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Criando ou atualizando um fluxo de trabalho
Para criar um fluxo de trabalho privado, você precisa:
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Workflow definition file: um arquivo de definição de fluxo de trabalho escrito em WDLNextflow, ouCWL. A definição do fluxo de trabalho especifica as entradas e saídas para execuções que usam o fluxo de trabalho. Também inclui especificações para as execuções e tarefas de execução do seu fluxo de trabalho, incluindo requisitos de computação e memória. O arquivo de definição do fluxo de trabalho deve estar no
.zipformato. Para obter mais informações, consulte Arquivos de definição de fluxo de trabalho em HealthOmics. -
Parameter template file(opcional): um arquivo de modelo de parâmetro escrito emJSON. Crie o arquivo para definir os parâmetros de execução ou HealthOmics gere o modelo de parâmetro para você. Para obter mais informações, consulte Arquivos de modelo de parâmetros para HealthOmics fluxos de trabalho.
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Amazon ECR container images: Crie imagens de contêiner para o fluxo de trabalho e armazene-as em um repositório privado do Amazon ECR.
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Sentieon licenses(opcional): solicite uma Sentieon licença para usar o Sentieon software em fluxos de trabalho privados.
Para arquivos de definição de fluxo de trabalho maiores que 4 MiB (zipados), escolha uma dessas opções durante a criação do fluxo de trabalho:
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Faça o upload para uma pasta do Amazon Simple Storage Service e especifique a localização.
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Faça o upload para um repositório externo (tamanho máximo de 1 GiB) e especifique os detalhes do repositório.
Depois de criar um fluxo de trabalho, você pode atualizar as seguintes informações do fluxo de trabalho com a UpdateWorkflow operação:
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Nome
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Descrição
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Tipo de armazenamento padrão
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Capacidade de armazenamento padrão (com ID do fluxo de trabalho)
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Arquivo README.md
Para alterar outras informações no fluxo de trabalho, crie um novo fluxo de trabalho ou uma nova versão do fluxo de trabalho.
Use o controle de versão do fluxo de trabalho para organizar e estruturar seus fluxos de trabalho. As versões também ajudam você a gerenciar a introdução de atualizações iterativas do fluxo de trabalho. Para obter mais informações sobre versões, consulte Crie uma versão do fluxo de trabalho.
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