Exemplos de HealthOmics usando a AWS CLI

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Exemplos de HealthOmics usando a AWS CLI - AWS Command Line Interface

Os exemplos de código a seguir mostram como realizar ações e implementar cenários comuns usando a AWS Command Line Interface com o HealthOmics.

Ações são trechos de código de programas maiores e devem ser executadas em contexto. Embora as ações mostrem como chamar perfis de serviço individuais, você pode ver as ações no contexto em seus cenários relacionados.

Cada exemplo inclui um link para o código-fonte completo, em que você pode encontrar instruções sobre como configurar e executar o código.

Tópicos

Ações

Ações

O código de exemplo a seguir mostra como usar abort-multipart-read-set-upload.

AWS CLI

Como interromper um upload de conjunto de leitura multipartes

O exemplo abort-multipart-read-set-upload a seguir interrompe o upload de um conjunto de leitura multipartes em seu repositório de sequências HealthOmics.


aws omics abort-multipart-read-set-upload \
    --sequence-store-id 0123456789 \
    --upload-id 1122334455

Este comando não produz saída.

Para obter mais informações, consulte Fazer upload direto a um repositório de sequências no Guia do usuário do AWS HealthOmics.

Para ver detalhes da API, consulte AbortMultipartReadSetUpload na Referência de comandos da AWS CLI.

abort-multipart-read-set-upload

O código de exemplo a seguir mostra como usar abort-multipart-read-set-upload.

AWS CLI

Como interromper um upload de conjunto de leitura multipartes

O exemplo abort-multipart-read-set-upload a seguir interrompe o upload de um conjunto de leitura multipartes em seu repositório de sequências HealthOmics.


aws omics abort-multipart-read-set-upload \
    --sequence-store-id 0123456789 \
    --upload-id 1122334455

Este comando não produz saída.

Para obter mais informações, consulte Fazer upload direto a um repositório de sequências no Guia do usuário do AWS HealthOmics.

Para ver detalhes da API, consulte AbortMultipartReadSetUpload na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar accept-share.

AWS CLI

Como aceitar um compartilhamento de dados de um repositório de análises

O exemplo accept-share a seguir aceita um compartilhamento de dados de repositório de análises do HealthOmics.


aws omics accept-share \
    ----share-id "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a"

Saída:


{
    "status": "ACTIVATING"
}

Para obter mais informações, consulte Compartilhamento entre contas no Guia do usuário do AWS HealthOmics.

Para ver detalhes da API, consulte AcceptShare na Referência de comandos da AWS CLI.

accept-share

O código de exemplo a seguir mostra como usar accept-share.

AWS CLI

Como aceitar um compartilhamento de dados de um repositório de análises

O exemplo accept-share a seguir aceita um compartilhamento de dados de repositório de análises do HealthOmics.


aws omics accept-share \
    ----share-id "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a"

Saída:


{
    "status": "ACTIVATING"
}

Para obter mais informações, consulte Compartilhamento entre contas no Guia do usuário do AWS HealthOmics.

Para ver detalhes da API, consulte AcceptShare na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar batch-delete-read-set.

AWS CLI

Para excluir vários conjuntos de leitura

O exemplo batch-delete-read-set a seguir exclui dois conjuntos de leitura.


aws omics batch-delete-read-set \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --ids 1234567890 0123456789

Se houver um erro ao excluir qualquer um dos conjuntos de leitura especificados, o serviço retornará uma lista de erros.


{
    "errors": [
        {
            "code": "",
            "id": "0123456789",
            "message": "The specified readset does not exist."
        }
    ]
}

Para obter mais informações, consulte Armazenamento Ômico no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte BatchDeleteReadSet na Referência de comandos da AWS CLI.

batch-delete-read-set

O código de exemplo a seguir mostra como usar batch-delete-read-set.

AWS CLI

Para excluir vários conjuntos de leitura

O exemplo batch-delete-read-set a seguir exclui dois conjuntos de leitura.


aws omics batch-delete-read-set \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --ids 1234567890 0123456789

Se houver um erro ao excluir qualquer um dos conjuntos de leitura especificados, o serviço retornará uma lista de erros.


{
    "errors": [
        {
            "code": "",
            "id": "0123456789",
            "message": "The specified readset does not exist."
        }
    ]
}

Para obter mais informações, consulte Armazenamento Ômico no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte BatchDeleteReadSet na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar cancel-annotation-import-job.

AWS CLI

Como cancelar um trabalho de importação de anotações

O exemplo cancel-annotation-import-job a seguir cancela um trabalho de importação de anotações com ID 04f57618-xmpl-4fd0-9349-e5a85aefb997.


aws omics cancel-annotation-import-job \
    --job-id 04f57618-xmpl-4fd0-9349-e5a85aefb997

Para obter mais informações, consulte Omics Analytics no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte CancelAnnotationImportJob na Referência de comandos da AWS CLI.

cancel-annotation-import-job

O código de exemplo a seguir mostra como usar cancel-annotation-import-job.

AWS CLI

Como cancelar um trabalho de importação de anotações

O exemplo cancel-annotation-import-job a seguir cancela um trabalho de importação de anotações com ID 04f57618-xmpl-4fd0-9349-e5a85aefb997.


aws omics cancel-annotation-import-job \
    --job-id 04f57618-xmpl-4fd0-9349-e5a85aefb997

Para obter mais informações, consulte Omics Analytics no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte CancelAnnotationImportJob na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar cancel-run.

AWS CLI

Como cancelar uma execução

O exemplo cancel-run a seguir cancela uma execução que tenha o ID 1234567.


aws omics cancel-run \
    --id 1234567

Para obter mais informações, consulte Fluxos de Trabalho Ômicos no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte CancelRun na Referência de comandos da AWS CLI.

cancel-run

O código de exemplo a seguir mostra como usar cancel-run.

AWS CLI

Como cancelar uma execução

O exemplo cancel-run a seguir cancela uma execução que tenha o ID 1234567.


aws omics cancel-run \
    --id 1234567

Para obter mais informações, consulte Fluxos de Trabalho Ômicos no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte CancelRun na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar cancel-variant-import-job.

AWS CLI

Como cancelar um trabalho de importação de variantes

O exemplo cancel-variant-import-job a seguir cancela um trabalho de importação de variantes com o ID 69cb65d6-xmpl-4a4a-9025-4565794b684e.


aws omics cancel-variant-import-job \
    --job-id 69cb65d6-xmpl-4a4a-9025-4565794b684e

Para obter mais informações, consulte Omics Analytics no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte CancelVariantImportJob na Referência de comandos da AWS CLI.

cancel-variant-import-job

O código de exemplo a seguir mostra como usar cancel-variant-import-job.

AWS CLI

Como cancelar um trabalho de importação de variantes

O exemplo cancel-variant-import-job a seguir cancela um trabalho de importação de variantes com o ID 69cb65d6-xmpl-4a4a-9025-4565794b684e.


aws omics cancel-variant-import-job \
    --job-id 69cb65d6-xmpl-4a4a-9025-4565794b684e

Para obter mais informações, consulte Omics Analytics no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte CancelVariantImportJob na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar complete-multipart-read-set-upload.

AWS CLI

Como concluir um upload multipartes depois de fazer upload de todos os componentes.

O exemplo complete-multipart-read-set-upload a seguir conclui um upload multipartes em um repositório de sequências depois do upload de todos os componentes.


aws omics complete-multipart-read-set-upload \
    --sequence-store-id 0123456789 \
    --upload-id 1122334455 \
    --parts '[{"checksum":"gaCBQMe+rpCFZxLpoP6gydBoXaKKDA/Vobh5zBDb4W4=","partNumber":1,"partSource":"SOURCE1"}]'

Saída:


{
    "readSetId": "0000000001"
    "readSetId": "0000000002"
    "readSetId": "0000000003"
}

Para obter mais informações, consulte Fazer upload direto a um repositório de sequências no Guia do usuário do AWS HealthOmics.

Para ver detalhes da API, consulte CompleteMultipartReadSetUpload na Referência de comandos da AWS CLI.

complete-multipart-read-set-upload

O código de exemplo a seguir mostra como usar complete-multipart-read-set-upload.

AWS CLI

Como concluir um upload multipartes depois de fazer upload de todos os componentes.

O exemplo complete-multipart-read-set-upload a seguir conclui um upload multipartes em um repositório de sequências depois do upload de todos os componentes.


aws omics complete-multipart-read-set-upload \
    --sequence-store-id 0123456789 \
    --upload-id 1122334455 \
    --parts '[{"checksum":"gaCBQMe+rpCFZxLpoP6gydBoXaKKDA/Vobh5zBDb4W4=","partNumber":1,"partSource":"SOURCE1"}]'

Saída:


{
    "readSetId": "0000000001"
    "readSetId": "0000000002"
    "readSetId": "0000000003"
}

Para obter mais informações, consulte Fazer upload direto a um repositório de sequências no Guia do usuário do AWS HealthOmics.

Para ver detalhes da API, consulte CompleteMultipartReadSetUpload na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar create-annotation-store-version.

AWS CLI

Para criar uma nova versão de um repositório de anotações

O exemplo create-annotation-store-version a seguir cria uma nova versão de um repositório de anotações.


aws omics create-annotation-store-version \
    --name my_annotation_store \
    --version-name my_version

Saída:


{
    "creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00",
    "id": "3b93cdef69d2",
    "name": "my_annotation_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/6505293348/reference/5987565360"
    },
    "status": "CREATING",
    "versionName": "my_version"
}

Para obter mais informações, consulte Criar de novas versões de repositórios de anotações no Guia do usuário do AWS HealthOmics.

Para ver detalhes da API, consulte CreateAnnotationStoreVersion na Referência de comandos da AWS CLI.

create-annotation-store-version

O código de exemplo a seguir mostra como usar create-annotation-store-version.

AWS CLI

Para criar uma nova versão de um repositório de anotações

O exemplo create-annotation-store-version a seguir cria uma nova versão de um repositório de anotações.


aws omics create-annotation-store-version \
    --name my_annotation_store \
    --version-name my_version

Saída:


{
    "creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00",
    "id": "3b93cdef69d2",
    "name": "my_annotation_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/6505293348/reference/5987565360"
    },
    "status": "CREATING",
    "versionName": "my_version"
}

Para obter mais informações, consulte Criar de novas versões de repositórios de anotações no Guia do usuário do AWS HealthOmics.

Para ver detalhes da API, consulte CreateAnnotationStoreVersion na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar create-annotation-store.

AWS CLI

Exemplo 1: criar um repositório de anotações VCF

O exemplo create-annotation-store a seguir cria um repositório de anotações no formato VCF.


aws omics create-annotation-store \
    --name my_ann_store \
    --store-format VCF \
    --reference referenceArn=arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890

Saída:


{
    "creationTime": "2022-11-23T22:48:39.226492Z",
    "id": "0a91xmplc71f",
    "name": "my_ann_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "CREATING",
    "storeFormat": "VCF"
}

Exemplo 2: criar um repositório de anotações TSV

O exemplo create-annotation-store a seguir cria um repositório de anotações no formato TSV.


aws omics create-annotation-store \
    --name tsv_ann_store \
    --store-format TSV \
    --reference referenceArn=arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890 \
    --store-options file://tsv-store-options.json

tsv-store-options.json configura as opções de formato para anotações.


{
    "tsvStoreOptions": {
        "annotationType": "CHR_START_END_ZERO_BASE",
        "formatToHeader": {
            "CHR": "chromosome",
            "START": "start",
            "END": "end"
        },
        "schema": [
            {
                "chromosome": "STRING"
            },
            {
                "start": "LONG"
            },
            {
                "end": "LONG"
            },
            {
                "name": "STRING"
            }
        ]
    }
}

Saída:


{
    "creationTime": "2022-11-30T01:28:08.525586Z",
    "id": "861cxmpl96b0",
    "name": "tsv_ann_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "CREATING",
    "storeFormat": "TSV",
    "storeOptions": {
        "tsvStoreOptions": {
            "annotationType": "CHR_START_END_ZERO_BASE",
            "formatToHeader": {
                "CHR": "chromosome",
                "END": "end",
                "START": "start"
            },
            "schema": [
                {
                    "chromosome": "STRING"
                },
                {
                    "start": "LONG"
                },
                {
                    "end": "LONG"
                },
                {
                    "name": "STRING"
                }
            ]
        }
    }
}

Para obter mais informações, consulte Omics Analytics no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte CreateAnnotationStore na Referência de comandos da AWS CLI.

create-annotation-store

O código de exemplo a seguir mostra como usar create-annotation-store.

AWS CLI

Exemplo 1: criar um repositório de anotações VCF

O exemplo create-annotation-store a seguir cria um repositório de anotações no formato VCF.


aws omics create-annotation-store \
    --name my_ann_store \
    --store-format VCF \
    --reference referenceArn=arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890

Saída:


{
    "creationTime": "2022-11-23T22:48:39.226492Z",
    "id": "0a91xmplc71f",
    "name": "my_ann_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "CREATING",
    "storeFormat": "VCF"
}

Exemplo 2: criar um repositório de anotações TSV

O exemplo create-annotation-store a seguir cria um repositório de anotações no formato TSV.


aws omics create-annotation-store \
    --name tsv_ann_store \
    --store-format TSV \
    --reference referenceArn=arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890 \
    --store-options file://tsv-store-options.json

tsv-store-options.json configura as opções de formato para anotações.


{
    "tsvStoreOptions": {
        "annotationType": "CHR_START_END_ZERO_BASE",
        "formatToHeader": {
            "CHR": "chromosome",
            "START": "start",
            "END": "end"
        },
        "schema": [
            {
                "chromosome": "STRING"
            },
            {
                "start": "LONG"
            },
            {
                "end": "LONG"
            },
            {
                "name": "STRING"
            }
        ]
    }
}

Saída:


{
    "creationTime": "2022-11-30T01:28:08.525586Z",
    "id": "861cxmpl96b0",
    "name": "tsv_ann_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "CREATING",
    "storeFormat": "TSV",
    "storeOptions": {
        "tsvStoreOptions": {
            "annotationType": "CHR_START_END_ZERO_BASE",
            "formatToHeader": {
                "CHR": "chromosome",
                "END": "end",
                "START": "start"
            },
            "schema": [
                {
                    "chromosome": "STRING"
                },
                {
                    "start": "LONG"
                },
                {
                    "end": "LONG"
                },
                {
                    "name": "STRING"
                }
            ]
        }
    }
}

Para obter mais informações, consulte Omics Analytics no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte CreateAnnotationStore na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar create-multipart-read-set-upload.

AWS CLI

Para iniciar um upload de um conjunto de leitura multipartes.

O exemplo create-multipart-read-set-upload a seguir inicia um upload de conjunto de leitura multipartes.


aws omics create-multipart-read-set-upload \
    --sequence-store-id 0123456789 \
    --name HG00146 \
    --source-file-type FASTQ \
    --subject-id mySubject\
    --sample-id mySample\
    --description "FASTQ for HG00146"\
    --generated-from "1000 Genomes"

Saída:


{
    "creationTime": "2022-07-13T23:25:20Z",
    "description": "FASTQ for HG00146",
    "generatedFrom": "1000 Genomes",
    "name": "HG00146",
    "sampleId": "mySample",
    "sequenceStoreId": "0123456789",
    "sourceFileType": "FASTQ",
    "subjectId": "mySubject",
    "uploadId": "1122334455"
}

Para obter mais informações, consulte Fazer upload direto a um repositório de sequências no Guia do usuário do AWS HealthOmics.

Para ver detalhes da API, consulte CreateMultipartReadSetUpload na Referência de comandos da AWS CLI.

create-multipart-read-set-upload

O código de exemplo a seguir mostra como usar create-multipart-read-set-upload.

AWS CLI

Para iniciar um upload de um conjunto de leitura multipartes.

O exemplo create-multipart-read-set-upload a seguir inicia um upload de conjunto de leitura multipartes.


aws omics create-multipart-read-set-upload \
    --sequence-store-id 0123456789 \
    --name HG00146 \
    --source-file-type FASTQ \
    --subject-id mySubject\
    --sample-id mySample\
    --description "FASTQ for HG00146"\
    --generated-from "1000 Genomes"

Saída:


{
    "creationTime": "2022-07-13T23:25:20Z",
    "description": "FASTQ for HG00146",
    "generatedFrom": "1000 Genomes",
    "name": "HG00146",
    "sampleId": "mySample",
    "sequenceStoreId": "0123456789",
    "sourceFileType": "FASTQ",
    "subjectId": "mySubject",
    "uploadId": "1122334455"
}

Para obter mais informações, consulte Fazer upload direto a um repositório de sequências no Guia do usuário do AWS HealthOmics.

Para ver detalhes da API, consulte CreateMultipartReadSetUpload na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar create-reference-store.

AWS CLI

Para criar um repositório de referências

O exemplo create-reference-store a seguir cria o repositório de referências my-ref-store.


aws omics create-reference-store \
    --name my-ref-store

Saída:


{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890",
    "creationTime": "2022-11-22T22:13:25.947Z",
    "id": "1234567890",
    "name": "my-ref-store"
}

Para obter mais informações, consulte Armazenamento Ômico no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte CreateReferenceStore na Referência de comandos da AWS CLI.

create-reference-store

O código de exemplo a seguir mostra como usar create-reference-store.

AWS CLI

Para criar um repositório de referências

O exemplo create-reference-store a seguir cria o repositório de referências my-ref-store.


aws omics create-reference-store \
    --name my-ref-store

Saída:


{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890",
    "creationTime": "2022-11-22T22:13:25.947Z",
    "id": "1234567890",
    "name": "my-ref-store"
}

Para obter mais informações, consulte Armazenamento Ômico no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte CreateReferenceStore na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar create-run-group.

AWS CLI

Para criar um grupo de execução

O exemplo create-run-group a seguir cria um grupo de execução chamado cram-converter.


aws omics create-run-group \
    --name cram-converter \
    --max-cpus 20 \
    --max-duration 600

Saída:


{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
    "id": "1234567",
    "tags": {}
}

Para obter mais informações, consulte Fluxos de Trabalho Ômicos no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte CreateRunGroup na Referência de comandos da AWS CLI.

create-run-group

O código de exemplo a seguir mostra como usar create-run-group.

AWS CLI

Para criar um grupo de execução

O exemplo create-run-group a seguir cria um grupo de execução chamado cram-converter.


aws omics create-run-group \
    --name cram-converter \
    --max-cpus 20 \
    --max-duration 600

Saída:


{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
    "id": "1234567",
    "tags": {}
}

Para obter mais informações, consulte Fluxos de Trabalho Ômicos no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte CreateRunGroup na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar create-sequence-store.

AWS CLI

Para criar um repositório de sequências

O exemplo create-sequence-store a seguir cria um repositório de sequências.


aws omics create-sequence-store \
    --name my-seq-store

Saída:


{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890",
    "creationTime": "2022-11-23T01:24:33.629Z",
    "id": "1234567890",
    "name": "my-seq-store"
}

Para obter mais informações, consulte Armazenamento Ômico no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte CreateSequenceStore na Referência de comandos da AWS CLI.

create-sequence-store

O código de exemplo a seguir mostra como usar create-sequence-store.

AWS CLI

Para criar um repositório de sequências

O exemplo create-sequence-store a seguir cria um repositório de sequências.


aws omics create-sequence-store \
    --name my-seq-store

Saída:


{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890",
    "creationTime": "2022-11-23T01:24:33.629Z",
    "id": "1234567890",
    "name": "my-seq-store"
}

Para obter mais informações, consulte Armazenamento Ômico no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte CreateSequenceStore na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar create-share.

AWS CLI

Para criar um compartilhamento de um repositório de análises da HealthOmics

O exemplo create-share a seguir mostra como criar um compartilhamento de um repositório de análises da HealthOmics que pode ser aceito por um assinante fora da conta.


aws omics create-share \
    --resource-arn "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/omics_dev_var_store" \
    --principal-subscriber "123456789012" \
    --name "my_Share-123"

Saída:


{
    "shareId": "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a",
    "name": "my_Share-123",
    "status": "PENDING"
}

Para obter mais informações, consulte Compartilhamento entre contas no Guia do usuário do AWS HealthOmics.

Para ver detalhes da API, consulte CreateShare na Referência de comandos da AWS CLI.

create-share

O código de exemplo a seguir mostra como usar create-share.

AWS CLI

Para criar um compartilhamento de um repositório de análises da HealthOmics

O exemplo create-share a seguir mostra como criar um compartilhamento de um repositório de análises da HealthOmics que pode ser aceito por um assinante fora da conta.


aws omics create-share \
    --resource-arn "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/omics_dev_var_store" \
    --principal-subscriber "123456789012" \
    --name "my_Share-123"

Saída:


{
    "shareId": "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a",
    "name": "my_Share-123",
    "status": "PENDING"
}

Para obter mais informações, consulte Compartilhamento entre contas no Guia do usuário do AWS HealthOmics.

Para ver detalhes da API, consulte CreateShare na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar create-variant-store.

AWS CLI

Para criar um repositório de variantes

O exemplo create-variant-store a seguir cria um repositório de variantes chamado my_var_store.


aws omics create-variant-store \
    --name my_var_store \
    --reference referenceArn=arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890

Saída:


{
    "creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
    "id": "02dexmplcfdd",
    "name": "my_var_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "CREATING"
}

Para obter mais informações, consulte Omics Analytics no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte CreateVariantStore na Referência de comandos da AWS CLI.

create-variant-store

O código de exemplo a seguir mostra como usar create-variant-store.

AWS CLI

Para criar um repositório de variantes

O exemplo create-variant-store a seguir cria um repositório de variantes chamado my_var_store.


aws omics create-variant-store \
    --name my_var_store \
    --reference referenceArn=arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890

Saída:


{
    "creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
    "id": "02dexmplcfdd",
    "name": "my_var_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "CREATING"
}

Para obter mais informações, consulte Omics Analytics no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte CreateVariantStore na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar create-workflow.

AWS CLI

Para criar um fluxo de trabalho

O exemplo create-workflow a seguir cria um fluxo de trabalho WDL.


aws omics create-workflow \
    --name cram-converter \
    --engine WDL \
    --definition-zip fileb://workflow-crambam.zip \
    --parameter-template file://workflow-params.json

workflow-crambam.zip é um arquivo ZIP contendo uma definição de fluxo de trabalho. workflow-params.json define parâmetros de runtime para o fluxo de trabalho.


{
    "ref_fasta" : {
        "description": "Reference genome fasta file",
        "optional": false
    },
    "ref_fasta_index" : {
        "description": "Index of the reference genome fasta file",
        "optional": false
    },
    "ref_dict" : {
        "description": "dictionary file for 'ref_fasta'",
        "optional": false
    },
    "input_cram" : {
        "description": "The Cram file to convert to BAM",
        "optional": false
    },
    "sample_name" : {
        "description": "The name of the input sample, used to name the output BAM",
        "optional": false
    }
}

Saída:


{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
    "id": "1234567",
    "status": "CREATING",
    "tags": {}
}

Para obter mais informações, consulte Fluxos de Trabalho Ômicos no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte CreateWorkflow na Referência de comandos da AWS CLI.

create-workflow

O código de exemplo a seguir mostra como usar create-workflow.

AWS CLI

Para criar um fluxo de trabalho

O exemplo create-workflow a seguir cria um fluxo de trabalho WDL.


aws omics create-workflow \
    --name cram-converter \
    --engine WDL \
    --definition-zip fileb://workflow-crambam.zip \
    --parameter-template file://workflow-params.json

workflow-crambam.zip é um arquivo ZIP contendo uma definição de fluxo de trabalho. workflow-params.json define parâmetros de runtime para o fluxo de trabalho.


{
    "ref_fasta" : {
        "description": "Reference genome fasta file",
        "optional": false
    },
    "ref_fasta_index" : {
        "description": "Index of the reference genome fasta file",
        "optional": false
    },
    "ref_dict" : {
        "description": "dictionary file for 'ref_fasta'",
        "optional": false
    },
    "input_cram" : {
        "description": "The Cram file to convert to BAM",
        "optional": false
    },
    "sample_name" : {
        "description": "The name of the input sample, used to name the output BAM",
        "optional": false
    }
}

Saída:


{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
    "id": "1234567",
    "status": "CREATING",
    "tags": {}
}

Para obter mais informações, consulte Fluxos de Trabalho Ômicos no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte CreateWorkflow na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar delete-annotation-store-versions.

AWS CLI

Para excluir uma versão do repositório de anotações

O exemplo delete-annotation-store-versions a seguir exclui uma versão do repositório de anotações.


aws omics delete-annotation-store-versions \
    --name my_annotation_store \
    --versions my_version

Saída:


{
    "errors": []
}

Para obter mais informações, consulte Criar de novas versões de repositórios de anotações no Guia do usuário do AWS HealthOmics.

Para ver detalhes da API, consulte DeleteAnnotationStoreVersions na Referência de comandos da AWS CLI.

delete-annotation-store-versions

O código de exemplo a seguir mostra como usar delete-annotation-store-versions.

AWS CLI

Para excluir uma versão do repositório de anotações

O exemplo delete-annotation-store-versions a seguir exclui uma versão do repositório de anotações.


aws omics delete-annotation-store-versions \
    --name my_annotation_store \
    --versions my_version

Saída:


{
    "errors": []
}

Para obter mais informações, consulte Criar de novas versões de repositórios de anotações no Guia do usuário do AWS HealthOmics.

Para ver detalhes da API, consulte DeleteAnnotationStoreVersions na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar delete-annotation-store.

AWS CLI

Para excluir um repositório de anotações

O exemplo delete-annotation-store a seguir exclui o repositório de anotações chamado my_vcf_store.


aws omics delete-annotation-store \
    --name my_vcf_store

Saída:


{
    "status": "DELETING"
}

Para obter mais informações, consulte Omics Analytics no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte DeleteAnnotationStore na Referência de comandos da AWS CLI.

delete-annotation-store

O código de exemplo a seguir mostra como usar delete-annotation-store.

AWS CLI

Para excluir um repositório de anotações

O exemplo delete-annotation-store a seguir exclui o repositório de anotações chamado my_vcf_store.


aws omics delete-annotation-store \
    --name my_vcf_store

Saída:


{
    "status": "DELETING"
}

Para obter mais informações, consulte Omics Analytics no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte DeleteAnnotationStore na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar delete-reference-store.

AWS CLI

Para excluir um repositório de referências

O exemplo delete-reference-store a seguir exclui o repositório de referências com o ID 1234567890.


aws omics delete-reference-store \
    --id 1234567890

Para obter mais informações, consulte Armazenamento Ômico no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte DeleteReferenceStore na Referência de comandos da AWS CLI.

delete-reference-store

O código de exemplo a seguir mostra como usar delete-reference-store.

AWS CLI

Para excluir um repositório de referências

O exemplo delete-reference-store a seguir exclui o repositório de referências com o ID 1234567890.


aws omics delete-reference-store \
    --id 1234567890

Para obter mais informações, consulte Armazenamento Ômico no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte DeleteReferenceStore na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar delete-reference.

AWS CLI

Para excluir uma referência

O exemplo delete-reference a seguir exclui uma referência.


aws omics delete-reference \
    --reference-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Para obter mais informações, consulte Armazenamento Ômico no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte DeleteReference na Referência de comandos da AWS CLI.

delete-reference

O código de exemplo a seguir mostra como usar delete-reference.

AWS CLI

Para excluir uma referência

O exemplo delete-reference a seguir exclui uma referência.


aws omics delete-reference \
    --reference-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Para obter mais informações, consulte Armazenamento Ômico no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte DeleteReference na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar delete-run-group.

AWS CLI

Para excluir um grupo de execução

O exemplo delete-run-group a seguir exclui o grupo de execução com o ID 1234567.


aws omics delete-run-group \
    --id 1234567

Para obter mais informações, consulte Fluxos de Trabalho Ômicos no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte DeleteRunGroup na Referência de comandos da AWS CLI.

delete-run-group

O código de exemplo a seguir mostra como usar delete-run-group.

AWS CLI

Para excluir um grupo de execução

O exemplo delete-run-group a seguir exclui o grupo de execução com o ID 1234567.


aws omics delete-run-group \
    --id 1234567

Para obter mais informações, consulte Fluxos de Trabalho Ômicos no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte DeleteRunGroup na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar delete-run.

AWS CLI

Para excluir uma execução de fluxo de trabalho

O exemplo delete-run a seguir exclui a execução com o ID 1234567.


aws omics delete-run \
    --id 1234567

Para obter mais informações, consulte Fluxos de Trabalho Ômicos no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte DeleteRun na Referência de comandos da AWS CLI.

delete-run

O código de exemplo a seguir mostra como usar delete-run.

AWS CLI

Para excluir uma execução de fluxo de trabalho

O exemplo delete-run a seguir exclui a execução com o ID 1234567.


aws omics delete-run \
    --id 1234567

Para obter mais informações, consulte Fluxos de Trabalho Ômicos no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte DeleteRun na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar delete-sequence-store.

AWS CLI

Para excluir um repositório de sequências

O exemplo delete-sequence-store a seguir exclui o repositório de referências com o ID 1234567890.


aws omics delete-sequence-store \
    --id 1234567890

Para obter mais informações, consulte Armazenamento Ômico no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte DeleteSequenceStore na Referência de comandos da AWS CLI.

delete-sequence-store

O código de exemplo a seguir mostra como usar delete-sequence-store.

AWS CLI

Para excluir um repositório de sequências

O exemplo delete-sequence-store a seguir exclui o repositório de referências com o ID 1234567890.


aws omics delete-sequence-store \
    --id 1234567890

Para obter mais informações, consulte Armazenamento Ômico no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte DeleteSequenceStore na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar delete-share.

AWS CLI

Para excluir um compartilhamento dos dados de análise do HealthOmics

O exemplo delete-share a seguir exclui um compartilhamento de dados de análise entre contas.


aws omics delete-share \
    --share-id "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a"

Saída:


{
    "status": "DELETING"
}

Para obter mais informações, consulte Compartilhamento entre contas no Guia do usuário do AWS HealthOmics.

Para ver detalhes da API, consulte DeleteShare na Referência de comandos da AWS CLI.

delete-share

O código de exemplo a seguir mostra como usar delete-share.

AWS CLI

Para excluir um compartilhamento dos dados de análise do HealthOmics

O exemplo delete-share a seguir exclui um compartilhamento de dados de análise entre contas.


aws omics delete-share \
    --share-id "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a"

Saída:


{
    "status": "DELETING"
}

Para obter mais informações, consulte Compartilhamento entre contas no Guia do usuário do AWS HealthOmics.

Para ver detalhes da API, consulte DeleteShare na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar delete-variant-store.

AWS CLI

Para excluir um repositório de variantes

O exemplo delete-variant-store a seguir exclui um repositório de variantes chamado my_var_store.


aws omics delete-variant-store \
    --name my_var_store

Saída:


{
    "status": "DELETING"
}

Para obter mais informações, consulte Omics Analytics no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte DeleteVariantStore na Referência de comandos da AWS CLI.

delete-variant-store

O código de exemplo a seguir mostra como usar delete-variant-store.

AWS CLI

Para excluir um repositório de variantes

O exemplo delete-variant-store a seguir exclui um repositório de variantes chamado my_var_store.


aws omics delete-variant-store \
    --name my_var_store

Saída:


{
    "status": "DELETING"
}

Para obter mais informações, consulte Omics Analytics no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte DeleteVariantStore na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar delete-workflow.

AWS CLI

Para excluir um fluxo de trabalho

O exemplo delete-workflow a seguir exclui o fluxo de trabalho com o ID 1234567.


aws omics delete-workflow \
    --id 1234567

Para obter mais informações, consulte Fluxos de Trabalho Ômicos no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte DeleteWorkflow na Referência de comandos da AWS CLI.

delete-workflow

O código de exemplo a seguir mostra como usar delete-workflow.

AWS CLI

Para excluir um fluxo de trabalho

O exemplo delete-workflow a seguir exclui o fluxo de trabalho com o ID 1234567.


aws omics delete-workflow \
    --id 1234567

Para obter mais informações, consulte Fluxos de Trabalho Ômicos no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte DeleteWorkflow na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar get-annotation-import-job.

AWS CLI

visualizar um trabalho de importação de anotações

O exemplo get-annotation-import-job a seguir obtém detalhes sobre um trabalho de importação de anotações.


aws omics get-annotation-import-job \
    --job-id 984162c7-xmpl-4d23-ab47-286f7950bfbf

Saída:


{
    "creationTime": "2022-11-30T01:40:11.017746Z",
    "destinationName": "tsv_ann_store",
    "id": "984162c7-xmpl-4d23-ab47-286f7950bfbf",
    "items": [
        {
            "jobStatus": "COMPLETED",
            "source": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/targetedregions.bed.gz"
        }
    ],
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "runLeftNormalization": false,
    "status": "COMPLETED",
    "updateTime": "2022-11-30T01:42:39.134009Z"
}

Para obter mais informações, consulte Omics Analytics no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte GetAnnotationImportJob na Referência de comandos da AWS CLI.

get-annotation-import-job

O código de exemplo a seguir mostra como usar get-annotation-import-job.

AWS CLI

visualizar um trabalho de importação de anotações

O exemplo get-annotation-import-job a seguir obtém detalhes sobre um trabalho de importação de anotações.


aws omics get-annotation-import-job \
    --job-id 984162c7-xmpl-4d23-ab47-286f7950bfbf

Saída:


{
    "creationTime": "2022-11-30T01:40:11.017746Z",
    "destinationName": "tsv_ann_store",
    "id": "984162c7-xmpl-4d23-ab47-286f7950bfbf",
    "items": [
        {
            "jobStatus": "COMPLETED",
            "source": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/targetedregions.bed.gz"
        }
    ],
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "runLeftNormalization": false,
    "status": "COMPLETED",
    "updateTime": "2022-11-30T01:42:39.134009Z"
}

Para obter mais informações, consulte Omics Analytics no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte GetAnnotationImportJob na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar get-annotation-store-version.

AWS CLI

Para recuperar os metadados de uma versão do repositório de anotações

O exemplo get-annotation-store-version a seguir recupera os metadados da versão solicitada do repositório de anotações.


aws omics get-annotation-store-version \
    --name my_annotation_store \
    --version-name my_version

Saída:


{
    "storeId": "4934045d1c6d",
    "id": "2a3f4a44aa7b",
    "status": "ACTIVE",
    "versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version",
    "name": "my_annotation_store",
    "versionName": "my_version",
    "creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00",
    "updateTime": "2023-07-21T17:15:56.434223+00:00",
    "statusMessage": "",
    "versionSizeBytes": 0
}

Para obter mais informações, consulte Criar de novas versões de repositórios de anotações no Guia do usuário do AWS HealthOmics.

Para ver detalhes da API, consulte GetAnnotationStoreVersion na Referência de comandos da AWS CLI.

get-annotation-store-version

O código de exemplo a seguir mostra como usar get-annotation-store-version.

AWS CLI

Para recuperar os metadados de uma versão do repositório de anotações

O exemplo get-annotation-store-version a seguir recupera os metadados da versão solicitada do repositório de anotações.


aws omics get-annotation-store-version \
    --name my_annotation_store \
    --version-name my_version

Saída:


{
    "storeId": "4934045d1c6d",
    "id": "2a3f4a44aa7b",
    "status": "ACTIVE",
    "versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version",
    "name": "my_annotation_store",
    "versionName": "my_version",
    "creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00",
    "updateTime": "2023-07-21T17:15:56.434223+00:00",
    "statusMessage": "",
    "versionSizeBytes": 0
}

Para obter mais informações, consulte Criar de novas versões de repositórios de anotações no Guia do usuário do AWS HealthOmics.

Para ver detalhes da API, consulte GetAnnotationStoreVersion na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar get-annotation-store.

AWS CLI

Como visualizar um repositório de anotações

O exemplo get-annotation-store a seguir obtém detalhes sobre o repositório de anotações chamado my_ann_store.


aws omics get-annotation-store \
    --name my_ann_store

Saída:


{
    "creationTime": "2022-11-23T22:48:39.226492Z",
    "id": "0a91xmplc71f",
    "name": "my_ann_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "CREATING",
    "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:annotationStore/my_ann_store",
    "storeFormat": "VCF",
    "storeSizeBytes": 0,
    "tags": {}
}

Para obter mais informações, consulte Omics Analytics no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte GetAnnotationStore na Referência de comandos da AWS CLI.

get-annotation-store

O código de exemplo a seguir mostra como usar get-annotation-store.

AWS CLI

Como visualizar um repositório de anotações

O exemplo get-annotation-store a seguir obtém detalhes sobre o repositório de anotações chamado my_ann_store.


aws omics get-annotation-store \
    --name my_ann_store

Saída:


{
    "creationTime": "2022-11-23T22:48:39.226492Z",
    "id": "0a91xmplc71f",
    "name": "my_ann_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "CREATING",
    "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:annotationStore/my_ann_store",
    "storeFormat": "VCF",
    "storeSizeBytes": 0,
    "tags": {}
}

Para obter mais informações, consulte Omics Analytics no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte GetAnnotationStore na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar get-read-set-activation-job.

AWS CLI

Como visualizar um trabalho de ativação do conjunto de leitura

O exemplo get-read-set-activation-job a seguir obtém detalhes sobre um trabalho de ativação do conjunto de leitura.


aws omics get-read-set-activation-job \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Saída:


{
    "completionTime": "2022-12-06T22:33:42.828Z",
    "creationTime": "2022-12-06T22:32:45.213Z",
    "id": "1234567890",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "sources": [
        {
            "readSetId": "1234567890",
            "status": "FINISHED",
            "statusMessage": "No activation needed as read set is already in ACTIVATING or ACTIVE state."
        }
    ],
    "status": "COMPLETED",
    "statusMessage": "The job completed successfully."
}

Para obter mais informações, consulte Armazenamento Ômico no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte GetReadSetActivationJob na Referência de comandos da AWS CLI.

get-read-set-activation-job

O código de exemplo a seguir mostra como usar get-read-set-activation-job.

AWS CLI

Como visualizar um trabalho de ativação do conjunto de leitura

O exemplo get-read-set-activation-job a seguir obtém detalhes sobre um trabalho de ativação do conjunto de leitura.


aws omics get-read-set-activation-job \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Saída:


{
    "completionTime": "2022-12-06T22:33:42.828Z",
    "creationTime": "2022-12-06T22:32:45.213Z",
    "id": "1234567890",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "sources": [
        {
            "readSetId": "1234567890",
            "status": "FINISHED",
            "statusMessage": "No activation needed as read set is already in ACTIVATING or ACTIVE state."
        }
    ],
    "status": "COMPLETED",
    "statusMessage": "The job completed successfully."
}

Para obter mais informações, consulte Armazenamento Ômico no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte GetReadSetActivationJob na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar get-read-set-export-job.

AWS CLI

Como visualizar um trabalho de exportação do conjunto de leitura

O exemplo get-read-set-export-job a seguir obtém detalhes sobre um trabalho de exportação do conjunto de leitura.


aws omics get-read-set-export-job \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Saída:


{
    "completionTime": "2022-12-06T22:39:14.491Z",
    "creationTime": "2022-12-06T22:37:18.612Z",
    "destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
    "id": "1234567890",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "status": "COMPLETED",
    "statusMessage": "The job is submitted and will start soon."
}

Para obter mais informações, consulte Armazenamento Ômico no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para receber detalhes da API, consulte GetReadSetExportJob na Referência de comandos da AWS CLI.

get-read-set-export-job

O código de exemplo a seguir mostra como usar get-read-set-export-job.

AWS CLI

Como visualizar um trabalho de exportação do conjunto de leitura

O exemplo get-read-set-export-job a seguir obtém detalhes sobre um trabalho de exportação do conjunto de leitura.


aws omics get-read-set-export-job \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Saída:


{
    "completionTime": "2022-12-06T22:39:14.491Z",
    "creationTime": "2022-12-06T22:37:18.612Z",
    "destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
    "id": "1234567890",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "status": "COMPLETED",
    "statusMessage": "The job is submitted and will start soon."
}

Para obter mais informações, consulte Armazenamento Ômico no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para receber detalhes da API, consulte GetReadSetExportJob na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar get-read-set-import-job.

AWS CLI

Como visualizar um trabalho de importação do conjunto de leitura

O exemplo get-read-set-import-job a seguir obtém detalhes sobre um trabalho de importação do conjunto de leitura.


aws omics get-read-set-import-job \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Saída:


{
    "creationTime": "2022-11-23T01:36:38.158Z",
    "id": "1234567890",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "sources": [
        {
            "name": "HG00100",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
            "sampleId": "bam-sample",
            "sourceFileType": "BAM",
            "sourceFiles": {
                "source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00100.chrom20.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20101123.bam",
                "source2": ""
            },
            "status": "IN_PROGRESS",
            "statusMessage": "The source job is currently in progress.",
            "subjectId": "bam-subject",
            "tags": {
                "aws:omics:sampleId": "bam-sample",
                "aws:omics:subjectId": "bam-subject"
            }
        },
        {
            "name": "HG00146",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
            "sampleId": "fastq-sample",
            "sourceFileType": "FASTQ",
            "sourceFiles": {
                "source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/SRR233106_1.filt.fastq.gz",
                "source2": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/SRR233106_2.filt.fastq.gz"
            },
            "status": "IN_PROGRESS",
            "statusMessage": "The source job is currently in progress.",
            "subjectId": "fastq-subject",
            "tags": {
                "aws:omics:sampleId": "fastq-sample",
                "aws:omics:subjectId": "fastq-subject"
            }
        },
        {
            "name": "HG00096",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
            "sampleId": "cram-sample",
            "sourceFileType": "CRAM",
            "sourceFiles": {
                "source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00096.alt_bwamem_GRCh38DH.20150718.GBR.low_coverage.cram",
                "source2": ""
            },
            "status": "IN_PROGRESS",
            "statusMessage": "The source job is currently in progress.",
            "subjectId": "cram-subject",
            "tags": {
                "aws:omics:sampleId": "cram-sample",
                "aws:omics:subjectId": "cram-subject"
            }
        }
    ],
    "status": "IN_PROGRESS",
    "statusMessage": "The job is currently in progress."
}

Para obter mais informações, consulte Armazenamento Ômico no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para receber detalhes da API, consulte GetReadSetImportJob na Referência de comandos da AWS CLI.

get-read-set-import-job

O código de exemplo a seguir mostra como usar get-read-set-import-job.

AWS CLI

Como visualizar um trabalho de importação do conjunto de leitura

O exemplo get-read-set-import-job a seguir obtém detalhes sobre um trabalho de importação do conjunto de leitura.


aws omics get-read-set-import-job \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Saída:


{
    "creationTime": "2022-11-23T01:36:38.158Z",
    "id": "1234567890",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "sources": [
        {
            "name": "HG00100",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
            "sampleId": "bam-sample",
            "sourceFileType": "BAM",
            "sourceFiles": {
                "source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00100.chrom20.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20101123.bam",
                "source2": ""
            },
            "status": "IN_PROGRESS",
            "statusMessage": "The source job is currently in progress.",
            "subjectId": "bam-subject",
            "tags": {
                "aws:omics:sampleId": "bam-sample",
                "aws:omics:subjectId": "bam-subject"
            }
        },
        {
            "name": "HG00146",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
            "sampleId": "fastq-sample",
            "sourceFileType": "FASTQ",
            "sourceFiles": {
                "source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/SRR233106_1.filt.fastq.gz",
                "source2": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/SRR233106_2.filt.fastq.gz"
            },
            "status": "IN_PROGRESS",
            "statusMessage": "The source job is currently in progress.",
            "subjectId": "fastq-subject",
            "tags": {
                "aws:omics:sampleId": "fastq-sample",
                "aws:omics:subjectId": "fastq-subject"
            }
        },
        {
            "name": "HG00096",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
            "sampleId": "cram-sample",
            "sourceFileType": "CRAM",
            "sourceFiles": {
                "source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00096.alt_bwamem_GRCh38DH.20150718.GBR.low_coverage.cram",
                "source2": ""
            },
            "status": "IN_PROGRESS",
            "statusMessage": "The source job is currently in progress.",
            "subjectId": "cram-subject",
            "tags": {
                "aws:omics:sampleId": "cram-sample",
                "aws:omics:subjectId": "cram-subject"
            }
        }
    ],
    "status": "IN_PROGRESS",
    "statusMessage": "The job is currently in progress."
}

Para obter mais informações, consulte Armazenamento Ômico no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para receber detalhes da API, consulte GetReadSetImportJob na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar get-read-set-metadata.

AWS CLI

Como visualizar um conjunto de leitura

O exemplo get-read-set-metadata a seguir obtém detalhes sobre os arquivos de um conjunto de leitura.


aws omics get-read-set-metadata \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Saída:


{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890/readSet/1234567890",
    "creationTime": "2022-11-23T21:55:00.515Z",
    "fileType": "FASTQ",
    "files": {
        "source1": {
            "contentLength": 310054739,
            "partSize": 104857600,
            "totalParts": 3
        },
        "source2": {
            "contentLength": 307846621,
            "partSize": 104857600,
            "totalParts": 3
        }
    },
    "id": "1234567890",
    "name": "HG00146",
    "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
    "sampleId": "fastq-sample",
    "sequenceInformation": {
        "alignment": "UNALIGNED",
        "totalBaseCount": 677717384,
        "totalReadCount": 8917334
    },
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "status": "ACTIVE",
    "subjectId": "fastq-subject"
}

Para obter mais informações, consulte Armazenamento Ômico no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte GetReadSetMetadata na Referência de comandos da AWS CLI.

get-read-set-metadata

O código de exemplo a seguir mostra como usar get-read-set-metadata.

AWS CLI

Como visualizar um conjunto de leitura

O exemplo get-read-set-metadata a seguir obtém detalhes sobre os arquivos de um conjunto de leitura.


aws omics get-read-set-metadata \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Saída:


{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890/readSet/1234567890",
    "creationTime": "2022-11-23T21:55:00.515Z",
    "fileType": "FASTQ",
    "files": {
        "source1": {
            "contentLength": 310054739,
            "partSize": 104857600,
            "totalParts": 3
        },
        "source2": {
            "contentLength": 307846621,
            "partSize": 104857600,
            "totalParts": 3
        }
    },
    "id": "1234567890",
    "name": "HG00146",
    "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
    "sampleId": "fastq-sample",
    "sequenceInformation": {
        "alignment": "UNALIGNED",
        "totalBaseCount": 677717384,
        "totalReadCount": 8917334
    },
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "status": "ACTIVE",
    "subjectId": "fastq-subject"
}

Para obter mais informações, consulte Armazenamento Ômico no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte GetReadSetMetadata na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar get-read-set.

AWS CLI

Como baixar um conjunto de leitura

O exemplo get-read-set a seguir baixa a parte 3 de um conjunto de leitura como 1234567890.3.bam.


aws omics get-read-set \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890 \
    --part-number 3  1234567890.3.bam

Para obter mais informações, consulte Armazenamento Ômico no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte GetReadSet na Referência de comandos da AWS CLI.

get-read-set

O código de exemplo a seguir mostra como usar get-read-set.

AWS CLI

Como baixar um conjunto de leitura

O exemplo get-read-set a seguir baixa a parte 3 de um conjunto de leitura como 1234567890.3.bam.


aws omics get-read-set \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890 \
    --part-number 3  1234567890.3.bam

Para obter mais informações, consulte Armazenamento Ômico no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte GetReadSet na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar get-reference-import-job.

AWS CLI

Como visualizar um trabalho de importação de referências

O exemplo get-reference-import-job a seguir obtém detalhes sobre um trabalho de importação de uma referência.


aws omics get-reference-import-job \
    --reference-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Saída:


{
    "creationTime": "2022-11-22T22:25:41.124Z",
    "id": "1234567890",
    "referenceStoreId": "1234567890",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "sources": [
        {
            "name": "assembly-38",
            "sourceFile": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
            "status": "IN_PROGRESS",
            "statusMessage": "The source job is currently in progress."
        }
    ],
    "status": "IN_PROGRESS",
    "statusMessage": "The job is currently in progress."
}

Para obter mais informações, consulte Armazenamento Ômico no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte GetReferenceImportJob na Referência de comandos da AWS CLI.

get-reference-import-job

O código de exemplo a seguir mostra como usar get-reference-import-job.

AWS CLI

Como visualizar um trabalho de importação de referências

O exemplo get-reference-import-job a seguir obtém detalhes sobre um trabalho de importação de uma referência.


aws omics get-reference-import-job \
    --reference-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Saída:


{
    "creationTime": "2022-11-22T22:25:41.124Z",
    "id": "1234567890",
    "referenceStoreId": "1234567890",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "sources": [
        {
            "name": "assembly-38",
            "sourceFile": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
            "status": "IN_PROGRESS",
            "statusMessage": "The source job is currently in progress."
        }
    ],
    "status": "IN_PROGRESS",
    "statusMessage": "The job is currently in progress."
}

Para obter mais informações, consulte Armazenamento Ômico no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte GetReferenceImportJob na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar get-reference-metadata.

AWS CLI

Como visualizar uma referência

O exemplo get-reference-metadata a seguir obtém detalhes sobre uma referência.


aws omics get-reference-metadata \
    --reference-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Saída:


{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
    "creationTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z",
    "files": {
        "index": {
            "contentLength": 160928,
            "partSize": 104857600,
            "totalParts": 1
        },
        "source": {
            "contentLength": 3249912778,
            "partSize": 104857600,
            "totalParts": 31
        }
    },
    "id": "1234567890",
    "md5": "7ff134953dcca8c8997453bbb80b6b5e",
    "name": "assembly-38",
    "referenceStoreId": "1234567890",
    "status": "ACTIVE",
    "updateTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z"
}

Para obter mais informações, consulte Armazenamento Ômico no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte GetReferenceMetadata na Referência de comandos da AWS CLI.

get-reference-metadata

O código de exemplo a seguir mostra como usar get-reference-metadata.

AWS CLI

Como visualizar uma referência

O exemplo get-reference-metadata a seguir obtém detalhes sobre uma referência.


aws omics get-reference-metadata \
    --reference-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Saída:


{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
    "creationTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z",
    "files": {
        "index": {
            "contentLength": 160928,
            "partSize": 104857600,
            "totalParts": 1
        },
        "source": {
            "contentLength": 3249912778,
            "partSize": 104857600,
            "totalParts": 31
        }
    },
    "id": "1234567890",
    "md5": "7ff134953dcca8c8997453bbb80b6b5e",
    "name": "assembly-38",
    "referenceStoreId": "1234567890",
    "status": "ACTIVE",
    "updateTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z"
}

Para obter mais informações, consulte Armazenamento Ômico no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte GetReferenceMetadata na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar get-reference-store.

AWS CLI

Como visualizar um repositório de referências

O exemplo get-reference-store a seguir obtém detalhes sobre um repositório de referências.


aws omics get-reference-store \
    --id 1234567890

Saída:


{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890",
    "creationTime": "2022-09-23T23:27:20.364Z",
    "id": "1234567890",
    "name": "my-rstore-0"
}

Para obter mais informações, consulte Armazenamento Ômico no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte GetReferenceStore na Referência de comandos da AWS CLI.

get-reference-store

O código de exemplo a seguir mostra como usar get-reference-store.

AWS CLI

Como visualizar um repositório de referências

O exemplo get-reference-store a seguir obtém detalhes sobre um repositório de referências.


aws omics get-reference-store \
    --id 1234567890

Saída:


{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890",
    "creationTime": "2022-09-23T23:27:20.364Z",
    "id": "1234567890",
    "name": "my-rstore-0"
}

Para obter mais informações, consulte Armazenamento Ômico no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte GetReferenceStore na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar get-reference.

AWS CLI

Como baixar uma referência de genomas

O exemplo get-reference a seguir baixa a parte 1 de um genoma como hg38.1.fa.


aws omics get-reference \
    --reference-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890 \
    --part-number 1 hg38.1.fa

Para obter mais informações, consulte Armazenamento Ômico no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte GetReference na Referência de comandos da AWS CLI.

get-reference

O código de exemplo a seguir mostra como usar get-reference.

AWS CLI

Como baixar uma referência de genomas

O exemplo get-reference a seguir baixa a parte 1 de um genoma como hg38.1.fa.


aws omics get-reference \
    --reference-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890 \
    --part-number 1 hg38.1.fa

Para obter mais informações, consulte Armazenamento Ômico no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte GetReference na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar get-run-group.

AWS CLI

Como visualizar um grupo de execução

O exemplo get-run-group a seguir obtém detalhes sobre um grupo de execução.


aws omics get-run-group \
    --id 1234567

Saída:


{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
    "creationTime": "2022-12-01T00:58:42.915219Z",
    "id": "1234567",
    "maxCpus": 20,
    "maxDuration": 600,
    "name": "cram-convert",
    "tags": {}
}

Para obter mais informações, consulte Fluxos de Trabalho Ômicos no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte GetRunGroup na Referência de comandos da AWS CLI.

get-run-group

O código de exemplo a seguir mostra como usar get-run-group.

AWS CLI

Como visualizar um grupo de execução

O exemplo get-run-group a seguir obtém detalhes sobre um grupo de execução.


aws omics get-run-group \
    --id 1234567

Saída:


{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
    "creationTime": "2022-12-01T00:58:42.915219Z",
    "id": "1234567",
    "maxCpus": 20,
    "maxDuration": 600,
    "name": "cram-convert",
    "tags": {}
}

Para obter mais informações, consulte Fluxos de Trabalho Ômicos no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte GetRunGroup na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar get-run-task.

AWS CLI

Para visualizar uma tarefa

O exemplo get-run-task a seguir obtém detalhes sobre uma tarefa do fluxo de trabalho.


aws omics get-run-task \
    --id 1234567 \
    --task-id 1234567

Saída:


{
    "cpus": 1,
    "creationTime": "2022-11-30T23:13:00.718651Z",
    "logStream": "arn:aws:logs:us-west-2:123456789012:log-group:/aws/omics/WorkflowLog:log-stream:run/1234567/task/1234567",
    "memory": 15,
    "name": "CramToBamTask",
    "startTime": "2022-11-30T23:17:47.016Z",
    "status": "COMPLETED",
    "stopTime": "2022-11-30T23:18:21.503Z",
    "taskId": "1234567"
}

Para obter mais informações, consulte Fluxos de Trabalho Ômicos no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte GetRunTask na Referência de comandos da AWS CLI.

get-run-task

O código de exemplo a seguir mostra como usar get-run-task.

AWS CLI

Para visualizar uma tarefa

O exemplo get-run-task a seguir obtém detalhes sobre uma tarefa do fluxo de trabalho.


aws omics get-run-task \
    --id 1234567 \
    --task-id 1234567

Saída:


{
    "cpus": 1,
    "creationTime": "2022-11-30T23:13:00.718651Z",
    "logStream": "arn:aws:logs:us-west-2:123456789012:log-group:/aws/omics/WorkflowLog:log-stream:run/1234567/task/1234567",
    "memory": 15,
    "name": "CramToBamTask",
    "startTime": "2022-11-30T23:17:47.016Z",
    "status": "COMPLETED",
    "stopTime": "2022-11-30T23:18:21.503Z",
    "taskId": "1234567"
}

Para obter mais informações, consulte Fluxos de Trabalho Ômicos no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte GetRunTask na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar get-run.

AWS CLI

Como visualizar a execução de um fluxo de trabalho

O exemplo get-run a seguir obtém detalhes sobre a execução de um fluxo de trabalho.


aws omics get-run \
    --id 1234567

Saída:


{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
    "creationTime": "2022-11-30T22:58:22.615865Z",
    "digest": "sha256:c54bxmpl742dcc26f7fa1f10e37550ddd8f251f418277c0a58e895b801ed28cf",
    "id": "1234567",
    "name": "cram-to-bam",
    "outputUri": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/workflow-output/",
    "parameters": {
        "ref_dict": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict",
        "ref_fasta_index": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai",
        "ref_fasta": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
        "sample_name": "NA12878",
        "input_cram": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/NA12878.cram"
    },
    "resourceDigests": {
        "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai": "etag:f76371b113734a56cde236bc0372de0a",
        "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict": "etag:3884c62eb0e53fa92459ed9bff133ae6",
        "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta": "etag:e307d81c605fb91b7720a08f00276842-388",
        "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/NA12878.cram": "etag:a9f52976381286c6143b5cc681671ec6"
    },
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "startedBy": "arn:aws:iam::123456789012:user/laptop-2020",
    "status": "STARTING",
    "tags": {},
    "workflowId": "1234567",
    "workflowType": "PRIVATE"
}

Para obter mais informações, consulte Fluxos de Trabalho Ômicos no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte GetRun na Referência de comandos da AWS CLI.

get-run

O código de exemplo a seguir mostra como usar get-run.

AWS CLI

Como visualizar a execução de um fluxo de trabalho

O exemplo get-run a seguir obtém detalhes sobre a execução de um fluxo de trabalho.


aws omics get-run \
    --id 1234567

Saída:


{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
    "creationTime": "2022-11-30T22:58:22.615865Z",
    "digest": "sha256:c54bxmpl742dcc26f7fa1f10e37550ddd8f251f418277c0a58e895b801ed28cf",
    "id": "1234567",
    "name": "cram-to-bam",
    "outputUri": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/workflow-output/",
    "parameters": {
        "ref_dict": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict",
        "ref_fasta_index": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai",
        "ref_fasta": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
        "sample_name": "NA12878",
        "input_cram": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/NA12878.cram"
    },
    "resourceDigests": {
        "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai": "etag:f76371b113734a56cde236bc0372de0a",
        "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict": "etag:3884c62eb0e53fa92459ed9bff133ae6",
        "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta": "etag:e307d81c605fb91b7720a08f00276842-388",
        "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/NA12878.cram": "etag:a9f52976381286c6143b5cc681671ec6"
    },
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "startedBy": "arn:aws:iam::123456789012:user/laptop-2020",
    "status": "STARTING",
    "tags": {},
    "workflowId": "1234567",
    "workflowType": "PRIVATE"
}

Para obter mais informações, consulte Fluxos de Trabalho Ômicos no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte GetRun na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar get-sequence-store.

AWS CLI

Como visualizar um repositório de sequências

O exemplo get-sequence-store a seguir obtém detalhes sobre o repositório de referências com o ID 1234567890.


aws omics get-sequence-store \
    --id 1234567890

Saída:


{
    "arn": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:sequenceStore/1234567890",
    "creationTime": "2022-11-23T19:55:48.376Z",
    "id": "1234567890",
    "name": "my-seq-store"
}

Para obter mais informações, consulte Armazenamento Ômico no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte GetSequenceStore na Referência de comandos da AWS CLI.

get-sequence-store

O código de exemplo a seguir mostra como usar get-sequence-store.

AWS CLI

Como visualizar um repositório de sequências

O exemplo get-sequence-store a seguir obtém detalhes sobre o repositório de referências com o ID 1234567890.


aws omics get-sequence-store \
    --id 1234567890

Saída:


{
    "arn": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:sequenceStore/1234567890",
    "creationTime": "2022-11-23T19:55:48.376Z",
    "id": "1234567890",
    "name": "my-seq-store"
}

Para obter mais informações, consulte Armazenamento Ômico no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte GetSequenceStore na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar get-share.

AWS CLI

Para recuperar os metadados de um compartilhamento de dados de análise do HealthOmics

O exemplo get-share a seguir recupera um compartilhamento de dados de análise entre contas.


aws omics get-share \
    --share-id "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a"

Saída:


{
    "share": {
        "shareId": "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a",
        "name": "my_Share-123",
        "resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/omics_dev_var_store",
        "principalSubscriber": "123456789012",
        "ownerId": "555555555555",
        "status": "PENDING"
    }
}

Para obter mais informações, consulte Compartilhamento entre contas no Guia do usuário do AWS HealthOmics.

Para ver detalhes da API, consulte GetShare na Referência de comandos da AWS CLI.

get-share

O código de exemplo a seguir mostra como usar get-share.

AWS CLI

Para recuperar os metadados de um compartilhamento de dados de análise do HealthOmics

O exemplo get-share a seguir recupera um compartilhamento de dados de análise entre contas.


aws omics get-share \
    --share-id "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a"

Saída:


{
    "share": {
        "shareId": "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a",
        "name": "my_Share-123",
        "resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/omics_dev_var_store",
        "principalSubscriber": "123456789012",
        "ownerId": "555555555555",
        "status": "PENDING"
    }
}

Para obter mais informações, consulte Compartilhamento entre contas no Guia do usuário do AWS HealthOmics.

Para ver detalhes da API, consulte GetShare na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar get-variant-import-job.

AWS CLI

Como visualizar um trabalho de importação de variantes

O exemplo get-variant-import-job a seguir obtém detalhes sobre um trabalho de importação de variantes.


aws omics get-variant-import-job \
    --job-id edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508

Saída:


{
    "creationTime": "2022-11-23T22:42:50.037812Z",
    "destinationName": "my_var_store",
    "id": "edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508",
    "items": [
        {
            "jobStatus": "IN_PROGRESS",
            "source": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.known_indels.vcf.gz"
        }
    ],
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "runLeftNormalization": false,
    "status": "IN_PROGRESS",
    "updateTime": "2022-11-23T22:43:05.898309Z"
}

Para obter mais informações, consulte Omics Analytics no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte GetVariantImportJob na Referência de comandos da AWS CLI.

get-variant-import-job

O código de exemplo a seguir mostra como usar get-variant-import-job.

AWS CLI

Como visualizar um trabalho de importação de variantes

O exemplo get-variant-import-job a seguir obtém detalhes sobre um trabalho de importação de variantes.


aws omics get-variant-import-job \
    --job-id edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508

Saída:


{
    "creationTime": "2022-11-23T22:42:50.037812Z",
    "destinationName": "my_var_store",
    "id": "edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508",
    "items": [
        {
            "jobStatus": "IN_PROGRESS",
            "source": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.known_indels.vcf.gz"
        }
    ],
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "runLeftNormalization": false,
    "status": "IN_PROGRESS",
    "updateTime": "2022-11-23T22:43:05.898309Z"
}

Para obter mais informações, consulte Omics Analytics no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte GetVariantImportJob na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar get-variant-store.

AWS CLI

Como visualizar um repositório de variantes

O exemplo get-variant-store a seguir obtém detalhes sobre um repositório de variantes.


aws omics get-variant-store \
    --name my_var_store

Saída:


{
    "creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
    "id": "02dexmplcfdd",
    "name": "my_var_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "CREATING",
    "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:variantStore/my_var_store",
    "storeSizeBytes": 0,
    "tags": {},
    "updateTime": "2022-11-23T22:09:24.931711Z"
}

Para obter mais informações, consulte Omics Analytics no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte GetVariantStore na Referência de comandos da AWS CLI.

get-variant-store

O código de exemplo a seguir mostra como usar get-variant-store.

AWS CLI

Como visualizar um repositório de variantes

O exemplo get-variant-store a seguir obtém detalhes sobre um repositório de variantes.


aws omics get-variant-store \
    --name my_var_store

Saída:


{
    "creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
    "id": "02dexmplcfdd",
    "name": "my_var_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "CREATING",
    "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:variantStore/my_var_store",
    "storeSizeBytes": 0,
    "tags": {},
    "updateTime": "2022-11-23T22:09:24.931711Z"
}

Para obter mais informações, consulte Omics Analytics no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte GetVariantStore na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar get-workflow.

AWS CLI

Como visualizar um fluxo de trabalho

O exemplo get-workflow a seguir obtém detalhes sobre o fluxo de trabalho om o ID 1234567.


aws omics get-workflow \
    --id 1234567

Saída:


{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
    "creationTime": "2022-11-30T22:33:16.225368Z",
    "digest": "sha256:c54bxmpl742dcc26f7fa1f10e37550ddd8f251f418277c0a58e895b801ed28cf",
    "engine": "WDL",
    "id": "1234567",
    "main": "workflow-crambam.wdl",
    "name": "cram-converter",
    "parameterTemplate": {
        "ref_dict": {
            "description": "dictionary file for 'ref_fasta'"
        },
        "ref_fasta_index": {
            "description": "Index of the reference genome fasta file"
        },
        "ref_fasta": {
            "description": "Reference genome fasta file"
        },
        "input_cram": {
            "description": "The Cram file to convert to BAM"
        },
        "sample_name": {
            "description": "The name of the input sample, used to name the output BAM"
        }
    },
    "status": "ACTIVE",
    "statusMessage": "workflow-crambam.wdl\n    workflow CramToBamFlow\n        call CramToBamTask\n        call ValidateSamFile\n    task CramToBamTask\n    task ValidateSamFile\n",
    "tags": {},
    "type": "PRIVATE"
}

Para obter mais informações, consulte Fluxos de Trabalho Ômicos no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte GetWorkflow na Referência de comandos da AWS CLI.

get-workflow

O código de exemplo a seguir mostra como usar get-workflow.

AWS CLI

Como visualizar um fluxo de trabalho

O exemplo get-workflow a seguir obtém detalhes sobre o fluxo de trabalho om o ID 1234567.


aws omics get-workflow \
    --id 1234567

Saída:


{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
    "creationTime": "2022-11-30T22:33:16.225368Z",
    "digest": "sha256:c54bxmpl742dcc26f7fa1f10e37550ddd8f251f418277c0a58e895b801ed28cf",
    "engine": "WDL",
    "id": "1234567",
    "main": "workflow-crambam.wdl",
    "name": "cram-converter",
    "parameterTemplate": {
        "ref_dict": {
            "description": "dictionary file for 'ref_fasta'"
        },
        "ref_fasta_index": {
            "description": "Index of the reference genome fasta file"
        },
        "ref_fasta": {
            "description": "Reference genome fasta file"
        },
        "input_cram": {
            "description": "The Cram file to convert to BAM"
        },
        "sample_name": {
            "description": "The name of the input sample, used to name the output BAM"
        }
    },
    "status": "ACTIVE",
    "statusMessage": "workflow-crambam.wdl\n    workflow CramToBamFlow\n        call CramToBamTask\n        call ValidateSamFile\n    task CramToBamTask\n    task ValidateSamFile\n",
    "tags": {},
    "type": "PRIVATE"
}

Para obter mais informações, consulte Fluxos de Trabalho Ômicos no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte GetWorkflow na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar list-annotation-import-jobs.

AWS CLI

Para obter uma lista de trabalhos de importação de anotações

O list-annotation-import-jobs a seguir obtém uma lista de trabalhos de importação de anotações.


aws omics list-annotation-import-jobs

Saída:


{
    "annotationImportJobs": [
        {
            "creationTime": "2022-11-30T01:39:41.478294Z",
            "destinationName": "gff_ann_store",
            "id": "18a9e792-xmpl-4869-a105-e5b602900444",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "runLeftNormalization": false,
            "status": "COMPLETED",
            "updateTime": "2022-11-30T01:47:09.145178Z"
        },
        {
            "creationTime": "2022-11-30T00:45:58.007838Z",
            "destinationName": "my_ann_store",
            "id": "4e9eafc8-xmpl-431e-a0b2-3bda27cb600a",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "runLeftNormalization": false,
            "status": "FAILED",
            "updateTime": "2022-11-30T00:47:01.706325Z"
        }
    ]
}

Para obter mais informações, consulte Omics Analytics no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte ListAnnotationImportJobs na Referência de comandos da AWS CLI.

list-annotation-import-jobs

O código de exemplo a seguir mostra como usar list-annotation-import-jobs.

AWS CLI

Para obter uma lista de trabalhos de importação de anotações

O list-annotation-import-jobs a seguir obtém uma lista de trabalhos de importação de anotações.


aws omics list-annotation-import-jobs

Saída:


{
    "annotationImportJobs": [
        {
            "creationTime": "2022-11-30T01:39:41.478294Z",
            "destinationName": "gff_ann_store",
            "id": "18a9e792-xmpl-4869-a105-e5b602900444",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "runLeftNormalization": false,
            "status": "COMPLETED",
            "updateTime": "2022-11-30T01:47:09.145178Z"
        },
        {
            "creationTime": "2022-11-30T00:45:58.007838Z",
            "destinationName": "my_ann_store",
            "id": "4e9eafc8-xmpl-431e-a0b2-3bda27cb600a",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "runLeftNormalization": false,
            "status": "FAILED",
            "updateTime": "2022-11-30T00:47:01.706325Z"
        }
    ]
}

Para obter mais informações, consulte Omics Analytics no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte ListAnnotationImportJobs na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar list-annotation-store-versions.

AWS CLI

Para listar todas as versões de um repositório de anotações.

O exemplo list-annotation-store-versions a seguir lista todas as versões existentes de um repositório de anotações.


aws omics list-annotation-store-versions \
    --name my_annotation_store

Saída:


{
    "annotationStoreVersions": [
        {
        "storeId": "4934045d1c6d",
        "id": "2a3f4a44aa7b",
        "status": "CREATING",
        "versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version_2",
        "name": "my_annotation_store",
        "versionName": "my_version_2",
        "creation Time": "2023-07-21T17:20:59.380043+00:00",
        "versionSizeBytes": 0
},
{
     "storeId": "4934045d1c6d",
     "id": "4934045d1c6d",
     "status": "ACTIVE",
     "versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version_1",
     "name": "my_annotation_store",
     "versionName": "my_version_1",
     "creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00",
     "updateTime": "2023-07-21T17:15:56.434223+00:00",
     "statusMessage": "",
     "versionSizeBytes": 0
     }

}

Para obter mais informações, consulte Criar de novas versões de repositórios de anotações no Guia do usuário do AWS HealthOmics.

Para ver detalhes da API, consulte ListAnnotationStoreVersions na Referência de comandos da AWS CLI.

list-annotation-store-versions

O código de exemplo a seguir mostra como usar list-annotation-store-versions.

AWS CLI

Para listar todas as versões de um repositório de anotações.

O exemplo list-annotation-store-versions a seguir lista todas as versões existentes de um repositório de anotações.


aws omics list-annotation-store-versions \
    --name my_annotation_store

Saída:


{
    "annotationStoreVersions": [
        {
        "storeId": "4934045d1c6d",
        "id": "2a3f4a44aa7b",
        "status": "CREATING",
        "versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version_2",
        "name": "my_annotation_store",
        "versionName": "my_version_2",
        "creation Time": "2023-07-21T17:20:59.380043+00:00",
        "versionSizeBytes": 0
},
{
     "storeId": "4934045d1c6d",
     "id": "4934045d1c6d",
     "status": "ACTIVE",
     "versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version_1",
     "name": "my_annotation_store",
     "versionName": "my_version_1",
     "creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00",
     "updateTime": "2023-07-21T17:15:56.434223+00:00",
     "statusMessage": "",
     "versionSizeBytes": 0
     }

}

Para obter mais informações, consulte Criar de novas versões de repositórios de anotações no Guia do usuário do AWS HealthOmics.

Para ver detalhes da API, consulte ListAnnotationStoreVersions na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar list-annotation-stores.

AWS CLI

Para obter uma lista de repositórios de anotações

O exemplo list-annotation-stores a seguir obtém uma lista de repositórios de anotações.


aws omics list-annotation-stores

Saída:


{
    "annotationStores": [
        {
            "creationTime": "2022-11-23T22:48:39.226492Z",
            "id": "0a91xmplc71f",
            "name": "my_ann_store",
            "reference": {
                "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
            },
            "status": "ACTIVE",
            "statusMessage": "",
            "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:annotationStore/my_ann_store",
            "storeFormat": "VCF",
            "storeSizeBytes": 0,
            "updateTime": "2022-11-23T22:53:27.372840Z"
        }
    ]
}

Para obter mais informações, consulte Omics Analytics no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte ListAnnotationStores na Referência de comandos da AWS CLI.

list-annotation-stores

O código de exemplo a seguir mostra como usar list-annotation-stores.

AWS CLI

Para obter uma lista de repositórios de anotações

O exemplo list-annotation-stores a seguir obtém uma lista de repositórios de anotações.


aws omics list-annotation-stores

Saída:


{
    "annotationStores": [
        {
            "creationTime": "2022-11-23T22:48:39.226492Z",
            "id": "0a91xmplc71f",
            "name": "my_ann_store",
            "reference": {
                "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
            },
            "status": "ACTIVE",
            "statusMessage": "",
            "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:annotationStore/my_ann_store",
            "storeFormat": "VCF",
            "storeSizeBytes": 0,
            "updateTime": "2022-11-23T22:53:27.372840Z"
        }
    ]
}

Para obter mais informações, consulte Omics Analytics no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte ListAnnotationStores na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar list-multipart-read-set-uploads.

AWS CLI

Para listar todos os uploads multipartes de conjuntos de leitura e seus status.

O exemplo list-multipart-read-set-uploads a seguir lista todos os uploads de conjuntos de leitura de multipartes e seus status.


aws omics list-multipart-read-set-uploads \
    --sequence-store-id 0123456789

Saída:


{
"uploads":
    [
        {
           "sequenceStoreId": "0123456789",
           "uploadId": "8749584421",
           "sourceFileType": "FASTQ",
            "subjectId": "mySubject",
            "sampleId": "mySample",
            "generatedFrom": "1000 Genomes",
            "name": "HG00146",
            "description": "FASTQ for HG00146",
            "creationTime": "2023-11-29T19:22:51.349298+00:00"
        },
        {
            "sequenceStoreId": "0123456789",
            "uploadId": "5290538638",
            "sourceFileType": "BAM",
            "subjectId": "mySubject",
            "sampleId": "mySample",
            "generatedFrom": "1000 Genomes",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:845448930428:referenceStore/8168613728/reference/2190697383",
            "name": "HG00146",
            "description": "BAM for HG00146",
            "creationTime": "2023-11-29T19:23:33.116516+00:00"
        },
        {
            "sequenceStoreId": "0123456789",
            "uploadId": "4174220862",
            "sourceFileType": "BAM",
            "subjectId": "mySubject",
            "sampleId": "mySample",
            "generatedFrom": "1000 Genomes",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:845448930428:referenceStore/8168613728/reference/2190697383",
            "name": "HG00147",
            "description": "BAM for HG00147",
            "creationTime": "2023-11-29T19:23:47.007866+00:00"
        }
    ]
}

Para obter mais informações, consulte Fazer upload direto a um repositório de sequências no Guia do usuário do AWS HealthOmics.

Para ver detalhes da API, consulte ListMultipartReadSetUploads na Referência de comandos da AWS CLI.

list-multipart-read-set-uploads

O código de exemplo a seguir mostra como usar list-multipart-read-set-uploads.

AWS CLI

Para listar todos os uploads multipartes de conjuntos de leitura e seus status.

O exemplo list-multipart-read-set-uploads a seguir lista todos os uploads de conjuntos de leitura de multipartes e seus status.


aws omics list-multipart-read-set-uploads \
    --sequence-store-id 0123456789

Saída:


{
"uploads":
    [
        {
           "sequenceStoreId": "0123456789",
           "uploadId": "8749584421",
           "sourceFileType": "FASTQ",
            "subjectId": "mySubject",
            "sampleId": "mySample",
            "generatedFrom": "1000 Genomes",
            "name": "HG00146",
            "description": "FASTQ for HG00146",
            "creationTime": "2023-11-29T19:22:51.349298+00:00"
        },
        {
            "sequenceStoreId": "0123456789",
            "uploadId": "5290538638",
            "sourceFileType": "BAM",
            "subjectId": "mySubject",
            "sampleId": "mySample",
            "generatedFrom": "1000 Genomes",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:845448930428:referenceStore/8168613728/reference/2190697383",
            "name": "HG00146",
            "description": "BAM for HG00146",
            "creationTime": "2023-11-29T19:23:33.116516+00:00"
        },
        {
            "sequenceStoreId": "0123456789",
            "uploadId": "4174220862",
            "sourceFileType": "BAM",
            "subjectId": "mySubject",
            "sampleId": "mySample",
            "generatedFrom": "1000 Genomes",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:845448930428:referenceStore/8168613728/reference/2190697383",
            "name": "HG00147",
            "description": "BAM for HG00147",
            "creationTime": "2023-11-29T19:23:47.007866+00:00"
        }
    ]
}

Para obter mais informações, consulte Fazer upload direto a um repositório de sequências no Guia do usuário do AWS HealthOmics.

Para ver detalhes da API, consulte ListMultipartReadSetUploads na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar list-read-set-activation-jobs.

AWS CLI

Para obter uma lista de trabalhos de ativação do conjunto de leitura

O exemplo list-read-set-activation-jobs a seguir obtém uma lista de trabalhos de ativação para o repositório de sequências com o ID 1234567890.


aws omics list-read-set-activation-jobs \
    --sequence-store-id 1234567890

Saída:


{
    "activationJobs": [
        {
            "completionTime": "2022-12-06T22:33:42.828Z",
            "creationTime": "2022-12-06T22:32:45.213Z",
            "id": "1234567890",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "COMPLETED"
        },
        {
            "creationTime": "2022-12-06T22:35:10.100Z",
            "id": "1234567890",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "IN_PROGRESS"
        }
    ]
}

Para obter mais informações, consulte Armazenamento Ômico no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte ListReadSetActivationJobs na Referência de comandos da AWS CLI.

list-read-set-activation-jobs

O código de exemplo a seguir mostra como usar list-read-set-activation-jobs.

AWS CLI

Para obter uma lista de trabalhos de ativação do conjunto de leitura

O exemplo list-read-set-activation-jobs a seguir obtém uma lista de trabalhos de ativação para o repositório de sequências com o ID 1234567890.


aws omics list-read-set-activation-jobs \
    --sequence-store-id 1234567890

Saída:


{
    "activationJobs": [
        {
            "completionTime": "2022-12-06T22:33:42.828Z",
            "creationTime": "2022-12-06T22:32:45.213Z",
            "id": "1234567890",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "COMPLETED"
        },
        {
            "creationTime": "2022-12-06T22:35:10.100Z",
            "id": "1234567890",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "IN_PROGRESS"
        }
    ]
}

Para obter mais informações, consulte Armazenamento Ômico no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte ListReadSetActivationJobs na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar list-read-set-export-jobs.

AWS CLI

Para obter uma lista de trabalhos de exportação do conjunto de leitura

O exemplo list-read-set-export-jobs a seguir obtém uma lista de trabalhos de exportação para o repositório de sequências com o ID 1234567890.


aws omics list-read-set-export-jobs \
    --sequence-store-id 1234567890

Saída:


{
    "exportJobs": [
        {
            "completionTime": "2022-12-06T22:39:14.491Z",
            "creationTime": "2022-12-06T22:37:18.612Z",
            "destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
            "id": "1234567890",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "COMPLETED"
        },
        {
            "creationTime": "2022-12-06T22:38:04.871Z",
            "destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
            "id": "1234567890",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "IN_PROGRESS"
        }
    ]
}

Para obter mais informações, consulte Armazenamento Ômico no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte ListReadSetExportJobs na Referência de comandos da AWS CLI.

list-read-set-export-jobs

O código de exemplo a seguir mostra como usar list-read-set-export-jobs.

AWS CLI

Para obter uma lista de trabalhos de exportação do conjunto de leitura

O exemplo list-read-set-export-jobs a seguir obtém uma lista de trabalhos de exportação para o repositório de sequências com o ID 1234567890.


aws omics list-read-set-export-jobs \
    --sequence-store-id 1234567890

Saída:


{
    "exportJobs": [
        {
            "completionTime": "2022-12-06T22:39:14.491Z",
            "creationTime": "2022-12-06T22:37:18.612Z",
            "destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
            "id": "1234567890",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "COMPLETED"
        },
        {
            "creationTime": "2022-12-06T22:38:04.871Z",
            "destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
            "id": "1234567890",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "IN_PROGRESS"
        }
    ]
}

Para obter mais informações, consulte Armazenamento Ômico no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte ListReadSetExportJobs na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar list-read-set-import-jobs.

AWS CLI

Para obter uma lista de trabalhos de importação do conjunto de leitura

O exemplo list-read-set-import-jobs a seguir obtém uma lista de trabalhos de importação para o repositório de sequências com o ID 1234567890.


aws omics list-read-set-import-jobs \
    --sequence-store-id 1234567890

Saída:


{
    "importJobs": [
        {
            "completionTime": "2022-11-29T18:17:49.244Z",
            "creationTime": "2022-11-29T17:32:47.700Z",
            "id": "1234567890",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "COMPLETED"
        },
        {
            "completionTime": "2022-11-23T22:01:34.090Z",
            "creationTime": "2022-11-23T21:52:43.289Z",
            "id": "1234567890",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "COMPLETED_WITH_FAILURES"
        }
    ]
}

Para obter mais informações, consulte Armazenamento Ômico no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte ListReadSetImportJobs na Referência de comandos da AWS CLI.

list-read-set-import-jobs

O código de exemplo a seguir mostra como usar list-read-set-import-jobs.

AWS CLI

Para obter uma lista de trabalhos de importação do conjunto de leitura

O exemplo list-read-set-import-jobs a seguir obtém uma lista de trabalhos de importação para o repositório de sequências com o ID 1234567890.


aws omics list-read-set-import-jobs \
    --sequence-store-id 1234567890

Saída:


{
    "importJobs": [
        {
            "completionTime": "2022-11-29T18:17:49.244Z",
            "creationTime": "2022-11-29T17:32:47.700Z",
            "id": "1234567890",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "COMPLETED"
        },
        {
            "completionTime": "2022-11-23T22:01:34.090Z",
            "creationTime": "2022-11-23T21:52:43.289Z",
            "id": "1234567890",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "COMPLETED_WITH_FAILURES"
        }
    ]
}

Para obter mais informações, consulte Armazenamento Ômico no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte ListReadSetImportJobs na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar list-read-set-upload-parts.

AWS CLI

Para listar todas as partes em um upload de multipartes solicitado para um repositório de sequências.

O exemplo list-read-set-upload-parts a seguir lista todas as partes em um upload de multipartes solicitado para um repositório de sequências.


aws omics list-read-set-upload-parts \
    --sequence-store-id 0123456789 \
    --upload-id 1122334455 \
    --part-source SOURCE1

Saída:


{
    "parts": [
        {
            "partNumber": 1,
            "partSize": 94371840,
            "file": "SOURCE1",
            "checksum": "984979b9928ae8d8622286c4a9cd8e99d964a22d59ed0f5722e1733eb280e635",
            "lastUpdatedTime": "2023-02-02T20:14:47.533000+00:00"
        }
        {
            "partNumber": 2,
            "partSize": 10471840,
            "file": "SOURCE1",
            "checksum": "984979b9928ae8d8622286c4a9cd8e99d964a22d59ed0f5722e1733eb280e635",
            "lastUpdatedTime": "2023-02-02T20:14:47.533000+00:00"
        }
      ]

}

Para obter mais informações, consulte Fazer upload direto a um repositório de sequências no Guia do usuário do AWS HealthOmics.

Para ver detalhes da API, consulte ListReadSetUploadParts na Referência de comandos da AWS CLI.

list-read-set-upload-parts

O código de exemplo a seguir mostra como usar list-read-set-upload-parts.

AWS CLI

Para listar todas as partes em um upload de multipartes solicitado para um repositório de sequências.

O exemplo list-read-set-upload-parts a seguir lista todas as partes em um upload de multipartes solicitado para um repositório de sequências.


aws omics list-read-set-upload-parts \
    --sequence-store-id 0123456789 \
    --upload-id 1122334455 \
    --part-source SOURCE1

Saída:


{
    "parts": [
        {
            "partNumber": 1,
            "partSize": 94371840,
            "file": "SOURCE1",
            "checksum": "984979b9928ae8d8622286c4a9cd8e99d964a22d59ed0f5722e1733eb280e635",
            "lastUpdatedTime": "2023-02-02T20:14:47.533000+00:00"
        }
        {
            "partNumber": 2,
            "partSize": 10471840,
            "file": "SOURCE1",
            "checksum": "984979b9928ae8d8622286c4a9cd8e99d964a22d59ed0f5722e1733eb280e635",
            "lastUpdatedTime": "2023-02-02T20:14:47.533000+00:00"
        }
      ]

}

Para obter mais informações, consulte Fazer upload direto a um repositório de sequências no Guia do usuário do AWS HealthOmics.

Para ver detalhes da API, consulte ListReadSetUploadParts na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar list-read-sets.

AWS CLI

Para obter uma lista de conjuntos de leitura

O exemplo list-read-sets a seguir obtém uma lista de conjuntos de leitura para o repositório de sequências com o ID 1234567890.


aws omics list-read-sets \
    --sequence-store-id 1234567890

Saída:


{
    "readSets": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890/readSet/1234567890",
            "creationTime": "2022-11-23T21:55:00.515Z",
            "fileType": "FASTQ",
            "id": "1234567890",
            "name": "HG00146",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
            "sampleId": "fastq-sample",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "ACTIVE",
            "subjectId": "fastq-subject"
        }
    ]
}

Para obter mais informações, consulte Armazenamento Ômico no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte ListReadSets na Referência de comandos da AWS CLI.

list-read-sets

O código de exemplo a seguir mostra como usar list-read-sets.

AWS CLI

Para obter uma lista de conjuntos de leitura

O exemplo list-read-sets a seguir obtém uma lista de conjuntos de leitura para o repositório de sequências com o ID 1234567890.


aws omics list-read-sets \
    --sequence-store-id 1234567890

Saída:


{
    "readSets": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890/readSet/1234567890",
            "creationTime": "2022-11-23T21:55:00.515Z",
            "fileType": "FASTQ",
            "id": "1234567890",
            "name": "HG00146",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
            "sampleId": "fastq-sample",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "ACTIVE",
            "subjectId": "fastq-subject"
        }
    ]
}

Para obter mais informações, consulte Armazenamento Ômico no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte ListReadSets na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar list-reference-import-jobs.

AWS CLI

Para obter uma lista de trabalhos de importação de referências

O exemplo list-reference-import-jobs a seguir obtém uma lista de trabalhos de importação para o repositório de referências com o ID 1234567890.


aws omics list-reference-import-jobs \
    --reference-store-id 1234567890

Saída:


{
    "importJobs": [
        {
            "completionTime": "2022-11-23T19:54:58.204Z",
            "creationTime": "2022-11-23T19:53:20.729Z",
            "id": "1234567890",
            "referenceStoreId": "1234567890",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "status": "COMPLETED"
        },
        {
            "creationTime": "2022-11-23T20:34:03.250Z",
            "id": "1234567890",
            "referenceStoreId": "1234567890",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "status": "IN_PROGRESS"
        }
    ]
}

Para obter mais informações, consulte Armazenamento Ômico no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte ListReferenceImportJobs na Referência de comandos da AWS CLI.

list-reference-import-jobs

O código de exemplo a seguir mostra como usar list-reference-import-jobs.

AWS CLI

Para obter uma lista de trabalhos de importação de referências

O exemplo list-reference-import-jobs a seguir obtém uma lista de trabalhos de importação para o repositório de referências com o ID 1234567890.


aws omics list-reference-import-jobs \
    --reference-store-id 1234567890

Saída:


{
    "importJobs": [
        {
            "completionTime": "2022-11-23T19:54:58.204Z",
            "creationTime": "2022-11-23T19:53:20.729Z",
            "id": "1234567890",
            "referenceStoreId": "1234567890",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "status": "COMPLETED"
        },
        {
            "creationTime": "2022-11-23T20:34:03.250Z",
            "id": "1234567890",
            "referenceStoreId": "1234567890",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "status": "IN_PROGRESS"
        }
    ]
}

Para obter mais informações, consulte Armazenamento Ômico no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte ListReferenceImportJobs na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar list-reference-stores.

AWS CLI

Para obter uma lista de repositórios de referências

O exemplo list-reference-stores a seguir obtém uma lista de repositórios de referências.


aws omics list-reference-stores

Saída:


{
    "referenceStores": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890",
            "creationTime": "2022-11-22T22:13:25.947Z",
            "id": "1234567890",
            "name": "my-ref-store"
        }
    ]
}

Para obter mais informações, consulte Armazenamento Ômico no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte ListReferenceStores na Referência de comandos da AWS CLI.

list-reference-stores

O código de exemplo a seguir mostra como usar list-reference-stores.

AWS CLI

Para obter uma lista de repositórios de referências

O exemplo list-reference-stores a seguir obtém uma lista de repositórios de referências.


aws omics list-reference-stores

Saída:


{
    "referenceStores": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890",
            "creationTime": "2022-11-22T22:13:25.947Z",
            "id": "1234567890",
            "name": "my-ref-store"
        }
    ]
}

Para obter mais informações, consulte Armazenamento Ômico no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte ListReferenceStores na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar list-references.

AWS CLI

Para obter uma lista de referências

O exemplo list-references a seguir obtém uma lista de referências de genomas para o repositório de referências com o ID 1234567890.


aws omics list-references \
    --reference-store-id 1234567890

Saída:


{
    "references": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
            "creationTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z",
            "id": "1234567890",
            "md5": "7ff134953dcca8c8997453bbb80b6b5e",
            "name": "assembly-38",
            "referenceStoreId": "1234567890",
            "status": "ACTIVE",
            "updateTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z"
        }
    ]
}

Para obter mais informações, consulte Armazenamento Ômico no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte ListReferences na Referência de comandos da AWS CLI.

list-references

O código de exemplo a seguir mostra como usar list-references.

AWS CLI

Para obter uma lista de referências

O exemplo list-references a seguir obtém uma lista de referências de genomas para o repositório de referências com o ID 1234567890.


aws omics list-references \
    --reference-store-id 1234567890

Saída:


{
    "references": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
            "creationTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z",
            "id": "1234567890",
            "md5": "7ff134953dcca8c8997453bbb80b6b5e",
            "name": "assembly-38",
            "referenceStoreId": "1234567890",
            "status": "ACTIVE",
            "updateTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z"
        }
    ]
}

Para obter mais informações, consulte Armazenamento Ômico no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte ListReferences na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar list-run-groups.

AWS CLI

Para obter uma lista de grupos de execução

O exemplo list-run-groups a seguir obtém uma lista de grupos de execução.


aws omics list-run-groups

Saída:


{
    "items": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
            "creationTime": "2022-12-01T00:58:42.915219Z",
            "id": "1234567",
            "maxCpus": 20,
            "maxDuration": 600,
            "name": "cram-convert"
        }
    ]
}

Para obter mais informações, consulte Fluxos de Trabalho Ômicos no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte ListRunGroups na Referência de comandos da AWS CLI.

list-run-groups

O código de exemplo a seguir mostra como usar list-run-groups.

AWS CLI

Para obter uma lista de grupos de execução

O exemplo list-run-groups a seguir obtém uma lista de grupos de execução.


aws omics list-run-groups

Saída:


{
    "items": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
            "creationTime": "2022-12-01T00:58:42.915219Z",
            "id": "1234567",
            "maxCpus": 20,
            "maxDuration": 600,
            "name": "cram-convert"
        }
    ]
}

Para obter mais informações, consulte Fluxos de Trabalho Ômicos no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte ListRunGroups na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar list-run-tasks.

AWS CLI

Para obter uma lista de tarefas

O exemplo list-run-tasks a seguir obtém uma lista de tarefas para uma execução de fluxo de trabalho.


aws omics list-run-tasks \
    --id 1234567

Saída:


{
    "items": [
        {
            "cpus": 1,
            "creationTime": "2022-11-30T23:13:00.718651Z",
            "memory": 15,
            "name": "CramToBamTask",
            "startTime": "2022-11-30T23:17:47.016Z",
            "status": "COMPLETED",
            "stopTime": "2022-11-30T23:18:21.503Z",
            "taskId": "1234567"
        },
        {
            "cpus": 1,
            "creationTime": "2022-11-30T23:18:32.315606Z",
            "memory": 4,
            "name": "ValidateSamFile",
            "startTime": "2022-11-30T23:23:40.165Z",
            "status": "COMPLETED",
            "stopTime": "2022-11-30T23:24:14.766Z",
            "taskId": "1234567"
        }
    ]
}

Para obter mais informações, consulte Fluxos de Trabalho Ômicos no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte ListRunTasks na Referência de comandos da AWS CLI.

list-run-tasks

O código de exemplo a seguir mostra como usar list-run-tasks.

AWS CLI

Para obter uma lista de tarefas

O exemplo list-run-tasks a seguir obtém uma lista de tarefas para uma execução de fluxo de trabalho.


aws omics list-run-tasks \
    --id 1234567

Saída:


{
    "items": [
        {
            "cpus": 1,
            "creationTime": "2022-11-30T23:13:00.718651Z",
            "memory": 15,
            "name": "CramToBamTask",
            "startTime": "2022-11-30T23:17:47.016Z",
            "status": "COMPLETED",
            "stopTime": "2022-11-30T23:18:21.503Z",
            "taskId": "1234567"
        },
        {
            "cpus": 1,
            "creationTime": "2022-11-30T23:18:32.315606Z",
            "memory": 4,
            "name": "ValidateSamFile",
            "startTime": "2022-11-30T23:23:40.165Z",
            "status": "COMPLETED",
            "stopTime": "2022-11-30T23:24:14.766Z",
            "taskId": "1234567"
        }
    ]
}

Para obter mais informações, consulte Fluxos de Trabalho Ômicos no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte ListRunTasks na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar list-runs.

AWS CLI

Para obter uma lista de execuções do fluxo de trabalho

O exemplo list-runs a seguir obtém uma lista de execuções de fluxo de trabalho.


aws omics list-runs

Saída:


{
    "items": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
            "creationTime": "2022-12-02T23:20:01.202074Z",
            "id": "1234567",
            "name": "cram-to-bam",
            "priority": 1,
            "startTime": "2022-12-02T23:29:18.115Z",
            "status": "COMPLETED",
            "stopTime": "2022-12-02T23:57:54.428812Z",
            "storageCapacity": 10,
            "workflowId": "1234567"
        },
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
            "creationTime": "2022-12-03T00:16:57.180066Z",
            "id": "1234567",
            "name": "cram-to-bam",
            "priority": 1,
            "startTime": "2022-12-03T00:26:50.233Z",
            "status": "FAILED",
            "stopTime": "2022-12-03T00:37:21.451340Z",
            "storageCapacity": 10,
            "workflowId": "1234567"
        },
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
            "creationTime": "2022-12-05T17:57:08.444817Z",
            "id": "1234567",
            "name": "cram-to-bam",
            "status": "STARTING",
            "workflowId": "1234567"
        }
    ]
}

Para obter mais informações, consulte Fluxos de Trabalho Ômicos no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte ListRuns na Referência de comandos da AWS CLI.

list-runs

O código de exemplo a seguir mostra como usar list-runs.

AWS CLI

Para obter uma lista de execuções do fluxo de trabalho

O exemplo list-runs a seguir obtém uma lista de execuções de fluxo de trabalho.


aws omics list-runs

Saída:


{
    "items": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
            "creationTime": "2022-12-02T23:20:01.202074Z",
            "id": "1234567",
            "name": "cram-to-bam",
            "priority": 1,
            "startTime": "2022-12-02T23:29:18.115Z",
            "status": "COMPLETED",
            "stopTime": "2022-12-02T23:57:54.428812Z",
            "storageCapacity": 10,
            "workflowId": "1234567"
        },
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
            "creationTime": "2022-12-03T00:16:57.180066Z",
            "id": "1234567",
            "name": "cram-to-bam",
            "priority": 1,
            "startTime": "2022-12-03T00:26:50.233Z",
            "status": "FAILED",
            "stopTime": "2022-12-03T00:37:21.451340Z",
            "storageCapacity": 10,
            "workflowId": "1234567"
        },
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
            "creationTime": "2022-12-05T17:57:08.444817Z",
            "id": "1234567",
            "name": "cram-to-bam",
            "status": "STARTING",
            "workflowId": "1234567"
        }
    ]
}

Para obter mais informações, consulte Fluxos de Trabalho Ômicos no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte ListRuns na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar list-sequence-stores.

AWS CLI

Para obter uma lista de repositórios de sequências

O exemplo list-sequence-stores a seguir obtém uma lista de repositórios de sequências.


aws omics list-sequence-stores

Saída:


{
    "sequenceStores": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890",
            "creationTime": "2022-11-23T01:24:33.629Z",
            "id": "1234567890",
            "name": "my-seq-store"
        }
    ]
}

Para obter mais informações, consulte Armazenamento Ômico no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte ListSequenceStores na Referência de comandos da AWS CLI.

list-sequence-stores

O código de exemplo a seguir mostra como usar list-sequence-stores.

AWS CLI

Para obter uma lista de repositórios de sequências

O exemplo list-sequence-stores a seguir obtém uma lista de repositórios de sequências.


aws omics list-sequence-stores

Saída:


{
    "sequenceStores": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890",
            "creationTime": "2022-11-23T01:24:33.629Z",
            "id": "1234567890",
            "name": "my-seq-store"
        }
    ]
}

Para obter mais informações, consulte Armazenamento Ômico no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte ListSequenceStores na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar list-shares.

AWS CLI

Para listar os compartilhamentos disponíveis de dados analíticos da HealthOmics

O exemplo list-shares a seguir lista todos os compartilhamentos que foram criados para um proprietário do recurso.


aws omics list-shares \
    --resource-owner SELF

Saída:


{
    "shares": [
        {
            "shareId": "595c1cbd-a008-4eca-a887-954d30c91c6e",
            "name": "myShare",
            "resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/store_1",
            "principalSubscriber": "123456789012",
            "ownerId": "555555555555",
            "status": "PENDING"
        }
        {
            "shareId": "39b65d0d-4368-4a19-9814-b0e31d73c10a",
            "name": "myShare3456",
            "resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/store_2",
            "principalSubscriber": "123456789012",
            "ownerId": "555555555555",
            "status": "ACTIVE"
        },
        {
            "shareId": "203152f5-eef9-459d-a4e0-a691668d44ef",
            "name": "myShare4",
            "resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/store_3",
            "principalSubscriber": "123456789012",
            "ownerId": "555555555555",
            "status": "ACTIVE"
        }
    ]
}

Para obter mais informações, consulte Compartilhamento entre contas no Guia do usuário do AWS HealthOmics.

Para ver detalhes da API, consulte ListShares na Referência de comandos da AWS CLI.

list-shares

O código de exemplo a seguir mostra como usar list-shares.

AWS CLI

Para listar os compartilhamentos disponíveis de dados analíticos da HealthOmics

O exemplo list-shares a seguir lista todos os compartilhamentos que foram criados para um proprietário do recurso.


aws omics list-shares \
    --resource-owner SELF

Saída:


{
    "shares": [
        {
            "shareId": "595c1cbd-a008-4eca-a887-954d30c91c6e",
            "name": "myShare",
            "resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/store_1",
            "principalSubscriber": "123456789012",
            "ownerId": "555555555555",
            "status": "PENDING"
        }
        {
            "shareId": "39b65d0d-4368-4a19-9814-b0e31d73c10a",
            "name": "myShare3456",
            "resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/store_2",
            "principalSubscriber": "123456789012",
            "ownerId": "555555555555",
            "status": "ACTIVE"
        },
        {
            "shareId": "203152f5-eef9-459d-a4e0-a691668d44ef",
            "name": "myShare4",
            "resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/store_3",
            "principalSubscriber": "123456789012",
            "ownerId": "555555555555",
            "status": "ACTIVE"
        }
    ]
}

Para obter mais informações, consulte Compartilhamento entre contas no Guia do usuário do AWS HealthOmics.

Para ver detalhes da API, consulte ListShares na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar list-tags-for-resource.

AWS CLI

Para obter uma lista de tags

O exemplo list-tags-for-resource a seguir obtém uma lista de tags para um fluxo de trabalho com o ID 1234567.


aws omics list-tags-for-resource \
    --resource-arn arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567

Saída:


{
    "tags": {
        "department": "analytics"
    }
}

Para obter mais informações, consulte Adicionar tags a recursos no Amazon Omics no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para obter detalhes sobre a API, consulte ListTagsForResource na AWS CLI Command Reference.

list-tags-for-resource

O código de exemplo a seguir mostra como usar list-tags-for-resource.

AWS CLI

Para obter uma lista de tags

O exemplo list-tags-for-resource a seguir obtém uma lista de tags para um fluxo de trabalho com o ID 1234567.


aws omics list-tags-for-resource \
    --resource-arn arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567

Saída:


{
    "tags": {
        "department": "analytics"
    }
}

Para obter mais informações, consulte Adicionar tags a recursos no Amazon Omics no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para obter detalhes sobre a API, consulte ListTagsForResource na AWS CLI Command Reference.

O código de exemplo a seguir mostra como usar list-variant-import-jobs.

AWS CLI

Para obter uma lista de trabalhos de importação de variantes

O exemplo list-variant-import-jobs a seguir obtém uma lista de trabalhos de importação de variantes.


aws omics list-variant-import-jobs

Saída:


{
    "variantImportJobs": [
        {
            "creationTime": "2022-11-23T22:47:02.514002Z",
            "destinationName": "my_var_store",
            "id": "69cb65d6-xmpl-4a4a-9025-4565794b684e",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "runLeftNormalization": false,
            "status": "COMPLETED",
            "updateTime": "2022-11-23T22:49:17.976597Z"
        },
        {
            "creationTime": "2022-11-23T22:42:50.037812Z",
            "destinationName": "my_var_store",
            "id": "edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "runLeftNormalization": false,
            "status": "COMPLETED",
            "updateTime": "2022-11-23T22:45:26.009880Z"
        }
    ]
}

Para obter mais informações, consulte Omics Analytics no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte ListVariantImportJobs na Referência de comandos da AWS CLI.

list-variant-import-jobs

O código de exemplo a seguir mostra como usar list-variant-import-jobs.

AWS CLI

Para obter uma lista de trabalhos de importação de variantes

O exemplo list-variant-import-jobs a seguir obtém uma lista de trabalhos de importação de variantes.


aws omics list-variant-import-jobs

Saída:


{
    "variantImportJobs": [
        {
            "creationTime": "2022-11-23T22:47:02.514002Z",
            "destinationName": "my_var_store",
            "id": "69cb65d6-xmpl-4a4a-9025-4565794b684e",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "runLeftNormalization": false,
            "status": "COMPLETED",
            "updateTime": "2022-11-23T22:49:17.976597Z"
        },
        {
            "creationTime": "2022-11-23T22:42:50.037812Z",
            "destinationName": "my_var_store",
            "id": "edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "runLeftNormalization": false,
            "status": "COMPLETED",
            "updateTime": "2022-11-23T22:45:26.009880Z"
        }
    ]
}

Para obter mais informações, consulte Omics Analytics no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte ListVariantImportJobs na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar list-variant-stores.

AWS CLI

Para obter uma lista de repositórios de variantes

O exemplo list-variant-stores a seguir obtém uma lista de repositórios de variantes.


aws omics list-variant-stores

Saída:


{
    "variantStores": [
        {
            "creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
            "id": "02dexmplcfdd",
            "name": "my_var_store",
            "reference": {
                "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
            },
            "status": "CREATING",
            "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:variantStore/my_var_store",
            "storeSizeBytes": 0,
            "updateTime": "2022-11-23T22:09:24.931711Z"
        },
        {
            "creationTime": "2022-09-23T23:00:09.140265Z",
            "id": "8777xmpl1a24",
            "name": "myvstore0",
            "status": "ACTIVE",
            "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:variantStore/myvstore0",
            "storeSizeBytes": 0,
            "updateTime": "2022-09-23T23:03:26.013220Z"
        }
    ]
}

Para obter mais informações, consulte Omics Analytics no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte ListVariantStores na Referência de comandos da AWS CLI.

list-variant-stores

O código de exemplo a seguir mostra como usar list-variant-stores.

AWS CLI

Para obter uma lista de repositórios de variantes

O exemplo list-variant-stores a seguir obtém uma lista de repositórios de variantes.


aws omics list-variant-stores

Saída:


{
    "variantStores": [
        {
            "creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
            "id": "02dexmplcfdd",
            "name": "my_var_store",
            "reference": {
                "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
            },
            "status": "CREATING",
            "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:variantStore/my_var_store",
            "storeSizeBytes": 0,
            "updateTime": "2022-11-23T22:09:24.931711Z"
        },
        {
            "creationTime": "2022-09-23T23:00:09.140265Z",
            "id": "8777xmpl1a24",
            "name": "myvstore0",
            "status": "ACTIVE",
            "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:variantStore/myvstore0",
            "storeSizeBytes": 0,
            "updateTime": "2022-09-23T23:03:26.013220Z"
        }
    ]
}

Para obter mais informações, consulte Omics Analytics no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte ListVariantStores na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar list-workflows.

AWS CLI

Para obter uma lista de fluxos de trabalho

O exemplo list-workflows a seguir obtém uma lista de fluxos de trabalho.


aws omics list-workflows

Saída:


{
    "items": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
            "creationTime": "2022-09-23T23:08:22.041227Z",
            "digest": "nSCNo/qMWFxmplXpUdokXJnwgneOaxyyc2YOxVxrJTE=",
            "id": "1234567",
            "name": "my-wkflow-0",
            "status": "ACTIVE",
            "type": "PRIVATE"
        },
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
            "creationTime": "2022-11-30T22:33:16.225368Z",
            "digest": "sha256:c54bxmpl742dcc26f7fa1f10e37550ddd8f251f418277c0a58e895b801ed28cf",
            "id": "1234567",
            "name": "cram-converter",
            "status": "ACTIVE",
            "type": "PRIVATE"
        }
    ]
}

Para obter mais informações, consulte Fluxos de Trabalho Ômicos no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte ListWorkflows na Referência de comandos da AWS CLI.

list-workflows

O código de exemplo a seguir mostra como usar list-workflows.

AWS CLI

Para obter uma lista de fluxos de trabalho

O exemplo list-workflows a seguir obtém uma lista de fluxos de trabalho.


aws omics list-workflows

Saída:


{
    "items": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
            "creationTime": "2022-09-23T23:08:22.041227Z",
            "digest": "nSCNo/qMWFxmplXpUdokXJnwgneOaxyyc2YOxVxrJTE=",
            "id": "1234567",
            "name": "my-wkflow-0",
            "status": "ACTIVE",
            "type": "PRIVATE"
        },
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
            "creationTime": "2022-11-30T22:33:16.225368Z",
            "digest": "sha256:c54bxmpl742dcc26f7fa1f10e37550ddd8f251f418277c0a58e895b801ed28cf",
            "id": "1234567",
            "name": "cram-converter",
            "status": "ACTIVE",
            "type": "PRIVATE"
        }
    ]
}

Para obter mais informações, consulte Fluxos de Trabalho Ômicos no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte ListWorkflows na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar start-annotation-import-job.

AWS CLI

Para importar anotações

O exemplo start-annotation-import-job a seguir importa anotações do Amazon S3.


aws omics start-annotation-import-job \
    --destination-name tsv_ann_store \
    --no-run-left-normalization \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
    --items source=s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/targetedregions.bed.gz

Saída:


{
    "jobId": "984162c7-xmpl-4d23-ab47-286f7950bfbf"
}

Para obter mais informações, consulte Omics Analytics no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte StartAnnotationImportJob na Referência de comandos da AWS CLI.

start-annotation-import-job

O código de exemplo a seguir mostra como usar start-annotation-import-job.

AWS CLI

Para importar anotações

O exemplo start-annotation-import-job a seguir importa anotações do Amazon S3.


aws omics start-annotation-import-job \
    --destination-name tsv_ann_store \
    --no-run-left-normalization \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
    --items source=s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/targetedregions.bed.gz

Saída:


{
    "jobId": "984162c7-xmpl-4d23-ab47-286f7950bfbf"
}

Para obter mais informações, consulte Omics Analytics no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte StartAnnotationImportJob na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar start-read-set-activation-job.

AWS CLI

Como ativar um conjunto de leitura arquivado

O exemplo start-read-set-activation-job a seguir ativa dois conjuntos de leitura.


aws omics start-read-set-activation-job \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --sources readSetId=1234567890 readSetId=1234567890

Saída:


{
    "creationTime": "2022-12-06T22:35:10.100Z",
    "id": "1234567890",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "status": "SUBMITTED"
}

Para obter mais informações, consulte Armazenamento Ômico no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte StartReadSetActivationJob na Referência de comandos da AWS CLI.

start-read-set-activation-job

O código de exemplo a seguir mostra como usar start-read-set-activation-job.

AWS CLI

Como ativar um conjunto de leitura arquivado

O exemplo start-read-set-activation-job a seguir ativa dois conjuntos de leitura.


aws omics start-read-set-activation-job \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --sources readSetId=1234567890 readSetId=1234567890

Saída:


{
    "creationTime": "2022-12-06T22:35:10.100Z",
    "id": "1234567890",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "status": "SUBMITTED"
}

Para obter mais informações, consulte Armazenamento Ômico no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte StartReadSetActivationJob na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar start-read-set-export-job.

AWS CLI

Para exportar um conjunto de leitura

O exemplo start-read-set-export-job a seguir exporta dois conjuntos de leitura para o Amazon S3.


   aws omics start-read-set-export-job \
       --sequence-store-id 1234567890 \
       --sources readSetId=1234567890 readSetId=1234567890 \
       --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ
\
       --destination s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/

Saída:


{
    "creationTime": "2022-12-06T22:37:18.612Z",
    "destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
    "id": "1234567890",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "status": "SUBMITTED"
}

Para obter mais informações, consulte Armazenamento Ômico no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte StartReadSetExportJob na Referência de comandos da AWS CLI.

start-read-set-export-job

O código de exemplo a seguir mostra como usar start-read-set-export-job.

AWS CLI

Para exportar um conjunto de leitura

O exemplo start-read-set-export-job a seguir exporta dois conjuntos de leitura para o Amazon S3.


   aws omics start-read-set-export-job \
       --sequence-store-id 1234567890 \
       --sources readSetId=1234567890 readSetId=1234567890 \
       --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ
\
       --destination s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/

Saída:


{
    "creationTime": "2022-12-06T22:37:18.612Z",
    "destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
    "id": "1234567890",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "status": "SUBMITTED"
}

Para obter mais informações, consulte Armazenamento Ômico no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte StartReadSetExportJob na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar start-read-set-import-job.

AWS CLI

Para importar um conjunto de leitura

O exemplo start-read-set-import-job a seguir importa um conjunto de leitura.


aws omics start-read-set-import-job \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
    --sources file://readset-sources.json

readset-sources.json é um documento JSON com o seguinte conteúdo.


[
    {
        "sourceFiles":
        {
            "source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00100.chrom20.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20101123.bam"
        },
        "sourceFileType": "BAM",
        "subjectId": "bam-subject",
        "sampleId": "bam-sample",
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
        "name": "HG00100"
    }
]

Saída:


{
    "creationTime": "2022-11-23T01:36:38.158Z",
    "id": "1234567890",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "status": "SUBMITTED"
}

Para obter mais informações, consulte Armazenamento Ômico no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte StartReadSetImportJob na Referência de comandos da AWS CLI.

start-read-set-import-job

O código de exemplo a seguir mostra como usar start-read-set-import-job.

AWS CLI

Para importar um conjunto de leitura

O exemplo start-read-set-import-job a seguir importa um conjunto de leitura.


aws omics start-read-set-import-job \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
    --sources file://readset-sources.json

readset-sources.json é um documento JSON com o seguinte conteúdo.


[
    {
        "sourceFiles":
        {
            "source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00100.chrom20.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20101123.bam"
        },
        "sourceFileType": "BAM",
        "subjectId": "bam-subject",
        "sampleId": "bam-sample",
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
        "name": "HG00100"
    }
]

Saída:


{
    "creationTime": "2022-11-23T01:36:38.158Z",
    "id": "1234567890",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "status": "SUBMITTED"
}

Para obter mais informações, consulte Armazenamento Ômico no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte StartReadSetImportJob na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar start-reference-import-job.

AWS CLI

Para importar um genoma de referência

O exemplo start-reference-import-job a seguir importa um genoma de referência do Amazon S3.


aws omics start-reference-import-job \
    --reference-store-id 1234567890 \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
    --sources sourceFile=s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta,name=assembly-38

Saída:


{
    "creationTime": "2022-11-22T22:25:41.124Z",
    "id": "1234567890",
    "referenceStoreId": "1234567890",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "status": "SUBMITTED"
}

Para obter mais informações, consulte Armazenamento Ômico no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte StartReferenceImportJob na Referência de comandos da AWS CLI.

start-reference-import-job

O código de exemplo a seguir mostra como usar start-reference-import-job.

AWS CLI

Para importar um genoma de referência

O exemplo start-reference-import-job a seguir importa um genoma de referência do Amazon S3.


aws omics start-reference-import-job \
    --reference-store-id 1234567890 \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
    --sources sourceFile=s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta,name=assembly-38

Saída:


{
    "creationTime": "2022-11-22T22:25:41.124Z",
    "id": "1234567890",
    "referenceStoreId": "1234567890",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "status": "SUBMITTED"
}

Para obter mais informações, consulte Armazenamento Ômico no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte StartReferenceImportJob na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar start-run.

AWS CLI

Para executar um fluxo de trabalho

O exemplo start-run a seguir executa o fluxo de trabalho com o ID 1234567.


aws omics start-run \
    --workflow-id 1234567 \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
    --name 'cram-to-bam' \
    --output-uri s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/workflow-output/ \
    --run-group-id 1234567 \
    --priority 1 \
    --storage-capacity 10 \
    --log-level ALL \
    --parameters file://workflow-inputs.json

workflow-inputs.json é um documento JSON com o seguinte conteúdo.


{
    "sample_name": "NA12878",
    "input_cram": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/NA12878.cram",
    "ref_dict": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict",
    "ref_fasta": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
    "ref_fasta_index": "omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai"
}

Saída:


{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
    "id": "1234567",
    "status": "PENDING",
    "tags": {}
}

Para obter mais informações, consulte Fluxos de Trabalho Ômicos no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Como carregar arquivos de fonte do Amazon Omics

Também é possível carregar arquivos de fonte do repositório do Amazon Omics através de URIs específicos do serviço. O arquivo de exemplo a seguir, workflow-inputs.json, usa URIs do Amazon Omics para fontes de conjuntos de leitura e genomas de referência.


{
    "sample_name": "NA12878",
    "input_cram": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/1234567890/readSet/1234567890/source1",
    "ref_dict": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict",
    "ref_fasta": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/1234567890/reference/1234567890",
    "ref_fasta_index": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/1234567890/reference/1234567890/index"
}

Para obter mais informações, consulte Fluxos de Trabalho Ômicos no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte StartRun na Referência de comandos da AWS CLI.

start-run

O código de exemplo a seguir mostra como usar start-run.

AWS CLI

Para executar um fluxo de trabalho

O exemplo start-run a seguir executa o fluxo de trabalho com o ID 1234567.


aws omics start-run \
    --workflow-id 1234567 \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
    --name 'cram-to-bam' \
    --output-uri s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/workflow-output/ \
    --run-group-id 1234567 \
    --priority 1 \
    --storage-capacity 10 \
    --log-level ALL \
    --parameters file://workflow-inputs.json

workflow-inputs.json é um documento JSON com o seguinte conteúdo.


{
    "sample_name": "NA12878",
    "input_cram": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/NA12878.cram",
    "ref_dict": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict",
    "ref_fasta": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
    "ref_fasta_index": "omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai"
}

Saída:


{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
    "id": "1234567",
    "status": "PENDING",
    "tags": {}
}

Para obter mais informações, consulte Fluxos de Trabalho Ômicos no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Como carregar arquivos de fonte do Amazon Omics


{
    "sample_name": "NA12878",
    "input_cram": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/1234567890/readSet/1234567890/source1",
    "ref_dict": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict",
    "ref_fasta": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/1234567890/reference/1234567890",
    "ref_fasta_index": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/1234567890/reference/1234567890/index"
}

Para obter mais informações, consulte Fluxos de Trabalho Ômicos no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte StartRun na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar start-variant-import-job.

AWS CLI

Para importar um arquivo de variantes

O exemplo start-variant-import-job a seguir importa um arquivo de variantes no formato VCF.


aws omics start-variant-import-job \
    --destination-name my_var_store \
    --no-run-left-normalization  \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
    --items source=s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.known_indels.vcf.gz

Saída:


{
    "jobId": "edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508"
}

Para obter mais informações, consulte Omics Analytics no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte StartVariantImportJob na Referência de comandos da AWS CLI.

start-variant-import-job

O código de exemplo a seguir mostra como usar start-variant-import-job.

AWS CLI

Para importar um arquivo de variantes

O exemplo start-variant-import-job a seguir importa um arquivo de variantes no formato VCF.


aws omics start-variant-import-job \
    --destination-name my_var_store \
    --no-run-left-normalization  \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
    --items source=s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.known_indels.vcf.gz

Saída:


{
    "jobId": "edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508"
}

Para obter mais informações, consulte Omics Analytics no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte StartVariantImportJob na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar tag-resource.

AWS CLI

Como marcar um recurso

O exemplo tag-resource a seguir adiciona uma tag department ao fluxo de trabalho com o ID 1234567.


aws omics tag-resource \
    --resource-arn arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567 \
    --tags department=analytics

Para obter mais informações, consulte Adicionar tags a recursos no Amazon Omics no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para obter detalhes da API, consulte TagResource na Referência de comandos da AWS CLI.

tag-resource

O código de exemplo a seguir mostra como usar tag-resource.

AWS CLI

Como marcar um recurso

O exemplo tag-resource a seguir adiciona uma tag department ao fluxo de trabalho com o ID 1234567.


aws omics tag-resource \
    --resource-arn arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567 \
    --tags department=analytics

Para obter mais informações, consulte Adicionar tags a recursos no Amazon Omics no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para obter detalhes da API, consulte TagResource na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar untag-resource.

AWS CLI

Para remover uma tag de um recurso

O exemplo untag-resource a seguir remove a tag department de um fluxo de trabalho.


aws omics untag-resource \
    --resource-arn arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567 \
    --tag-keys department

Para obter mais informações, consulte Armazenamento Ômico no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para obter detalhes sobre a API, consulte UntagResource na Referência de comandos da AWS CLI.

untag-resource

O código de exemplo a seguir mostra como usar untag-resource.

AWS CLI

Para remover uma tag de um recurso

O exemplo untag-resource a seguir remove a tag department de um fluxo de trabalho.


aws omics untag-resource \
    --resource-arn arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567 \
    --tag-keys department

Para obter mais informações, consulte Armazenamento Ômico no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para obter detalhes sobre a API, consulte UntagResource na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar update-annotation-store.

AWS CLI

Para atualizar um repositório de anotações

O exemplo update-annotation-store a seguir atualiza a descrição do repositório de anotações chamado my_vcf_store.


aws omics update-annotation-store \
    --name my_vcf_store \
    --description "VCF annotation store"

Saída:


{
    "creationTime": "2022-12-05T18:00:56.101860Z",
    "description": "VCF annotation store",
    "id": "bd6axmpl2444",
    "name": "my_vcf_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "ACTIVE",
    "storeFormat": "VCF",
    "updateTime": "2022-12-05T18:13:16.100051Z"
}

Para obter mais informações, consulte Omics Analytics no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte UpdateAnnotationStore na Referência de comandos da AWS CLI.

update-annotation-store

O código de exemplo a seguir mostra como usar update-annotation-store.

AWS CLI

Para atualizar um repositório de anotações

O exemplo update-annotation-store a seguir atualiza a descrição do repositório de anotações chamado my_vcf_store.


aws omics update-annotation-store \
    --name my_vcf_store \
    --description "VCF annotation store"

Saída:


{
    "creationTime": "2022-12-05T18:00:56.101860Z",
    "description": "VCF annotation store",
    "id": "bd6axmpl2444",
    "name": "my_vcf_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "ACTIVE",
    "storeFormat": "VCF",
    "updateTime": "2022-12-05T18:13:16.100051Z"
}

Para obter mais informações, consulte Omics Analytics no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte UpdateAnnotationStore na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar update-run-group.

AWS CLI

Para atualizar um grupo de execução

O exemplo update-run-group a seguir atualiza as configurações do grupo de execução com o ID 1234567.


aws omics update-run-group \
    --id 1234567 \
    --max-cpus 10

Saída:


{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
    "creationTime": "2022-12-01T00:58:42.915219Z",
    "id": "1234567",
    "maxCpus": 10,
    "maxDuration": 600,
    "name": "cram-convert",
    "tags": {}
}

Para obter mais informações, consulte Fluxos de Trabalho Ômicos no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte UpdateRunGroup na Referência de comandos da AWS CLI.

update-run-group

O código de exemplo a seguir mostra como usar update-run-group.

AWS CLI

Para atualizar um grupo de execução

O exemplo update-run-group a seguir atualiza as configurações do grupo de execução com o ID 1234567.


aws omics update-run-group \
    --id 1234567 \
    --max-cpus 10

Saída:


{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
    "creationTime": "2022-12-01T00:58:42.915219Z",
    "id": "1234567",
    "maxCpus": 10,
    "maxDuration": 600,
    "name": "cram-convert",
    "tags": {}
}

Para obter mais informações, consulte Fluxos de Trabalho Ômicos no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte UpdateRunGroup na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar update-variant-store.

AWS CLI

Para atualizar um repositório de variantes

O exemplo update-variant-store a seguir atualiza a descrição do repositório de variantes chamado my_var_store.


aws omics update-variant-store \
    --name my_var_store \
    --description "variant store"

Saída:


{
    "creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
    "description": "variant store",
    "id": "02dexmplcfdd",
    "name": "my_var_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "ACTIVE",
    "updateTime": "2022-12-05T18:23:37.686402Z"
}

Para obter mais informações, consulte Omics Analytics no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte UpdateVariantStore na Referência de comandos da AWS CLI.

update-variant-store

O código de exemplo a seguir mostra como usar update-variant-store.

AWS CLI

Para atualizar um repositório de variantes

O exemplo update-variant-store a seguir atualiza a descrição do repositório de variantes chamado my_var_store.


aws omics update-variant-store \
    --name my_var_store \
    --description "variant store"

Saída:


{
    "creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
    "description": "variant store",
    "id": "02dexmplcfdd",
    "name": "my_var_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "ACTIVE",
    "updateTime": "2022-12-05T18:23:37.686402Z"
}

Para obter mais informações, consulte Omics Analytics no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte UpdateVariantStore na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar update-workflow.

AWS CLI

Para criar um fluxo de trabalho

O exemplo update-workflow a seguir atualiza a descrição do fluxo de trabalho com o ID 1234567.


aws omics update-workflow \
    --id 1234567 \
    --description "copy workflow"

Para obter mais informações, consulte Armazenamento Ômico no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte UpdateWorkflow na Referência de comandos da AWS CLI.

update-workflow

O código de exemplo a seguir mostra como usar update-workflow.

AWS CLI

Para criar um fluxo de trabalho

O exemplo update-workflow a seguir atualiza a descrição do fluxo de trabalho com o ID 1234567.


aws omics update-workflow \
    --id 1234567 \
    --description "copy workflow"

Para obter mais informações, consulte Armazenamento Ômico no Guia do desenvolvedor do Amazon Omics.

Para ver detalhes da API, consulte UpdateWorkflow na Referência de comandos da AWS CLI.

O código de exemplo a seguir mostra como usar upload-read-set-part.

AWS CLI

Como fazer o upload de uma parte de um conjunto de leitura.

O exemplo upload-read-set-part a seguir faz o upload da parte especificada de um conjunto de leitura.


aws omics upload-read-set-part \
    --sequence-store-id 0123456789 \
    --upload-id 1122334455 \
    --part-source SOURCE1 \
    --part-number 1 \
    --payload /path/to/file/read_1_part_1.fastq.gz

Saída:


{
    "checksum": "984979b9928ae8d8622286c4a9cd8e99d964a22d59ed0f5722e1733eb280e635"
}

Para obter mais informações, consulte Fazer upload direto a um repositório de sequências no Guia do usuário do AWS HealthOmics.

Para ver detalhes da API, consulte UploadReadSetPart na Referência de comandos da AWS CLI.

upload-read-set-part

O código de exemplo a seguir mostra como usar upload-read-set-part.

AWS CLI

Como fazer o upload de uma parte de um conjunto de leitura.

O exemplo upload-read-set-part a seguir faz o upload da parte especificada de um conjunto de leitura.


aws omics upload-read-set-part \
    --sequence-store-id 0123456789 \
    --upload-id 1122334455 \
    --part-source SOURCE1 \
    --part-number 1 \
    --payload /path/to/file/read_1_part_1.fastq.gz

Saída:


{
    "checksum": "984979b9928ae8d8622286c4a9cd8e99d964a22d59ed0f5722e1733eb280e635"
}

Para obter mais informações, consulte Fazer upload direto a um repositório de sequências no Guia do usuário do AWS HealthOmics.

Para ver detalhes da API, consulte UploadReadSetPart na Referência de comandos da AWS CLI.

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delete-run

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delete-workflow

get-annotation-import-job

get-annotation-store-version

get-annotation-store

get-read-set-activation-job

get-read-set-export-job

get-read-set-import-job

get-read-set-metadata

get-read-set

get-reference-import-job

get-reference-metadata

get-reference-store

get-reference

get-run-group

get-run-task

get-run

get-sequence-store

get-share

get-variant-import-job

get-variant-store

get-workflow

list-annotation-import-jobs

list-annotation-store-versions

list-annotation-stores

list-multipart-read-set-uploads

list-read-set-activation-jobs

list-read-set-export-jobs

list-read-set-import-jobs

list-read-set-upload-parts

list-read-sets

list-reference-import-jobs

list-reference-stores

list-references

list-run-groups

list-run-tasks

list-runs

list-sequence-stores

list-shares

list-tags-for-resource

list-variant-import-jobs

list-variant-stores

list-workflows

start-annotation-import-job

start-read-set-activation-job

start-read-set-export-job

start-read-set-import-job

start-reference-import-job

start-run

start-variant-import-job

tag-resource

untag-resource