HealthOmics 사용 예제 AWS CLI - AWS Command Line Interface

이 설명서는 의 버전 1 AWS CLI 전용입니다. 의 버전 2와 관련된 설명서는 버전 2 사용 설명서 를 AWS CLI참조하세요.

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HealthOmics 사용 예제 AWS CLI

다음 코드 예제에서는 AWS Command Line Interface 와 함께 를 사용하여 작업을 수행하고 일반적인 시나리오를 구현하는 방법을 보여줍니다 HealthOmics.

작업은 대규모 프로그램에서 발췌한 코드이며 컨텍스트에 맞춰 실행해야 합니다. 작업은 개별 서비스 함수를 직접적으로 호출하는 방법을 보여주며 관련 시나리오의 컨텍스트에 맞는 작업을 볼 수 있습니다.

각 예제에는 컨텍스트에서 코드를 설정하고 실행하는 방법에 대한 지침을 찾을 수 있는 전체 소스 코드에 대한 링크가 포함되어 있습니다.

주제

작업

다음 코드 예시에서는 abort-multipart-read-set-upload을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

멀티파트 읽기 세트 업로드를 중지하려면

다음 abort-multipart-read-set-upload 예제에서는 HealthOmics 시퀀스 스토어에 멀티파트 읽기 세트 업로드를 중지합니다.

aws omics abort-multipart-read-set-upload \ --sequence-store-id 0123456789 \ --upload-id 1122334455

이 명령은 출력을 생성하지 않습니다.

자세한 내용은 AWS HealthOmics 사용 설명서시퀀스 스토어에 직접 업로드를 참조하세요.

다음 코드 예시에서는 accept-share을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

분석 스토어 데이터의 공유를 수락하려면

다음 accept-share 예제에서는 HealthOmics 분석 스토어 데이터의 공유를 허용합니다.

aws omics accept-share \ ----share-id "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a"

출력:

{ "status": "ACTIVATING" }

자세한 내용은 AWS HealthOmics 사용 설명서교차 계정 공유를 참조하세요.

  • 자세한 API 내용은 명령 참조AcceptShare의 섹션을 참조하세요. AWS CLI

다음 코드 예시에서는 batch-delete-read-set을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

여러 읽기 세트를 삭제하려면

다음 batch-delete-read-set 예제에서는 두 개의 읽기 세트를 삭제합니다.

aws omics batch-delete-read-set \ --sequence-store-id 1234567890 \ --ids 1234567890 0123456789

지정된 읽기 세트를 삭제하는 동안 오류가 발생하면 서비스가 오류 목록을 반환합니다.

{ "errors": [ { "code": "", "id": "0123456789", "message": "The specified readset does not exist." } ] }

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 스토리지를 참조하세요.

  • 자세한 API 내용은 명령 참조BatchDeleteReadSet의 섹션을 참조하세요. AWS CLI

다음 코드 예시에서는 cancel-annotation-import-job을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

주석 가져오기 작업을 취소하려면

다음 cancel-annotation-import-job 예제에서는 ID 를 사용하여 주석 가져오기 작업을 취소합니다04f57618-xmpl-4fd0-9349-e5a85aefb997.

aws omics cancel-annotation-import-job \ --job-id 04f57618-xmpl-4fd0-9349-e5a85aefb997

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics Analytics를 참조하세요.

다음 코드 예시에서는 cancel-run을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

실행을 취소하려면

다음 cancel-run 예제에서는 ID 를 사용하여 실행을 취소합니다1234567.

aws omics cancel-run \ --id 1234567

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 워크플로를 참조하세요.

  • 자세한 API 내용은 명령 참조CancelRun의 섹션을 참조하세요. AWS CLI

다음 코드 예시에서는 cancel-variant-import-job을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

변형 가져오기 작업을 취소하려면

다음 cancel-variant-import-job 예제에서는 ID 를 사용하여 변형 가져오기 작업을 취소합니다69cb65d6-xmpl-4a4a-9025-4565794b684e.

aws omics cancel-variant-import-job \ --job-id 69cb65d6-xmpl-4a4a-9025-4565794b684e

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics Analytics를 참조하세요.

다음 코드 예시에서는 complete-multipart-read-set-upload을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

모든 구성 요소를 업로드한 후 멀티파트 업로드를 종료하려면

다음 complete-multipart-read-set-upload 예제에서는 모든 구성 요소가 업로드되면 시퀀스 스토어에 멀티파트 업로드를 완료합니다.

aws omics complete-multipart-read-set-upload \ --sequence-store-id 0123456789 \ --upload-id 1122334455 \ --parts '[{"checksum":"gaCBQMe+rpCFZxLpoP6gydBoXaKKDA/Vobh5zBDb4W4=","partNumber":1,"partSource":"SOURCE1"}]'

출력:

{ "readSetId": "0000000001" "readSetId": "0000000002" "readSetId": "0000000003" }

자세한 내용은 AWS HealthOmics 사용 설명서시퀀스 스토어에 직접 업로드를 참조하세요.

다음 코드 예시에서는 create-annotation-store-version을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

주석 스토어의 새 버전을 생성하려면

다음 create-annotation-store-version 예제에서는 새 버전의 주석 저장소를 생성합니다.

aws omics create-annotation-store-version \ --name my_annotation_store \ --version-name my_version

출력:

{ "creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00", "id": "3b93cdef69d2", "name": "my_annotation_store", "reference": { "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/6505293348/reference/5987565360" }, "status": "CREATING", "versionName": "my_version" }

자세한 내용은 AWS HealthOmics 사용 설명서의 새 버전의 주석 스토어 생성을 참조하세요.

다음 코드 예시에서는 create-annotation-store을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

예제 1: VCF 주석 저장소 생성

다음 create-annotation-store 예제에서는 VCF 형식 주석 저장소를 생성합니다.

aws omics create-annotation-store \ --name my_ann_store \ --store-format VCF \ --reference referenceArn=arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890

출력:

{ "creationTime": "2022-11-23T22:48:39.226492Z", "id": "0a91xmplc71f", "name": "my_ann_store", "reference": { "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890" }, "status": "CREATING", "storeFormat": "VCF" }

예제 2: TSV 주석 저장소 생성

다음 create-annotation-store 예제에서는 TSV 형식 주석 저장소를 생성합니다.

aws omics create-annotation-store \ --name tsv_ann_store \ --store-format TSV \ --reference referenceArn=arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890 \ --store-options file://tsv-store-options.json

tsv-store-options.json 는 주석에 대한 형식 옵션을 구성합니다.

{ "tsvStoreOptions": { "annotationType": "CHR_START_END_ZERO_BASE", "formatToHeader": { "CHR": "chromosome", "START": "start", "END": "end" }, "schema": [ { "chromosome": "STRING" }, { "start": "LONG" }, { "end": "LONG" }, { "name": "STRING" } ] } }

출력:

{ "creationTime": "2022-11-30T01:28:08.525586Z", "id": "861cxmpl96b0", "name": "tsv_ann_store", "reference": { "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890" }, "status": "CREATING", "storeFormat": "TSV", "storeOptions": { "tsvStoreOptions": { "annotationType": "CHR_START_END_ZERO_BASE", "formatToHeader": { "CHR": "chromosome", "END": "end", "START": "start" }, "schema": [ { "chromosome": "STRING" }, { "start": "LONG" }, { "end": "LONG" }, { "name": "STRING" } ] } } }

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics Analytics를 참조하세요.

다음 코드 예시에서는 create-multipart-read-set-upload을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

멀티파트 읽기 세트 업로드를 시작합니다.

다음 create-multipart-read-set-upload 예제에서는 멀티파트 읽기 세트 업로드를 시작합니다.

aws omics create-multipart-read-set-upload \ --sequence-store-id 0123456789 \ --name HG00146 \ --source-file-type FASTQ \ --subject-id mySubject\ --sample-id mySample\ --description "FASTQ for HG00146"\ --generated-from "1000 Genomes"

출력:

{ "creationTime": "2022-07-13T23:25:20Z", "description": "FASTQ for HG00146", "generatedFrom": "1000 Genomes", "name": "HG00146", "sampleId": "mySample", "sequenceStoreId": "0123456789", "sourceFileType": "FASTQ", "subjectId": "mySubject", "uploadId": "1122334455" }

자세한 내용은 AWS HealthOmics 사용 설명서시퀀스 스토어에 직접 업로드를 참조하세요.

다음 코드 예시에서는 create-reference-store을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

참조 스토어를 생성하려면

다음 create-reference-store 예제에서는 참조 스토어 를 생성합니다my-ref-store.

aws omics create-reference-store \ --name my-ref-store

출력:

{ "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890", "creationTime": "2022-11-22T22:13:25.947Z", "id": "1234567890", "name": "my-ref-store" }

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 스토리지를 참조하세요.

다음 코드 예시에서는 create-run-group을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

실행 그룹을 생성하려면

다음 create-run-group 예제에서는 라는 실행 그룹을 생성합니다cram-converter.

aws omics create-run-group \ --name cram-converter \ --max-cpus 20 \ --max-duration 600

출력:

{ "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567", "id": "1234567", "tags": {} }

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 워크플로를 참조하세요.

  • 자세한 API 내용은 명령 참조CreateRunGroup의 섹션을 참조하세요. AWS CLI

다음 코드 예시에서는 create-sequence-store을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

시퀀스 스토어를 생성하려면

다음 create-sequence-store 예제에서는 시퀀스 스토어를 생성합니다.

aws omics create-sequence-store \ --name my-seq-store

출력:

{ "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890", "creationTime": "2022-11-23T01:24:33.629Z", "id": "1234567890", "name": "my-seq-store" }

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 스토리지를 참조하세요.

  • 자세한 API 내용은 명령 참조CreateSequenceStore의 섹션을 참조하세요. AWS CLI

다음 코드 예시에서는 create-share을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

HealthOmics 분석 스토어의 공유를 생성하려면

다음 create-share 예제에서는 계정 외부의 구독자가 수락할 수 있는 HealthOmics 분석 스토어의 공유를 생성하는 방법을 보여줍니다.

aws omics create-share \ --resource-arn "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/omics_dev_var_store" \ --principal-subscriber "123456789012" \ --name "my_Share-123"

출력:

{ "shareId": "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a", "name": "my_Share-123", "status": "PENDING" }

자세한 내용은 AWS HealthOmics 사용 설명서교차 계정 공유를 참조하세요.

  • 자세한 API 내용은 명령 참조CreateShare의 섹션을 참조하세요. AWS CLI

다음 코드 예시에서는 create-variant-store을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

변형 스토어를 생성하려면

다음 create-variant-store 예제에서는 라는 변형 스토어를 생성합니다my_var_store.

aws omics create-variant-store \ --name my_var_store \ --reference referenceArn=arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890

출력:

{ "creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z", "id": "02dexmplcfdd", "name": "my_var_store", "reference": { "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890" }, "status": "CREATING" }

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 분석을 참조하세요.

  • 자세한 API 내용은 명령 참조CreateVariantStore의 섹션을 참조하세요. AWS CLI

다음 코드 예시에서는 create-workflow을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

워크플로를 생성하려면

다음 create-workflow 예제에서는 WDL 워크플로를 생성합니다.

aws omics create-workflow \ --name cram-converter \ --engine WDL \ --definition-zip fileb://workflow-crambam.zip \ --parameter-template file://workflow-params.json

workflow-crambam.zip 는 워크플로 정의를 포함하는 ZIP 아카이브입니다. 는 워크플로의 런타임 파라미터를 workflow-params.json 정의합니다.

{ "ref_fasta" : { "description": "Reference genome fasta file", "optional": false }, "ref_fasta_index" : { "description": "Index of the reference genome fasta file", "optional": false }, "ref_dict" : { "description": "dictionary file for 'ref_fasta'", "optional": false }, "input_cram" : { "description": "The Cram file to convert to BAM", "optional": false }, "sample_name" : { "description": "The name of the input sample, used to name the output BAM", "optional": false } }

출력:

{ "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567", "id": "1234567", "status": "CREATING", "tags": {} }

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 워크플로를 참조하세요.

  • 자세한 API 내용은 명령 참조CreateWorkflow의 섹션을 참조하세요. AWS CLI

다음 코드 예시에서는 delete-annotation-store-versions을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

주석 저장소 버전을 삭제하려면

다음 delete-annotation-store-versions 예제에서는 주석 저장소 버전을 삭제합니다.

aws omics delete-annotation-store-versions \ --name my_annotation_store \ --versions my_version

출력:

{ "errors": [] }

자세한 내용은 AWS HealthOmics 사용 설명서의 새 버전의 주석 스토어 생성을 참조하세요.

다음 코드 예시에서는 delete-annotation-store을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

주석 저장소를 삭제하려면

다음 delete-annotation-store 예제에서는 라는 주석 저장소를 삭제합니다my_vcf_store.

aws omics delete-annotation-store \ --name my_vcf_store

출력:

{ "status": "DELETING" }

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 분석을 참조하세요.

다음 코드 예시에서는 delete-reference-store을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

참조 스토어를 삭제하려면

다음 delete-reference-store 예제에서는 ID가 인 참조 스토어를 삭제합니다1234567890.

aws omics delete-reference-store \ --id 1234567890

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 스토리지를 참조하세요.

다음 코드 예시에서는 delete-reference을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

참조를 삭제하려면

다음 delete-reference 예제에서는 참조를 삭제합니다.

aws omics delete-reference \ --reference-store-id 1234567890 \ --id 1234567890

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 스토리지를 참조하세요.

  • 자세한 API 내용은 명령 참조DeleteReference의 섹션을 참조하세요. AWS CLI

다음 코드 예시에서는 delete-run-group을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

실행 그룹을 삭제하려면

다음 delete-run-group 예제에서는 ID가 인 실행 그룹을 삭제합니다1234567.

aws omics delete-run-group \ --id 1234567

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 워크플로를 참조하세요.

  • 자세한 API 내용은 명령 참조DeleteRunGroup의 섹션을 참조하세요. AWS CLI

다음 코드 예시에서는 delete-run을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

워크플로 실행을 삭제하려면

다음 delete-run 예제에서는 ID가 인 실행을 삭제합니다1234567.

aws omics delete-run \ --id 1234567

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 워크플로를 참조하세요.

  • 자세한 API 내용은 명령 참조DeleteRun의 섹션을 참조하세요. AWS CLI

다음 코드 예시에서는 delete-sequence-store을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

시퀀스 스토어를 삭제하려면

다음 delete-sequence-store 예제에서는 ID가 인 시퀀스 스토어를 삭제합니다1234567890.

aws omics delete-sequence-store \ --id 1234567890

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 스토리지를 참조하세요.

  • 자세한 API 내용은 명령 참조DeleteSequenceStore의 섹션을 참조하세요. AWS CLI

다음 코드 예시에서는 delete-share을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

HealthOmics 분석 데이터의 공유를 삭제하려면

다음 delete-share 예제에서는 분석 데이터의 교차 계정 공유를 삭제합니다.

aws omics delete-share \ --share-id "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a"

출력:

{ "status": "DELETING" }

자세한 내용은 AWS HealthOmics 사용 설명서교차 계정 공유를 참조하세요.

  • 자세한 API 내용은 명령 참조DeleteShare의 섹션을 참조하세요. AWS CLI

다음 코드 예시에서는 delete-variant-store을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

변형 스토어를 삭제하려면

다음 delete-variant-store 예제에서는 라는 변형 스토어를 삭제합니다my_var_store.

aws omics delete-variant-store \ --name my_var_store

출력:

{ "status": "DELETING" }

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics Analytics를 참조하세요.

  • 자세한 API 내용은 명령 참조DeleteVariantStore의 섹션을 참조하세요. AWS CLI

다음 코드 예시에서는 delete-workflow을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

워크플로를 삭제하려면

다음 delete-workflow 예제에서는 ID가 인 워크플로를 삭제합니다1234567.

aws omics delete-workflow \ --id 1234567

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 워크플로를 참조하세요.

  • 자세한 API 내용은 명령 참조DeleteWorkflow의 섹션을 참조하세요. AWS CLI

다음 코드 예시에서는 get-annotation-import-job을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

주석 가져오기 작업을 보려면

다음 get-annotation-import-job 예제에서는 주석 가져오기 작업에 대한 세부 정보를 가져옵니다.

aws omics get-annotation-import-job \ --job-id 984162c7-xmpl-4d23-ab47-286f7950bfbf

출력:

{ "creationTime": "2022-11-30T01:40:11.017746Z", "destinationName": "tsv_ann_store", "id": "984162c7-xmpl-4d23-ab47-286f7950bfbf", "items": [ { "jobStatus": "COMPLETED", "source": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/targetedregions.bed.gz" } ], "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ", "runLeftNormalization": false, "status": "COMPLETED", "updateTime": "2022-11-30T01:42:39.134009Z" }

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 분석을 참조하세요.

다음 코드 예시에서는 get-annotation-store-version을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

주석 저장소 버전의 메타데이터를 검색하려면

다음 get-annotation-store-version 예제에서는 요청된 주석 저장소 버전의 메타데이터를 검색합니다.

aws omics get-annotation-store-version \ --name my_annotation_store \ --version-name my_version

출력:

{ "storeId": "4934045d1c6d", "id": "2a3f4a44aa7b", "status": "ACTIVE", "versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version", "name": "my_annotation_store", "versionName": "my_version", "creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00", "updateTime": "2023-07-21T17:15:56.434223+00:00", "statusMessage": "", "versionSizeBytes": 0 }

자세한 내용은 AWS HealthOmics 사용 설명서의 새 버전의 주석 스토어 생성을 참조하세요.

다음 코드 예시에서는 get-annotation-store을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

주석 스토어를 보려면

다음 get-annotation-store 예제에서는 라는 주석 저장소에 대한 세부 정보를 가져옵니다my_ann_store.

aws omics get-annotation-store \ --name my_ann_store

출력:

{ "creationTime": "2022-11-23T22:48:39.226492Z", "id": "0a91xmplc71f", "name": "my_ann_store", "reference": { "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890" }, "status": "CREATING", "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:annotationStore/my_ann_store", "storeFormat": "VCF", "storeSizeBytes": 0, "tags": {} }

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics Analytics를 참조하세요.

  • 자세한 API 내용은 명령 참조GetAnnotationStore의 섹션을 참조하세요. AWS CLI

다음 코드 예시에서는 get-read-set-activation-job을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

읽기 세트 활성화 작업을 보려면

다음 get-read-set-activation-job 예제에서는 읽기 세트 활성화 작업에 대한 세부 정보를 가져옵니다.

aws omics get-read-set-activation-job \ --sequence-store-id 1234567890 \ --id 1234567890

출력:

{ "completionTime": "2022-12-06T22:33:42.828Z", "creationTime": "2022-12-06T22:32:45.213Z", "id": "1234567890", "sequenceStoreId": "1234567890", "sources": [ { "readSetId": "1234567890", "status": "FINISHED", "statusMessage": "No activation needed as read set is already in ACTIVATING or ACTIVE state." } ], "status": "COMPLETED", "statusMessage": "The job completed successfully." }

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 스토리지를 참조하세요.

다음 코드 예시에서는 get-read-set-export-job을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

읽기 세트 내보내기 작업을 보려면

다음 get-read-set-export-job 예제에서는 읽기 세트 내보내기 작업에 대한 세부 정보를 가져옵니다.

aws omics get-read-set-export-job \ --sequence-store-id 1234567890 \ --id 1234567890

출력:

{ "completionTime": "2022-12-06T22:39:14.491Z", "creationTime": "2022-12-06T22:37:18.612Z", "destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/", "id": "1234567890", "sequenceStoreId": "1234567890", "status": "COMPLETED", "statusMessage": "The job is submitted and will start soon." }

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 스토리지를 참조하세요.

  • 자세한 API 내용은 명령 참조GetReadSetExportJob의 섹션을 참조하세요. AWS CLI

다음 코드 예시에서는 get-read-set-import-job을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

읽기 세트 가져오기 작업을 보려면

다음 get-read-set-import-job 예제에서는 읽기 세트 가져오기 작업에 대한 세부 정보를 가져옵니다.

aws omics get-read-set-import-job \ --sequence-store-id 1234567890 \ --id 1234567890

출력:

{ "creationTime": "2022-11-23T01:36:38.158Z", "id": "1234567890", "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ", "sequenceStoreId": "1234567890", "sources": [ { "name": "HG00100", "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890", "sampleId": "bam-sample", "sourceFileType": "BAM", "sourceFiles": { "source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00100.chrom20.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20101123.bam", "source2": "" }, "status": "IN_PROGRESS", "statusMessage": "The source job is currently in progress.", "subjectId": "bam-subject", "tags": { "aws:omics:sampleId": "bam-sample", "aws:omics:subjectId": "bam-subject" } }, { "name": "HG00146", "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890", "sampleId": "fastq-sample", "sourceFileType": "FASTQ", "sourceFiles": { "source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/SRR233106_1.filt.fastq.gz", "source2": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/SRR233106_2.filt.fastq.gz" }, "status": "IN_PROGRESS", "statusMessage": "The source job is currently in progress.", "subjectId": "fastq-subject", "tags": { "aws:omics:sampleId": "fastq-sample", "aws:omics:subjectId": "fastq-subject" } }, { "name": "HG00096", "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890", "sampleId": "cram-sample", "sourceFileType": "CRAM", "sourceFiles": { "source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00096.alt_bwamem_GRCh38DH.20150718.GBR.low_coverage.cram", "source2": "" }, "status": "IN_PROGRESS", "statusMessage": "The source job is currently in progress.", "subjectId": "cram-subject", "tags": { "aws:omics:sampleId": "cram-sample", "aws:omics:subjectId": "cram-subject" } } ], "status": "IN_PROGRESS", "statusMessage": "The job is currently in progress." }

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 스토리지를 참조하세요.

  • 자세한 API 내용은 명령 참조GetReadSetImportJob의 섹션을 참조하세요. AWS CLI

다음 코드 예시에서는 get-read-set-metadata을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

읽기 세트를 보려면

다음 get-read-set-metadata 예제에서는 읽기 세트의 파일에 대한 세부 정보를 가져옵니다.

aws omics get-read-set-metadata \ --sequence-store-id 1234567890 \ --id 1234567890

출력:

{ "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890/readSet/1234567890", "creationTime": "2022-11-23T21:55:00.515Z", "fileType": "FASTQ", "files": { "source1": { "contentLength": 310054739, "partSize": 104857600, "totalParts": 3 }, "source2": { "contentLength": 307846621, "partSize": 104857600, "totalParts": 3 } }, "id": "1234567890", "name": "HG00146", "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890", "sampleId": "fastq-sample", "sequenceInformation": { "alignment": "UNALIGNED", "totalBaseCount": 677717384, "totalReadCount": 8917334 }, "sequenceStoreId": "1234567890", "status": "ACTIVE", "subjectId": "fastq-subject" }

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 스토리지를 참조하세요.

  • 자세한 API 내용은 명령 참조GetReadSetMetadata의 섹션을 참조하세요. AWS CLI

다음 코드 예시에서는 get-read-set을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

읽기 세트를 다운로드하려면

다음 get-read-set 예제에서는 읽기 세트의 파트 3을 로 다운로드합니다1234567890.3.bam.

aws omics get-read-set \ --sequence-store-id 1234567890 \ --id 1234567890 \ --part-number 3 1234567890.3.bam

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 스토리지를 참조하세요.

  • 자세한 API 내용은 명령 참조GetReadSet의 섹션을 참조하세요. AWS CLI

다음 코드 예시에서는 get-reference-import-job을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

참조 가져오기 작업을 보려면

다음 get-reference-import-job 예제에서는 참조 가져오기 작업에 대한 세부 정보를 가져옵니다.

aws omics get-reference-import-job \ --reference-store-id 1234567890 \ --id 1234567890

출력:

{ "creationTime": "2022-11-22T22:25:41.124Z", "id": "1234567890", "referenceStoreId": "1234567890", "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ", "sources": [ { "name": "assembly-38", "sourceFile": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta", "status": "IN_PROGRESS", "statusMessage": "The source job is currently in progress." } ], "status": "IN_PROGRESS", "statusMessage": "The job is currently in progress." }

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 스토리지를 참조하세요.

다음 코드 예시에서는 get-reference-metadata을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

참조를 보려면

다음 get-reference-metadata 예제에서는 참조에 대한 세부 정보를 가져옵니다.

aws omics get-reference-metadata \ --reference-store-id 1234567890 \ --id 1234567890

출력:

{ "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890", "creationTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z", "files": { "index": { "contentLength": 160928, "partSize": 104857600, "totalParts": 1 }, "source": { "contentLength": 3249912778, "partSize": 104857600, "totalParts": 31 } }, "id": "1234567890", "md5": "7ff134953dcca8c8997453bbb80b6b5e", "name": "assembly-38", "referenceStoreId": "1234567890", "status": "ACTIVE", "updateTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z" }

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 스토리지를 참조하세요.

다음 코드 예시에서는 get-reference-store을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

참조 스토어를 보려면

다음 get-reference-store 예제에서는 참조 스토어에 대한 세부 정보를 가져옵니다.

aws omics get-reference-store \ --id 1234567890

출력:

{ "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890", "creationTime": "2022-09-23T23:27:20.364Z", "id": "1234567890", "name": "my-rstore-0" }

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 스토리지를 참조하세요.

  • 자세한 API 내용은 명령 참조GetReferenceStore의 섹션을 참조하세요. AWS CLI

다음 코드 예시에서는 get-reference을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

유전체 참조를 다운로드하려면

다음 get-reference 예제에서는 유전체의 파트 1을 로 다운로드합니다hg38.1.fa.

aws omics get-reference \ --reference-store-id 1234567890 \ --id 1234567890 \ --part-number 1 hg38.1.fa

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 스토리지를 참조하세요.

  • 자세한 API 내용은 명령 참조GetReference의 섹션을 참조하세요. AWS CLI

다음 코드 예시에서는 get-run-group을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

실행 그룹을 보려면

다음 get-run-group 예제에서는 실행 그룹에 대한 세부 정보를 가져옵니다.

aws omics get-run-group \ --id 1234567

출력:

{ "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567", "creationTime": "2022-12-01T00:58:42.915219Z", "id": "1234567", "maxCpus": 20, "maxDuration": 600, "name": "cram-convert", "tags": {} }

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 워크플로를 참조하세요.

  • 자세한 API 내용은 명령 참조GetRunGroup의 섹션을 참조하세요. AWS CLI

다음 코드 예시에서는 get-run-task을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

작업을 보려면

다음 get-run-task 예제에서는 워크플로 작업에 대한 세부 정보를 가져옵니다.

aws omics get-run-task \ --id 1234567 \ --task-id 1234567

출력:

{ "cpus": 1, "creationTime": "2022-11-30T23:13:00.718651Z", "logStream": "arn:aws:logs:us-west-2:123456789012:log-group:/aws/omics/WorkflowLog:log-stream:run/1234567/task/1234567", "memory": 15, "name": "CramToBamTask", "startTime": "2022-11-30T23:17:47.016Z", "status": "COMPLETED", "stopTime": "2022-11-30T23:18:21.503Z", "taskId": "1234567" }

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 워크플로를 참조하세요.

  • 자세한 API 내용은 명령 참조GetRunTask의 섹션을 참조하세요. AWS CLI

다음 코드 예시에서는 get-run을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

워크플로 실행을 보려면

다음 get-run 예제에서는 워크플로 실행에 대한 세부 정보를 가져옵니다.

aws omics get-run \ --id 1234567

출력:

{ "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567", "creationTime": "2022-11-30T22:58:22.615865Z", "digest": "sha256:c54bxmpl742dcc26f7fa1f10e37550ddd8f251f418277c0a58e895b801ed28cf", "id": "1234567", "name": "cram-to-bam", "outputUri": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/workflow-output/", "parameters": { "ref_dict": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict", "ref_fasta_index": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai", "ref_fasta": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta", "sample_name": "NA12878", "input_cram": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/NA12878.cram" }, "resourceDigests": { "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai": "etag:f76371b113734a56cde236bc0372de0a", "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict": "etag:3884c62eb0e53fa92459ed9bff133ae6", "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta": "etag:e307d81c605fb91b7720a08f00276842-388", "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/NA12878.cram": "etag:a9f52976381286c6143b5cc681671ec6" }, "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ", "startedBy": "arn:aws:iam::123456789012:user/laptop-2020", "status": "STARTING", "tags": {}, "workflowId": "1234567", "workflowType": "PRIVATE" }

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 워크플로를 참조하세요.

  • 자세한 API 내용은 명령 참조GetRun의 섹션을 참조하세요. AWS CLI

다음 코드 예시에서는 get-sequence-store을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

시퀀스 스토어를 보려면

다음 get-sequence-store 예제에서는 ID가 인 시퀀스 스토어에 대한 세부 정보를 가져옵니다1234567890.

aws omics get-sequence-store \ --id 1234567890

출력:

{ "arn": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:sequenceStore/1234567890", "creationTime": "2022-11-23T19:55:48.376Z", "id": "1234567890", "name": "my-seq-store" }

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 스토리지를 참조하세요.

  • 자세한 API 내용은 명령 참조GetSequenceStore의 섹션을 참조하세요. AWS CLI

다음 코드 예시에서는 get-share을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

HealthOmics 분석 데이터의 공유에 대한 메타데이터를 검색하려면

다음 get-share 예제에서는 분석 데이터의 교차 계정 공유에 대한 메타데이터를 검색합니다.

aws omics get-share \ --share-id "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a"

출력:

{ "share": { "shareId": "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a", "name": "my_Share-123", "resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/omics_dev_var_store", "principalSubscriber": "123456789012", "ownerId": "555555555555", "status": "PENDING" } }

자세한 내용은 AWS HealthOmics 사용 설명서교차 계정 공유를 참조하세요.

  • 자세한 API 내용은 명령 참조GetShare의 섹션을 참조하세요. AWS CLI

다음 코드 예시에서는 get-variant-import-job을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

변형 가져오기 작업을 보려면

다음 get-variant-import-job 예제에서는 변형 가져오기 작업에 대한 세부 정보를 가져옵니다.

aws omics get-variant-import-job \ --job-id edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508

출력:

{ "creationTime": "2022-11-23T22:42:50.037812Z", "destinationName": "my_var_store", "id": "edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508", "items": [ { "jobStatus": "IN_PROGRESS", "source": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.known_indels.vcf.gz" } ], "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ", "runLeftNormalization": false, "status": "IN_PROGRESS", "updateTime": "2022-11-23T22:43:05.898309Z" }

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 분석을 참조하세요.

  • 자세한 API 내용은 명령 참조GetVariantImportJob의 섹션을 참조하세요. AWS CLI

다음 코드 예시에서는 get-variant-store을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

변형 스토어를 보려면

다음 get-variant-store 예제에서는 변형 스토어에 대한 세부 정보를 가져옵니다.

aws omics get-variant-store \ --name my_var_store

출력:

{ "creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z", "id": "02dexmplcfdd", "name": "my_var_store", "reference": { "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890" }, "status": "CREATING", "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:variantStore/my_var_store", "storeSizeBytes": 0, "tags": {}, "updateTime": "2022-11-23T22:09:24.931711Z" }

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 분석을 참조하세요.

  • 자세한 API 내용은 명령 참조GetVariantStore의 섹션을 참조하세요. AWS CLI

다음 코드 예시에서는 get-workflow을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

워크플로를 보려면

다음 get-workflow 예제에서는 ID가 인 워크플로에 대한 세부 정보를 가져옵니다1234567.

aws omics get-workflow \ --id 1234567

출력:

{ "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567", "creationTime": "2022-11-30T22:33:16.225368Z", "digest": "sha256:c54bxmpl742dcc26f7fa1f10e37550ddd8f251f418277c0a58e895b801ed28cf", "engine": "WDL", "id": "1234567", "main": "workflow-crambam.wdl", "name": "cram-converter", "parameterTemplate": { "ref_dict": { "description": "dictionary file for 'ref_fasta'" }, "ref_fasta_index": { "description": "Index of the reference genome fasta file" }, "ref_fasta": { "description": "Reference genome fasta file" }, "input_cram": { "description": "The Cram file to convert to BAM" }, "sample_name": { "description": "The name of the input sample, used to name the output BAM" } }, "status": "ACTIVE", "statusMessage": "workflow-crambam.wdl\n workflow CramToBamFlow\n call CramToBamTask\n call ValidateSamFile\n task CramToBamTask\n task ValidateSamFile\n", "tags": {}, "type": "PRIVATE" }

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 워크플로를 참조하세요.

  • 자세한 API 내용은 명령 참조GetWorkflow의 섹션을 참조하세요. AWS CLI

다음 코드 예시에서는 list-annotation-import-jobs을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

주석 가져오기 작업 목록을 가져오려면

다음은 주석 가져오기 작업 목록을 list-annotation-import-jobs 가져옵니다.

aws omics list-annotation-import-jobs

출력:

{ "annotationImportJobs": [ { "creationTime": "2022-11-30T01:39:41.478294Z", "destinationName": "gff_ann_store", "id": "18a9e792-xmpl-4869-a105-e5b602900444", "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ", "runLeftNormalization": false, "status": "COMPLETED", "updateTime": "2022-11-30T01:47:09.145178Z" }, { "creationTime": "2022-11-30T00:45:58.007838Z", "destinationName": "my_ann_store", "id": "4e9eafc8-xmpl-431e-a0b2-3bda27cb600a", "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ", "runLeftNormalization": false, "status": "FAILED", "updateTime": "2022-11-30T00:47:01.706325Z" } ] }

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 분석을 참조하세요.

다음 코드 예시에서는 list-annotation-store-versions을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

주석 저장소의 모든 버전을 나열합니다.

다음 list-annotation-store-versions 예제에서는 주석 저장소에 있는 모든 버전을 나열합니다.

aws omics list-annotation-store-versions \ --name my_annotation_store

출력:

{ "annotationStoreVersions": [ { "storeId": "4934045d1c6d", "id": "2a3f4a44aa7b", "status": "CREATING", "versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version_2", "name": "my_annotation_store", "versionName": "my_version_2", "creation Time": "2023-07-21T17:20:59.380043+00:00", "versionSizeBytes": 0 }, { "storeId": "4934045d1c6d", "id": "4934045d1c6d", "status": "ACTIVE", "versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version_1", "name": "my_annotation_store", "versionName": "my_version_1", "creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00", "updateTime": "2023-07-21T17:15:56.434223+00:00", "statusMessage": "", "versionSizeBytes": 0 } }

자세한 내용은 AWS HealthOmics 사용 설명서의 새 버전의 주석 스토어 생성을 참조하세요.

다음 코드 예시에서는 list-annotation-stores을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

주석 저장소 목록을 가져오려면

다음 list-annotation-stores 예제에서는 주석 저장소 목록을 가져옵니다.

aws omics list-annotation-stores

출력:

{ "annotationStores": [ { "creationTime": "2022-11-23T22:48:39.226492Z", "id": "0a91xmplc71f", "name": "my_ann_store", "reference": { "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890" }, "status": "ACTIVE", "statusMessage": "", "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:annotationStore/my_ann_store", "storeFormat": "VCF", "storeSizeBytes": 0, "updateTime": "2022-11-23T22:53:27.372840Z" } ] }

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 분석을 참조하세요.

다음 코드 예시에서는 list-multipart-read-set-uploads을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

모든 멀티파트 읽기 세트 업로드 및 해당 상태를 나열합니다.

다음 list-multipart-read-set-uploads 예제에서는 모든 멀티파트 읽기 세트 업로드와 해당 상태를 나열합니다.

aws omics list-multipart-read-set-uploads \ --sequence-store-id 0123456789

출력:

{ "uploads": [ { "sequenceStoreId": "0123456789", "uploadId": "8749584421", "sourceFileType": "FASTQ", "subjectId": "mySubject", "sampleId": "mySample", "generatedFrom": "1000 Genomes", "name": "HG00146", "description": "FASTQ for HG00146", "creationTime": "2023-11-29T19:22:51.349298+00:00" }, { "sequenceStoreId": "0123456789", "uploadId": "5290538638", "sourceFileType": "BAM", "subjectId": "mySubject", "sampleId": "mySample", "generatedFrom": "1000 Genomes", "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:845448930428:referenceStore/8168613728/reference/2190697383", "name": "HG00146", "description": "BAM for HG00146", "creationTime": "2023-11-29T19:23:33.116516+00:00" }, { "sequenceStoreId": "0123456789", "uploadId": "4174220862", "sourceFileType": "BAM", "subjectId": "mySubject", "sampleId": "mySample", "generatedFrom": "1000 Genomes", "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:845448930428:referenceStore/8168613728/reference/2190697383", "name": "HG00147", "description": "BAM for HG00147", "creationTime": "2023-11-29T19:23:47.007866+00:00" } ] }

자세한 내용은 AWS HealthOmics 사용 설명서시퀀스 스토어에 직접 업로드를 참조하세요.

다음 코드 예시에서는 list-read-set-activation-jobs을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

읽기 세트 활성화 작업 목록을 가져오려면

다음 list-read-set-activation-jobs 예제에서는 ID가 인 시퀀스 스토어의 활성화 작업 목록을 가져옵니다1234567890.

aws omics list-read-set-activation-jobs \ --sequence-store-id 1234567890

출력:

{ "activationJobs": [ { "completionTime": "2022-12-06T22:33:42.828Z", "creationTime": "2022-12-06T22:32:45.213Z", "id": "1234567890", "sequenceStoreId": "1234567890", "status": "COMPLETED" }, { "creationTime": "2022-12-06T22:35:10.100Z", "id": "1234567890", "sequenceStoreId": "1234567890", "status": "IN_PROGRESS" } ] }

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 스토리지를 참조하세요.

다음 코드 예시에서는 list-read-set-export-jobs을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

읽기 세트 내보내기 작업 목록을 가져오려면

다음 list-read-set-export-jobs 예제에서는 ID가 인 시퀀스 스토어의 내보내기 작업 목록을 가져옵니다1234567890.

aws omics list-read-set-export-jobs \ --sequence-store-id 1234567890

출력:

{ "exportJobs": [ { "completionTime": "2022-12-06T22:39:14.491Z", "creationTime": "2022-12-06T22:37:18.612Z", "destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/", "id": "1234567890", "sequenceStoreId": "1234567890", "status": "COMPLETED" }, { "creationTime": "2022-12-06T22:38:04.871Z", "destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/", "id": "1234567890", "sequenceStoreId": "1234567890", "status": "IN_PROGRESS" } ] }

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 스토리지를 참조하세요.

다음 코드 예시에서는 list-read-set-import-jobs을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

읽기 세트 가져오기 작업 목록을 가져오려면

다음 list-read-set-import-jobs 예제에서는 ID가 인 시퀀스 스토어의 가져오기 작업 목록을 가져옵니다1234567890.

aws omics list-read-set-import-jobs \ --sequence-store-id 1234567890

출력:

{ "importJobs": [ { "completionTime": "2022-11-29T18:17:49.244Z", "creationTime": "2022-11-29T17:32:47.700Z", "id": "1234567890", "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ", "sequenceStoreId": "1234567890", "status": "COMPLETED" }, { "completionTime": "2022-11-23T22:01:34.090Z", "creationTime": "2022-11-23T21:52:43.289Z", "id": "1234567890", "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ", "sequenceStoreId": "1234567890", "status": "COMPLETED_WITH_FAILURES" } ] }

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 스토리지를 참조하세요.

다음 코드 예시에서는 list-read-set-upload-parts을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

시퀀스 스토어에 대해 요청된 멀티파트 업로드의 모든 부분을 나열합니다.

다음 list-read-set-upload-parts 예제에서는 시퀀스 스토어에 대해 요청된 멀티파트 업로드의 모든 부분을 나열합니다.

aws omics list-read-set-upload-parts \ --sequence-store-id 0123456789 \ --upload-id 1122334455 \ --part-source SOURCE1

출력:

{ "parts": [ { "partNumber": 1, "partSize": 94371840, "file": "SOURCE1", "checksum": "984979b9928ae8d8622286c4a9cd8e99d964a22d59ed0f5722e1733eb280e635", "lastUpdatedTime": "2023-02-02T20:14:47.533000+00:00" } { "partNumber": 2, "partSize": 10471840, "file": "SOURCE1", "checksum": "984979b9928ae8d8622286c4a9cd8e99d964a22d59ed0f5722e1733eb280e635", "lastUpdatedTime": "2023-02-02T20:14:47.533000+00:00" } ] }

자세한 내용은 AWS HealthOmics 사용 설명서시퀀스 스토어에 직접 업로드를 참조하세요.

다음 코드 예시에서는 list-read-sets을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

읽기 세트 목록을 가져오려면

다음 list-read-sets 예제에서는 ID가 인 시퀀스 스토어의 읽기 세트 목록을 가져옵니다1234567890.

aws omics list-read-sets \ --sequence-store-id 1234567890

출력:

{ "readSets": [ { "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890/readSet/1234567890", "creationTime": "2022-11-23T21:55:00.515Z", "fileType": "FASTQ", "id": "1234567890", "name": "HG00146", "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890", "sampleId": "fastq-sample", "sequenceStoreId": "1234567890", "status": "ACTIVE", "subjectId": "fastq-subject" } ] }

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 스토리지를 참조하세요.

  • 자세한 API 내용은 명령 참조ListReadSets의 섹션을 참조하세요. AWS CLI

다음 코드 예시에서는 list-reference-import-jobs을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

참조 가져오기 작업 목록을 가져오려면

다음 list-reference-import-jobs 예제에서는 ID가 인 참조 스토어에 대한 참조 가져오기 작업 목록을 가져옵니다1234567890.

aws omics list-reference-import-jobs \ --reference-store-id 1234567890

출력:

{ "importJobs": [ { "completionTime": "2022-11-23T19:54:58.204Z", "creationTime": "2022-11-23T19:53:20.729Z", "id": "1234567890", "referenceStoreId": "1234567890", "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ", "status": "COMPLETED" }, { "creationTime": "2022-11-23T20:34:03.250Z", "id": "1234567890", "referenceStoreId": "1234567890", "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ", "status": "IN_PROGRESS" } ] }

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 스토리지를 참조하세요.

다음 코드 예시에서는 list-reference-stores을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

참조 스토어 목록을 가져오려면

다음 list-reference-stores 예제에서는 참조 스토어 목록을 가져옵니다.

aws omics list-reference-stores

출력:

{ "referenceStores": [ { "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890", "creationTime": "2022-11-22T22:13:25.947Z", "id": "1234567890", "name": "my-ref-store" } ] }

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 스토리지를 참조하세요.

  • 자세한 API 내용은 명령 참조ListReferenceStores의 섹션을 참조하세요. AWS CLI

다음 코드 예시에서는 list-references을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

참조 목록을 가져오려면

다음 list-references 예제에서는 ID가 인 참조 스토어의 유전체 참조 목록을 가져옵니다1234567890.

aws omics list-references \ --reference-store-id 1234567890

출력:

{ "references": [ { "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890", "creationTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z", "id": "1234567890", "md5": "7ff134953dcca8c8997453bbb80b6b5e", "name": "assembly-38", "referenceStoreId": "1234567890", "status": "ACTIVE", "updateTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z" } ] }

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 스토리지를 참조하세요.

  • 자세한 API 내용은 명령 참조ListReferences의 섹션을 참조하세요. AWS CLI

다음 코드 예시에서는 list-run-groups을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

실행 그룹 목록을 가져오려면

다음 list-run-groups 예제에서는 실행 그룹 목록을 가져옵니다.

aws omics list-run-groups

출력:

{ "items": [ { "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567", "creationTime": "2022-12-01T00:58:42.915219Z", "id": "1234567", "maxCpus": 20, "maxDuration": 600, "name": "cram-convert" } ] }

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 워크플로를 참조하세요.

  • 자세한 API 내용은 명령 참조ListRunGroups의 섹션을 참조하세요. AWS CLI

다음 코드 예시에서는 list-run-tasks을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

작업 목록을 가져오려면

다음 list-run-tasks 예제에서는 워크플로 실행에 대한 작업 목록을 가져옵니다.

aws omics list-run-tasks \ --id 1234567

출력:

{ "items": [ { "cpus": 1, "creationTime": "2022-11-30T23:13:00.718651Z", "memory": 15, "name": "CramToBamTask", "startTime": "2022-11-30T23:17:47.016Z", "status": "COMPLETED", "stopTime": "2022-11-30T23:18:21.503Z", "taskId": "1234567" }, { "cpus": 1, "creationTime": "2022-11-30T23:18:32.315606Z", "memory": 4, "name": "ValidateSamFile", "startTime": "2022-11-30T23:23:40.165Z", "status": "COMPLETED", "stopTime": "2022-11-30T23:24:14.766Z", "taskId": "1234567" } ] }

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 워크플로를 참조하세요.

  • 자세한 API 내용은 명령 참조ListRunTasks의 섹션을 참조하세요. AWS CLI

다음 코드 예시에서는 list-runs을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

워크플로 실행 목록을 가져오려면

다음 list-runs 예제에서는 워크플로 실행 목록을 가져옵니다.

aws omics list-runs

출력:

{ "items": [ { "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567", "creationTime": "2022-12-02T23:20:01.202074Z", "id": "1234567", "name": "cram-to-bam", "priority": 1, "startTime": "2022-12-02T23:29:18.115Z", "status": "COMPLETED", "stopTime": "2022-12-02T23:57:54.428812Z", "storageCapacity": 10, "workflowId": "1234567" }, { "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567", "creationTime": "2022-12-03T00:16:57.180066Z", "id": "1234567", "name": "cram-to-bam", "priority": 1, "startTime": "2022-12-03T00:26:50.233Z", "status": "FAILED", "stopTime": "2022-12-03T00:37:21.451340Z", "storageCapacity": 10, "workflowId": "1234567" }, { "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567", "creationTime": "2022-12-05T17:57:08.444817Z", "id": "1234567", "name": "cram-to-bam", "status": "STARTING", "workflowId": "1234567" } ] }

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 워크플로를 참조하세요.

  • 자세한 API 내용은 명령 참조ListRuns의 섹션을 참조하세요. AWS CLI

다음 코드 예시에서는 list-sequence-stores을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

시퀀스 스토어 목록을 가져오려면

다음 list-sequence-stores 예제에서는 시퀀스 스토어 목록을 가져옵니다.

aws omics list-sequence-stores

출력:

{ "sequenceStores": [ { "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890", "creationTime": "2022-11-23T01:24:33.629Z", "id": "1234567890", "name": "my-seq-store" } ] }

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 스토리지를 참조하세요.

  • 자세한 API 내용은 명령 참조ListSequenceStores의 섹션을 참조하세요. AWS CLI

다음 코드 예시에서는 list-shares을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

HealthOmics 분석 데이터의 사용 가능한 공유를 나열하려면

다음 list-shares 예제에서는 리소스 소유자에 대해 생성된 모든 공유를 나열합니다.

aws omics list-shares \ --resource-owner SELF

출력:

{ "shares": [ { "shareId": "595c1cbd-a008-4eca-a887-954d30c91c6e", "name": "myShare", "resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/store_1", "principalSubscriber": "123456789012", "ownerId": "555555555555", "status": "PENDING" } { "shareId": "39b65d0d-4368-4a19-9814-b0e31d73c10a", "name": "myShare3456", "resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/store_2", "principalSubscriber": "123456789012", "ownerId": "555555555555", "status": "ACTIVE" }, { "shareId": "203152f5-eef9-459d-a4e0-a691668d44ef", "name": "myShare4", "resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/store_3", "principalSubscriber": "123456789012", "ownerId": "555555555555", "status": "ACTIVE" } ] }

자세한 내용은 AWS HealthOmics 사용 설명서교차 계정 공유를 참조하세요.

  • 자세한 API 내용은 명령 참조ListShares의 섹션을 참조하세요. AWS CLI

다음 코드 예시에서는 list-tags-for-resource을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

태그 목록을 가져오려면

다음 list-tags-for-resource 예제에서는 ID가 인 워크플로의 태그 목록을 가져옵니다1234567.

aws omics list-tags-for-resource \ --resource-arn arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567

출력:

{ "tags": { "department": "analytics" } }

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Amazon Omics에서 리소스 태그 지정을 참조하세요.

  • 자세한 API 내용은 명령 참조ListTagsForResource의 섹션을 참조하세요. AWS CLI

다음 코드 예시에서는 list-variant-import-jobs을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

변형 가져오기 작업 목록을 가져오려면

다음 list-variant-import-jobs 예제에서는 변형 가져오기 작업 목록을 가져옵니다.

aws omics list-variant-import-jobs

출력:

{ "variantImportJobs": [ { "creationTime": "2022-11-23T22:47:02.514002Z", "destinationName": "my_var_store", "id": "69cb65d6-xmpl-4a4a-9025-4565794b684e", "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ", "runLeftNormalization": false, "status": "COMPLETED", "updateTime": "2022-11-23T22:49:17.976597Z" }, { "creationTime": "2022-11-23T22:42:50.037812Z", "destinationName": "my_var_store", "id": "edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508", "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ", "runLeftNormalization": false, "status": "COMPLETED", "updateTime": "2022-11-23T22:45:26.009880Z" } ] }

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 분석을 참조하세요.

다음 코드 예시에서는 list-variant-stores을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

변형 스토어 목록을 가져오려면

다음 list-variant-stores 예제에서는 변형 스토어 목록을 가져옵니다.

aws omics list-variant-stores

출력:

{ "variantStores": [ { "creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z", "id": "02dexmplcfdd", "name": "my_var_store", "reference": { "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890" }, "status": "CREATING", "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:variantStore/my_var_store", "storeSizeBytes": 0, "updateTime": "2022-11-23T22:09:24.931711Z" }, { "creationTime": "2022-09-23T23:00:09.140265Z", "id": "8777xmpl1a24", "name": "myvstore0", "status": "ACTIVE", "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:variantStore/myvstore0", "storeSizeBytes": 0, "updateTime": "2022-09-23T23:03:26.013220Z" } ] }

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics Analytics를 참조하세요.

  • 자세한 API 내용은 명령 참조ListVariantStores의 섹션을 참조하세요. AWS CLI

다음 코드 예시에서는 list-workflows을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

워크플로 목록을 가져오려면

다음 list-workflows 예제에서는 워크플로 목록을 가져옵니다.

aws omics list-workflows

출력:

{ "items": [ { "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567", "creationTime": "2022-09-23T23:08:22.041227Z", "digest": "nSCNo/qMWFxmplXpUdokXJnwgneOaxyyc2YOxVxrJTE=", "id": "1234567", "name": "my-wkflow-0", "status": "ACTIVE", "type": "PRIVATE" }, { "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567", "creationTime": "2022-11-30T22:33:16.225368Z", "digest": "sha256:c54bxmpl742dcc26f7fa1f10e37550ddd8f251f418277c0a58e895b801ed28cf", "id": "1234567", "name": "cram-converter", "status": "ACTIVE", "type": "PRIVATE" } ] }

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 워크플로를 참조하세요.

  • 자세한 API 내용은 명령 참조ListWorkflows의 섹션을 참조하세요. AWS CLI

다음 코드 예시에서는 start-annotation-import-job을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

주석을 가져오려면

다음 start-annotation-import-job 예제에서는 Amazon S3에서 주석을 가져옵니다.

aws omics start-annotation-import-job \ --destination-name tsv_ann_store \ --no-run-left-normalization \ --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \ --items source=s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/targetedregions.bed.gz

출력:

{ "jobId": "984162c7-xmpl-4d23-ab47-286f7950bfbf" }

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics Analytics를 참조하세요.

다음 코드 예시에서는 start-read-set-activation-job을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

아카이브된 읽기 세트를 활성화하려면

다음 start-read-set-activation-job 예제에서는 두 개의 읽기 세트를 활성화합니다.

aws omics start-read-set-activation-job \ --sequence-store-id 1234567890 \ --sources readSetId=1234567890 readSetId=1234567890

출력:

{ "creationTime": "2022-12-06T22:35:10.100Z", "id": "1234567890", "sequenceStoreId": "1234567890", "status": "SUBMITTED" }

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 스토리지를 참조하세요.

다음 코드 예시에서는 start-read-set-export-job을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

읽기 세트를 내보내려면

다음 start-read-set-export-job 예제에서는 두 개의 읽기 세트를 Amazon S3로 내보냅니다.

aws omics start-read-set-export-job \ --sequence-store-id 1234567890 \ --sources readSetId=1234567890 readSetId=1234567890 \ --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \ --destination s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/

출력:

{ "creationTime": "2022-12-06T22:37:18.612Z", "destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/", "id": "1234567890", "sequenceStoreId": "1234567890", "status": "SUBMITTED" }

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 스토리지를 참조하세요.

다음 코드 예시에서는 start-read-set-import-job을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

읽기 세트를 가져오려면

다음 start-read-set-import-job 예제에서는 읽기 세트를 가져옵니다.

aws omics start-read-set-import-job \ --sequence-store-id 1234567890 \ --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \ --sources file://readset-sources.json

readset-sources.json은 다음 내용을 포함하는 JSON 문서입니다.

[ { "sourceFiles": { "source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00100.chrom20.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20101123.bam" }, "sourceFileType": "BAM", "subjectId": "bam-subject", "sampleId": "bam-sample", "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890", "name": "HG00100" } ]

출력:

{ "creationTime": "2022-11-23T01:36:38.158Z", "id": "1234567890", "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ", "sequenceStoreId": "1234567890", "status": "SUBMITTED" }

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 스토리지를 참조하세요.

다음 코드 예시에서는 start-reference-import-job을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

참조 유전체를 가져오려면

다음 start-reference-import-job 예제에서는 Amazon S3에서 참조 유전체를 가져옵니다.

aws omics start-reference-import-job \ --reference-store-id 1234567890 \ --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \ --sources sourceFile=s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta,name=assembly-38

출력:

{ "creationTime": "2022-11-22T22:25:41.124Z", "id": "1234567890", "referenceStoreId": "1234567890", "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ", "status": "SUBMITTED" }

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 스토리지를 참조하세요.

다음 코드 예시에서는 start-run을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

워크플로를 실행하려면

다음 start-run 예제에서는 ID 를 사용하여 워크플로를 실행합니다1234567.

aws omics start-run \ --workflow-id 1234567 \ --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \ --name 'cram-to-bam' \ --output-uri s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/workflow-output/ \ --run-group-id 1234567 \ --priority 1 \ --storage-capacity 10 \ --log-level ALL \ --parameters file://workflow-inputs.json

workflow-inputs.json은 다음 내용을 포함하는 JSON 문서입니다.

{ "sample_name": "NA12878", "input_cram": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/NA12878.cram", "ref_dict": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict", "ref_fasta": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta", "ref_fasta_index": "omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai" }

출력:

{ "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567", "id": "1234567", "status": "PENDING", "tags": {} }

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 워크플로를 참조하세요.

Amazon Omics에서 소스 파일을 로드하려면

서비스별 를 사용하여 Amazon Omics 스토리지에서 소스 파일을 로드할 수도 있습니다URIs. 다음 예제 workflow-inputs.json 파일은 읽기 세트 및 참조 유전체 소스URIs에 Amazon Omics를 사용합니다.

{ "sample_name": "NA12878", "input_cram": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/1234567890/readSet/1234567890/source1", "ref_dict": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict", "ref_fasta": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/1234567890/reference/1234567890", "ref_fasta_index": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/1234567890/reference/1234567890/index" }

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 워크플로를 참조하세요.

  • 자세한 API 내용은 명령 참조StartRun의 섹션을 참조하세요. AWS CLI

다음 코드 예시에서는 start-variant-import-job을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

변형 파일을 가져오려면

다음 start-variant-import-job 예제에서는 VCF 형식 변형 파일을 가져옵니다.

aws omics start-variant-import-job \ --destination-name my_var_store \ --no-run-left-normalization \ --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \ --items source=s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.known_indels.vcf.gz

출력:

{ "jobId": "edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508" }

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics Analytics를 참조하세요.

다음 코드 예시에서는 tag-resource을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

리소스에 태그를 지정하려면

다음 tag-resource 예제에서는 ID가 인 워크플로에 department 태그를 추가합니다1234567.

aws omics tag-resource \ --resource-arn arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567 \ --tags department=analytics

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Amazon Omics에서 리소스 태그 지정을 참조하세요.

  • 자세한 API 내용은 명령 참조TagResource의 섹션을 참조하세요. AWS CLI

다음 코드 예시에서는 untag-resource을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

리소스에서 태그를 제거하려면

다음 untag-resource 예제에서는 워크플로에서 department 태그를 제거합니다.

aws omics untag-resource \ --resource-arn arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567 \ --tag-keys department

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 스토리지를 참조하세요.

  • 자세한 API 내용은 명령 참조UntagResource의 섹션을 참조하세요. AWS CLI

다음 코드 예시에서는 update-annotation-store을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

주석 저장소를 업데이트하려면

다음 update-annotation-store 예제에서는 라는 주석 저장소에 대한 설명을 업데이트합니다my_vcf_store.

aws omics update-annotation-store \ --name my_vcf_store \ --description "VCF annotation store"

출력:

{ "creationTime": "2022-12-05T18:00:56.101860Z", "description": "VCF annotation store", "id": "bd6axmpl2444", "name": "my_vcf_store", "reference": { "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890" }, "status": "ACTIVE", "storeFormat": "VCF", "updateTime": "2022-12-05T18:13:16.100051Z" }

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics Analytics를 참조하세요.

다음 코드 예시에서는 update-run-group을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

실행 그룹을 업데이트하려면

다음 update-run-group 예제에서는 ID가 인 실행 그룹의 설정을 업데이트합니다1234567.

aws omics update-run-group \ --id 1234567 \ --max-cpus 10

출력:

{ "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567", "creationTime": "2022-12-01T00:58:42.915219Z", "id": "1234567", "maxCpus": 10, "maxDuration": 600, "name": "cram-convert", "tags": {} }

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 워크플로를 참조하세요.

  • 자세한 API 내용은 명령 참조UpdateRunGroup의 섹션을 참조하세요. AWS CLI

다음 코드 예시에서는 update-variant-store을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

변형 스토어를 업데이트하려면

다음 update-variant-store 예제에서는 라는 변형 스토어에 대한 설명을 업데이트합니다my_var_store.

aws omics update-variant-store \ --name my_var_store \ --description "variant store"

출력:

{ "creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z", "description": "variant store", "id": "02dexmplcfdd", "name": "my_var_store", "reference": { "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890" }, "status": "ACTIVE", "updateTime": "2022-12-05T18:23:37.686402Z" }

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics Analytics를 참조하세요.

  • 자세한 API 내용은 명령 참조UpdateVariantStore의 섹션을 참조하세요. AWS CLI

다음 코드 예시에서는 update-workflow을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

워크플로를 업데이트하려면

다음 update-workflow 예제에서는 ID가 인 워크플로에 대한 설명을 업데이트합니다1234567.

aws omics update-workflow \ --id 1234567 \ --description "copy workflow"

자세한 내용은 Amazon Omics 개발자 안내서의 Omics 스토리지를 참조하세요.

  • 자세한 API 내용은 명령 참조UpdateWorkflow의 섹션을 참조하세요. AWS CLI

다음 코드 예시에서는 upload-read-set-part을 사용하는 방법을 보여 줍니다.

AWS CLI

읽기 세트 부분을 업로드하는 방법.

다음 upload-read-set-part 예제에서는 읽기 세트의 지정된 부분을 업로드합니다.

aws omics upload-read-set-part \ --sequence-store-id 0123456789 \ --upload-id 1122334455 \ --part-source SOURCE1 \ --part-number 1 \ --payload /path/to/file/read_1_part_1.fastq.gz

출력:

{ "checksum": "984979b9928ae8d8622286c4a9cd8e99d964a22d59ed0f5722e1733eb280e635" }

자세한 내용은 AWS HealthOmics 사용 설명서시퀀스 스토어에 직접 업로드를 참조하세요.

  • 자세한 API 내용은 명령 참조UploadReadSetPart의 섹션을 참조하세요. AWS CLI