생성을 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조DeleteAnnotationStoreVersions
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 delete-annotation-store
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
주석 저장소를 삭제하려면
다음
delete-annotation-store
예제에서는 라는 주석 저장소를 삭제합니다my_vcf_store
.aws omics delete-annotation-store \ --name
my_vcf_store
출력:
{ "status": "DELETING" }
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 분석을 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조DeleteAnnotationStore
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 delete-reference-store
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
참조 스토어를 삭제하려면
다음
delete-reference-store
예제에서는 ID가 인 참조 스토어를 삭제합니다1234567890
.aws omics delete-reference-store \ --id
1234567890
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 스토리지를 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조DeleteReferenceStore
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 delete-reference
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
참조를 삭제하려면
다음
delete-reference
예제에서는 참조를 삭제합니다.aws omics delete-reference \ --reference-store-id
1234567890
\ --id1234567890
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 스토리지를 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조DeleteReference
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 delete-run-group
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
실행 그룹을 삭제하려면
다음
delete-run-group
예제에서는 ID가 인 실행 그룹을 삭제합니다1234567
.aws omics delete-run-group \ --id
1234567
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 워크플로를 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조DeleteRunGroup
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 delete-run
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
워크플로 실행을 삭제하려면
다음
delete-run
예제에서는 ID가 인 실행을 삭제합니다1234567
.aws omics delete-run \ --id
1234567
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 워크플로를 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조DeleteRun
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 delete-sequence-store
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
시퀀스 스토어를 삭제하려면
다음
delete-sequence-store
예제에서는 ID가 인 시퀀스 스토어를 삭제합니다1234567890
.aws omics delete-sequence-store \ --id
1234567890
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 스토리지를 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조DeleteSequenceStore
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 delete-share
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
HealthOmics 분석 데이터의 공유를 삭제하려면
다음
delete-share
예제에서는 분석 데이터의 교차 계정 공유를 삭제합니다.aws omics delete-share \ --share-id
"495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a"
출력:
{ "status": "DELETING" }
자세한 내용은 AWS HealthOmics 사용 설명서의 교차 계정 공유를 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조DeleteShare
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 delete-variant-store
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
변형 스토어를 삭제하려면
다음
delete-variant-store
예제에서는 라는 변형 스토어를 삭제합니다my_var_store
.aws omics delete-variant-store \ --name
my_var_store
출력:
{ "status": "DELETING" }
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics Analytics를 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조DeleteVariantStore
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 delete-workflow
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
워크플로를 삭제하려면
다음
delete-workflow
예제에서는 ID가 인 워크플로를 삭제합니다1234567
.aws omics delete-workflow \ --id
1234567
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 워크플로를 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조DeleteWorkflow
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 get-annotation-import-job
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
주석 가져오기 작업을 보려면
다음
get-annotation-import-job
예제에서는 주석 가져오기 작업에 대한 세부 정보를 가져옵니다.aws omics get-annotation-import-job \ --job-id
984162c7-xmpl-4d23-ab47-286f7950bfbf
출력:
{ "creationTime": "2022-11-30T01:40:11.017746Z", "destinationName": "tsv_ann_store", "id": "984162c7-xmpl-4d23-ab47-286f7950bfbf", "items": [ { "jobStatus": "COMPLETED", "source": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/targetedregions.bed.gz" } ], "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ", "runLeftNormalization": false, "status": "COMPLETED", "updateTime": "2022-11-30T01:42:39.134009Z" }
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 분석을 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조GetAnnotationImportJob
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 get-annotation-store-version
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
주석 저장소 버전의 메타데이터를 검색하려면
다음
get-annotation-store-version
예제에서는 요청된 주석 저장소 버전의 메타데이터를 검색합니다.aws omics get-annotation-store-version \ --name
my_annotation_store
\ --version-namemy_version
출력:
{ "storeId": "4934045d1c6d", "id": "2a3f4a44aa7b", "status": "ACTIVE", "versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version", "name": "my_annotation_store", "versionName": "my_version", "creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00", "updateTime": "2023-07-21T17:15:56.434223+00:00", "statusMessage": "", "versionSizeBytes": 0 }
자세한 내용은 AWS HealthOmics 사용 설명서의 새 버전의 주석 스토어 생성을 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조GetAnnotationStoreVersion
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 get-annotation-store
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
주석 스토어를 보려면
다음
get-annotation-store
예제에서는 라는 주석 저장소에 대한 세부 정보를 가져옵니다my_ann_store
.aws omics get-annotation-store \ --name
my_ann_store
출력:
{ "creationTime": "2022-11-23T22:48:39.226492Z", "id": "0a91xmplc71f", "name": "my_ann_store", "reference": { "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890" }, "status": "CREATING", "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:annotationStore/my_ann_store", "storeFormat": "VCF", "storeSizeBytes": 0, "tags": {} }
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics Analytics를 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조GetAnnotationStore
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 get-read-set-activation-job
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
읽기 세트 활성화 작업을 보려면
다음
get-read-set-activation-job
예제에서는 읽기 세트 활성화 작업에 대한 세부 정보를 가져옵니다.aws omics get-read-set-activation-job \ --sequence-store-id
1234567890
\ --id1234567890
출력:
{ "completionTime": "2022-12-06T22:33:42.828Z", "creationTime": "2022-12-06T22:32:45.213Z", "id": "1234567890", "sequenceStoreId": "1234567890", "sources": [ { "readSetId": "1234567890", "status": "FINISHED", "statusMessage": "No activation needed as read set is already in ACTIVATING or ACTIVE state." } ], "status": "COMPLETED", "statusMessage": "The job completed successfully." }
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 스토리지를 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조GetReadSetActivationJob
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 get-read-set-export-job
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
읽기 세트 내보내기 작업을 보려면
다음
get-read-set-export-job
예제에서는 읽기 세트 내보내기 작업에 대한 세부 정보를 가져옵니다.aws omics get-read-set-export-job \ --sequence-store-id
1234567890
\ --id1234567890
출력:
{ "completionTime": "2022-12-06T22:39:14.491Z", "creationTime": "2022-12-06T22:37:18.612Z", "destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/", "id": "1234567890", "sequenceStoreId": "1234567890", "status": "COMPLETED", "statusMessage": "The job is submitted and will start soon." }
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 스토리지를 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조GetReadSetExportJob
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 get-read-set-import-job
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
읽기 세트 가져오기 작업을 보려면
다음
get-read-set-import-job
예제에서는 읽기 세트 가져오기 작업에 대한 세부 정보를 가져옵니다.aws omics get-read-set-import-job \ --sequence-store-id
1234567890
\ --id1234567890
출력:
{ "creationTime": "2022-11-23T01:36:38.158Z", "id": "1234567890", "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ", "sequenceStoreId": "1234567890", "sources": [ { "name": "HG00100", "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890", "sampleId": "bam-sample", "sourceFileType": "BAM", "sourceFiles": { "source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00100.chrom20.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20101123.bam", "source2": "" }, "status": "IN_PROGRESS", "statusMessage": "The source job is currently in progress.", "subjectId": "bam-subject", "tags": { "aws:omics:sampleId": "bam-sample", "aws:omics:subjectId": "bam-subject" } }, { "name": "HG00146", "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890", "sampleId": "fastq-sample", "sourceFileType": "FASTQ", "sourceFiles": { "source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/SRR233106_1.filt.fastq.gz", "source2": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/SRR233106_2.filt.fastq.gz" }, "status": "IN_PROGRESS", "statusMessage": "The source job is currently in progress.", "subjectId": "fastq-subject", "tags": { "aws:omics:sampleId": "fastq-sample", "aws:omics:subjectId": "fastq-subject" } }, { "name": "HG00096", "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890", "sampleId": "cram-sample", "sourceFileType": "CRAM", "sourceFiles": { "source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00096.alt_bwamem_GRCh38DH.20150718.GBR.low_coverage.cram", "source2": "" }, "status": "IN_PROGRESS", "statusMessage": "The source job is currently in progress.", "subjectId": "cram-subject", "tags": { "aws:omics:sampleId": "cram-sample", "aws:omics:subjectId": "cram-subject" } } ], "status": "IN_PROGRESS", "statusMessage": "The job is currently in progress." }
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 스토리지를 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조GetReadSetImportJob
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 get-read-set-metadata
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
읽기 세트를 보려면
다음
get-read-set-metadata
예제에서는 읽기 세트의 파일에 대한 세부 정보를 가져옵니다.aws omics get-read-set-metadata \ --sequence-store-id
1234567890
\ --id1234567890
출력:
{ "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890/readSet/1234567890", "creationTime": "2022-11-23T21:55:00.515Z", "fileType": "FASTQ", "files": { "source1": { "contentLength": 310054739, "partSize": 104857600, "totalParts": 3 }, "source2": { "contentLength": 307846621, "partSize": 104857600, "totalParts": 3 } }, "id": "1234567890", "name": "HG00146", "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890", "sampleId": "fastq-sample", "sequenceInformation": { "alignment": "UNALIGNED", "totalBaseCount": 677717384, "totalReadCount": 8917334 }, "sequenceStoreId": "1234567890", "status": "ACTIVE", "subjectId": "fastq-subject" }
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 스토리지를 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조GetReadSetMetadata
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 get-read-set
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
읽기 세트를 다운로드하려면
다음
get-read-set
예제에서는 읽기 세트의 파트 3을 로 다운로드합니다1234567890.3.bam
.aws omics get-read-set \ --sequence-store-id
1234567890
\ --id1234567890
\ --part-number3
1234567890.3.bam
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 스토리지를 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조GetReadSet
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 get-reference-import-job
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
참조 가져오기 작업을 보려면
다음
get-reference-import-job
예제에서는 참조 가져오기 작업에 대한 세부 정보를 가져옵니다.aws omics get-reference-import-job \ --reference-store-id
1234567890
\ --id1234567890
출력:
{ "creationTime": "2022-11-22T22:25:41.124Z", "id": "1234567890", "referenceStoreId": "1234567890", "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ", "sources": [ { "name": "assembly-38", "sourceFile": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta", "status": "IN_PROGRESS", "statusMessage": "The source job is currently in progress." } ], "status": "IN_PROGRESS", "statusMessage": "The job is currently in progress." }
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 스토리지를 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조GetReferenceImportJob
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 get-reference-metadata
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
참조를 보려면
다음
get-reference-metadata
예제에서는 참조에 대한 세부 정보를 가져옵니다.aws omics get-reference-metadata \ --reference-store-id
1234567890
\ --id1234567890
출력:
{ "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890", "creationTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z", "files": { "index": { "contentLength": 160928, "partSize": 104857600, "totalParts": 1 }, "source": { "contentLength": 3249912778, "partSize": 104857600, "totalParts": 31 } }, "id": "1234567890", "md5": "7ff134953dcca8c8997453bbb80b6b5e", "name": "assembly-38", "referenceStoreId": "1234567890", "status": "ACTIVE", "updateTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z" }
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 스토리지를 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조GetReferenceMetadata
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 get-reference-store
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
참조 스토어를 보려면
다음
get-reference-store
예제에서는 참조 스토어에 대한 세부 정보를 가져옵니다.aws omics get-reference-store \ --id
1234567890
출력:
{ "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890", "creationTime": "2022-09-23T23:27:20.364Z", "id": "1234567890", "name": "my-rstore-0" }
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 스토리지를 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조GetReferenceStore
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 get-reference
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
유전체 참조를 다운로드하려면
다음
get-reference
예제에서는 유전체의 파트 1을 로 다운로드합니다hg38.1.fa
.aws omics get-reference \ --reference-store-id
1234567890
\ --id1234567890
\ --part-number1
hg38.1.fa
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 스토리지를 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조GetReference
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 get-run-group
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
실행 그룹을 보려면
다음
get-run-group
예제에서는 실행 그룹에 대한 세부 정보를 가져옵니다.aws omics get-run-group \ --id
1234567
출력:
{ "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567", "creationTime": "2022-12-01T00:58:42.915219Z", "id": "1234567", "maxCpus": 20, "maxDuration": 600, "name": "cram-convert", "tags": {} }
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 워크플로를 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조GetRunGroup
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 get-run-task
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
작업을 보려면
다음
get-run-task
예제에서는 워크플로 작업에 대한 세부 정보를 가져옵니다.aws omics get-run-task \ --id
1234567
\ --task-id1234567
출력:
{ "cpus": 1, "creationTime": "2022-11-30T23:13:00.718651Z", "logStream": "arn:aws:logs:us-west-2:123456789012:log-group:/aws/omics/WorkflowLog:log-stream:run/1234567/task/1234567", "memory": 15, "name": "CramToBamTask", "startTime": "2022-11-30T23:17:47.016Z", "status": "COMPLETED", "stopTime": "2022-11-30T23:18:21.503Z", "taskId": "1234567" }
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 워크플로를 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조GetRunTask
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 get-run
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
워크플로 실행을 보려면
다음
get-run
예제에서는 워크플로 실행에 대한 세부 정보를 가져옵니다.aws omics get-run \ --id
1234567
출력:
{ "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567", "creationTime": "2022-11-30T22:58:22.615865Z", "digest": "sha256:c54bxmpl742dcc26f7fa1f10e37550ddd8f251f418277c0a58e895b801ed28cf", "id": "1234567", "name": "cram-to-bam", "outputUri": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/workflow-output/", "parameters": { "ref_dict": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict", "ref_fasta_index": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai", "ref_fasta": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta", "sample_name": "NA12878", "input_cram": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/NA12878.cram" }, "resourceDigests": { "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai": "etag:f76371b113734a56cde236bc0372de0a", "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict": "etag:3884c62eb0e53fa92459ed9bff133ae6", "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta": "etag:e307d81c605fb91b7720a08f00276842-388", "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/NA12878.cram": "etag:a9f52976381286c6143b5cc681671ec6" }, "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ", "startedBy": "arn:aws:iam::123456789012:user/laptop-2020", "status": "STARTING", "tags": {}, "workflowId": "1234567", "workflowType": "PRIVATE" }
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 워크플로를 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조GetRun
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 get-sequence-store
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
시퀀스 스토어를 보려면
다음
get-sequence-store
예제에서는 ID가 인 시퀀스 스토어에 대한 세부 정보를 가져옵니다1234567890
.aws omics get-sequence-store \ --id
1234567890
출력:
{ "arn": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:sequenceStore/1234567890", "creationTime": "2022-11-23T19:55:48.376Z", "id": "1234567890", "name": "my-seq-store" }
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 스토리지를 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조GetSequenceStore
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 get-share
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
HealthOmics 분석 데이터의 공유에 대한 메타데이터를 검색하려면
다음
get-share
예제에서는 분석 데이터의 교차 계정 공유에 대한 메타데이터를 검색합니다.aws omics get-share \ --share-id
"495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a"
출력:
{ "share": { "shareId": "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a", "name": "my_Share-123", "resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/omics_dev_var_store", "principalSubscriber": "123456789012", "ownerId": "555555555555", "status": "PENDING" } }
자세한 내용은 AWS HealthOmics 사용 설명서의 교차 계정 공유를 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조GetShare
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 get-variant-import-job
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
변형 가져오기 작업을 보려면
다음
get-variant-import-job
예제에서는 변형 가져오기 작업에 대한 세부 정보를 가져옵니다.aws omics get-variant-import-job \ --job-id
edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508
출력:
{ "creationTime": "2022-11-23T22:42:50.037812Z", "destinationName": "my_var_store", "id": "edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508", "items": [ { "jobStatus": "IN_PROGRESS", "source": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.known_indels.vcf.gz" } ], "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ", "runLeftNormalization": false, "status": "IN_PROGRESS", "updateTime": "2022-11-23T22:43:05.898309Z" }
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 분석을 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조GetVariantImportJob
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 get-variant-store
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
변형 스토어를 보려면
다음
get-variant-store
예제에서는 변형 스토어에 대한 세부 정보를 가져옵니다.aws omics get-variant-store \ --name
my_var_store
출력:
{ "creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z", "id": "02dexmplcfdd", "name": "my_var_store", "reference": { "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890" }, "status": "CREATING", "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:variantStore/my_var_store", "storeSizeBytes": 0, "tags": {}, "updateTime": "2022-11-23T22:09:24.931711Z" }
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 분석을 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조GetVariantStore
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 get-workflow
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
워크플로를 보려면
다음
get-workflow
예제에서는 ID가 인 워크플로에 대한 세부 정보를 가져옵니다1234567
.aws omics get-workflow \ --id
1234567
출력:
{ "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567", "creationTime": "2022-11-30T22:33:16.225368Z", "digest": "sha256:c54bxmpl742dcc26f7fa1f10e37550ddd8f251f418277c0a58e895b801ed28cf", "engine": "WDL", "id": "1234567", "main": "workflow-crambam.wdl", "name": "cram-converter", "parameterTemplate": { "ref_dict": { "description": "dictionary file for 'ref_fasta'" }, "ref_fasta_index": { "description": "Index of the reference genome fasta file" }, "ref_fasta": { "description": "Reference genome fasta file" }, "input_cram": { "description": "The Cram file to convert to BAM" }, "sample_name": { "description": "The name of the input sample, used to name the output BAM" } }, "status": "ACTIVE", "statusMessage": "workflow-crambam.wdl\n workflow CramToBamFlow\n call CramToBamTask\n call ValidateSamFile\n task CramToBamTask\n task ValidateSamFile\n", "tags": {}, "type": "PRIVATE" }
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 워크플로를 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조GetWorkflow
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 list-annotation-import-jobs
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
주석 가져오기 작업 목록을 가져오려면
다음은 주석 가져오기 작업 목록을
list-annotation-import-jobs
가져옵니다.aws omics list-annotation-import-jobs
출력:
{ "annotationImportJobs": [ { "creationTime": "2022-11-30T01:39:41.478294Z", "destinationName": "gff_ann_store", "id": "18a9e792-xmpl-4869-a105-e5b602900444", "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ", "runLeftNormalization": false, "status": "COMPLETED", "updateTime": "2022-11-30T01:47:09.145178Z" }, { "creationTime": "2022-11-30T00:45:58.007838Z", "destinationName": "my_ann_store", "id": "4e9eafc8-xmpl-431e-a0b2-3bda27cb600a", "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ", "runLeftNormalization": false, "status": "FAILED", "updateTime": "2022-11-30T00:47:01.706325Z" } ] }
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 분석을 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조ListAnnotationImportJobs
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 list-annotation-store-versions
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
주석 저장소의 모든 버전을 나열합니다.
다음
list-annotation-store-versions
예제에서는 주석 저장소에 있는 모든 버전을 나열합니다.aws omics list-annotation-store-versions \ --name
my_annotation_store
출력:
{ "annotationStoreVersions": [ { "storeId": "4934045d1c6d", "id": "2a3f4a44aa7b", "status": "CREATING", "versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version_2", "name": "my_annotation_store", "versionName": "my_version_2", "creation Time": "2023-07-21T17:20:59.380043+00:00", "versionSizeBytes": 0 }, { "storeId": "4934045d1c6d", "id": "4934045d1c6d", "status": "ACTIVE", "versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version_1", "name": "my_annotation_store", "versionName": "my_version_1", "creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00", "updateTime": "2023-07-21T17:15:56.434223+00:00", "statusMessage": "", "versionSizeBytes": 0 } }
자세한 내용은 AWS HealthOmics 사용 설명서의 새 버전의 주석 스토어 생성을 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조ListAnnotationStoreVersions
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 list-annotation-stores
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
주석 저장소 목록을 가져오려면
다음
list-annotation-stores
예제에서는 주석 저장소 목록을 가져옵니다.aws omics list-annotation-stores
출력:
{ "annotationStores": [ { "creationTime": "2022-11-23T22:48:39.226492Z", "id": "0a91xmplc71f", "name": "my_ann_store", "reference": { "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890" }, "status": "ACTIVE", "statusMessage": "", "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:annotationStore/my_ann_store", "storeFormat": "VCF", "storeSizeBytes": 0, "updateTime": "2022-11-23T22:53:27.372840Z" } ] }
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 분석을 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조ListAnnotationStores
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 list-multipart-read-set-uploads
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
모든 멀티파트 읽기 세트 업로드 및 해당 상태를 나열합니다.
다음
list-multipart-read-set-uploads
예제에서는 모든 멀티파트 읽기 세트 업로드와 해당 상태를 나열합니다.aws omics list-multipart-read-set-uploads \ --sequence-store-id
0123456789
출력:
{ "uploads": [ { "sequenceStoreId": "0123456789", "uploadId": "8749584421", "sourceFileType": "FASTQ", "subjectId": "mySubject", "sampleId": "mySample", "generatedFrom": "1000 Genomes", "name": "HG00146", "description": "FASTQ for HG00146", "creationTime": "2023-11-29T19:22:51.349298+00:00" }, { "sequenceStoreId": "0123456789", "uploadId": "5290538638", "sourceFileType": "BAM", "subjectId": "mySubject", "sampleId": "mySample", "generatedFrom": "1000 Genomes", "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:845448930428:referenceStore/8168613728/reference/2190697383", "name": "HG00146", "description": "BAM for HG00146", "creationTime": "2023-11-29T19:23:33.116516+00:00" }, { "sequenceStoreId": "0123456789", "uploadId": "4174220862", "sourceFileType": "BAM", "subjectId": "mySubject", "sampleId": "mySample", "generatedFrom": "1000 Genomes", "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:845448930428:referenceStore/8168613728/reference/2190697383", "name": "HG00147", "description": "BAM for HG00147", "creationTime": "2023-11-29T19:23:47.007866+00:00" } ] }
자세한 내용은 AWS HealthOmics 사용 설명서의 시퀀스 스토어에 직접 업로드를 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조ListMultipartReadSetUploads
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 list-read-set-activation-jobs
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
읽기 세트 활성화 작업 목록을 가져오려면
다음
list-read-set-activation-jobs
예제에서는 ID가 인 시퀀스 스토어의 활성화 작업 목록을 가져옵니다1234567890
.aws omics list-read-set-activation-jobs \ --sequence-store-id
1234567890
출력:
{ "activationJobs": [ { "completionTime": "2022-12-06T22:33:42.828Z", "creationTime": "2022-12-06T22:32:45.213Z", "id": "1234567890", "sequenceStoreId": "1234567890", "status": "COMPLETED" }, { "creationTime": "2022-12-06T22:35:10.100Z", "id": "1234567890", "sequenceStoreId": "1234567890", "status": "IN_PROGRESS" } ] }
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 스토리지를 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조ListReadSetActivationJobs
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 list-read-set-export-jobs
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
읽기 세트 내보내기 작업 목록을 가져오려면
다음
list-read-set-export-jobs
예제에서는 ID가 인 시퀀스 스토어의 내보내기 작업 목록을 가져옵니다1234567890
.aws omics list-read-set-export-jobs \ --sequence-store-id
1234567890
출력:
{ "exportJobs": [ { "completionTime": "2022-12-06T22:39:14.491Z", "creationTime": "2022-12-06T22:37:18.612Z", "destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/", "id": "1234567890", "sequenceStoreId": "1234567890", "status": "COMPLETED" }, { "creationTime": "2022-12-06T22:38:04.871Z", "destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/", "id": "1234567890", "sequenceStoreId": "1234567890", "status": "IN_PROGRESS" } ] }
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 스토리지를 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조ListReadSetExportJobs
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 list-read-set-import-jobs
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
읽기 세트 가져오기 작업 목록을 가져오려면
다음
list-read-set-import-jobs
예제에서는 ID가 인 시퀀스 스토어의 가져오기 작업 목록을 가져옵니다1234567890
.aws omics list-read-set-import-jobs \ --sequence-store-id
1234567890
출력:
{ "importJobs": [ { "completionTime": "2022-11-29T18:17:49.244Z", "creationTime": "2022-11-29T17:32:47.700Z", "id": "1234567890", "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ", "sequenceStoreId": "1234567890", "status": "COMPLETED" }, { "completionTime": "2022-11-23T22:01:34.090Z", "creationTime": "2022-11-23T21:52:43.289Z", "id": "1234567890", "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ", "sequenceStoreId": "1234567890", "status": "COMPLETED_WITH_FAILURES" } ] }
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 스토리지를 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조ListReadSetImportJobs
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 list-read-set-upload-parts
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
시퀀스 스토어에 대해 요청된 멀티파트 업로드의 모든 부분을 나열합니다.
다음
list-read-set-upload-parts
예제에서는 시퀀스 스토어에 대해 요청된 멀티파트 업로드의 모든 부분을 나열합니다.aws omics list-read-set-upload-parts \ --sequence-store-id
0123456789
\ --upload-id1122334455
\ --part-sourceSOURCE1
출력:
{ "parts": [ { "partNumber": 1, "partSize": 94371840, "file": "SOURCE1", "checksum": "984979b9928ae8d8622286c4a9cd8e99d964a22d59ed0f5722e1733eb280e635", "lastUpdatedTime": "2023-02-02T20:14:47.533000+00:00" } { "partNumber": 2, "partSize": 10471840, "file": "SOURCE1", "checksum": "984979b9928ae8d8622286c4a9cd8e99d964a22d59ed0f5722e1733eb280e635", "lastUpdatedTime": "2023-02-02T20:14:47.533000+00:00" } ] }
자세한 내용은 AWS HealthOmics 사용 설명서의 시퀀스 스토어에 직접 업로드를 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조ListReadSetUploadParts
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 list-read-sets
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
읽기 세트 목록을 가져오려면
다음
list-read-sets
예제에서는 ID가 인 시퀀스 스토어의 읽기 세트 목록을 가져옵니다1234567890
.aws omics list-read-sets \ --sequence-store-id
1234567890
출력:
{ "readSets": [ { "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890/readSet/1234567890", "creationTime": "2022-11-23T21:55:00.515Z", "fileType": "FASTQ", "id": "1234567890", "name": "HG00146", "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890", "sampleId": "fastq-sample", "sequenceStoreId": "1234567890", "status": "ACTIVE", "subjectId": "fastq-subject" } ] }
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 스토리지를 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조ListReadSets
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 list-reference-import-jobs
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
참조 가져오기 작업 목록을 가져오려면
다음
list-reference-import-jobs
예제에서는 ID가 인 참조 스토어에 대한 참조 가져오기 작업 목록을 가져옵니다1234567890
.aws omics list-reference-import-jobs \ --reference-store-id
1234567890
출력:
{ "importJobs": [ { "completionTime": "2022-11-23T19:54:58.204Z", "creationTime": "2022-11-23T19:53:20.729Z", "id": "1234567890", "referenceStoreId": "1234567890", "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ", "status": "COMPLETED" }, { "creationTime": "2022-11-23T20:34:03.250Z", "id": "1234567890", "referenceStoreId": "1234567890", "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ", "status": "IN_PROGRESS" } ] }
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 스토리지를 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조ListReferenceImportJobs
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 list-reference-stores
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
참조 스토어 목록을 가져오려면
다음
list-reference-stores
예제에서는 참조 스토어 목록을 가져옵니다.aws omics list-reference-stores
출력:
{ "referenceStores": [ { "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890", "creationTime": "2022-11-22T22:13:25.947Z", "id": "1234567890", "name": "my-ref-store" } ] }
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 스토리지를 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조ListReferenceStores
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 list-references
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
참조 목록을 가져오려면
다음
list-references
예제에서는 ID가 인 참조 스토어의 유전체 참조 목록을 가져옵니다1234567890
.aws omics list-references \ --reference-store-id
1234567890
출력:
{ "references": [ { "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890", "creationTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z", "id": "1234567890", "md5": "7ff134953dcca8c8997453bbb80b6b5e", "name": "assembly-38", "referenceStoreId": "1234567890", "status": "ACTIVE", "updateTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z" } ] }
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 스토리지를 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조ListReferences
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 list-run-groups
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
실행 그룹 목록을 가져오려면
다음
list-run-groups
예제에서는 실행 그룹 목록을 가져옵니다.aws omics list-run-groups
출력:
{ "items": [ { "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567", "creationTime": "2022-12-01T00:58:42.915219Z", "id": "1234567", "maxCpus": 20, "maxDuration": 600, "name": "cram-convert" } ] }
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 워크플로를 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조ListRunGroups
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 list-run-tasks
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
작업 목록을 가져오려면
다음
list-run-tasks
예제에서는 워크플로 실행에 대한 작업 목록을 가져옵니다.aws omics list-run-tasks \ --id
1234567
출력:
{ "items": [ { "cpus": 1, "creationTime": "2022-11-30T23:13:00.718651Z", "memory": 15, "name": "CramToBamTask", "startTime": "2022-11-30T23:17:47.016Z", "status": "COMPLETED", "stopTime": "2022-11-30T23:18:21.503Z", "taskId": "1234567" }, { "cpus": 1, "creationTime": "2022-11-30T23:18:32.315606Z", "memory": 4, "name": "ValidateSamFile", "startTime": "2022-11-30T23:23:40.165Z", "status": "COMPLETED", "stopTime": "2022-11-30T23:24:14.766Z", "taskId": "1234567" } ] }
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 워크플로를 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조ListRunTasks
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 list-runs
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
워크플로 실행 목록을 가져오려면
다음
list-runs
예제에서는 워크플로 실행 목록을 가져옵니다.aws omics list-runs
출력:
{ "items": [ { "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567", "creationTime": "2022-12-02T23:20:01.202074Z", "id": "1234567", "name": "cram-to-bam", "priority": 1, "startTime": "2022-12-02T23:29:18.115Z", "status": "COMPLETED", "stopTime": "2022-12-02T23:57:54.428812Z", "storageCapacity": 10, "workflowId": "1234567" }, { "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567", "creationTime": "2022-12-03T00:16:57.180066Z", "id": "1234567", "name": "cram-to-bam", "priority": 1, "startTime": "2022-12-03T00:26:50.233Z", "status": "FAILED", "stopTime": "2022-12-03T00:37:21.451340Z", "storageCapacity": 10, "workflowId": "1234567" }, { "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567", "creationTime": "2022-12-05T17:57:08.444817Z", "id": "1234567", "name": "cram-to-bam", "status": "STARTING", "workflowId": "1234567" } ] }
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 워크플로를 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조ListRuns
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 list-sequence-stores
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
시퀀스 스토어 목록을 가져오려면
다음
list-sequence-stores
예제에서는 시퀀스 스토어 목록을 가져옵니다.aws omics list-sequence-stores
출력:
{ "sequenceStores": [ { "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890", "creationTime": "2022-11-23T01:24:33.629Z", "id": "1234567890", "name": "my-seq-store" } ] }
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 스토리지를 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조ListSequenceStores
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 list-shares
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
HealthOmics 분석 데이터의 사용 가능한 공유를 나열하려면
다음
list-shares
예제에서는 리소스 소유자에 대해 생성된 모든 공유를 나열합니다.aws omics list-shares \ --resource-owner
SELF
출력:
{ "shares": [ { "shareId": "595c1cbd-a008-4eca-a887-954d30c91c6e", "name": "myShare", "resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/store_1", "principalSubscriber": "123456789012", "ownerId": "555555555555", "status": "PENDING" } { "shareId": "39b65d0d-4368-4a19-9814-b0e31d73c10a", "name": "myShare3456", "resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/store_2", "principalSubscriber": "123456789012", "ownerId": "555555555555", "status": "ACTIVE" }, { "shareId": "203152f5-eef9-459d-a4e0-a691668d44ef", "name": "myShare4", "resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/store_3", "principalSubscriber": "123456789012", "ownerId": "555555555555", "status": "ACTIVE" } ] }
자세한 내용은 AWS HealthOmics 사용 설명서의 교차 계정 공유를 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조ListShares
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 list-tags-for-resource
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
태그 목록을 가져오려면
다음
list-tags-for-resource
예제에서는 ID가 인 워크플로의 태그 목록을 가져옵니다1234567
.aws omics list-tags-for-resource \ --resource-arn
arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567
출력:
{ "tags": { "department": "analytics" } }
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Amazon Omics에서 리소스 태그 지정을 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조ListTagsForResource
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 list-variant-import-jobs
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
변형 가져오기 작업 목록을 가져오려면
다음
list-variant-import-jobs
예제에서는 변형 가져오기 작업 목록을 가져옵니다.aws omics list-variant-import-jobs
출력:
{ "variantImportJobs": [ { "creationTime": "2022-11-23T22:47:02.514002Z", "destinationName": "my_var_store", "id": "69cb65d6-xmpl-4a4a-9025-4565794b684e", "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ", "runLeftNormalization": false, "status": "COMPLETED", "updateTime": "2022-11-23T22:49:17.976597Z" }, { "creationTime": "2022-11-23T22:42:50.037812Z", "destinationName": "my_var_store", "id": "edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508", "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ", "runLeftNormalization": false, "status": "COMPLETED", "updateTime": "2022-11-23T22:45:26.009880Z" } ] }
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 분석을 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조ListVariantImportJobs
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 list-variant-stores
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
변형 스토어 목록을 가져오려면
다음
list-variant-stores
예제에서는 변형 스토어 목록을 가져옵니다.aws omics list-variant-stores
출력:
{ "variantStores": [ { "creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z", "id": "02dexmplcfdd", "name": "my_var_store", "reference": { "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890" }, "status": "CREATING", "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:variantStore/my_var_store", "storeSizeBytes": 0, "updateTime": "2022-11-23T22:09:24.931711Z" }, { "creationTime": "2022-09-23T23:00:09.140265Z", "id": "8777xmpl1a24", "name": "myvstore0", "status": "ACTIVE", "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:variantStore/myvstore0", "storeSizeBytes": 0, "updateTime": "2022-09-23T23:03:26.013220Z" } ] }
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics Analytics를 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조ListVariantStores
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 list-workflows
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
워크플로 목록을 가져오려면
다음
list-workflows
예제에서는 워크플로 목록을 가져옵니다.aws omics list-workflows
출력:
{ "items": [ { "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567", "creationTime": "2022-09-23T23:08:22.041227Z", "digest": "nSCNo/qMWFxmplXpUdokXJnwgneOaxyyc2YOxVxrJTE=", "id": "1234567", "name": "my-wkflow-0", "status": "ACTIVE", "type": "PRIVATE" }, { "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567", "creationTime": "2022-11-30T22:33:16.225368Z", "digest": "sha256:c54bxmpl742dcc26f7fa1f10e37550ddd8f251f418277c0a58e895b801ed28cf", "id": "1234567", "name": "cram-converter", "status": "ACTIVE", "type": "PRIVATE" } ] }
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 워크플로를 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조ListWorkflows
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 start-annotation-import-job
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
주석을 가져오려면
다음
start-annotation-import-job
예제에서는 Amazon S3에서 주석을 가져옵니다.aws omics start-annotation-import-job \ --destination-name
tsv_ann_store
\ --no-run-left-normalization \ --role-arnarn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ
\ --itemssource=s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/targetedregions.bed.gz
출력:
{ "jobId": "984162c7-xmpl-4d23-ab47-286f7950bfbf" }
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics Analytics를 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조StartAnnotationImportJob
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 start-read-set-activation-job
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
아카이브된 읽기 세트를 활성화하려면
다음
start-read-set-activation-job
예제에서는 두 개의 읽기 세트를 활성화합니다.aws omics start-read-set-activation-job \ --sequence-store-id
1234567890
\ --sourcesreadSetId=1234567890
readSetId=1234567890
출력:
{ "creationTime": "2022-12-06T22:35:10.100Z", "id": "1234567890", "sequenceStoreId": "1234567890", "status": "SUBMITTED" }
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 스토리지를 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조StartReadSetActivationJob
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 start-read-set-export-job
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
읽기 세트를 내보내려면
다음
start-read-set-export-job
예제에서는 두 개의 읽기 세트를 Amazon S3로 내보냅니다.aws omics start-read-set-export-job \ --sequence-store-id 1234567890 \ --sources readSetId=1234567890 readSetId=1234567890 \ --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \ --destination s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/
출력:
{ "creationTime": "2022-12-06T22:37:18.612Z", "destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/", "id": "1234567890", "sequenceStoreId": "1234567890", "status": "SUBMITTED" }
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 스토리지를 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조StartReadSetExportJob
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 start-read-set-import-job
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
읽기 세트를 가져오려면
다음
start-read-set-import-job
예제에서는 읽기 세트를 가져옵니다.aws omics start-read-set-import-job \ --sequence-store-id
1234567890
\ --role-arnarn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ
\ --sourcesfile://readset-sources.json
readset-sources.json은 다음 내용을 포함하는 JSON 문서입니다.
[ { "sourceFiles": { "source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00100.chrom20.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20101123.bam" }, "sourceFileType": "BAM", "subjectId": "bam-subject", "sampleId": "bam-sample", "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890", "name": "HG00100" } ]
출력:
{ "creationTime": "2022-11-23T01:36:38.158Z", "id": "1234567890", "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ", "sequenceStoreId": "1234567890", "status": "SUBMITTED" }
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 스토리지를 참조하세요.
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자세한 API 내용은 명령 참조StartReadSetImportJob
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 start-reference-import-job
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
참조 유전체를 가져오려면
다음
start-reference-import-job
예제에서는 Amazon S3에서 참조 유전체를 가져옵니다.aws omics start-reference-import-job \ --reference-store-id
1234567890
\ --role-arnarn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ
\ --sourcessourceFile=s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta,name=assembly-38
출력:
{ "creationTime": "2022-11-22T22:25:41.124Z", "id": "1234567890", "referenceStoreId": "1234567890", "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ", "status": "SUBMITTED" }
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 스토리지를 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조StartReferenceImportJob
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 start-run
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
워크플로를 실행하려면
다음
start-run
예제에서는 ID 를 사용하여 워크플로를 실행합니다1234567
.aws omics start-run \ --workflow-id
1234567
\ --role-arnarn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ
\ --name 'cram-to-bam
' \ --output-uris3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/workflow-output/
\ --run-group-id1234567
\ --priority1
\ --storage-capacity10
\ --log-levelALL
\ --parametersfile://workflow-inputs.json
workflow-inputs.json은 다음 내용을 포함하는 JSON 문서입니다.
{ "sample_name": "NA12878", "input_cram": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/NA12878.cram", "ref_dict": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict", "ref_fasta": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta", "ref_fasta_index": "omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai" }
출력:
{ "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567", "id": "1234567", "status": "PENDING", "tags": {} }
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 워크플로를 참조하세요.
Amazon Omics에서 소스 파일을 로드하려면
서비스별 를 사용하여 Amazon Omics 스토리지에서 소스 파일을 로드할 수도 있습니다URIs. 다음 예제 workflow-inputs.json 파일은 읽기 세트 및 참조 유전체 소스URIs에 Amazon Omics를 사용합니다.
{ "sample_name": "NA12878", "input_cram": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/1234567890/readSet/1234567890/source1", "ref_dict": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict", "ref_fasta": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/1234567890/reference/1234567890", "ref_fasta_index": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/1234567890/reference/1234567890/index" }
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 워크플로를 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조StartRun
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 start-variant-import-job
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
변형 파일을 가져오려면
다음
start-variant-import-job
예제에서는 VCF 형식 변형 파일을 가져옵니다.aws omics start-variant-import-job \ --destination-name
my_var_store
\ --no-run-left-normalization \ --role-arnarn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ
\ --itemssource=s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.known_indels.vcf.gz
출력:
{ "jobId": "edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508" }
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics Analytics를 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조StartVariantImportJob
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 tag-resource
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
리소스에 태그를 지정하려면
다음
tag-resource
예제에서는 ID가 인 워크플로에department
태그를 추가합니다1234567
.aws omics tag-resource \ --resource-arn
arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567
\ --tagsdepartment=analytics
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Amazon Omics에서 리소스 태그 지정을 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조TagResource
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 untag-resource
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
리소스에서 태그를 제거하려면
다음
untag-resource
예제에서는 워크플로에서department
태그를 제거합니다.aws omics untag-resource \ --resource-arn
arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567
\ --tag-keysdepartment
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 스토리지를 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조UntagResource
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 update-annotation-store
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
주석 저장소를 업데이트하려면
다음
update-annotation-store
예제에서는 라는 주석 저장소에 대한 설명을 업데이트합니다my_vcf_store
.aws omics update-annotation-store \ --name
my_vcf_store
\ --description"VCF annotation store"
출력:
{ "creationTime": "2022-12-05T18:00:56.101860Z", "description": "VCF annotation store", "id": "bd6axmpl2444", "name": "my_vcf_store", "reference": { "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890" }, "status": "ACTIVE", "storeFormat": "VCF", "updateTime": "2022-12-05T18:13:16.100051Z" }
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics Analytics를 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조UpdateAnnotationStore
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 update-run-group
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
실행 그룹을 업데이트하려면
다음
update-run-group
예제에서는 ID가 인 실행 그룹의 설정을 업데이트합니다1234567
.aws omics update-run-group \ --id
1234567
\ --max-cpus10
출력:
{ "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567", "creationTime": "2022-12-01T00:58:42.915219Z", "id": "1234567", "maxCpus": 10, "maxDuration": 600, "name": "cram-convert", "tags": {} }
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 워크플로를 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조UpdateRunGroup
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 update-variant-store
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
변형 스토어를 업데이트하려면
다음
update-variant-store
예제에서는 라는 변형 스토어에 대한 설명을 업데이트합니다my_var_store
.aws omics update-variant-store \ --name
my_var_store
\ --description"variant store"
출력:
{ "creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z", "description": "variant store", "id": "02dexmplcfdd", "name": "my_var_store", "reference": { "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890" }, "status": "ACTIVE", "updateTime": "2022-12-05T18:23:37.686402Z" }
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics Analytics를 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조UpdateVariantStore
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 update-workflow
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
워크플로를 업데이트하려면
다음
update-workflow
예제에서는 ID가 인 워크플로에 대한 설명을 업데이트합니다1234567
.aws omics update-workflow \ --id
1234567
\ --description"copy workflow"
자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 스토리지를 참조하세요.
-
자세한 API 내용은 명령 참조UpdateWorkflow
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
-
다음 코드 예시에서는 upload-read-set-part
을 사용하는 방법을 보여 줍니다.
- AWS CLI
-
읽기 세트 부분을 업로드하는 방법.
다음
upload-read-set-part
예제에서는 읽기 세트의 지정된 부분을 업로드합니다.aws omics upload-read-set-part \ --sequence-store-id
0123456789
\ --upload-id1122334455
\ --part-sourceSOURCE1
\ --part-number1
\ --payload/path/to/file/read_1_part_1.fastq.gz
출력:
{ "checksum": "984979b9928ae8d8622286c4a9cd8e99d964a22d59ed0f5722e1733eb280e635" }
자세한 내용은 AWS HealthOmics 사용 설명서의 시퀀스 스토어에 직접 업로드를 참조하세요.
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자세한 API 내용은 명령 참조UploadReadSetPart
의 섹션을 참조하세요. AWS CLI
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