故障診斷 - AWS HealthOmics

本文為英文版的機器翻譯版本,如內容有任何歧義或不一致之處,概以英文版為準。

故障診斷

下列主題可協助您針對使用 HealthOmics 工作流程和資料存放區時遇到的問題進行疑難排解。

對工作流程進行故障診斷

如何對失敗的執行進行故障診斷?

使用 GetRun API 操作來擷取失敗原因。如需詳細資訊,請參閱執行失敗原因

如何對失敗的任務進行故障診斷?

檢閱任務失敗訊息中的錯誤代碼,以了解失敗。檢閱 CloudWatch 中的任務日誌,以查看任務的詳細記錄訊息。如果您沒有收到詳細的日誌訊息,您可以修改工作流程以輸出其他日誌陳述式。如需詳細資訊,請參閱使用 CloudWatch Logs 監控 HealthOmics

在哪裡可以找到成功完成執行的引擎日誌?

HealthOmics 只會針對失敗的執行發佈日誌至 CloudWatch。如果執行成功完成,HealthOmics 會將引擎日誌交付到您的 Amazon S3 儲存貯體。如需詳細資訊,請參閱Amazon S3 中的日誌

如何減少工作流程的輸入參數大小?

您可以為工作流程指定最多 50 KB 的輸入參數。您可以使用目錄匯入或範例工作表來維持在此大小限制內。如需詳細資訊,請參閱管理執行參數大小

為什麼我的執行未完成?

如果您的程式碼發生問題,且程序未正確結束,您的執行可能會變得沒有回應或「卡住」。如需如何防止和捕捉無回應執行的詳細資訊,請參閱 無回應執行的指引

對呼叫快取問題進行故障診斷

下列主題可協助您針對呼叫快取時遇到的問題進行疑難排解。

為什麼我的執行不會儲存至快取?

  1. 透過檢查 GetRun API 操作回應中的 cacheId 欄位,確認執行已設定為使用快取。使用 CLI,執行此命令:aws omics get-run —id <run_id>

  2. 如果執行成功,請確認 GetRun 回應中傳回的快取行為為 CACHE_ALWAYS。如果快取行為設定為 CACHE_ON_FAILURE,則執行只會在失敗時儲存至快取。

為什麼任務不使用快取項目?

/aws/omics/WorkflowLog CloudWatch 日誌群組中,開啟執行快取的日誌串流:runCache/<cache_id>/<cache_uuid>

  1. 確認先前的執行已為您預期要快取的任務建立快取項目。儲存到快取的執行會以 CACHE_ENTRY_CREATED 的日誌訊息記錄。

  2. 找到任務的 CACHE_MISS 日誌,並執行已完成的日誌。如果沒有日誌項目,請檢查執行是否已設定為使用快取。

  3. 如果已建立快取項目,請確認兩個任務CPUs、記憶體、GPUs 和容器摘要都相同。建立快取項目之任務的任務 ARN 位於日誌訊息中。

  4. 如果兩個任務的運算需求相符,請確認任務之間的輸入未變更。若要這樣做,請開啟引擎日誌。如果執行的狀態為 FAILED,則日誌將在 Cloudwatch Log Group /aws/omics/WorkflowLog 中。否則,您可以在執行的輸出目錄中找到引擎日誌。

對資料存放區進行故障診斷

為什麼我的讀取集上的 S3 GetObject 失敗?

最常見的是,失敗是因為缺少許可。序列存放區 S3 讀取許可是一種雙向組態,需要序列存放區 S3 存取政策允許存取,且 IAM 主體必須連接允許存取的政策。如需政策需求的詳細資訊,請參閱 使用 Amazon S3 URIs 存取資料的許可。檢查下列組態是否已就位:

  • 序列存放區 S3 存取政策明確允許存取 IAM 主體或主體帳戶的根目錄。

  • 檢查 IAM 主體是否具有明確提供存取資源許可的政策。請注意,定義許可時,IAM 主體政策必須使用存取點 ARN,而不是存取點別名型路徑,而且 ARN 處於 條件,而不是用來指定資源。

  • 如果您的存放區使用客戶受管金鑰 (CMK-KMS),請確定 IAM 主體對金鑰具有 kms:decrypt 許可。如需跨帳戶設定用量,請參閱 KMS 跨帳戶存取指南

如果您有使用標籤型存取控制的政策,請確定下列事項:

  • 確保序列存放區已完成標籤同步。因此,存放區的狀態必須為 active,而不是 updating

  • 確保讀取集和政策的標籤索引鍵或索引鍵值中沒有錯別字。

為什麼我在 Athena 中看不到註釋存放區或變體存放區?

在 Lake Formation 中,請務必根據與您共用的存放區建立資源連結。建立您有權存取的資源連結後,應該會在 Athena 中顯示該存放區。如需詳細資訊,請參閱設定 Lake Formation 以使用 HealthOmics

為什麼我無法存取 Athena 中的資料存放區?

如果您的註釋或變體存放區可見,但您收到錯誤訊息,指出存取遭拒,請檢查您正在使用的查詢引擎版本。僅支援使用引擎版本 3 執行的查詢。若要進一步了解 Athena 查詢引擎版本,請參閱 Amazon Athena 文件